新的国王崛起于古老的封建社会与土地的社会律典中，却沉沦于商人与清教徒弥漫的伦敦，他无法忍受宗教信仰的变化多端与剧烈冲突。每一种新意见都以讲道为借口直至其获得权力为止，因此，个人的判断权力与《圣经》的传播结合，助长了各教派的分歧。1641年，一位小册子的作者列举了29个教派。1646年，一本小册子列举了180个教派。除了天主教与新教的分歧外，还有很小的区别，新教分成英国国教、长老教会和清教徒，清教徒又分成梦想一个共和国的独立教派（Independents）及反对战争、暴力与誓言的教友派、千禧年派（Millenarians）——或第五君政（Fifth Monarchy Men）——这些人相信，耶稣不久将再度君临地球。唯信仰论者（Antinomians）主张上帝的选择是免除人类律法的痛苦，又有布朗分立派（Brownist Separatists）及希克派（Seekers）与循道宗初期的热心说教者（Ranters）。一位国会议员抱怨说：“商人们都建立讲坛，传播自己的信仰，他们之中的许多人在《圣经》的经文中披上经济或政治要求的外衣。”再洗礼派教徒认为只能对成人施行洗礼。浸信会教友在1606年自分离派教友脱离，并分成拒绝宿命的一般浸信会教友（General Baptists）与接受宿命论的特殊浸信会教友（Particular Baptists）两大派（1633年）。
派别的复杂性及他们激烈的论争，导致少数人怀疑基督教的所有形式。1622年，福瑟比（Fotherby）主教哀叹说：“《圣经》已丧失其威权性，被认为仅适于无知与白痴。”1646年，詹姆士·克兰福德（James Cranford）牧师谈到一批群众“改变了他们的信仰，变成怀疑主义……或无神论，不相信任何事情”。1646年，一本名为《地狱逃出樊笼：这个时代弥漫的各种错误、异端，对上帝或神祇的亵渎言论及行为的目录》（Hell Broke Loose：A Catalogue of the Many Spreading Errors，Heresies and Blasphemies of These Times）的小册子，引述了一个异教徒的意见：“《圣经》是真实版本（可信的内容）或不是……它只不过是个高尚制品（人写的），并不能显露一个神圣的上帝。”另一个异端则宣称：“正确的理性是信仰的原则，而且……我们相信《圣经》，三位一体的教义，耶稣为人性与神性的结合，复活，迄今为止，它们符合理性，仅此而已。”多数的怀疑者皆否认地狱与基督的神性。数目日益增加的思想家们，被称为自然神教者，建议基督徒应将他们的信仰限于神和不朽，而达成怀疑主义与宗教之间的妥协。着重于推论真理的切伯里的哈柏特爵士爱德华，在《论真理》（De Veritate，1624年）对这折中的论调提出哲学上的陈述。哈柏特说：真理是独立于《圣经》外，而且不能由教会或任何其他权威公布。真理的最好试验是普遍的同意。因此，最聪明的宗教仍是循“自然的”，而不是一个接受神启的宗教，宗教本身自限于能以不同的教义表示而为一般人接受的教条中：有一个最高的上帝，他只被纯真的生命崇拜，不论今生或来生，善行将有报酬，恶行将受惩罚。艾布雷说哈柏特在拒绝圣餐后，“平静地去世了”。
国会对天主教远较对异端苦恼。1634年，英国的天主教徒约占人口的1/4，无视所有法律与危险，仍旧约有335位耶稣会教士。卓越的贵族们接受旧信仰。巴尔的摩（Baltimore）的贵族乔治·卡尔沃特（George Calvert）在1625年宣布改宗。1632年，查理颁给他特许状，建立日后的马里兰（Maryland）殖民地。天主教的王后亨丽埃塔·玛丽亚，1633年派遣一位大使赴罗马替英国子民请求一顶红衣主教的帽子。信奉国教的国王答应若乌尔班八世支持查理外交上的婚姻计划，便准许设置一位主教（1634年），但为教皇拒绝。天主教徒呼吁宗教容忍，但国会——忆及天主教的不容忍、“圣巴托罗缪大屠杀”与“火药阴谋案”，加上不愿冒险追究新教徒是否有权获得曾属于天主教徒的财产——进而要求全面宽施反天主教的法律。一种强烈的“不要罗马天主教教义和仪式”的情感，滋生于绅士和中产阶级中，反对天主教教士流入英国及英国国教与天主教仪式及思想日趋相近。
英国国教充分享受到国家给予的保护。国教的教条与崇拜皆是合法的强迫，甚至1628年“第三十九条款”成为英国的法律。英国国教的主教们宣称自基督使徒以来由主教的牢不可破的神权递嬗（the Apostolic Succession），而否认长老教会和清教主张的，除主教外的其他人也能正式任命教士的说法。在这个时代的许多英国国教牧师都是博学和心地善良的人。詹姆士·厄谢尔（James Ussher），亚尔马的大主教，便是一位真诚的学者，虽然他著名的计算（1650年的著作《旧约编年史》）称上帝在公元前4004年10月22日创造了世界——这种记载的错误，却出现“权威译本”，而成为半官方的记载。约翰·海尔斯（John Hales）是英国驻荷兰大使的私人牧师，谈到怀疑、理性和宽容时说：
领导我们获得任何知识的方法……都只有两种：一是经验，二是推理。他们告诉你相信什么、做什么，他们不告诉你为什么……智慧的最主要力量与能力是不容易相信的……那些我们推崇的古风，他们最初又是什么？他们是否有误？时间无法使他们更为真实。时代的细节……仅是不相干的……它并非意见的分歧，而是我们自己错误的推论——那些认为人都会自满于与自己意见相同的想法——这对教会多么不方便。我们不准备指责彼此意见不同之处，我们可以在心里合一……两件事可以造成完全相同的基督徒——真实的信仰与诚信的言语（行为）。首先，虽然这似乎较有价值，给予我们基督徒之名；而其次，最终，将证明其纯真……人并没有差别……即使他是一个异教徒与偶像崇拜者，基督徒的感情也能加在他身上。
海尔斯的慷慨说法并未获得一些“偶像崇拜者”的回报。一位耶稣会修士于1630年，以爱德华·诺特（Edward Knott）为笔名，撰写短篇文章《误施仁慈》（Charity Mistaken），主张没有任何新教徒能得救，绝无例外。威廉·奇林沃思（William Chillingworth）抚慰了被谴责的新教徒，他的《新教是得救的安全之道》（The Religion of Protestants a Safe Way to Salvation，1637年）一书是当时著名的神学论著。奇林沃思知悉两派的看法，他转改天主教，又回到新教。克拉伦登（Clarendon）说：“他沾染了怀疑的习性，逐渐对任何事皆无信心，至少，对宗教的最伟大的奥妙是一个怀疑主义者。”
在这些加罗林时代（指英王查理一世与查理二世时代）的英国国教徒中最富辩才的是杰洛米·泰勒（Jeremy Taylor）。他的讲道是值得一读的，而且较波舒哀（Bossuet）的讲道更为感人，甚至一位法国人也被它们鼓动。泰勒是一位热心的保皇党（Royalist），是查理一世军队中的随军牧师。长老教会与清教徒控制国会时，虐待一向不能容忍的英国国教徒，而使人无法忍受，他便于1646年写了《预言的自由》（The Liberty of Prophesying），大胆地呼吁容忍：任何一位接受使徒信条的基督徒在教会的友善气氛下，应被接纳，若非天主教徒坚持教皇的权威超过英格兰及英王， 他们应是自由的。内战期间，泰勒被国会党逮捕并监禁，复辟后，他被提升入主教团里，之后，他对容忍的热心趋于冷淡。
那时，在国教派占优势的地区，天主教的影响力日益增加。威廉·洛德（William Laud）是一位有抱负的人，天生即有治人的欲望，性情严厉、固执。他像一位好教士，认为统一宗教信仰是一个成功政府不可或缺的，复杂的礼仪正是沉静与有效信仰必需的。他痛心于长老教会与清教，建议取消教会服务的规定、美化祭坛、讲道坛与盛圣水的洗礼盆，举行仪式时恢复画十字，并恢复祭司的白法衣等。他命令将圣餐桌安置在教堂东面尽头的栏杆后面，以前，此桌置于圣坛所的中央（该处有时用作帽摊）。这种改变正是恢复伊丽莎白时的习惯与法律。但是，对于那些喜爱简洁的清教徒而言，这正表示对天主教热诚的减少及教士和会众阶级分立的复苏。洛德似乎已经感觉到，天主教会以礼仪及赋予教士一个神圣气氛来环绕宗教是正确的，罗马教会很重视他的观点，甚至加给他一顶枢机主教的帽子。他很有礼貌地拒绝，但这项建议似乎使清教徒对他更加反感，他们称他是反基督者的先驱。查理在1633年任命他为坎特伯雷大主教及财政部委员，另一个大主教便是苏格兰的大法官。人民抱怨教士们重返政界，就像中古教会的全盛时代一样。
在兰贝斯宫，这位新任的坎特伯雷大主教，再度塑造英国国教的仪式与道德。他将最高委员会——由伊丽莎白设立的司法机关，转为宗教性并抽税，对被确定为通奸罪者处以罚款，而被处罚金者后来发现，他们的钱都被拿去修补颓毁的圣保罗大教堂及在礼拜堂中驱散律师、小贩与闲散人士等时，颇有微词，于是洛德给自己树立了几百个新敌人。拒绝新宗教仪式的教士们皆被削去薪俸，因此，凡一再指责他的作为或质疑基督教义，或反对主教制度的作家或演说家，均被除籍，或锁以镣械，或可能被割下耳朵。
从洛德政权下残忍的处罚，便可猜知他的命运。1628年，在他的逼迫下，一名清教徒亚历山大·莱顿（Alexander Leighton）在星室法院前承认自己是一的作者，此书指控主教制度是反基督的、邪恶的。莱顿被加上铁镣脚铐后，单独囚禁，在没有暖气的小室内关押15周之久。1633年，卢多伊克·波耶（Ludowyc Bowyer）被控诉在心理上是天主教徒而交给洛德，因而被罚款、烙印、切断手足，被判无期徒刑。威廉·布赖恩（William Prynne）是清教徒的鼓吹者，在《来自易普威治的消息》（News from Ipswich，1636年）一文中，谴责洛德的主教制度是教皇与恶魔的仆役，并建议吊死这些主教。他的面颊都被烙印，耳朵被割落，并被监禁到1640年长期国会释放他为止。一位妇女，坚持以星期六为安息日，也被判了11年有期徒刑。
洛德的首号敌人清教徒，也同意他的不容忍。他们认为这是从基督与《圣经》的神圣渊源得来的合理结论，任何一个反对信仰的人，必是罪人或傻子，社会应对那些随宗教教义而来的责难加以辩护。长老教会在1648年请求国会制定法律，以对那些继续替天主教、亚美尼教派、浸信教会或贵格会传教的人处以无期徒刑，对那些否认三位一体或耶稣是神性与人性的联合之说的人，处以死刑。不过，克伦威尔的独立派便对那些接受基督的基本信条者给予容忍，但他们排斥天主教、唯一神教派与教长政治的辩护者。
在清教中派系如此繁多，所以很难掌握所有不同的派系。其中多数坚持极严格的加尔文主义、个人的政治自由、争取集会的权利、不受主教团的监督而能讨论自己的事务，并不拘于礼仪及平等地做礼拜，从宗教艺术的迷乱中解脱。他们在神学方面与长老教会持相同观点，关于主教权力的运作，他们则拒绝长老制度。他们坚持《圣经》的文义解释，谴责虚伪的理性能判断神启的真理。他们对《旧约》与《新约》同样尊敬；他们引用犹太人的观念，相信他们自己是上帝的选民；他们以《旧约》中受尊敬的人及英雄之名做子女的教名；他们对上帝的想法是认为他是严厉的耶和华，附加加尔文主义的看法，认为大多数人都是“遭天谴之人”，经过残酷无情的神以其独断意志，让人在未出生前即已注定要遭受永无止境的地狱之灾；而且，他们认为少数“被拯救”者之所以被救，并非因为有良善的工作，而是因为上帝神圣的恩典。他们中的一些人认为他们能直接与上帝交谈，一些人认为自己该死，沿街呻吟着，以预期自己的祸患，认为上帝的霹雳怒喝似乎经常悬挂在人类头上。
这种自我惩罚的恐怖，使“快乐的英国”几乎消失。文艺复兴的人文主义、伊丽莎白时代充满活力的自然主义，反而产生出一种罪恶感，惧怕神明的报复，视这些欢愉是撒旦的诡计及对上帝的挑战。布赖恩因而宣称所有人都是“猥亵的”，都是上下来回疾动的“淫乱”。对于大多数清教徒而言，音乐、彩色玻璃、宗教的想象、白色法衣、神圣化的教士，是直接与上帝交感的障碍。他们学习《圣经》的态度是勤勉的，几乎在文章的每一章节、每一次谈话中都引用《圣经》上的文句。有些信仰过分热心的人甚至在他们的衣饰上也绣上了《圣经》的内容，尤其是虔诚地加上“真实地”或“是，真实地”以证明其诚。善良的清教徒拒绝使用化妆品，并不得烫发以免被视为虚荣。他们赢得“圆颅”（Roundheads）的绰号，因为他们将头发剪短紧贴头皮之故。他们宣称戏院是散布流言的地方，对粗俗之人的蹂躏是野蛮的，当时的道德是异端的。他们谴责宴会的饮酒作乐以及五月柱节中的一连串集会、玩纸牌等。他们禁止安息日的所有游戏，认为该日是上帝所保留的日子，不再享有异教徒命名的星期日。他们——包括弥尔顿在内——查理一世和洛德重新公布詹姆士一世的法律时，愤怒地大叫，于1633年发表了“运动宣言”（Declaration of Sports），制裁在星期天的祈祷后做游戏的人。清教徒延长他们的严守安息——替忧郁的星期天辩护——到圣诞节。他们不赞同那种以欢愉、舞蹈、游戏来庆祝基督诞生的时尚。他们直接将许多圣诞节的习俗归之于异教徒。他们要求圣诞节应是斋戒和赎罪的神圣日子。1644年，他们战胜了国会，以法律方式加深了这些观点。
新教比天主教强调讲道，清教徒又将其强化，甚至超过新教的习惯。对讲道的渴望折磨着一些人的心，诺威奇的市长专程到伦敦听取更多的讲道。一位绸缎绒呢商从集会中离去，因为每星期日一次讲道。特别的“演讲”兴起，以缓和这种渴望。为弥补这种饥渴现象，俗人被教区牧师请去在星期日讲道，以补充正规牧师的不足。许多清教的传教士很严厉地执行任务，他们描述地狱的恐怖，指名道姓地公开谴责某些人为罪人。有一位指出醉汉的名字，并在谈及妓女时，特以一位教区居民的妻子做例子。另一位告诉他的旁听者说，若通奸、诅咒、欺骗与破坏安息日可以带人上天堂，那么所有的教区居民都会得救了。清教的教士们觉得规定人民的行为、衣着、学习和娱乐是他们的责任，他们禁止遵守由异教习惯或天主教教会设立的节日，如此每年增加了50个工作日。整个清教徒的伦理观就是要求尽其本分，而且对勇敢、自强、谨慎、节俭和工作都有严格的训示，这是与中产阶级相符合的伦理道德。它造就了勤勉的工作，并对商业和私人财产做了宗教上的认可。贫穷是罪，财富不是罪，这显示了上帝的仁慈。
在政治上，清教徒渴望一个民主的神权政治，在那个国度里，人们仅有道德与宗教上的不同，此外皆无差别；除基督外无统治者，除《圣经》外无法律。他们怨恨支持英国国教教会的重税，他们中的商人感觉自己深受奢侈而优越的国教教会的榨取。有一位小册子的作者说：“国家贸易的一部分，在这种教长政治下被吞蚀了。”清教徒为财富辩护，但唾弃贵族的奢靡。他们过分严守道德，如同后世的运用自由一样，但或许他们不人道的律典是纠正伊丽莎白时期英国的松弛道德所必需的。他们在历史上造成了一些极强烈的人物——克伦威尔与弥尔顿及那些征服美洲荒野的人士。他们卫护并传递给我们议会政府与陪审团审判的范例。对于他们而言，在某些方面英格兰欠缺不列颠人具有的冷静，欠缺不列颠大家庭应有的稳定和英国人公开生活的整合性。
