他继续朝其目标努力。退休后一年，他出版了《亨利七世王朝史》（History of the Reign of Henry VII）一书。他建立了史料编纂的新标准：以简明有力的散文，清晰地记载各种问题、政策及大事，以不将之理想化及富有启发性的真实为骨干，描写这位公正无私而不朽的统治者。接着他出版了各种论文：《风史》（History of Winds）、《浓与稀研究》（History of Density and Rarity）、《生命与死亡之研究》（History of Life and Death）、《森林志》（Sylva Sylvarum）及其他论著。他现在有预想不到的闲暇时间——身无半职，没有小孩，也没有朋友。他掌权时，那些聚集在他左右、希望从他那里谋求职位者，现在都已钻到其他名门之下了。一次，他问一位与他通信的人：“你在工作上，有些什么伙伴？”“至于我，我是纯粹的孤家寡人。”
为了试验雪能使新鲜的肉类保持多长时间不至于腐烂，在春天的某日，他中断了散步，专程去买一只鸡，宰了以后用雪填塞其间，之后他发现自己受寒，便到距离最近的阿伦德尔（Arundel）爵士家中，准备睡觉。他想不舒服不久便会过去，他记载此次实验“极为良好与成功”。结果，他保存了那只鸡——自己却因而丧失了生命。高热严重地消耗了他的体力，痰阻塞了他的咽喉，在1626年4月9日他逝世了，享年65岁。一根炽热的蜡烛，突然宣告熄灭。
他并不是如教皇乌尔班八世认为的，“人类中最睿智、最聪明、最卑鄙的人”。蒙田比他聪明，伏尔泰较他灵敏，亨利八世比他卑鄙得多，培根的敌人却称他仁慈、乐意助人、易于宽恕别人。他因自私而卑躬屈膝，其骄傲也足以使神明愤怒；但我们也有与他相同的缺点，因为他散发出的人道光辉而宽恕他。他的自我中心主义是其航行的助力，看自己就像别人看我们一样，都会受到损伤。
他不是科学家，却是科学的哲学家。他的观察范围很大，但也因他的思维范围太广泛，以至无法有充足的时间做专门研究。他尝试了一些，但收效甚微，他较当时的科学进步落后很多。他反对哥白尼的天文学，但他有充分的理由这么做。他忽视开普勒、伽利略和纳皮尔等人，他经常注意这些，如《新大西岛》一，仍旧低估了想象力、假设和演绎在科学研究中的角色。他建议对资料做耐心的搜集和分类工作。他天文学成就尤著，以星光的观察和数千研究员的记录，为哥白尼革命性的演绎方法提供了归纳的资料。但他对当时发现的星球运动、木星卫星、地球的磁性及血液循环等定律的实际方法，仅有少许涉及。
他不认为自己发现了归纳法，他知道在他之前早已有许多人使用过这个方法。他并不是第一个“推翻亚里士多德的人”，罗杰·培根和佩特鲁斯·拉姆斯（Petrus Ramus）在数世纪前即已如此。这些学者欲摒除的并不是希腊学者（培根有时也了解），亚里士多德便经常运用、赞赏归纳法和实验法，他们摒除的是使之变形的阿拉伯及经院学派的“不够水准的哲学家”。培根本人推翻的对象是从古代玄学里演绎出中古信条的错误想法。无论如何，他有助于文艺复兴时期的欧洲从其过分固步于尊敬古代的境界中挣脱出来。
他并不是第一位强调知识是通达权力的途径，罗杰·培根曾经如此强调过，坎普尼拉也以培根式的简洁说法称：“我们的力量与我们的知识成正比。”或许，政治家容易过度强调科学的功利目的，但他承认“纯粹”科学的价值，若与“轻渺”的“实用”科学的价值相比——就像与“水果”彼此不同一般。他力陈目的的研究与方法的研究同等重要，他认为若人类发明的动机不变，则一个世纪之后，发明的新物品留给人类的问题远较发明能解决的问题严重。他或许已意识到自己的道德松弛，因知识的增进超出人格的训练造成的深渊。
究竟这些演绎法留给后代什么？弗朗西斯·培根是那个时代最有能力、最富影响力的智者。当然，莎士比亚在想象力与文学艺术方面远超过他，但培根的心灵声音蔓延整个宇宙，像探照灯似的以奇异的眼光凝视并窥探地面的每个角落与秘密的地方。所有文艺复兴时期令人振奋的狂热，哥伦布航行入一个新大陆时的兴奋与骄傲感，他都具备。听听这位知更鸟（Cock Robin）愉快的呼喊，他宣布黎明即将来到：
如此，我已经推论这部分的知识是论及“公民知识”，从“公民知识”推论出“人类哲学”，从“人类哲学”再推论出“总体哲学”。目前正是某一程度的停顿，就一个人能从自我著作中检视自己而论，回溯我完成的这些著作对于我而言，并不比音乐家在调整其乐器时发出的噪音好听。这些噪音是人不喜欢听的，但也正是为何以后的音乐更为甜美的一个原因，所以我已经满足于调整诗人的工具，使他们能以更巧妙的双手来演奏它。我将这个时代的各种情形陈列在我面前时，我可以确定：学术界及时代的特质已开始形成第三个周期；这个时代智者的杰出与活力；借着古代著作的结晶，使我们有很大的助益与见解；印刷的技术使书籍与拥有所有财富的人类得以互相沟通；航海使世界门户为之洞开，揭露了实验的多重性与自然历史的广大层面……我除了做这种说服，此外无能为力。这第三个时代将远超过希腊和罗马的知识成就……至于我的作品——如果我有，假若有人随其自己或他人之意来谴责这些作品，他们将会向古老知识移动，耐心地追求（假如你愿意，揍我吧！但要听我的话），让人们来谴责它们，这样他们就会观察、衡量它们。
由于他表明了他那个时代的最高尚情感——由知识的扩张而改善生活——后代的子孙将会记得他是一个活的里程碑。科学家们不是因为他提供的方法，而是受其精神的鼓舞与振奋。有数世纪之久，人们的心灵被限制于根深蒂固的传统中，或囿于他们自己的希望织成的网中，一旦解脱，对于一位热爱事实、喜欢寻根究底及热衷于怀疑的诗句，却处于无知、迷信及恐惧的深渊中的人而言，这是多么新鲜啊！那个时代的一些人，像多恩，认为这个世界是颓废的，急速地走向衰颓、破灭的末路。培根却宣称那时代是个充满向上的奔放活跃的年轻世界。
最初人们并不听信他的言语，因此，在英国、法国和德国等地，他们宁愿在宗教上彼此竞争，而不愿做武力上的裁决。愤怒平息时，那些不受既成事实束缚的人，他们依照培根的要旨自己组织起来，以扩大不是基于人数而是超越人类生活的条件与困难的人类社会。1660年，英国人为了增进对自然知识的探索，设立了伦敦皇家学会，这也是弗朗西斯·培根的荣耀与灵感的感召，而且在其《新大西岛》中，一再提到的所罗门议院，大体也是针对这个目标。莱布尼茨称培根为使哲学再生的人。“启蒙时代”的哲学家们致力于1751年举世轰动的《百科全书》（Encyclopédie）工作，他们后来便决定将它奉献给弗朗西斯·培根。在计划，狄德罗（Diderot）说：“如果我们成功了，将归功于大法官培根，他曾建议创作科学和艺术的‘通典’（Universal Dictionary），这位杰出的天才，虽在一时间内无法将他所知的全部写出来，却写出有必要知道的那一部分。”阿姆贝特（Alembert）以狂热的语气称培根是“哲学家中最伟大、最受欢迎和最有口才的人”。“启蒙时代引发了法国大革命，其议会却以国家的经费出版了培根的一些著作。”英国思想界，从霍布斯到斯宾塞的路程与事业——除伯克利、休谟和英国的黑格尔学派外——都追随培根的路线。他的趋势是接受德谟克利特所说的永恒世界，给予霍布斯唯物主义的动力；他强调归纳方法刺激洛克产生一个经验主义的心理学，而使其对心灵的研究脱离灵魂的形而上学；他与爱尔维修（Helvétius）哲学共同强调的“货品”与“果实”，而导引边沁（Bentham）认同“有用”和“善”。培根的精神为英国工业革命做了铺路工作。
因此，我们可以将培根置于理性时代的先驱地位，他并不像他的某些继承者一样，是理性的崇拜者。他不相信所有未经过实际经验检查过的认知及受欲望玷污的结论。“人类的知识能力并不是洁白的，有时受到意愿与情感的混入。如此，从事研究的科学可以被称为‘科学即人所欲’。因为一个人会更急切地相信他所意愿的，一定是真实的。”培根指出：“理性是由种种事实中引析出来的……从实验与理性两种技巧的密切、完美的结合中……可以企求发现它。”
他并不像18世纪的哲学家们，置理性为宗教的敌人，或以理性来取代宗教，他在哲学与生活领域中，替他们两者安排各自的范畴。但是，他拒绝依赖传统与威权，他要求利用理性与自然的解释来替代情感的想象、超自然的干涉和流行的神话。他替所有的科学树立自己的旗帜，起草以后数世纪以来最热切的思维。不论他愿意与否，他揭示的事业——科学研究的综合性组织，知识的普遍扩张与播散——促使基督教、天主教或新教，为其生存而与科学和哲学扩张对抗。
