在哲学方面，他并未自成任何系统，除逻辑外，他并未留下有关思想方面的任何有秩序的解说。他的思想轨迹很明朗清晰，却是属于一位从哲学的宁静中反复向前冲，以尝试解决法律事件，在国会中与反对者相争，或与难以教诲的国王周旋的一种形式。因此，我们只有从他偶发的评述与片断的著作，包括他的一些《论文集》（Essays，如1597年、1612年、1625年）等资料来搜集他的观点。培根所写的，就像一些天生自负的作者的态度，而将其成果奉献给白金汉公爵说：“我认为……小册子可以像书籍一样持续久远。”在他写的，他的文体矫揉造作而混乱，因此他的太太坦称：“我不了解他曲折难解的写作。”在《论文集》中，他仍旧隐匿繁难句法，训练其文笔使之表达清楚，而达到简洁的境界。在当时英国的散文界，很少有人能以易懂的直喻方式说明重大的事情，使两者密切配合，成为一种完美的形式。这就好像塔西陀对哲学采取的态度，尽量使之明晰易解。
培根的智慧是世俗的，他经常会从玄学转入神秘或草率了之。即使他有过大的雄心，也很少能使他从片断的智慧跃进整体观念。不过，有时他也像是陷入决定论的唯物主义者一样说：“本质上，除个体依固定律则完成纯粹的行动外，无一物确实存在。”“若从物理学开始探讨，而终于数学的境界，则这种对自然的探讨，将会得出最好的答案。”但这里的“自然”很可能仅指永久的世界。他有时宁愿接受苏格拉底先前的那些怀疑论哲学家们的看法，而不愿接受柏拉图与亚里士多德的思想，并赞美唯物论的德谟克利特。但他接受个体与灵魂截然区分的观念，并预示了柏格森（Bergson）对智性叱责为“一个天生的唯物主义者”的看法：“人类的领悟力是受了表现为机械性艺术的标志的影响！这些想象使我们对相似事物在其共同方面的特点，有一种持续的看法。”他也进而大加反对笛卡儿的机械论生物学。
他以谨慎的具有双重矛盾情感的态度，用“宗教和机智”来“调和”哲学。“我宁愿相信《黄金传奇》、《塔木德》和《古兰经》等的所有寓言，也不愿采信那些缺乏心思架构的普遍假设。”在著名的文献中，他两度重复无神的论调。他曾解析了无神论的导因，说明该卷册的主题所在：
假若有许多不同宗教的话，导致无神论的原因，便是宗教的分派。因为任何一个重要的支派，都须附加双方的热心，但许多的分裂导致了无神论。另一个原因便是教士们的丑闻。最后，尤其在和平而繁荣的学术发达的年代。因为困难和逆境，人类的心思更会向宗教屈服。
他创下了一原则：“一切知识均受制于宗教。”依照他的私人牧师罗利所言，他“在其健康允许时，经常到教会服务……并逝世于英国国教建立的真诚信仰里”。虽然如此，就像他的伟大先驱者奥卡姆的威廉（William of Ockham）一样，他注重区分神学与哲学的真理：认为信念可能促使信仰，因为科学与哲学无法利用证明方法，而哲学须依赖理性，科学须纯粹以寻找物理的因果关系作为世俗解释的根据。
不论他对知识兴趣如何，培根将知识附属于道德之下，若知识的扩张无法带来善行，那么，对人类不会带来任何益处。“就一切心灵的美德与尊荣而言，至善是最伟大的。”不过，他述及基督教的美德时，他平常的热情便消沉了。美德应当适度实行，因为邪恶可能会利用轻率的至善。稍微的假装即使不是文明，也是成功必需的条件。爱是疯狂，结婚是圈套。“他，一旦有了妻子与儿女，便有了财产的人质。因为他们是完成伟大事业的障碍……对公众有益的最好工作与最伟大者，仍属于未结婚与无儿女之人的事业。”像伊丽莎白和希尔德布兰德（Hildebrand），培根便引之以为赞成牧师独身生活的重大理由。“一个独身生活的人，较有了儿女的人事情做得更好，因为慈善就像一池水，平时很难弄湿地面，只有在填满水塘之后，才会满溢出来。”友谊远较爱情为好，结婚的人会使朋友情感不坚固。培根以为一个已婚者会为了野心而放弃其温柔的情感，从治国比治家更适宜的观点出发，来谈论爱情和婚姻。
他的政治哲学是面对许多实际问题，而不是空谈玄妙的理论。他有勇气替马基雅维利说好话，并坦白地接受了国家不受其人民所谓的道德律限制。像尼采一样，他说好的战争会使任何理由都被视为值得尊敬与神圣的，“没有一个经院学者的意见是可接受的，战争除了事先的侵害或挑衅之外，都是公正的……对即将来临危险的恐惧，虽无攻击行动——是战争的合法原因”。无论如何，“一个正义与光荣的战争，是保持一国于事实完整的一切行动。”“对于帝国与大国而言，以武备来维护他们自己重要的光荣、知识和占领是最重要的。”一支强大的海军是受邻国尊敬的强有力保证：“做海的主人是君主的座右铭。”“在国家的初期，武力使其强盛；中年期，学术使之繁荣，之后两者融合一段时期；衰落期，则有赖于商业行动与商人。”城市居民并非好战士，农人较佳，自由民最好。因此，培根像莫尔一样，谴责圈地运动，认为它削减了人口中地主的比例。他反对财富的集中，认为那是暴动与革命的首要原因：
最重要的补救或预防方法是，尽所有可能的方法扫除物质因素……便是匮乏与贫穷……为达此目的便是贸易的分开与适度的均衡，辅导制造商，消灭懒惰，抑制浪费和以法律禁止过度的奢侈，土壤的改善与耕作方法的改良，规定贩卖物品的价格，适度的税额……在这些方法中，应有良好的政策，使一国的财政与金钱不致集中在少数人手中……金钱，像粪土一样，除非广泛散播，否则会有不良后果。
培根本人并不信任国会，认为国会由一些未受教育与无容忍风度的地主与商人，或是他们的代理人组成。他认为詹姆士一世若与之比较，便显得颇具学问而富有高尚气质了，甚至国王的神权专制统治也成为改变贪婪派系和教条的慈善之法。正像他同时代的黎塞留一样，培根认为君主集权、大地主们臣属于君主，是有秩序演进政府的必要步骤。而且，他像伏尔泰一样，认为教育一人远较教导群众来得简易。他自己拥有的财富，并未使他感到困扰，况且詹姆士已证实了婚姻的支出、赋税与和平的用费皆可观。
培根曾讪笑那些“哲学家们”，他们“替想象中的共和政府制定想象的法律，其理论多似繁星，却因太高而光辉黯淡”。但在他的致仕期间，他屈服于诱惑，去描述一种人可以居住的社会。他无疑读了莫尔在1516年的《乌托邦》一书。1623年康帕内拉（Campanella）的《太阳城》（City of the Sun）刚出版，现在（1624年）培根也撰写了《新大西岛》（The New Atlantis）一书，此书说“我们从秘鲁经南太平洋航向中国与日本”。长期的平静航行，却因缺粮而幸运地来到一个小岛，岛上居民快乐地生活在先王所罗门替他们制定的法律之下。他们以所罗门议院代替国会，拥有天文台、实验室、图书馆、动物园和植物园，以供科学家、经济学家、技术员、医生、心理学家、哲学家们研究。他们在受过机会平等的教育之后，经过平等的考试（似柏拉图在《理想国》中的情形）方法来选拔人才，而后（不需要选举）这些人便统治国家。或许他们都以人类利益作为其统治的本质所在。其中一位统治者向来自欧洲的野蛮人解释说：“我们立国的基础，是各种事情的原因与秘密动因的知识。扩大人类帝国的疆界，尽可能地去影响所有的事情。”在这个南太平洋的神秘国度里，所罗门的奇才已经发明了显微镜、望远镜、自动上发条的钟、潜水艇、汽车和飞机，也发明了麻醉剂、催眠术及保持健康和延长寿命的方法，并发明了移植植物的方法，制造新品种、使金属变形及传递音乐到远处的方法。所罗门议院的政府与科学结合在一起，这里有培根乞求詹姆士提供的一切研究需要的工具与组织。该岛经济上是独立的，避免对外贸易，以免陷入战争的罗网，只输入知识，而不是货物。如此，这位骄横的政客转变为谦逊的哲学家，他曾忠告：一场偶然的战争是社会的一剂滋补品。现在，在他的晚年也梦想一个和平的天堂。
