宗教战争的蔓延虽然超越了政治和经济上的斗争，也根植于此。半数以上的小册子暴露了清教徒攻击英国国教主教及其宗教仪式，英国国教徒攻击清教徒的酷苛与不可妥协性，或两派联合起攻击天主教阴谋恢复英格兰受教皇的统治。詹姆士不重视这些仇恨，他希望能调和清教与英国国教，而且为了达到这个目的，他于1604年1月14日召集各派宗教的领袖集会于汉普顿宫，颇似君士坦丁堡会议。与会的两派惊讶于他的神学涵养和辩论技巧。他坚持“单一的原则和单一的宗教戒律，在本质与仪式上只有一个宗教”，而且宣称主教制度是绝对必需的。伦敦主教认为詹姆士接受神的启示，“他是自从基督时代以来，尚未为人了解的那一类人”。但是，清教徒们抱怨詹姆士的举止带有党派色彩而非公正的法官。这项会议除了意外地作了翻译《圣经》的历史性决定外，并未有任何成果。1604年的英国教士会议宣布所有宗教应与英国国教看齐，凡是拒绝接受的人全部受到惩罚，有些人被判下狱，有些人自动辞职，有些人则移民荷兰和美洲。
詹姆士将两位唯一神教派教徒处以火刑——因为他们怀疑基督的神性，虽然他们拥有他签发的证明文件——这使他失去了人们的尊敬。但他宣称自此以后不再因宗教异议而处决任何人，这也使他扬名。这是英格兰最后两位因异端而被处死的人。此后，世俗统治逐渐改善，认为宗教容忍的思想与公共道德和民族统一的思想相容，而反对过去几乎普遍被接受的信念：必须以信仰和教会组织来维持社会秩序。1614年，莱奥纳德·布希尔（Leonard Busher）于其《宗教的和平》（Religious Peace）一便讨论到：宗教迫害使反对情势紧张化，迫人虚伪，有碍贸易活动。而且，他再度提醒詹姆士：“犹太人、基督徒和土耳其人共容于君士坦丁堡，和平相处。”然而，布希尔认为有些人的宗教与“具有叛国罪一样的污点”——或许是指天主教将教皇置于国王之上——所以应于伦敦近郊十英里内禁止其集会或居住。
大体而言，詹姆士是一位具有容忍个性的独断主义者。他允许——有人则认为是鼓励——提倡星期天运动（Sunday Sports），首次注意英国国教的服务事业，触怒了清教徒。他曾尝试放宽反对天主教活动的法律，未经由塞西尔领导的枢密院的同意，而独自中止不服从国教应遭处罚的律令。他允许传教士在乡村和私人家中做弥撒，他以不精确的、哲学的方法，梦想调解天主教与新教国家之间的不和。但是，正当天主教多方面表示慈爱与新教宣称仁慈的时刻，他于1604年重新准许伊丽莎白时代制定的反天主教法律生效与扩张执行。任何人出国后进入天主教的学院或学校，则被判处罚金100镑；所有天主教的传教士皆被驱逐出境；所有天主教的传教活动一律禁止；任何忽视英国国教服务的人被判每月罚金20镑；任何不履行支付此项罚金者，则处以没收其不动产与动产；有拖欠债务者，其土地上的家畜、家具与衣服也皆收归国王所有。
有些天主教徒因而近乎疯狂地认为，现在除了暗杀之外，已没有补救的方法。罗伯特·凯茨比（Robert Catesby）由于其父在伊丽莎白时期因抗拒英国国教而下狱，曾参与埃塞克斯反叛女王的行动。现在，他绞尽脑汁想出了火药阴谋案，企图炸毁威斯敏斯特，此时詹姆士、王室成员、贵族们、平民院议员等正准备召开国会。他将阴谋告诉托马斯·温特（Thomas Winter）、托马斯·波西（Thomas Percy）、约翰·莱特（John Wright）、盖伊·福克斯（Guy Fawkes）等人。他们5人在耶稣会传教士约翰·杰拉德（John Gerard）处秘密歃血为盟，觅得一间最靠近皇宫的房子，以一天16小时的强度努力挖掘，试图打通地窖。终于，他们如愿以偿，置13桶火药于贵族院开会的地下。由于国会会期的一再延期，经过一年半后，那些阴谋者终于得以点燃炸药。他们不时疑虑，因为这件事可能导致许多无辜者丧生，是否合乎道德。为了再度向他们保证，凯茨比请教英国耶稣会的会长亨利·加尼特（Henry Garnett）说：是否战争中允许杀害未参与战斗的无罪者？加尼特回答说，所有人类信仰的神都会给以肯定的答复。但是，他警告凯茨比说，任何杀害政府官员的阴谋，只会徒增英国天主教徒的痛苦而已。凯茨比素来便怀疑教皇与耶稣会的总会长会阻止他采取政治阴谋，阻止不利国家的任何企图。凯茨比也向另一位耶稣会教士奥斯尔沃德·格林威（Oswald Greenway）泄露过这一阴谋，包括使英格兰的天主教徒地位提高的措施。这两个耶稣会教士无法决定到底应出卖谋害政府的同僚或保持沉默，他们最后终于选择保密，但尽全力劝阻阴谋者。
凯茨比为了避免其同伴的疑惧，在指定日期的清晨，向国会中友善的议员们发出紧急通知书，请求他们尽快离开威斯敏斯特。在国会会期开始前数天他便将其计划告知其友人蒙第哥，蒙第哥转告塞西尔，塞西尔转告詹姆士。于是，警卫进入地窖，发现福克斯正在那里，爆炸物也已安置于适当位置。福克斯随即被捕（1605年11月4日），他供称他们图谋于第二天炸毁国会。无论施以何种极刑，他拒绝透露同谋姓名。其他人却无法忍耐，拿起武器准备作战。他们被追捕，旋即开战，凯茨比、波西、莱特皆受重伤，数名僚属也被追捕。犯人们被判刑后才供认阴谋，但仍无法威逼诱导他们供出耶稣会教士的姓名。福克斯和其他3位同谋者被装上囚车，从伦敦塔带至国会大厦，1606年1月27日被处死。后来，英国人定于11月5日为纪念福克斯的殉难日，该日须放烟火，并在街上举画像游行，以示纪念与追悼。
杰拉德和格林威逃往欧陆，加尼特与另一名耶稣会教士欧康（Oldcorne）一同被捕。在狱中，两人发明秘密谈话的方法，不巧，被密探记录谈话的内容并加以检举。加尼特否认，欧康予以承认，致使加尼特被迫供认是说谎。最后，他承认知道阴谋案一事，但是，他坚称所知全由格林威处得来，而格林威也是在告别时才泄露这个计划，因此他也无法知晓详情，但已尽全力阻止。他被判有罪，罪名不是同谋，而是隐匿阴谋不报。判决裁定后，拖延了42天，詹姆士仍未签署死亡状。加尼特误以为格林威被囚于伦敦塔，于是送一封信给格林威，但被截获。被询问他是否曾与格林威密通时，他矢口否认。信被出示时，他以双关语回答，说是得自某一位愿救他性命的人的允许才这么做的。1606年5月3日，他被绞死，然后拖曳于地，最后被分尸。
国会认为加强控制天主教徒的法律是合理的（1606年）。天主教徒被禁止开业为医生或律师，不能为行政官和军人；不得做离家5英里路程的旅行；而且，要求他们宣誓新誓言，否认教皇有处置世俗统治者的权力，认为教皇的权力是亵渎神明的，是异端的，是该死的。教皇保罗五世即刻下令禁止采信这种誓言，英国境内有半数以上的天主教徒服从他，只有极少数接受这种誓言。1606年有6个教士因为拒绝接受这种誓言并曾做弥撒而被处死，1607年至1618年有16人被处死，监狱内有数百个教士与数千个天主教徒。尽管如此，耶稣会教士继续进入英国，1615年至少有68人，1623年后有284人。有些耶稣会教士从苏格兰进入，约翰·奥格尔维（John Ogilvie）在1615年被用刑具夹腿，针刺肌肉的酷刑使他连续保持了八昼夜的清醒，最后才被处死。
