詹姆士六世在13个月大时（1567年7月29日），便被加冕为苏格兰国王，他的母亲却被俘于利芬湖城堡。8个月大时，父亲达恩里被杀。最后一次与其母见面时他只10个月，她仅留给他一个名字与纠缠不清的侮辱和悲剧。他被唯利是图的贵族抚育长大，教师们也教导他敌视其母。他接受了充分的仁慈教育，神学方面的教导极丰，道德的熏陶却很欠缺，成为当时欧洲最博学的酒翁。
依继承的惯例，4个摄政者以他的名义统治苏格兰——莫雷、兰诺克斯、马尔、摩顿。这四人，除一位外其余皆死于暴力，贵族们联合起来挟制国王作为自己权力的护身符。1582年，一些新教贵族因获得苏格兰长老教会的支持，监禁他于拉斯文（Ruthven）城堡，因为害怕他可能对其近亲天主教徒耶斯密·斯图亚特（EsméStuart）屈服。释放后，他答应保护新教，并与新教的英格兰签订联盟。当时（1583年）他只不过17岁，却跻身为具有实权的国王之列。
几位君主中，他算是很独特的。他态度粗鲁，步伐不雅，声音洪亮，谈话充满卖弄学问的粗俗语言。有人很不客气地评断他说：“就文学、科学及政务而言，他较任何一位苏格兰人更为有学识。”但是，这位观察家又附带说：“他是一位极度自负的人。”或许，这些特征正是在极端困境中能保持生命的人具有的一个特点，或是一位不为王者难以了解的歪曲见解。他必须以智慧维持其苏格兰的王位，而且成为英国历史上伟大君主且寿终正寝。他的婚姻生活有点不稳固，他娶了丹麦信奉天主教的公主安妮为后，但他显然对女人兴趣不浓厚，而且沉迷于友善闲谈。
他必须在当时狂暴横行的独断主义时局中，以狡猾迂回的手腕前进。法国的查理、西班牙的菲利普、罗马的教皇，都要求他将苏格兰带返天主教阵营；但是，苏格兰长老教会极为严格地监视他的言行，以免他脱离加尔文教派。他并未切断支持他的力量，他很有礼貌地与天主教的君主们交往，而且削减国内对付天主教的法律。他秘密地释放了被捕的一位耶稣会会员，而且纵容另一位逃走。天主教的阴谋家们仍对他极为愤怒，在英格兰占优势的新教徒也对他施展压力。最后，他终于选择与苏格兰教会共患难。
约1583年，主要大臣由占多数的苏格兰教士组成。他们在收入方面和对世俗的了解颇为贫乏，然而竭尽所能奉献其心智，并富有勇气。他们致力于重建被忽视的教会，设立学校，施济慈善，支持农民对抗贵族及以聚会时的冗长讲道来代替印刷品。在苏格兰长老教会的集会、教区的宗教会议和总会议（General Assembly）中，新的牧师们享有一种权利，足以匹敌天主教教会的层级系统所能支配的力量。因为宣称接受神明的启示，所以在信仰与道德方面绝对无误，他们对公共和私人道德的控制，远比古老教会的松弛监督更具宗教性。
在许多城镇，他们对未参与教会服务的苏格兰人课以罚金，他们指定确定有罪的人公开忏悔或施以体罚。受当时风行的乱伦通奸的风气所惊动，他们委托长老重视这种罪状的严重性，复向长老教会报告。他们对允许英格兰戏剧演出一事感到震惊，要求禁止在苏格兰演出戏剧，失败之后他们转而阻止人们观戏。恰似他们的祖先一样，他们视异教徒为重大罪犯，将巫婆处以火刑。他们试图游说国会制定法律，对做弥撒的教士处以死刑，但法律未能执行。听到圣巴托罗缪大屠杀后，苏格兰教会也要求在苏格兰进行一次对天主教徒的大屠杀，然而政府却未予以合作。
除了宣称宗教的启示与绝对无误外，苏格兰教会可以说是当时最具民主制度的组织了。教区牧师由年长者选举，由会议通过，俗人也可以参加宗教会议或总会议。这种民主的试验激怒了贵族的国会与神圣化的国王，詹姆士抱怨说：“一些牧师中性情刚烈之士引导人民……尝到政府的甜头，便开始幻想民主的形式……在讲道中毁谤我，他们所说的不是我的任何罪恶，而只因为我是国王。他们认为这便是最大的罪恶了。”中古时期教会与国家的论争又复开始。
这使牧师攻击主教。主教是天主教留给苏格兰教会的遗产，主教由教士们正式选出，但实际上都由摄政或君主提名，迫使教士同意其提名，摄政与君主将一大部分的宗教税收收入国库。牧师们认为《圣经》中并无主教制度的规定，这种制度与苏格兰教会的人民组织不相容时，便决意将它驱逐出苏格兰。
他们的领导者，安德鲁·麦尔维（Andrew Melville）是一个性格暴烈的苏格兰人，继承了约翰·诺克斯的衣钵。在圣安德鲁斯接受完大学教育后，渡海赴巴黎继续学习，然后在日内瓦从毕兹那里听取加尔文教派的福音。1574年，返回苏格兰；29岁那年，一度被任命为格拉斯哥大学的校长，他以卓著的才华重新调整课程与学校纪律。1578年，他获准编纂《戒律第二书》（Second Book of Discipline）。在该，他宣称主教和教士的名位相等，主张罗马教会与国家范畴的截然划分，这点影响了以后美国的政教分离制度。但他主张，教士的权利是教导官吏“如何以语言”执行他们的权利。不过，詹姆士希望成为如亨利八世或伊丽莎白那样拥有绝对统治权的君主，他相信这好比教会行政组织中必须有主教一样，而且他也希望成为教会和国家的中介人。
1580年，苏格兰长老教会的总会议“痛斥”主教制度，以其为“人类创造的蠢货”。所有的主教在驱逐教籍的处罚下，皆应停止他们的职权，而且经大会议允许降为单纯的教士。然而政府拒绝接受《戒律第二书》的意见，认为除非经政府批准的逐籍，否则都无效。1581年，后来的摄政者诺克斯，提名罗伯特·蒙哥马利（Robert Montgomerie）担任格拉斯哥的大主教。格拉斯哥的教区牧师们拒绝推举他，但他仍坚决主持大主教职务，因而麦尔维领导的大会议便于1582年决议将他逐出教会。蒙哥马利让步了。麦尔维被控以煽动叛乱之罪，他拒绝接受民事审判，而要求宗教审判，又被宣判蔑视法庭，于1584年逃离英国。詹姆士随即游说国会宣布：凡是任何拒绝服从世俗的管辖权，牧师干扰国家事务，反抗主教制度的人，未经君主同意而召开的宗教会议，皆可宣布为叛国行为。许多牧师不愿接受这条法令，宁愿追随麦尔维。詹姆士尝到主权的滋味，使他耽于恐怖统治。许多牧师因为替那些被放逐的弟兄祈祷而受罚，其中有两人因为与那些人私通而被处死，另有两人则被控阴谋叛国，也遭处决。
带有苏格兰人固执脾气的教士与会众仍然抗命，许多匿名的小册子攻击他，许多民谣暗讽他暴政的可耻，有些妇女甚至诅咒詹姆士下地狱。其主教们所得金钱甚少，即使如此也须奉送给国家。詹姆士发现自己缺少财富，而财富正是他意志的来源。年复一年，他逐渐衰弱。1592年，国会在他的同意下，投票通过苏格兰教会的自由规章，恢复所有审判权和戒律清规，取消了主教制度，所有以前被放逐的人皆可返国。
麦尔维较以前更为大胆，当面称詹姆士为“上帝愚蠢的属臣”，并于1596年向他传述神学的福音——这正与500多年前（1077年）格列高利七世对神圣罗马帝国皇帝亨利四世所为相同——说：“在苏格兰有两个君主和两个王国：一个是基督耶稣及其王国苏格兰教会，他的属臣詹姆士六世……不是一个君主，既非领袖，也非贵族，只是个属员。”圣安德鲁斯的一位教士，大卫·布莱克（David Black）在1596年的集会中说，所有的国王都是魔鬼的后裔，伊丽莎白是无神论者，詹姆士本人即是撒旦。英国大使提出抗议，枢密院传审布莱克。布莱克拒不出面，声称对讲坛的攻击只属于苏格兰教会法庭管辖，而且夸耀他已从上帝那里得到启示。詹姆士命令缺席审判他。教士们组成的委员会向詹姆士求情，他不做任何让步。相反，他要求教会会议的行动，应像国会一样，臣属于国王。教士们宣布普遍斋戒，更语焉不详地宣称，无论发生何事，“国王的血液仍是自由的”。
1596年12月17日，骚动的群众聚集于詹姆士的居所附近。他逃往霍利伍德宫，翌日清晨，才得以将爱丁堡的宫中眷属全数搬来。他通过一个传令官向其子民说：该地不适宜作为国都，除非审判暴动者，否则他永不再作返居的打算。随即他命令所有的教士和非该地区居民离开该城市。暴动者无一人被杀，都被驱散。商人们悲叹丧失了法庭的兴隆生意，市民惊叹该次争执在经济上是否值得。詹姆士于1597年1月1日返回，但其心情愤恨难平。大会议在珀斯召开，提议苏格兰教会应该屈服，并同意重要城市教士的任命须得国王和国会的同意，教士们不得向国会或枢密院做说教行动，而且在讲坛上不得向任何人做人身攻击。随后于1597年，教士们终于被准许进入该城，但是，该城恢复了主教总辖制度。至此，一场国王与教会之间的中古式斗争终于结束。
这一时期，苏格兰的文学史上出现两个杰出的人物，即国王本人及其颇享盛名的老师。乔治·布坎南（George Buchanan）有惊人的成就。1506年，布坎南出生于斯特林郡，在巴黎受教育，服役于法国和苏格兰。他从约翰·马约（John Major）的演讲中得到学术和政治的火炬，复返巴黎学习，以善于嘲讽的异教徒姿态回到苏格兰，却被红衣主教大卫·比顿（David Beaton）监禁，随后逃往波尔多（Bordeaux），在那里以教拉丁文度日。他精通拉丁文学、诗和歌剧，欣赏其学生蒙田在这些剧本中的演出。不久，他又任孔布拉地方某一所学院的院长，复以戏弄托钵僧的罪名被西班牙宗教裁判所监禁。出狱后，他回到苏格兰，转赴法国，终返居苏格兰。1562年他成为苏格兰玛丽女王的老师，1567年任总会议的仲裁官，宣布珠宝盒信笺是真实可靠的，却被指控伪造了其中某部分。他还在《喜歌》（Detectio Mariae Reginae，1571年）一谴责玛丽，不顾她的抗议转任她儿子的家庭教师。他于1582年谢世。1579年他的著作《苏格兰的历史》（Rerum Scoticarum Historia）致力于将其国家的历史从“英国的束缚与苏格兰人的虚荣”中解脱出来。1579年问世的论文《论苏格兰人的主权》（De Iure Regni Apud Scotos）更大胆地再次肯定说：从他未来将担任国王的学生面孔可以看出，中世纪的理论，认为上帝之下政治力量的唯一来源是人民。他又说：“每一个社会皆植根于统治者和被统治者彼此互为义务和限制的暧昧契约，而且大多数人的意志是能正确地统治全体的，国王应屈属于人民代表通过的法律下，人民可以抗拒、罢黜或处死暴君。”这种观点比霍布斯提出的社会契约论早一个世纪，较卢梭早两个世纪。他的著作遭到苏格兰国会谴责，被牛津大学焚毁，但仍不失其影响力。塞缪尔·约翰逊认为他是苏格兰土生土长的唯一天才。大卫·休谟（David Hume）则谦和地将这种荣耀给了约翰·纳皮尔（John Napier）。托马斯·卡莱尔（Thomas Carlyle）则因诺克斯的《复活》（Redivivus），而提议应该将此荣耀加给诺克斯才对。然而，詹姆士六世对此有自己的看法。
国王看重自己的著作如同王冠。1616年，他以大开页出版了《最崇高与万能之王詹姆士之书》（The Works of the Most High and Mighty Prince James），作为奉献给基督耶稣的礼物。他也写诗，对诗人提出忠告，也翻译《旧约》中的诗篇，并研读《圣经》里的《启示录》，更有论述恶魔的文章。1598年，他有两篇8开本的著作，主旨在护卫绝对的君主专权理论：一篇为《国王的礼物》（Basilikon Doron），教给其子亨利为君的责任与艺术，文中强调苏格兰教会的统治不是“国王官员的一部分”；另一篇为《自由君主们的真实律法》（The True Law of Free Monarchies），以极巧妙的手法详细说明君权神授论：国王是由上帝选择的，因为所有的重大事件都是上帝指定的，他们的神圣职位和神权造成了一种圣洁的神秘感与圣礼般的不可言传的特性；因此，他们的统治应是绝对的，反抗君权的人，一定是傻子、罪犯或犯了比暴君更严重的滔天大罪。这个理论被伊丽莎白采纳，詹姆士更是将之作为一个原则——他天生即为女王之子。他的儿子查理承袭他的原则而受到惩罚。
不过，1598年的英国无法预见1649年的事情。詹姆士宣誓为新教徒后，伊丽莎白枢密院的领导者便承认他是继玛丽后的英国王位合法继承人。在伊丽莎白逝世4天后，1603年4月5日，他便愉快地从爱丁堡前往伦敦。他沿途停留以接受英国贵族们的祝贺，5月6日才抵达伦敦。在那里，也有盛大的欢迎仪式——群众跪拜于前，贵族们亲吻其手，表示恭贺。两国经过了一段无关宏旨的争吵后（直至1707年为止，仍有两个国会）才正式合并于一王的统治之下，不育的伊丽莎白可说是丰产了！
