从卡莱尔（Carlisle）她再寄一封书信给伊丽莎白，要求会晤，她将解释其行为。在原则上不支持对合法王权叛变的伊丽莎白，本想邀请她，但枢密院的警告使她拿不定主意。若玛丽被容许前去法国，法国政府可能会派军至苏格兰，恢复她的王位。而苏格兰再度成为法国的天主教盟邦，这对英格兰如芒刺在背。而玛丽对英格兰王位继承权的要求也可能得到法军和英国天主教徒的支持，若玛丽留在英格兰，将成为天主教徒反叛的中心和可能的来源，而此时，英格兰仍是天主教徒居多的国家：若英格兰强制苏格兰贵族再度拥立他们的女王复位，他们的命运必定危险，而英格兰可能会失去苏格兰新教徒的友谊。塞西尔可能会同意亨利·哈勒姆（Henry Hallam）的看法：强迫苏格兰女王退位是违背所有法律——自然法、公法、市民法，但他觉得他最大的职责是保护英格兰。
外交的功能之一是在道德之上披加一件现实主义的外衣，因此玛丽被通知说，在她要求获准能与伊丽莎白会晤前，她应在一个审判委员会前洗清她所受的控告。玛丽答复，她是女王，不能受审于世俗组成的委员会，尤其是他国的委员会。她要求回苏格兰或法国，要求在伊丽莎白面前会晤摩顿和列兴敦，并保证要证明他们对达恩里之死的责任。英国枢密院令她从卡莱尔（此处太靠近英苏边界）移到约克附近的波尔顿城堡（Bolton，1568年7月13日），玛丽服从了对她的松懈监禁，因为伊丽莎白保证说：“放心由我安排，我不会听信任何有害于你的话，你将会安然无恙，恢复王位。”这话令人宽慰，玛丽便同意挑选调查委员会代表。她假装接受英格兰教会的信仰与教条，以博伊丽莎白的欢心，但她向西班牙的菲利普保证她永不放弃天主教。从这时起，玛丽和伊丽莎白竞相欺骗作假，一个假装成被出卖的王室俘虏，另一个自称是被危及的女王。
审判委员会于1568年10月4日开审，玛丽一方有7位代表，包括约翰·莱斯利（John Leslie）、天主教罗斯（Ross，苏格兰北部一郡）主教和苏格兰西部边区（临近英格兰）的天主教主教赫里斯（Herries）；伊丽莎白则派3位新教徒：诺福克公爵（Duke of Norfolk）、塞瑟克斯伯爵和塞德勒爵士（Ralph Sadler）；同时，莫雷、摩顿和列兴敦列席。他们曾私下将宝盒信笺显露给英国人看，他们说，假如玛丽承认莫雷为摄政，而同意由苏格兰得到大笔恩俸而居住在英格兰，就不公开信笺。梦想和玛丽结婚而在伊丽莎白驾崩后成为英王的诺福克拒绝，而塞瑟克斯致书伊丽莎白，称玛丽似可能要证实她的无辜。
伊丽莎白下令将审判移至国会。就在那里，莫雷将宝盒信笺呈现在枢密院前。对此文件的真假，意见分歧很大。但伊丽莎白裁定她不能接见玛丽，除非等到信笺的真实性被证明。玛丽要求看看信笺，不管是原本或副本，但委员会拒绝，因此玛丽一直未能看到原本或副本。委员会未裁决就解散了（1569年1月11日），莫雷在伊丽莎白接见之后，便带着信笺回到苏格兰。愤而抗议的玛丽被移至特伦特的图特伯里（Tutbury），受到更严密地监禁。外国政府抗议，伊丽莎白回答道，若他们看到送到委员会的证据，他们必会认为这种处置是宽宏而不严苛的。西班牙大使建议菲利普入侵英格兰，并保证北英格兰天主教徒的合作。菲利普对这一合作表示怀疑，而阿尔瓦更警告他，伊丽莎白若见军队入侵或叛乱事起，可能下令处死玛丽。
叛乱发生了，1569年11月14日，诺森伯兰和威斯特摩兰两位伯爵带着一支5700人的叛军进入达勒姆（Durham），推翻英格兰教会，烧毁“通用祈祷书”，恢复天主教祭坛和举行弥撒仪式。他们准备向图特伯里进军以解救玛丽，计划受阻，因伊丽莎白（1569年11月23日）将玛丽移往考文垂（Coventry）。塞瑟克斯伯爵以一支大部分由天主教徒组成的军队，迅速地平定叛乱。伊丽莎白命令对所有被俘的叛乱者和共谋的随从都处以绞刑。约有600人被如此处决，而其财产由王室没收。诺森伯兰和威斯特摩兰逃往苏格兰。1570年2月，李奥纳德·戴克斯（Leonard Dacres）领导另一次天主教徒的叛乱，也遭败绩而逃过边界。
1570年1月，诺克斯致书塞西尔，劝他立刻下令处死玛丽，因为“若不除根，则其枝干虽然受损仍会再次发芽”。他现在已完成其著作《苏格兰境内宗教改革史》（History of the Reformation of Religion within the Realme of Scotland）——这并不伪称公平客观，其记事并不正确但生动有力，其风格独特，用语尖刻，是一位直称妓女为妓女的牧师的语调。他是一位刻薄的人，也是一位伟人，他将梦想变成实际力量，进行得比加尔文还彻底。怨念深切，勇猛作战，其不屈不挠的意志和令人难以置信的精力，发挥无遗。1572年，他已精力耗尽：若无人扶持他便无法走路，但每个星期日，他总要人扶他到圣格里斯（St.Giles）教堂他的讲坛上。1572年11月9日，他最后一次讲道，全部教会会员护送他回家。11月24日，他撒手西归，时年67岁，几乎和他出生时一样贫苦。他“并未将《圣经》当作商品”，他让后世评断他：“我为国家所做的一切，虽然不知感恩的这一代不会知晓，但未来的时代将被迫看到真理的见证。”很少人能对一个民族的信仰具有如此大的影响力，他鼓励教育、宗教狂热和自治，在这方面他那个时代很少人能比得上他。他和玛丽分治介乎他们两者之间的苏格兰人，他是宗教改革，她是文艺复兴。她失败了，因为她不像伊丽莎白知道如何结合二者。
玛丽就像一头困于笼中永不安静的老虎，在各角落乱撞，欲图逃脱。1571年3月，活跃于伦敦的一位佛罗伦萨银行家罗伯托·里多尔菲（Roberto di Ridolfi）作为玛丽与西班牙大使、罗斯主教、阿尔瓦、菲利普及教皇庇护五世的居间人，提议阿尔瓦派遣西班牙军队从荷兰进入英格兰，而一支天主教军队同时由苏格兰入侵英格兰，逼迫伊丽莎白逊位，玛丽便可成为英格兰与苏格兰之王，而诺福克可以和她结婚。诺福克知悉计划，未明确表示赞同，也未透露该计划。玛丽暂时同意。教皇接济里多尔菲金钱以资进行，并答应说服菲利普。菲利普以阿尔瓦答应为赞成条件。而阿尔瓦斥责该计划为幻想，除带来玛丽友人的悲剧外，会一事无成。里多尔菲和诺福克的书信，在被捕的玛丽和公爵的仆人身上被发现，一些天主教贵族被监禁。诺福克被控叛国罪，伊丽莎白对这位卓越的贵族的死亡书犹疑不决，不知应否签署。但塞西尔、英国议会和英格兰教会都要求将诺福克和玛丽两人处死。伊丽莎白妥协了，将诺福克送上刑台（1572年6月2日）。圣巴托罗缪大屠杀（The Massacre of St.Bartholomew）的消息传到英格兰时（8月22日），处死玛丽的呼声复起，但伊丽莎白拒绝答应。
除非我们牢记玛丽受禁达19年之久，否则我们无法相信其绝望情形和她极度受屈的感觉。她受监禁的地方时常更换，以防止左右邻居和看管对她的同情，会产生或有助于新的逃跑计划。她受禁锢的情况非常人道，她可得到法国每年1200英镑的供奉，英国政府提供她相当数额的食物、医护、仆从和娱乐，她也可以参加弥撒和其他天主教活动，她以刺绣、阅读、整理花园及与心爱的西班牙小狗玩耍来打发漫长的时光。在对自由的希望减退后，她便不在乎照顾自己的身体，她很少运动，同时变得虚弱肥胖。风湿症折磨她，有时腿肿得无法走路。1577年，她年35岁时，头发开始变白，此后，她便戴假发。
1583年6月，她提议若能获释，便放弃英国王位的继承权，而且永不再与预谋者勾结，并居住在伊丽莎白选定的英国任何地方，而绝不离居住地10英里以外，并接受附近绅士们的监视。伊丽莎白被劝不要听信她的话。
玛丽又萌起逃亡动机。借着各种苦心的设计，她设法暗中与法国、西班牙大使与政府及她在苏格兰的拥护者和教皇代表互通声息。书信夹在洗濯的衣服中、书本中、竹棍里、假发和鞋子的衬里中，但塞西尔和沃尔辛厄姆的侦探都及时揭发了每个计谋，甚至在兰斯的耶稣会学院的学生与牧师中，沃尔辛厄姆都布有眼线，不时向他报告。
被俘女王浪漫的气质触动了许多年轻英国人的同情心，也激起天主教青年的热情。1583年，弗朗西斯·思罗克莫顿，即伊丽莎白后来派驻法国大使，信奉天主教的侄儿，组成另一个试图营救她的团伙，但立刻被查出，被拷打之后认罪，他悲伤地说：“我透露了在这世上最令我心爱的人的秘密。”他死于刽子手的斧头下时，仅30岁。
一年后，威廉·帕里（William Parry），一位塞西尔手下的侦探，诱使巴黎的教廷大使向格列高利十三世请求完全的特权，因为他正在进行试图解救玛丽和将英格兰归返天主教教会的危险行动。教廷回复（1584年1月30日），教皇已看到帕里的请愿，对他的决心感到高兴，并给他想要的特权，要褒赏他的努力工作。帕里将这个答复交给塞西尔。而另一位英国间谍，埃德蒙·内维尔（Edmund Neville）控告帕里怂恿他刺杀伊丽莎白。帕里被捕后认罪，受绞刑而未气绝，遂被分尸。
由于对一连串的阴谋非常震怒，对奥伦奇的威廉遭暗杀感到害怕，伊丽莎白的枢密院便草拟（1584年10月）了一份《联合约束》（Bond of Association），签约者宣誓永不接受任何人作为其女王的继承人，因为为了这位继承人的利益，女王的生命将受攻击；同时宣誓涉及这一企图或行动者将处死刑。这个约束的签署人包括枢密院全体委员、议会大多数议员和全英格兰的显要人士。一年后，议会使之成为法律。
这并未吓阻进一步的预谋发生。1586年，一位天主教徒约翰·巴勒德（John Ballard）诱使一位年轻而富有的天主教徒安东尼·巴宾顿（Anthony Babington）组成暗杀集团暗杀伊丽莎白，并从西班牙、法国和荷兰进军英格兰，扶助玛丽复位。巴宾顿致函玛丽说明有关计谋，告诉她6个天主教贵族已取得一致，要“赶走王位的篡夺者”，请求她批准计划。在1586年7月17日的一封信中，玛丽接受了他的建议，但未明确表示同意暗杀伊丽莎白，只是答应若成功则重赏。她的秘书信任的信差是沃尔辛厄姆的一位工作人员，他将信复制后，将复本送给沃尔辛厄姆而将原信送给巴宾顿。8月14日，巴宾顿和巴勒德被捕，300名重要的天主教徒也随之下狱。两位领导者认罪，玛丽的秘书招供确证其为玛丽的书信，13个预谋者被处决。全伦敦为烽火照亮，教堂钟声齐鸣，小孩子们皆唱赞美诗，感谢伊丽莎白生命的无恙，而全英格兰的新教徒呼吁处死玛丽。
玛丽的房间被搜索，她的只字片纸皆遭取夺。10月6日，她被转移到福瑟令加城堡（Fotheringay），在那里受审于43位贵族组成的委员会。她没有辩护律师，但她果敢地答辩。她承认对巴宾顿计划的共谋，但否认批准暗杀。她抗辩道，对于一个遭受不法与不公平的监禁达19年的人，有权用任何方法使自己脱身。委员会全体一致判她有罪，而议会请求伊丽莎白处死她。法王亨利三世恳请英王的慈悲，但伊丽莎白认为这一种请求来自未经审判而屠杀数千清教徒的政府，是非常勉强的。这时，大多数苏格兰人都护卫他们的女王，但她的儿子因猜疑到她会在遗嘱上不承认她这个新教徒儿子，因此只做了不太热心的调停。他在伦敦的部属向沃尔辛厄姆提示，詹姆士六世虽然对其母亲可能会被斩首之事极其焦急，但英国议会若确保他继承伊丽莎白的权利，及如果伊丽莎白增加给予他的恩俸，则他是可以妥协的。这位狡猾的苏格兰人如此贪婪，爱丁堡的市民在街道上都对他嗤之以鼻。到这个地步，玛丽的生死只看犹疑的伊丽莎白的决定了。
这位困扰不堪的女王拖了3个月才下决定，但决定仍未执行。她是能够表现得宽宏大度和慈悲为怀的，却倦于日日生活在可能对其王位有要求权的女人的支持者试图刺杀她的恐怖之中。她也考虑到，若她处决女王，法国、西班牙和苏格兰会抗议并侵入英格兰，同时她也估计到自己或面临一种自然的或暴烈的死亡的可能，而让玛丽和天主教来继承英格兰。塞西尔促她批准死亡令，保证负全部责任。他想暗示玛丽的看守者阿米亚士·保雷爵士（Amias Paulet），据女王或枢密院的希望，仅做一个口头上的说明即下令处决，而不直接由伊丽莎白下令。但保雷说，除非伊丽莎白下书面命令，否则他拒绝执行。最后，她终于签了令状。她的秘书威廉·戴维森（William Davison）将之交给枢密院，枢密院在伊丽莎白改变心意前即刻送交保雷。
经过长期的拖延重新萌生希望的玛丽，得知这个消息时，起初不相信，而后即勇敢地面对它。她写了一封扣人心弦的信给伊丽莎白，要求她“让我的可怜的、凄惨的仆从……带走我的遗体，和其他法国王后同葬在圣地”。据说，在行刑的当天早上，她写了一首洋溢着具有古典优美与狂热的拉丁诗：
啊上帝吾主！我信奉你！
啊亲爱耶稣！现请释我！
在残酷禁锢，极端苦痛之中，我渴求你。
企盼着，呻吟着，我屈跪双膝，
我敬慕你，恳求你，赐我自由。
她要求能向天主教教士忏悔，但遭拒绝。她的狱官建议一名英格兰教会长老，但为她所拒。她打扮得非常高贵，很细心地整理假发，在面上覆以白色面纱，颈上挂一串金十字架项链，手中握着象牙十字架。她询问何以侍奉她的妇人在其受刑时不准在场，旁人告诉她，她们可能会情绪失控。她保证她们不会，因此，她被允许带着其中两个女仆和四个男仆到场。处决在福瑟令加城堡的大厅进行，当时约有300名英国绅士在场（1587年2月8日）。两位蒙面的刽子手请求并得到原谅。她的侍女开始号啕时，她制止她们说：“我替你们保证过不哭的。”她跪下来祈祷，之后将头放在断头台上。假发从她断了的头上跌落，白发露了出来，这时她44岁。
宽恕可用来说明一切。我们宽恕玛丽，她勇敢地吃苦耐劳，努力地要做一个公正快乐的女王。我们无法相信长时期照顾丈夫并挽回丈夫健康的她，会同意谋杀他。一个年轻的女人，无论她多么愚蠢地为所爱而放弃一切，也是值得原谅的。对一个被遗弃的悲惨妇人来到英格兰请求庇护，反而得到为时19年的监禁，我们应该对她怜悯。我们也可以理解她为重新获得自由而进行的那种狂烈的尝试。但是我们也应原谅伟大的女王，她的左右坚持玛丽的监禁，对英格兰的安全是极端重要的，而她本人眼见其生命和政策不断地受到各种图谋解救其对手及拥立其对手为王的威胁，把这段残酷的囚禁期间拖得如此长久，只是因为她无法逼自己签下玛丽的死亡令来结束它。
她们都是高贵的女人，一位高贵而感情充沛，另一位则高贵而带有踌躇的睿智。刚巧她们都长眠一处，葬于威斯敏斯特，并左右为邻，在安息与平静中得以和好。
