唯恐有人阻止她登陆返国，她打算比预定计划早两周到达苏格兰。但她到达利斯的消息不胫而走，首都居民皆知，街道挤满人群。他们惊奇地发现女王是一位不满19岁而活泼美丽的女孩，她温文优雅地骑上驯马前往霍利伍德宫（Holyrood Palace）时，民众向她欢呼。在霍利伍德宫，新旧教的贵族都欢迎她，为苏格兰有这么迷人的御者及在未来她个人或她儿子可能会将英格兰收归于苏格兰统治而感到骄傲。
流传至今的两幅画像，可证明她是当代最美丽的女人之一，这一点都不为过。我们不敢确定，佚名的画家于作画时将她如何理想化，但在两幅画像中，都可看出她具有非常娇美的面目，可爱的双手、华丽的棕发，令贵族与传记作家为之销魂。但这些画像并未呈现年轻女王的真正动人之处——她的神采飞扬，欢笑的俏唇，伶俐机智的言谈，充满活力的热诚，仁慈而友善的涵养，她对爱的企求，对强壮的男士不顾一切地爱羡。对于她而言这是悲剧，既身为女人，又身为女王——欲享有罗曼史的温暖，却不能减损统治者的威严。她沉浸在侠义故事中——具有傲人但温顺的美，纯洁而诱人，多愁善感，带有亲切的同情心，不移的忠贞及危急时的勇气。她是一位擅长驭马的骑师，飞跃墙壑，无所顾忌，耐得住驰骋之苦，毫无倦意，更无怨言。但是无论就身心言之，她都不适合为女王。除具有充沛的活力外，她很脆弱，间歇性的昏厥症类似癫痫症、一些诊不出的病症时常折磨她。她没有伊丽莎白那种男人的智慧，她很聪明，但很少表现机智，而是不断任凭情感驾驭外交。她常表现非凡的自制、耐心与机智，她受美丽之罪，而未得聪明之福。她的性格正如她的命运。
她处于凌人的贵族、敌视的教士和对她的信仰不表尊重的腐化的天主教教士之间，她曾努力改善现状。她选出两位新教徒为枢密院领袖：一个为她同父异母26岁的兄长詹姆士·斯图亚特，后来成为莫雷伯爵；另一个为36岁的列兴敦的威廉·梅特兰（William Maitland），他富于才智，直至死为止，都在各派别中间周旋妥协。列兴敦的外交目标是值得赞许的，联合英格兰与苏格兰，以为解决双方仇视的唯一途径。1562年5月，玛丽派遣他到英格兰，安排她与伊丽莎白的会晤。伊丽莎白答应，但其枢密院反对，唯恐她对玛丽要求王位继承权最间接的应许，会成为天主教徒刺杀伊丽莎白的借口。两位女王保持外交上的友好关系，暗地里则钩心斗角。
玛丽统治的最初3年内，除在宗教方面，可谓绝对成功。虽然她永远无法适应苏格兰的气候与文化，她借着舞会、化装舞会和装饰，把霍利伍德宫变成亚北极地区的“小巴黎”。在她欢乐的光照下，大多数贵族都融化了。诺克斯咆哮道他们都被魔术迷惑，如让莫雷与列兴敦治理王国，而两位的确治理得法。一度宗教问题因她的让步而似已解决，教皇代表敦促她恢复天主教为国教时，她答道目前已不可能，因为果真如此，伊丽莎白会强行干涉。为平息苏格兰新教徒的气焰，她发布公告（1561年8月26日），禁止天主教企图改变国教，但她要求能够私下做礼拜，而在皇家教堂望弥撒。8月24日，礼拜日举行弥撒时，一些新教徒聚集在外，要求“处死崇拜偶像的教士”。但莫雷不准他们进入教堂，他的左右将教士带到安全的地方。在第二个礼拜天，诺克斯指责贵族容许弥撒仪式的举行，并告诉教会群众说，对于他而言，一次弥撒比一万敌军还严重。
女王接见他，企图得到他的宽容。9月4日，两种信仰的代表在她的皇宫内进行历史性的会晤，我们仅由诺克斯的报告中得知其详情。她谴责他挑起对她的母亲合法权威的叛乱及对“庞大的妇女团”进行书面的“爆炸性攻讦”——这份文件诋毁所有女性君王。他答道：“若叱责偶像崇拜是鼓励臣民反抗君王，则我不能辞其咎，因为这令上帝高兴……使我（在好多人之中）揭穿天主教这个浮华国度和罗马反基督（教皇）的暴政、欺骗和骄矜。”至于爆炸性攻讦，“夫人，那主要是针对英格兰那位邪恶的荡妇”（玛丽·都铎）而发。诺克斯继续报道：
“你想臣民会反抗其君王吗？”她说。
“若人君所为超过其限……则他们无疑将会反抗，甚至以权力为之。”他（诺克斯）答道……女王似是惊住了……最后她说：
“我想那时我的臣民会服从你，而非我。”
“上帝不准我令任何人服从我的命令，或让臣民们自由无束地去做他们喜爱之事。但我的职责是要君王与臣民都服从上帝……而夫人，这一对上帝和其受难的教会的服从，是人类在这世上所能得到的至高尊荣。”他答道。
“不错，但你不是我要信奉的教会，我要替罗马教会辩护，因为我认为那是真正代表上帝的教会。”她说。
“夫人，你的意志是不理智的；你的思想也不能使罗马的妓女成为耶稣基督真正而纯洁的配偶。夫人，对我称罗马为妓女不要惊讶，因为那个教会完完全全地沾上了所有精神上的猥亵行为……”他回道。
“我心确非如此。”她说。
若这段对话是忠实的报道，那真是君主政体与神权政体、天主教派与加尔文教派戏剧性的冲突。若诺克斯的话诚足为信，则女王接受其谴责而并未报复，仅说“你令我非常伤心”，而后去进午餐，诺克斯则退下。列兴敦希望“诺克斯先生和善地待她，因为她是一位年轻而不易劝服的君王”。
他的信徒并不觉得他对她太过苛刻。她在大众场合露面时，有人称她为偶像崇拜者，而小孩子们告诉她望弥撒是一种罪过。爱丁堡市长下令驱逐“僧侣、修士、教士、修女通奸者和所有此类的污秽者”时，玛丽将他革职，下令重新选举市长。斯特林想让那些帮她忙的教士都被斩首，而她“在那里孤零无助地哭泣”。长老教会的总会议要求她不能在任何地方望弥撒，但贵族会议拒绝赞同。1561年12月，议会与教会针对教会财政收入分配权爆发了严重的争执，新教牧师得1/6，女王也得1/6，而天主教教士（仍占多数）得2/3。诺克斯对此事一概评为2/3落在魔鬼手上，1/3则由魔鬼与上帝平分。新教牧师们每年得到约100马克。
在随后的一整年内，新教教士不断攻击女王，他们对玛丽宫廷上的歌舞与玩乐，化装舞会与飨宴感到愤怒。由于这些抗议，她减少欢乐活动，教士们仍觉得她做得太过分，因为她仍然去望弥撒。当时有人写道：“约翰·诺克斯在讲坛上暴跳怒喝，因此，我唯恐有朝一日他会毁坏一切。他为首统领，而大家都怕他。”在这里，又可看出宗教改革与文艺复兴紧紧缠在一起。
1562年12月15日，玛丽召见诺克斯，当着莫雷、列兴敦和其他人的面，指责他教导他的教徒恨她。他答辩说：“王公们……你们花在虚度光阴和恣情放纵上的时间比花在阅读和听取上帝最神圣的训示上还多。在你们眼中，谄媚者与玩乐之辈……比睿智和庄重之士可爱，他们大量的谏言，总是战胜其本身可能有的浮华与骄矜，但这些习性对君王们则因其罪恶的教育而根深蒂固。”据诺克斯报道，女王（以不寻常的温和态度）答道：“若你听到有关我的事，你不满意的，来看我并告诉我，我愿意听听。”他却答道：“夫人，我是应召在上帝的教会内替大众做事，奉上帝之命去责备所有的罪过与邪恶。我并非奉命去告诉每个人本身的过错，因为这样将劳碌至极。若阁下愿意常去公开布道会，我相信你会完全了解我希望的和不喜欢的事情。”
她让他平静地离去，但信仰之战继续进行。1563年复活节时，有几位天主教教士因主持弥撒而违法，为地方官吏所捕，这是偶像崇拜，有遭处死的危险。其中有些因此而下狱，有些则逃逸并躲藏于森林中。玛丽再度遣请诺克斯来，向他恳求放出禁锢的教士。他却答复说，若她依法执行，他将保证新教徒的顺从；否则，他认为天主教教士只好记取此次教训。她说：“我答应你的要求。”他们暂时成为朋友。在她的命令下，圣安德鲁斯大主教和其他47位教士因主持弥撒被审，被控入狱。新教教会对这件事大为喝彩，但一周后（1563年5月26日），玛丽和她的随从盛装到议会时，有些人大声惊叫：“上帝祝福那一副可爱的面孔吧！”新教教士们则攻击“其辫子上的目标（丝穗状打扮）”。对这事诺克斯写道：“如此恶劣的桀骜的女人……苏格兰从未见过。”
不久，诺克斯听说列兴敦正安排玛丽和菲利普二世之子堂·卡洛斯（Don Carlos）的婚姻。他唯恐这一桩婚事会是苏格兰新教徒致命的打击，因此，在贵族们列席的议会的讲道会中，他表明他的看法：“现在，各位大人，阻止这一切吧！我听到女王的婚事……对于这，我要说：苏格兰信仰耶稣的贵族同意一个异教徒（所有天主教徒皆是）作为你们的君王，无论怎么讲，你们这样做，在你们一生中已将基督屏弃于这个王国之外。”
女王大怒，召见他，质问他（诺克斯做此报告）：“我的婚事与你何干？你在这共和国又算什么？”他做了一次很有名的对答：“夫人，我是一位同在此国度出生的臣民。虽然我并非这个国度的伯爵或男爵，但是上帝使我（不管在你眼中我如何卑微）成为这个国度的一位有用的分子。”玛丽哭了，命令他离去。
诺克斯咄咄逼人的态度，在10月（1563年）到达顶点。是时，某些群众再度聚集于皇家教堂附近，抗议即将举行的弥撒。安德鲁·阿姆斯特朗（Andrew Armstrong）和帕特里克·克兰斯敦（Patrick Cranstoun）闯进，威胁教士退离。女王当时不在场，她下令审判这两位加尔文教徒。10月8日，诺克斯发出一封信，呼吁凡“我各阶级的弟兄，爱好真理者”列席审判。枢密院认定这一呼吁为叛逆行为，征调诺克斯受审。他出庭了（1563年12月21日），但其支持者挤满了座位和法院场地，“甚至挤到女王和枢密院委员所坐的议事厅门口”。他很巧妙地替自己辩护，枢密院不得不宣告他无罪。女王说：“诺克斯先生，你可以回家过夜了。”他答道：“我祈祷上帝为你洗去天主教教义之罪。”
1564年圣枝主日（Palm Sunday），年59岁而不屈不挠的诺克斯二度结婚，他太太17岁，是女王远亲玛格丽特·斯图亚特。一年后，女王也二度结婚。
