苏格兰是一个在各方面都根深蒂固的国家：北部有崎岖高地和一群近乎独立的封建贵族政权，带动并剥削这一游牧与佃耕的半原始文化；南方情形尚好，有可爱的低地，雨量丰富，但漫长的冬季与酷冷的气候使其失色不少。在此地落居的是一个欲在文盲、违法、腐化、漫无法纪、暴力之中，挣扎创出一个道德与文明的秩序的民族，迷信横行，巫师要受火刑，在严谨的宗教信仰中，希望求得不太艰苦的生活。为补救采邑贵族造成的分权态势，国王支持天主教教士，以导致贪污、怠惰和姘居的财富来资助他们。贵族渴望教会的财富，他们以其俗世子弟取代教会神职来贬低教士的地位，他们支持宗教改革，并控制苏格兰国会，犹如教会与国家的主人。
外在危险是达成内部统一最有力的诱因。英格兰与不驯服的苏格兰人共存于岛上，总觉得不安。英格兰每每以外交、婚姻或战争手段企图使苏格兰归其统治，而苏格兰唯恐被吞并，与英国世敌为盟。塞西尔建议伊丽莎白女王支持新教贵族对抗天主教女王，如此苏格兰必告分裂，而不再是英格兰之患和法国的支持者。同时，若能成功，新教徒领导分子们必会背弃玛丽，另举一个新教贵族为王，全苏格兰必奉新教。塞西尔私下梦想说服伊丽莎白女王与这位新君王结婚以完成统一大业。法国派兵赴苏格兰平定新教徒之乱时，伊丽莎白遣兵前往，并驱出法国人。法国战败，其代表于苏格兰的爱丁堡签一份决定性条约（1560年7月6日），不仅规定法国撤离苏格兰，而且规定玛丽不得再主张要求英国王位的权利。玛丽因其夫弗朗索瓦二世的劝告，拒绝签约，伊丽莎白则记挂在心。
宗教情势始终混乱异常。1560年，苏格兰新教徒支持的议会正式废止天主教，而奉加尔文教为国教。这些法案并未得到玛丽的支持，而国王的批准是当时议会有效制定全国遵奉之法的必要条件。天主教僧侣们占大多数圣职，贵族半数以上是“教皇派”，出身王室的约翰·汉密尔顿（John Hamilton）在议会中仍是苏格兰天主教的大主教。然而，在爱丁堡、圣安德鲁斯、珀斯、斯特林和亚伯丁，由诺克斯领导的虔诚的传教士们，替加尔文教派赢得一大部分中产阶级的信徒。
在玛丽回国的前一年，诺克斯和其左右起草一份教规戒律，陈明其教义与目的：唯有新教才是宗教，唯有加尔文教徒才是“上帝的信徒”，“偶像崇拜”包括“弥撒、圣徒祈灵、形象崇拜及对这些的保存……”，而“这些憎恶事的顽强坚信者与教导者应受执政者的惩罚”。所有与《四福音书》相违的教条皆“有害于人类的拯救，应彻底予以压制”。大臣应由会众（教会组合）选出，应设立学校，对上帝的子民开放，应控制苏格兰大学——圣安德鲁斯、格拉斯哥和亚伯丁。天主教教会的财富与继续征收的教会什一税应用于国家政务所需及教育与救济贫民。法律应由苏格兰的长老教会（Kirk）制定，而非由世俗国家制定，并规定如何处罚破坏者——包括酗酒、暴食、亵渎神明、衣着放纵夸张、欺压贫民、猥亵及通奸罪。所有拒绝不从新教条或坚持不为其服务者，应交给世俗的权力，并依长老会的建议，处以死刑。
控制议会的贵族拒绝接受新戒律（1561年1月），他们不欢迎一个强有力而又独立的长老教会，他们另有其运用被压制教会的财富计划。但新戒律仍为长老教会发展的目标与指针。
在建立一个神权政体——一个由主张代表上帝的教士们组成的政府形式——失败后，诺克斯不屈不挠地致力于组织新教会，寻求财政支援，并将其广布至全苏格兰，当时天主教士仍在全国执行其职务。他传道时表现的独断力和他对会众的热诚，使他在爱丁堡和整个国家中，成为一个广有影响力的重要人物，信奉天主教的女王若要巩固统治权，必须要考虑到他。
