女王最佳的表现是对付西班牙。她让菲利普幻想她会与他或其子结婚。为了用一枚婚戒赢得英国，他极尽忍耐之能事，直至其朋友纷纷与之疏远，伊丽莎白渐转强大。教皇、神圣罗马帝国皇帝及不幸的苏格兰女王可能曾敦促他入侵英国，但他太怀疑法国，太操心于荷兰，以致无法下这样一个不可预测的政治赌注。他不能肯定在他与英国相持不下之际，法国不会趁机攻占属西班牙的荷兰。他讨厌鼓动任何地方发生革命。他相信，由于他的长期拖延，伊丽莎白会在适当时间寻求一条出路，这是人的本性。但是他不急于让亲法的苏格兰女王得到英国王位。有很多年他一直不让教皇将伊丽莎白驱逐出教会，他阴郁沉默地忍耐她对付英国天主教徒，并容忍她对西班牙虐待英国新教徒所做的抗议。在几达30年内，他与英国保持和平，虽然英国海盗已与西班牙殖民地和商业为敌。
人的本性在品格上显现出来，但是这些品格只是属于我们内在的本质，人类大部分的行为，在表现之前都先考虑到宗教与外力引出的道德与法律的问题。当时在海上，《十诫》根本毫无作用可言，只有海盗允许才能有贸易行为。小海盗船利用英国海岸入口作为停泊港，由此向外盗劫。假如牺牲者是西班牙人，那么英国又可享受劫夺教皇党人的宗教狂欢了。勇者如约翰·霍金斯（John Hawkins）和弗朗西斯·德雷克（Francis Drake），装备了大批私掠船，将大海作为活动领域。伊丽莎白虽未拥有这批私掠船，但并不打扰他们，因为她已从这些私掠船身上看出海军的雏形，并从海盗身上看出其未来的海军将领。“陷落于胡格诺派的法国北部港口拉·罗契尔（La Rochelle）成为英国、荷兰及属胡格诺教派的船只喜欢的会集所，他们攫取任何国家的天主教商船”，必要时也攫取新教商船。
从这种海盗行为入手，进而又经营有利可图的贩奴生意，这是一个世纪以前葡萄牙人首先经营的。西班牙在美洲的殖民地，当地土著在恶劣气候下从事非人的苦力活，以致人口剧减，很需要较强壮的劳工。土著的保护人拉斯·卡萨斯（Las Casas）亲自向西班牙的查理一世建议，将较加勒比海的印第安人更为强壮的非洲黑奴输入美洲，以便替当地西班牙人做苦工，查理同意了，但是菲利普谴责贩奴，并训令西属美洲总督禁止奴隶进口，但经由母国政府特许进口者例外——这是昂贵而稀少的。霍金斯洞悉某些总督的阳奉阴违，派遣三条船至非洲（1562年），抓了300名黑奴到西印度，卖给西班牙的殖民者，交换糖、香料及药材。回到英国以后，他怂恿彭布罗克爵士及其他人从事第二次冒险，又劝请伊丽莎白让他统带一条最好的船，供他使用。1564年，霍金斯率领4条船向南航行，抓了400名非洲黑奴，然后驶向西印度群岛，在枪杆的威胁下强迫西班牙人购买这些黑奴，最后回到祖国受到英雄式的欢迎，与其支持者及女王共享所得——女王共投资了60%。1567年，女王借给他“耶稣号”，他立即率领这艘船及另外4条船至非洲，抓住在其势力所及范围内的黑奴，然后以每名160镑的价格售给西属美洲。他带了价值10万镑的赃物起程返国时，却不幸为一支西班牙舰队在墨西哥海岸的乌卢亚（San Juan de Ulua）逮住，除两条小船外他的船全被摧毁。他在历尽险阻之后，才得以乘那两条小船空手回到英国（1569年）。
这次旅程中另一位幸存者是霍金斯的亲戚德雷克。他受霍金斯之助接受教育，可以说已成为海上的居民。22岁时，他在霍金斯白费工夫的远征中指挥一条船。23岁时，除勇敢之名外已失去一切，他发誓向西班牙报仇。25岁时，他接受伊丽莎白任命指挥私掠船。1573年，他已28岁，在巴拿马沿岸攫取一支载运银条的商船队，回到英国时又发财又报了仇。虽则西班牙叫嚣应将他置于死地，伊丽莎白还是将他藏匿了3年。接着莱斯特、沃尔辛厄姆及哈顿等人帮他装备了4条小船，总载重达375吨。他率领这些船于1577年11月15日自普利茅斯（Plymouth）出发，注定将完成第二次环球航行。其船队自麦哲伦海峡驶入太平洋时，遇到了暴风，船只尽皆碎裂无法修复。德雷克独自一人，搭乘“派立肯号”沿美洲西岸向上至旧金山，沿途袭击西班牙船只。然后他大胆西向朝菲律宾群岛行驶，穿过马六甲群岛至爪哇，越过印度洋至非洲，绕过好望角，1580年9月26日，经大西洋回到普利茅斯，距其离开该地已达34个月之久。他随身带着60万镑的赃款，其中27.5万镑献给女王。英国人欢迎他，视他为当代最伟大的海员和海盗。伊丽莎白在他的船上进餐，并封他为骑士。
此时，英国技巧地与西班牙保持着和平。菲利普屡次向女王抗议，她找了许多借口，紧握其赃款不放，并指责菲利普援助爱尔兰叛军也是违反国际“法”。西班牙大使威胁不惜一战时，她也威胁将与艾列森结婚，和法国结盟。菲利普急于征服葡萄牙，令其使节继续维持双方的和平。与往常一样，好运益使女王冷静迟缓的天才生色。假如天主教法国不因内战而分裂为二，假如天主教奥地利和神圣罗马帝国皇帝不为土耳其人困扰，假如西班牙不与葡萄牙、法国、教皇及荷兰叛军相争不已的话，那么她会有何遭遇呢？
多年以来，伊丽莎白对荷兰一直是时松时紧，随多变的时局而改变政策，任何所谓软弱不决或叛国的指控都不会使她盲从地遽然决定政策。她对荷兰加尔文教派绝不比对英国清教的好感为多，而且她并不比菲利普更想鼓动革命。可是她了解，对于英国经济来说，能与荷兰开展无阻的贸易是相当重要的。她计划支持荷兰的反叛，使其不至向西班牙投降或陷入法国手中，因为只要叛变一日不息，西班牙就不敢入侵英国。
一桩令人庆幸的意外之财充盈了英国国库，而且有助于荷兰的叛事。1568年12月，几艘西班牙船只携带荷兰境内阿尔瓦军队的15万镑军饷，被英国私掠船迫入海峡港口。女王刚刚听到霍金斯在桑·胡安·德·乌卢亚失利的消息，认为这是上帝赐予英国补偿损失的最佳机会。她询问主教朱厄尔（Jewel），对西班牙的财产她是否有处置之权。他断定上帝既是新教徒，一定很乐意看到教皇党徒被人劫夺。而且，女王知道，这笔钱是菲利普向热那亚银行家借来的，菲利普在该款安全送至安特卫普之前拒绝承认其所有权，因此伊丽莎白将这笔巨款移至国库。菲利普埋怨英国，阿尔瓦立即逮捕荷兰境内的英国国民并没收其财产。伊丽莎白则逮捕在英国的全部西班牙人。但是贸易需要使双方逐渐恢复正常关系。阿尔瓦不愿激使伊丽莎白与叛军结盟，菲利普强忍住气，伊丽莎白则得到了金钱。
不安的和平状态继续下去，直到英国不断袭击西班牙船只，而遭拘禁的玛丽·斯图亚特朋友的请求使菲利普牵连到一个谋刺女王的阴谋。女王相信他参加了这个阴谋，立即驱逐西班牙大使出境（1584年），并公开协助荷兰。于是，莱斯特率军进入弗拉辛、布里尔、奥斯坦德及斯卢伊斯，不幸于聚特芬一地为西班牙军所败（1586年）。到此问题已明朗化。菲利普与伊丽莎白两人均全力备战。这次战争将决定英国，甚而欧洲，甚而美洲大陆的海上霸权和宗教信仰。
由于教皇在1493年的仲裁几乎完全把美洲划归西班牙及哥伦布的恩赐，西班牙此时已很富有。经过许多航行和教谕后，地中海已不复为欧洲人的文化和权力中心，大西洋时代已经开始。欧洲濒临大西洋的三大国家当中，法国受到内战影响无法竞争海上霸权，英国与西班牙就像贪婪外伸的海岬一样，继续争取新地。当时似乎不太可能解除西班牙在美洲的优势。1580年，西班牙在那里已有几百个殖民地，英国却一无所有。每年自墨西哥和秘鲁等矿产取得的无数财富源源进入西班牙。这时命运似已注定西班牙将会统治整个西半球，让南北美洲成为其附属地。
德雷克很不满这种远景。争夺新大陆的战争一度是他与西班牙之战。1585年，得到朋友和女王的财政支援，他装备了30艘船，进攻西班牙帝国。他进入西班牙西北部维哥河口，抢劫维哥港，剥下圣母像外衣，并取走很多贵重金属及教会昂贵的法衣。他驶往加那利和维德角，劫掠其中最大的岛屿，然后越过大西洋，袭击圣多明哥，取走了3万镑作为不摧毁哥伦比亚的卡塔赫纳（Cartagena）的条件，接着劫夺和焚毁了佛罗里达的圣奥古斯丁城，最后因黄热病牺牲了1/3的船员，他才返回英国（1586年）。
这是一场无名的战争。1587年2月8日，英国政府将苏格兰女王处死。菲利普通知教皇西克斯图斯五世，他已准备入侵英国并迫使伊丽莎白退位。他请教皇提供200万金币。西克斯图斯愿在入侵行动实际开始时付给西班牙60万金币。菲利普令其海军大将桑塔·克鲁兹（Santa Cruz）侯爵准备有史以来最大的一支舰队。船舰在里斯本会集建造，粮饷军械等齐集于加的斯。
德雷克请伊丽莎白准他率领一支舰队，在“无敌舰队”成立以前将其摧毁。得其同意，德雷克于1587年4月2日，趁她未后悔之前，迅速率领30条船自普利茅斯出发。她确曾改变主意，但已来不及通知他了。4月16日，德雷克率领舰队进入加的斯港，在岸上炮台射程外活动，击沉一艘西班牙战舰，袭击运输和补给船，攫取其船货，放火焚烧敌船，然后安然离港。他在里斯本外下锚，诱使桑塔·克鲁兹出战。侯爵拒绝出战，因为其船只尚未武装完毕。德雷克向北驶往拉科鲁尼亚（La Coruna），攫取该地的补给品，然后至亚速尔群岛（Azores）夺取了一条西班牙船只。拖着这条船，他回到英国。连西班牙人都对其勇武和航海技术感到惊奇，大加赞赏，并说：“假如他不是一位路德教徒的话，那么世界上再也找不到类似的伟人了。”
菲利普小心地重建舰队。桑塔·克鲁兹侯爵不久去世（1588年1月），菲利普以麦迪那·西多尼亚公爵（Medina Sidonia）取代，其人依赖世代高官显爵的关系而居高位，非因能力特别杰出。“无敌舰队”终于组成时，共有130条船，平均每条445吨；半数为运输船，半数为战舰；共有8050名船员，1.9万名士兵。菲利普及其将领以古代的方法设想这次海战——钩住敌船登上敌船，然后人对人作战。英国的计划却是炮击敌船船身，击沉载运众多船员的敌舰。菲利普训令其舰队不必寻求攻击英国舰队，而应设法抢占英国滩头，越过佛兰德斯，装运帕尔马公爵的3万待命军队。加上这些增援以后，西班牙人打算直攻伦敦。同时，一封红衣主教艾伦（1588年4月）请求天主教徒联合西班牙人驱逐他们的“篡逆、异端及卖娼的女王”的信，被暗中带入英国。为了协助恢复英国天主教势力，几百个僧侣在宗教裁判所所长领导下，随“无敌舰队”出征。热切的宗教精神感动了西班牙海员及其船长，他们虔诚地相信他们在进行神圣的使命，把娼妓遣开，不再有渎神行为，赌博也告停止。那天早上，船队驶离里斯本时（1588年5月29日），船上每个人接受圣餐礼，西班牙全国都在祈祷。
风势对伊丽莎白有利，无敌舰队遭到破坏性的强风，便在拉科鲁尼亚避难，修补损伤，然后再行出发（7月12日）。英国在意见分歧、匆忙准备和失望中下定决心等激动热切的混合状态中，等待战争的来临。经过30年的吝啬小气和捣乱行动，伊丽莎白聚集了一笔财富，现在正用得上。其人民，包括新教徒与天主教徒在内，都勇敢地支持她。志愿军在城镇中操练，伦敦商人支援军团，并主动请求装备15条船、供应30条船。十几年以来，霍金斯一直替女王的海军建造军舰。德雷克现在是海军中将，私掠船队已将其船只驶至那个决定命运的地方。早在1588年7月，全部82条船在英国海军总司令埃芬海姆的霍华德爵士的统率下，即已集中于普利茅斯，准备迎战入侵的敌人。
7月19日 ，英伦海峡口见到“无敌舰队”的前锋船只，防卫舰队立即驶出普利茅斯。21日大战开始。西班牙人要等英国人靠近了才能将其钩住，反之，轻便的英国船——吃水线低，船身较窄——在沉重的西班牙船舰周围奔驶甚为便捷，敌舰行驶时即开火攻击其船身。西班牙船舰甲板太高，他们的炮火都掠过了英国船，只能造成很小的损害。英国船在炮火下行驶，行动的敏捷及其速度使西班牙人感到无助慌乱。夜幕低垂时，“无敌舰队”望风而逃，留下了一条船为德雷克所捕。据一位反叛的德籍炮手称，另一条船已经被击垮，残船落入英国人手中。幸运的是，这两条船都装满了武器弹药，很快就转到女王舰队的手中。24日，更多的武器弹药抵达，可是仍然只够英国人打一天的仗而已。25日，在怀特岛（Wight）附近，霍华德领导一次攻击，其旗舰冲入“无敌舰队”中，与每条西班牙船舰相互射击。英国炮火奇准无比，摧毁了西班牙人的士气。当天晚上，麦迪那·西多尼亚写信给帕尔马公爵说：“他们从早到晚炮击我方，但他们并不钩船……已无其他补救方法了，因为他们快而我们慢。”他乞求帕尔马送来弹械和援军，但帕尔马驻地港口已被荷兰船只封锁。
27日，无敌舰队在加来（Calais）港岸边下锚停泊。28日，德雷克纵火于8条无关紧要的小船，使之顺风驶入西班牙舰队内。因为畏惧这几条火船，麦迪那·西多尼亚命其船只进入大海。29日，在一次主要战役中德雷克攻击舰队，使它们离开法国海岸。西班牙人勇敢地作战，但是航海技术和操炮术皆欠佳。正午，霍华德的舰队抵达，整支英国舰队集中火力炮轰无敌舰队，许多条船毁损或沉没，它们的木船船身虽有3尺厚，也被英舰炮火洞穿。数千名西班牙人被杀，鲜血从甲板流入海中。当天无敌舰队共损失4000人，另有4000余人受伤，残存的船只仅勉强维持航行。鉴于其船员已无力再战，麦迪那·西多尼亚下令撤退。30日，海风把这支残破舰队带入北海。英国人向北追逐直到福斯湾，后由于缺乏粮食弹械方才回港。他们损失了60人，但船只毫无损失。
对于“无敌舰队”的残余船只来说，没有比西班牙更近的天堂了。苏格兰极为敌视西班牙，而爱尔兰港口已被英国军队占据。受损伤的船只和饥饿的兵士在绝望中只有绕英伦三岛返国。海水怒涌，风势狂暴，桅樯倾倒崩毁，船帆已破。日复一日，有些船只沉没，有些必须弃船，死者尽掷海中。在崎岖难行的爱尔兰岸边，有17艘船触礁沉没，仅在斯莱戈（Sligo）一地，就有遇难的1100名西班牙人被海水带至海滩上。某些船员登陆爱尔兰乞讨食物和饮水，但遭到拒绝。而且有几百人软弱不堪一战，竟被住在岸边的半野蛮人屠杀。130艘船只有54艘返回，2.7万人只有1万人返回，而且多数人均受伤或生病。菲利普日日听闻那幕延长的惨剧，自禁于皇宫密室，无人敢和他说话。教皇西克斯图斯五世竟称并未发生入侵英国事件，不肯给予破产的西班牙金币。
伊丽莎白与教皇一样在乎金币。为免海军侵盗公款，她要求计算海军在战前、战争中及战后每先令的用途，霍华德和霍金斯自掏腰包应付无法解释的开销差额。伊丽莎白预期那将是一场长久的战争，故其船员和兵员的粮饷和报酬均甚短缺苛刻。这时有一种类似伤寒的恶疾横扫凯旋的战士，某些船上，船员均死亡或残废。假如疠疾在敌人未来临之前即已发生，霍金斯不知伊丽莎白的命运会怎样。
直到菲利普去世（1598年），海战一直持续不断。德雷克曾率领一支舰队和1.5万人，协助葡萄牙人反抗西班牙（1589年）。但葡萄牙人恨新教徒更甚于西班牙人，远征的结果只有失败与耻辱而已。霍华德爵士领导一支舰队至亚速尔群岛拦截携带金银至西班牙的西班牙船队，但菲利普的新无敌舰队迫使霍华德爵士的船舰败逃——除了“复仇号”因远落在后面，其余英舰都英勇地与15条西班牙船奋战至败亡为止（1591年）。德雷克和霍金斯旋即出征西印度群岛（1595年），但两人争吵不已，竟然双双死于中途。1596年，伊丽莎白再遣一支舰队摧毁停泊在西班牙港口的船只，在加的斯发现了19条战舰和36条商船，埃塞克斯洗劫该城时，这些船舰立即逃至大海。这次远征仍然失败，但又一次证明了英国在大西洋的海上霸权。
西班牙无敌舰队的失败几乎影响了今日整个欧洲文明。海战技术至此有了决定性的转变，钩住敌船然后登船战斗的技术已经落伍，改为自船边和甲板上炮轰的技术。西班牙的衰弱导致荷兰人独立，亨利四世继为法王及北美洲成为英国的殖民地。新教势力也得以维持并增强，天主教在英国完全萎缩，苏格兰的詹姆士六世也不敢再勾结教皇。假如西班牙“无敌舰队”建造适当、领导优秀，天主教可能收复英国，荷兰可能会屈服，而导致莎士比亚和培根成为胜利英格兰的象征和成果的那种骄傲与精力可能永远不会迸发，伊丽莎白朝人的欢乐也将受西班牙宗教裁判所的打击。所以战争能决定神学与哲学，而杀害和破坏的能力是允许生活和建设的必备条件。
