远在路德之前，有许多呼声要求召开会议以改革教廷。路德恳求教皇召开一个自由的、一般性的会议，查理五世要求这样一个会议能够把新教问题处理掉，并惩戒克莱门特七世。那位焦虑的教皇能找到上百个理由来延期会议，直到他能掌控为止，他记起了康斯坦茨和巴塞尔会议对教皇权的作用；而他也不允许有敌对的天主教或帝国的代表窥伺他的政策、内政困难及他的出身。除此以外，会议对这种情况有何帮助呢？路德不是斥责了会议也斥责了教皇吗？若新教徒被允许参加会议和自由发言，引起的争执将使裂缝更宽而扰乱整个欧洲；而他们被排除，他们可能会引起反叛的狂热。查理希望会议在德意志举行，而弗朗索瓦一世拒绝让法国僧侣参加一个屈服于帝国统治下的集会，再者弗朗索瓦希望在帝国后面的新教徒的火焰继续燃烧。
保罗三世也像克莱门特一样心怀忧虑，但他更有勇气。1536年，他诏令于1537年5月23日在曼图亚举行大会，并邀请新教徒参加，他认为所有参加会议的各方都应该接受会议的结论。但新教徒在那里居少数，几乎不能接受这种约束。路德建议不参加，而施马尔克阿尔登（Schmalk alden）的新教会议将教皇的邀请书原封退还。皇帝仍然坚持会议应该在德国召开；在意大利，他认为那将因太多意大利主教的参加，而变成教皇的傀儡。经过许多谈判与延误，保罗同意会议在特伦特召开，虽然那里意大利人居多，但属于查理的领土。会议诏令在1542年11月1日召开。
但法国国王不愿参加。他禁止在他的王国内刊行教皇的诏示，并威胁逮捕任何参加在他敌人领土上举行的会议的法国僧侣。会议开始时，只有少数几个意大利大主教参加，使保罗将会议延期到查理和弗朗索瓦允许一个完全会议的召开为止。克里皮和会似乎清除了障碍，保罗要求会议在1545年3月14日召开。现在由土耳其人带来的危险迫使皇帝再与新教徒妥协。他要求再度延期，一直到1545年12月13日，“第十九届全基督教会议”在特伦特召开了。
甚至开端也是不吉利的，与会者未达到一半。教皇已80高龄，留在罗马遥远地主持会议，他派遣了3位红衣主教代表他——德尔·蒙特、切尔沃尼和波尔。特伦特红衣主教马德鲁佐、4位大主教、20位主教、5位修道院院长和一些神学家参加了这次会议，其很难称得上是“全基督教”的会议。在康斯坦茨和巴塞尔的会议中，僧侣、诸侯和一些俗人连同修道院院长都能投票，票数以人头来计算；所以意大利的主教们——大多因负债或其他的原因而忠于教皇——以多数控制了会议。留在罗马的教皇准备了能够付诸讨论的问题。因为会议称这些问题是由圣灵指导的。一位法国代表表示，三位一体的第三位是放在信差的袋子里由罗马来到特伦特的。
第一项辩论是有关程序问题的：先界定信仰而后考虑改革，还是相反？教皇和来自意大利的支持者希望先对教义有所界定。而皇帝和他的支持者希望先改革。查理希望借此缓和、削弱或使新教徒更分裂；法国和西班牙的代表希望改革能减少教皇对主教和会议的权力，一项妥协方案达成了；联席会议将准备对教条与改革的决议，将其依次提呈会议。
1546年5月，保罗派了两位耶稣会教士莱内斯和萨尔梅龙在神学和教皇权方面协助他的使节；后来又派了彼得·卡尼修斯和克劳德·勒杰伊。耶稣会教士的博学使他们在辩论中有巨大的影响力，而他们不屈服的正统学说的信守，引导会议对改革的观念宣战，而不是寻求妥协或团结。不对新教让步可以弥补裂缝，很明显是大多数人的判断。新教教派分歧众多，因而没有妥协可以满足一部分而不触犯另一部分。任何对传统教条的基本改变将会使整个教义结构与天主教的稳定性被削弱，承认俗人有教士的权力将损及教士们和天主教会的道德权威，而那种权威对于社会秩序是不可或缺的。很明显，植根于信仰的神学理论会因屈服于个别的论断的妄想而失去本身的作用。所以第四次会议（1546年4月）再次肯定了《尼西亚信经》，宣示了教会传统与《圣经》有相等的权威，解释和阐明《圣经》是天主教会的独占权，并确定拉丁文的哲罗姆的《圣经》（Vulgate of Jerome）是严谨的翻译和正本。托马斯·阿奎那被指名为对正统神学权威的解释者，他的《神学大全》（Summa Theologica）被放在祭坛上，地位仅低于《圣经》和《教令集》。天主教教义作为宗教的不会谬误的权威，实际始自特伦特会议，并以一种不妥协的反应的形式抗衡新教、理性主义和私见。
但若信仰如此重要，是否其本身就足以值得拯救，如同路德宣称的那样？第五次会议（1546年6月）对这点有激烈的辩论。一位主教抓住另一位的胡须，拔了一手的白毛；皇帝在听到这种消息之后，告诉会议说，若他们不能平心静气的话，他将要派一些使节到阿迪杰使他们冷静。波尔为一个论点争辩而与路德的论点如此相似，因而卡拉法责他为异端。波尔从争辩中撤身而出，到帕多瓦，理由是身体不佳，不再参加会议。塞尔皮潘多红衣主教为已死的孔塔里尼的妥协办法而辩护，但莱内斯劝使会议全力反对路德，而强调善举和自由意志的重要。
宗教改革的方法比教义的界定较不受重视。圣马克主教在1546年1月6日的会议，以绘制一幅晦暗的图画来表现世界上的腐败横行腐蚀了会议。他认为后世绝不会超越，而他将这种退化完全归因于本堂牧师的邪恶。路德派的异端，他认为主要是由僧侣们的罪过引起的，而对僧侣的改革是压抑背叛的最佳途径。在这次会议中，唯一达成的重要改革是禁止主教们离开他们的教区居住或有多个住所。会议建议教皇改革达塔利亚应先由理论的建议再到实际的指引。然而，保罗希望改革之事留在教皇权限之内；而当皇帝坚持在会议中加速讨论改革时，教皇告诉他的使节们建议把会议移到波隆那，因为它在教皇国之内，其行动较易于罗马控制。意大利的主教同意，而西班牙和帝国的使节们反对。一场小瘟疫出现在特伦特，使一位主教死亡。居多数的意大利代表们移到波隆那，其余的留在特伦特。查理拒绝承认波隆那会议，并威胁要在法国另外召开会议。经过两年的争论与策略运用，保罗屈服了，终止了波隆那会议（1549年9月）。
保罗死后情况缓和了。尤里乌斯三世与皇帝达成谅解：为报答查理保证不支持任何减低教皇权的做法，他再度于1551年5月在特伦特召开会议，并同意路德派信仰者可以旁听。法国的亨利二世憎恶这种教皇和皇帝之间的妥协，拒绝承认这个会议。集会时，人太少而不得不延期。9月1日再度集会，参加的有8位大主教、36位主教、3位修道院院长、48位神学家，以及勃兰登堡的选帝侯约阿希姆二世及查理和斐迪南派来的使节们。
第13次会议（1551年10月）再度认定天主教教义中的变体论：僧侣在领取圣体的酒和面包时，真实地把它们变成基督的肉体和血。因而似乎不必再听新教的意见了，查理却坚持。符登堡大公爵，萨克森选帝侯莫里斯和南德城市选出几位新教代表，而梅兰希顿起草路德派教义的宣言要提到会议之中。查理给这个代表团安全通行证，但这些人也需要由会议取得安全通行证。经过许多讨论之后获得允准。然而有一位多米尼克教派的教士，在会议举行的大教堂中，传播《圣经》传说中的有毒的莠草的故事，并指出异端这株莠草可能还要持续一段时间，但最终会被焚毁。
1552年1月24日，新教徒代表在会议中演说。他们建议康斯坦茨和巴塞尔会议的宣言中对会议有优于教皇的权力这一点应被肯定；目前这个组织的会员应由他们对尤里乌斯三世的效忠誓言中解放出来；而所有会议达成的决定应予以取消；因而应该由一个有新教徒参加的扩大的宗教会议来重新讨论那些问题。尤里乌斯三世禁止讨论这些建议。会议表决延迟对他们采取行动，直到3月19日，另外的新教徒到达时。
就在延期之中战火蔓延到了神学之争。1552年1月，法国国王与德国的新教徒签署同盟；3月，萨克森的莫里斯侵向因斯布鲁克；查理逃亡，没有武力可以阻止莫里斯攻取特伦特和吞下会议——若他想要那么做的话，主教们一个接一个地消失，4月28日会议正式地停止了巴苏条约，斐迪南向新教徒的军事胜利者在宗教自由上让步。他们对会议不再有兴趣。
保罗四世认为在他的任期内让会议冬眠是明智的。庇护四世，一位仁慈的老人，认为对二者教友的承认可以使新教徒妥协，如同他对待波希米亚人。他在1561年4月6日敕令会议再在特伦特召开，并邀请了所有基督教的诸侯们，不分天主教和新教徒。对这个新的会议，法国的代表们带来了他们所要改革的项目表：本国语的弥撒，面包与酒的圣餐会，僧侣的婚姻，教皇权附属于大会，结束教皇的特赦和豁免权。明显地，法国政府在当时有一种半新教徒的倾向。斐迪南一世已成为皇帝，附议这个提案，而且表示“教皇……自身应谦卑，并改善自己、他的国家和宗教会议”；圣者的传奇应予以净化，修道院也应该改革，“使他们巨大的财富不再被如此浪费掉”。情势对庇护四世不利，他的使节们对会议的开始则怀着忐忑不安的心情。
经过散漫或策略性的延误之后，第17次会议在1562年1月18日召开，有5位红衣主教、3位族长、11位大主教、90位主教、4位修道院院长和其他天主教诸侯的俗人代表参加。在斐迪南的请求之下，任何新教代表愿意参加就可以得到安全通行证，但是没有一个人去。格拉纳达和查理大主教、洛林红衣主教领导了减少教皇特权的运动，认为主教拥有的力量并非来自教皇而是来自直接的“神圣权力”。而塞哥维亚主教重申路德异说之一的看法，否认教皇对其他主教在早期的教会中有超越的地位。主教的叛乱被教皇代表们议会的技巧、忠于教皇的意大利和波兰的主教及教皇对洛林红衣主教适时的礼遇扑灭。最后教皇的权力没有削减反而扩大了，而每一个主教必须发誓完全服从教皇的命令。斐迪南为保证终止会议而妥协，允许教皇以两种方法管理圣餐。
基本的争论过去了，会议迅速地了结有待解决的事情。教士的婚姻被禁止，并宣布对僧侣的纳妾处以重罚。又执行了许多改革以增进僧侣的道德和纪律。并设立神学院以使愿意取得教士资格者得以训练他们的节欲和虔敬。宗教法庭的权力受到限制。订下了改革教会音乐和艺术的规则，裸体像应予适当的遮蔽以避免刺激感官的想象。又区别对肖像的崇拜与由其代表的人物崇拜；后者在坚定信仰的意义上是为教会赞成的。炼狱、宽容及向圣者祈祷，受到保护并再加界定。会议坦白地承认引发路德叛乱的滥权行为，有道敕令写道：
为给予宽容，会议敕令所有非法所得应自此完全放弃，以其为基督教人民之间的可悲的腐败泉源，至于其他来自迷信、无知、不敬或不论其他原因而引起的混乱，不能由特别的禁令铲除——会议责成每一位主教找出在他自己教区内存在的恶习，将之告知邻近的宗教会议，并在其他主教同意之下，报告给罗马教皇。
教皇和皇帝同意现在会议已经统一了认识，达到了预期目的。1563年12月4日，在疲惫的代表们愉快的欢呼声中终于被解散了。教会的方针被固定了好几个世纪。
相对的改革运动在其主要的目的上成功了。在天主教和新教国家，人们继续说谎与偷窃，引诱妇女与卖官鬻爵，杀戮与制造战争。但教士们的道德改进了，文艺复兴的意大利由狂乱的自由被驯服为与人类的要求相适宜。娼妓原是文艺复兴的罗马和威尼斯的主要产物，现在受到了打击，讲求贞洁又变得时髦。出版或发行淫秽书刊在意大利被认为是大忌，弗朗哥，这位阿雷蒂诺的秘书和敌人，为了他的普里亚佩亚而被庇护五世下令吊死。这些新规则对艺术和文学的影响无疑是有害的；巴洛克式的艺术由不名誉中怯生生地出现了；而从纯文学的角度，塔索、瓜里尼和戈尔多尼并非突然地由博亚尔多、阿廖斯托和戏剧家马基雅维利的水准中降低。西班牙文学和艺术的伟大时代在“天主教改革”的全盛时来临，但在文艺复兴的意大利那种欢愉的特质消失了；意大利的妇女丧失了来自改革以前的自由所产生的魅力和兴奋；一个健全而有心的道德在意大利产生了一个几近纯净的时代。修道院制度恢复了，从自由意志观点来看，崇尚思想自由的文艺复兴因教会与政治的检查而终止，对于人类来说是个损失；而在意大利和其他地方，科学正要打破中世纪枷锁时，宗教裁判的恢复是一个悲剧，教会有意地牺牲知识阶级以迎合虔敬的多数人，他们对观念的压制以防止使他们得到安慰的信仰解体。
教会的改革是真实而永久的，虽然教皇的君主式政体被称赞为对抗会议的主教的贵族统治，但那是那个时代的精神。各地弥漫贵族政治时，除了法国以外，教皇们无不将权力让给了国王们。教皇现在在道德上比主教优越；而宗教改革所需要的训练能由统一而非由分散的权威来引导将更有影响力，教皇终止了他们的滥用私人，又祛除了教会法庭耗资的拖延与声名狼藉的贪污。教会的行政，依非天主教学者的说法，变成效率和正直的典范。漆黑的忏悔室被应用（1547年），而且成为必需的，教士不再被美丽悔罪者引诱，宽大的贩卖者消失了；宽大更多地保留给虔敬的奉献者和慈善者，而非给财政的资助者。天主教的教士们并未因新教或自由思想的推进而退却，他们仍试图掌握年轻人的心灵，并效忠于权力。耶稣会的精神、信心、肯定、积极和纪律，变成了战斗教会的精神。
总之，那是一次令人惊讶的复兴，是新教改革中最辉煌的产物。
