在这位钢铁般的教皇之下，出版物的检查达到最严重的程度与范围，而宗教裁判在罗马和西班牙变成一种几乎不人道的恐怖。也许保罗四世感到检查文学作品和扑灭异端是教会不可避免的责任——对新教和天主教都一样——是由上帝之子订下的。因为如果教会是神圣的，它的敌对者一定是魔鬼的代言人，而反抗这些魔鬼的持续的战争是一个受侮辱的上帝的宗教责任。
检查制度几乎与教会一样的古老。艾菲索斯的基督徒，在阿波斯特勒斯（Apostles）时代烧掉了号称价值5万片银子的“奇怪的艺术”，而艾菲索斯会议（150年）禁止流传非正典的《保罗行传》（Acta Pauli）。在不同的时代，教皇命令焚毁《塔木德》和其他犹太人的书籍。威克利夫和以后的新教徒对《圣经》的翻译受到禁止，因为认为含有反对天主教的绪论、注解和修改。印刷术使教会的忧虑增加，严厉地禁止印刷品在教会内的流通以防止教会成员被虚假的教义腐化。拉特兰举行的第五次会议（1516年）敕令从此以后没有教会的检查和允许，书籍不准印行。世俗的权力者也对没有获得允许的出版物设了限制：1508年威尼斯的元老院，沃姆斯的会议，查理五世和1521年弗朗索瓦一世的敕令，1542年巴黎议会的禁令。而且，查理在1543年把教会控制出版伸张到西班牙统治的美洲大陆。第一本禁书的书目索引在1544年由索邦神学院发表，第一份意大利禁书清单在1545年由宗教裁判所发表。
1559年，保罗四世第一次刊行了教皇准许与禁止的书籍的索引，它点出了48种《圣经》的异教版本，而且把61名印刷者和出版者置于禁令之下。1519年以来，任何天主教徒阅读的，都明确记载著者、印刷者的名字、出版的地点和时间。此后，任何书必须获得教会的印行许可方可阅读。书商和学者们抱怨这些措施会妨碍或毁灭他们，但保罗坚持不改。在罗马、波隆那、那不勒斯、米兰、佛罗伦萨和威尼斯，成千的书籍被焚毁，在威尼斯每天1万册。保罗死后，教会的领袖指责他采取的方法太激烈而且不加选择，特伦特会议废弃了他的索引，并颁布了比较有秩序的禁令，即1564年的特伦特索引（Tridentine Index）。为此索引而设立的特别会议成立于1571年，它定期地修订和发行清单。
判断检查制度的影响是困难的。帕奥罗·萨尔皮（Paolo Sarpi）是一位曾当过教士而反对教权者，认为索引是“从未有过的最好的秘方——使人呆痴”。它也许是导致1600年以后的意大利和1700年以后的西班牙知识衰落的原因之一，但经济和政治因素更重要。根据英国历史学家断定，自由思想在天主教国家比在新教国家生存得更好。《圣经》的绝对主义，由新教神学者推行，到1750年证明对独立研究和思辨之害甚于这部索引和教会的宗教裁判。无论如何，人文主义运动在天主教和新教国家中逐渐衰弱了；重视生活的文学荒芜了；学习希腊文和对异教经典的爱好衰退了；胜利的神学家指责意大利的人道主义者是傲慢、放荡的无神论者。
书籍的检查，在保罗四世将之委托于宗教裁判所（1555年）后就比较松弛了。这项制度首先建立于1217年，在文艺复兴教皇们的宽大之下，逐渐丧失其权力与声望。最后与新教徒协调的企图在累根斯堡失败之后，新教的教义在意大利出现，甚至在僧侣之间，而整个城市如卢卡和摩德纳威胁着趋附新教，红衣主教乔万尼·卡拉法、罗耀拉和查理五世敦促恢复宗教裁判所。保罗三世屈服了（1542年），任命卡拉法和其他5位红衣主教重新组织，并授权他以将权力委之于基督教王国中指定的传教士。卡拉法以他习惯的严格，设立了总部和一个监狱，并为他的属下立了规则：
1.信仰有问题时，不得延误，但有疑虑时，严格的手段必须采取，而且须全速进行。
2.不须对任何诸侯或教士表现任何关切，不论其地位有多高。
3.宁可采取极端严苛的手段来对付任何以权势来保护他们自己的人。只能等到他完全忏悔，才可以温文和父亲的关切去对待。
4.一个人不应对任何一种异端容忍并降低他自己，尤其是对加尔文派教徒。
保罗三世和马尔塞鲁斯二世限制了卡拉法的热心，并保留了赦免上诉权。尤里乌斯三世无意干涉，因而在他的任期之内，几个异教徒在罗马被烧死。1550年，新的宗教裁判所下令审判任何不对抗新教而布道的天主教士。卡拉法成为教皇保罗四世时，这个组织的工作全力进行，在他“超人的精力”之下，红衣主教塞尔皮潘多说：“宗教裁判所获得了如此一个名声，因而不能从世界上任何其他审判席找到更恐怖和更受憎恶的判决。”裁判者的管辖范围延伸到亵渎上帝、买卖圣职、鸡奸、一夫多妻、强奸、淫媒，违反教会规律的斋戒，及许多其他的与异端无关的行为。我们再引述一位天主教历史学家的话：
这位急躁而轻信的教皇乐意听到指责，甚至最荒诞不经的……裁判官经常在教皇的催促之下，在许多事件中查出异端，然而一位平静而慎重的观察者不会发现有一点异端的迹象……忌妒者和中伤者积极地工作，想由那些反对裁判官的教会的支持者的话中找出嫌疑，加以无稽的异端分子的指责来对付他们……一个真正的恐怖统治开始了，使全罗马充满了恐惧。
在愤怒的高潮时（1557年5月31日），保罗下令捉拿乔万尼·莫罗内，他是摩德纳教区的大主教；而且在6月14日命令波尔红衣主教放弃他在英格兰的使节权并返回罗马接受有关异端的审判。教皇说，红衣主教团本身也受到异端的影响。波尔受到玛丽皇后的保护，她拒绝将教皇的诏令交给波尔。莫罗内被指控签署了累根斯堡协定，而且在他的管辖权之下对异教太宽大，并被控与波尔、维多利亚·科隆纳、弗拉米尼奥及其他危险分子为友。经过18天在圣安吉罗堡的囚犯生活，他被裁判官宣布无罪，并欲将他释放，但他拒绝离开地牢，除非保罗认为他无罪。保罗不愿意，莫罗内继续当犯人，保罗死后才被释放。弗拉米尼奥以假装濒于死亡来欺骗裁判官，但保罗说“我们已把他的兄弟切萨雷焚死在米纳瓦教堂前的广场”。以公平的意志，这位疯狂的教皇追踪他那些有异教嫌疑的亲戚。“假如我的父亲是个异教徒，”他说，“我也要找些木头来烧死他。”
幸而，保罗死了，结束了为期4年的统治。罗马以4天疯狂的暴动来庆祝他的死亡，群众拆下他的塑像，又拖到街上，把它丢到台伯河，烧掉了宗教裁判所的建筑，释放了囚犯，毁坏了所藏的文件。教皇可以反驳说只有他的固执、严苛和勇气才能改造罗马教会的道德和教会的浮滥，就这一点而言，他的前任都是失败的。可惜的是，在改造教会时，他记得托尔克马达，而忘了基督。
1559年的会议选出乔万尼·安吉罗·美第奇为教皇庇护四世时，全西欧松了一口气。他并不是美第奇家族的百万富翁，而是米兰一位收税员的儿子。他学习法律以维生，得到保罗三世的赞扬与信任，被任命为红衣主教并赢得睿智与仁慈的声名。作为教皇，他避免战争，谴责那些赞成侵略政策者。他没有终止宗教裁判，但他让裁判官知道他们“更能使他高兴，若他们能行以君子般的有礼而非野人般的粗暴的话”。有个疯子认为他太宽仁而想暗杀他，但教皇冷静而无防御地经过他的时候，他因敬畏而麻木了。庇护四世有礼而坚定地推行前任的宗教改革。他以允许德意志的大主教去供给圣餐所用的面包和酒作为安抚。他再度召开特伦特会议，并得到有系统的结论。1565年他去世了。
