到达罗马之后，他们并未立即要求觐见教皇，因此时保罗三世正陷入外交危机之中。他们服务于西班牙医院，照顾病患，教导青年。1538年初，保罗接见了他们，对他们赴巴勒斯坦并欲居住在那里作为典型教士之想法深为感动；保罗及一些红衣主教捐赠了210克朗给这个团体做路费。当这些虔敬者必须因其想法之不可行而放弃时，他们将这笔钱还给捐赠者。留在北方的会员被召至罗马，使这个团体有11位会员。保罗任命法贝尔及莱内斯为罗马大学教授，而伊格内修斯及其他的人献身于慈善及教育工作。罗耀拉从事一项使娼妓皈依宗教之特别工作；由他的支持者所募集之金钱，他创立“玛莎之家”（House of Martha）；他狂热的反对性的违常的教诲使他在罗马树了很多敌人。制定加入的资格与团体应遵守的规则变得越来越有必要了。
当新的成员被接纳加入此团体时，服从被加到原有之纯净与贫穷之誓言内；这位“将军”由他们选出而应被服从之程度仅次于教皇。第四项誓言被采纳为“侍奉罗马教皇（Roman Pontiff）作为上帝在尘世的代理”和“立即且毫无犹豫及借口地执行在位教皇及其继承者可能加诸他们的责任，即为生灵之利益或信仰来宣扬”，且在世上的任何地方。1539年，罗耀拉请求孔塔里尼红衣主教将该组织的这些条文交给教皇保罗三世，并请求教皇认可该团体为一个新教派。教皇是赞成的，有些红衣主教反对，认为该团体是无法驾驭的极端主义者；但保罗克服了他们的反对，并以“为地上教会之规则”（Regimini Militantis ecclesiae）之敕令正式建立敕令中所宣称的耶稣会（Societás Jesú）（1540年9月27日）。耶稣会之名直到1544年才出现，而后主要被加尔文及其他的批评者当作一种讥讽用语；伊格内修斯自己从未如此用过。他死后因这个新教派的成功而失去了昔日讽刺的意味，而在16世纪成了荣誉的表征。
1541年4月17日，伊格内修斯被选为修道会长。其后数日他洗刷盘子并尽职于这最谦卑的工作。在他的余年（他当时是50岁），他把罗马当成了他的家，该城市也变成耶稣会永远的总部。在1547年到1552年之间，经过慎思及试验，他起草了规范，后稍经修改，成为今日耶稣会之戒律。在戒律中最终的权力属于彻底宣誓加入的分子。这将由每一个主教辖区选两名代表，而这些代表——连同主教辖区之领袖教会会长及他的助手——合而为“宗教会议”（General Congregration）。当需要的时候，将可选举一位新的会长，并可授权给他，只要他不犯大错。他有1名“劝谏者”及4名助理，他们将监视他的每一个行动，警告他的任何严重过失，并在有需要时，召开宗教大会来免他的职。
欲加入之候选人须经历两年的学习，他们依该会之宗旨及戒律而被训练，经历精神的锻炼，履行低贱的责任，并对上级绝对的“神圣服从”。他们必须将个人的意志搁在一边，并使他们自己能像一个士兵一样被命令并像“一具死尸”一样地被指挥；他们必须服从他们的长者就像服从上帝；他们必须同意把他们同事的过失报告给长者，并且不因被报告而心怀怨恨。这种戒律是严格的但是有差别和弹性的；它很少使意志崩溃或摧毁发动力。显然地，去服从的意愿是学习命令的第一步，因这种训练造就了许多能干的并有进取精神的人。
那些通过这种试探性的见习修行者可以作“简单的”——可收回的——贫穷、慈悲及服从的誓言，并可进入“第二阶段”。他们有些人将停留在那个阶段作为凡人修士；有些作为“养成学者”，渴望有教士资格，学习数学、古典文学、哲学及神学，并将在学校及学院中教书。那些通过更进一步的测验得进入第三阶段——“养成主教助理”。有些人将升入第四阶段“宣誓加入者”——所有的教士，特别是宣誓承担任何教皇给他们指定的任何工作或任务的修行者。这“宣誓加入者”通常只占整个团体之一部分，有时不及全人数的1/10。所有人在四个阶段均过着与僧侣一样的生活，但由于他们许多行政的及教学的责任，他们被免除于每日7次祈祷。禁欲的执行是不需要的，虽然有时可能被劝告。饮食有所节制，但并无严格的斋戒；躯体及心灵保持者适合任何工作。会员可以保留当他加入教团时所拥有的财产和头衔，但由之而来的收入将缴给团体，该团体并将成为最后之继承者，每一位耶稣会士的财产与行动必须贡献给上帝的伟大的光辉（ad Majorem Dei gloriam）。
很少有一个教会能如此确定地拥有同一类的人格。罗耀拉活得够长的了，使他将该规约修改为一成功的有效用的戒律。由他的狭小简陋的房间，他以严厉的权威及优越的技巧指导他的“小军队”在欧洲每一个地方及地球上其他地方行动。他统理该教团之任务，建立并管理两个学院及几个在罗马的慈善机构。在他年老时证明这不适合于他的脾气；虽然对衰弱者仁慈，但他变得对他最亲密的同伴残酷而粗暴。他对自己也很严厉。他常以一把果核，一片面包及一杯水作为食物。他经常只睡4小时，甚至每天以半小时的时间他让自己沉湎于天国的幻想与教化。当他死时（1556年），许多罗马人感觉刺骨的风停止了呼啸，他的一些跟从者混杂着解脱与悲伤之感。人们不能如此快地了解，这位不屈不挠的西班牙人将被证明为现代历史上最有影响力的人。
在他死时，该教团约有1000名会员，其中35人是“立了誓”的。几经争论而几乎使精神解体，迭戈·莱内斯被选为修道会长；因他在四代以前有犹太人祖先，使他不能为一些西班牙贵族所接受，这些人在教团中颇有影响力。教皇保罗四世，害怕耶稣会会长之职位（由于其为终身职位）可能发展到与教皇权竞争，因而命令将教会会长之任期限制为3年；但庇护四世废除了这项命令，而会长成了（由他的黑色法衣）“黑色的教皇”（the Black Pope）。在博吉亚（Francis Borgia），甘迪亚的杜克（Duke of Gandia），参加该教团并贡献其财富之后，该团体在范围及力量上增长得很快。第三位会长在任时（1565年），共有3500名会员，拥有130间房子，散布在18个省。
欧洲只是它活动的一小部分，耶稣会派遣教徒到印度、中国、日本及新大陆。在北美，他们是冒险犯难及不能被打倒的探险者，忍受每一个苦难，将之视为上帝的礼物。在南美洲他们在发展教育及科学的农业方面比任何其他团体要做得更多。1541年，圣泽维尔乘一艘葡萄牙船离开里斯本，经过一年的旅行及艰辛，他到达了果阿。在那里他去街上以摇铃来招揽听众；他以真诚及口才解释基督之教义，并以愉快地分担他可怜的听众的生活来阐释基督徒的道德，因而他在印度教徒及穆斯林中争取了成千的信仰改变者，甚至使一些受苦受难被放逐的葡萄牙基督徒信服。他的治疗可能由于他那感染人的信心或他的一点医药方面的知识；后来神迹被归附于他，但他自己表示并无此事。教皇的敕令赞扬他（1622年），并称其拥有“舌尖的禀赋”——在需要时说任何语言之能力；但事实上这位英雄式的圣者是个拙劣的语言学者，他花了许多时间记忆坦米尔（Tamil）、马来及日本语证道辞。有时他的信心对他的人道来说是太强了。他促使葡萄牙的约翰三世在果阿建立宗教裁判所，并建议除非有几代的基督教祖先，印度人不能被任命以圣职；他不能忍受一个葡萄牙人向一个本地人悔罪的想法。他终于离开了果阿，因为他的目标太混乱了。“我希望到一个没有穆斯林或犹太人的地方。给我完完全全的异教徒！”——这些人，他认为，较易改变信仰，因较少受另一种信仰之感染。1550年，他起程赴日本，在途中学习日语。在鹿岛（Kagoshima）登陆之后，他及他的同伴在街上布道，并受到民众谦恭地听从。两年后他返回果阿；他安抚了那里由基督徒所引起之不安，而后乘船赴中国传教（1552年）。备极艰辛后他到达珠江口，中国皇帝认为一个欧洲人进入中国是犯了一项重罪；然而泽维尔没有放弃，他想找到别的出入口。在等待中，他病倒了，他死于1552年12月2日，口中呼喊着：“在你，上帝，我怀抱希望；让我永不受困惑。”他当时46岁。
耶稣会教士在欧洲也表现出同样的热忱。他们忠于职守，照顾病人，在有瘟疫的时候。他们对各阶层传教，并调适其用语于每一种情况。他们优越的教养与风度为妇女及贵族们所喜爱，终于也为国王所喜爱，他们积极地参与世界的事务，但注意谨慎和技巧；伊格内修斯劝告他们说，较多的谨慎与较少的虔敬比较多的虔敬及较少的谨慎为佳。大致上他们是有高贵道德情操的；虽然他们赞成宗教法庭之裁判，但他们是敬而远之，宁可经由教育之途，他们会员人数有限而只能将教导幼童之事留给他人；他们致力于中等教育；在发现大学被其他教派，或世俗的或新教徒的僧侣所把控时，他们组织了他们自己的学院，并希冀训练那些经过选择的年轻人成为下一代影响力的中心。他们成为那个时代最伟大的教育家。
在欧洲重要的地点他们设立了初级研究院（Studia Inferiora）——相当于德国的高等学校（Gymnasien）和法国的公立中学（Lycées）——及高级研究院（studia superiora）——学院。有时，如在科英布拉及卢万，他们能接管现成的大学。他们因免费的教授而使他们的竞争者震惊，课程可能仿自共同生活兄弟会（Brethren of the Common life），在荷兰及德国所设立的学校，有些取自斯特拉斯堡的狂飙课程，有些取材自德国及意大利的人道主义学校。它是基于古典文学并以拉丁文教授；学生禁止用本国的语言，但在假日可以。在较高的年级，经院哲学被恢复了。人格教育——道德的及礼仪的——被给予新的重视，并重新与宗教信仰发生密切的关系，传统的信仰每日再三地教诲，而祈祷、默思、忏悔、圣餐、弥撒及神学以正统之说浸染学生。因此在16世纪，只有很少的人脱离正统，人道主义由异教回归于基督教。尽管如此，这个制度仍有严重的缺点：它太依靠记忆，以至丧失了创造力，如同当时其他的课程，它在科学课程方面欠缺，并修订历史以统治现在。如此，独立的思想家培根，不久即批评耶稣会，“像他们那样，我们将永远不会再有进步，我们应当想想这是否是我们需要的”。其后两个世纪，他们的毕业生在几乎每一个行业中有优越的表现，除了在科学研究以外。
在罗耀拉死之前，已有100所耶稣会学院。经由教育、外交、热忱，经由有训练的狂热，经由对目标的协调和各种技巧的运用，耶稣会阻遏了新教徒的潮流，并为教会争取了德国的大部分，匈牙利及波希米亚的大部分，基督教波兰的全部，很少有这么小的团体如此快速地达到这种成就。一年又一年，其声望及影响力增加了，耶稣会自其正式建立后20年，被认为是天主教改革最辉煌的成果。最后，教会终于敢于召开一次大会，使其成为欧洲长期之向往，并以之来安息神学之争论，治愈其自身之创伤，这要归功于少数耶稣会会员——由于他们的博学、忠诚、谨慎、机智及口才——教皇们依赖他们以保卫自己的权威不受到挑战，以及古代信仰之永不磨灭。
