道德重整同时发生在修道院教团中。我们可由虔敬的正统的米开朗基罗的评论想象他们的名声如何，当他听到塞巴斯蒂安·德尔·皮翁博（Sebastian del piombo）要在蒙托里奥之圣彼得教堂绘一幅教士图像时，他表示反对，因僧侣们败坏了这个世界，而该图像是如此庞大，若其将损及教堂是不足为奇的，何况教堂又是如此之少。格里高利·科尔特塞（Gregorio Cortese）在帕多瓦开始耐心地改革本尼狄克特派；吉罗拉莫·塞利潘多（Girolamo Seripando）改革奥斯丁·卡农（Austin Canons）；埃吉第奥·卡尼西奥（Egidio Canisio）改革奥古斯丁·埃雷米特斯（Augustinian Eremites）；帕奥罗·吉斯蒂尼亚尼（Paolo Giustiniani）改革卡马尔多利特斯（Camaldolites）。
新的修道院教团强调改革。安东尼奥·玛利亚·拉卡丽亚（Antonio Maria Laccaria）1533年在米兰创立圣保罗的克勒克斯·勒古拉尔（The Clerks Regular of St.Paul），是个教士的组织，誓约固守于修道院之贫穷；他们最初集合于圣巴纳巴斯（St.Barnabas）教堂，因此他们被称为“巴纳比特斯”（“Barnabites”）。在1535年，圣安吉拉（St.Angela）组织了乌尔苏利纳（Ursuline）的修女，以教育女孩、看护病患或穷人；而在1540年，圣约翰（St.John of God）在格拉纳达创立了慈悲兄弟会（the Brothers of Mercy），做服务工作。1523年，马特奥·德巴西（Matteo de’Bassi）下定决心去遵守他们的创导者给圣方济各所定的规律。其他教士参加了该组织，而在1525年前，参加者鼓舞了马泰奥（Matteo）去要求教皇的批准成立弗朗西斯的新支流，奉行严格的规律。其教团之狭窄性使其因抗命而入狱，但马泰奥不久即被释放，而在1528年克莱门特七世确认了圣方济各的新教团——其如此命名因僧侣们穿着相同于弗朗西斯曾穿过的修士服。他们穿粗劣的衣服，以面包、蔬菜、水果和水维生，保持严格的斋戒，居住在狭窄的破陋茅屋之中，从不旅行，整年赤脚。他们的名声在于其忘我地照顾1528—1529年间的疫病病人。他们的热诚使维多利亚·科隆纳及其他刚萌念头的新教徒对教会效忠，该教会仍可能产生如此热忱的基督徒。
在这个世纪，修道院改革中最值得一书的人物是一位在西班牙的纤弱、巧妙的女修道院院长。特蕾莎（Teresa de Cepeda）是亚威拉一位卡斯蒂里安骑士的女儿，该骑士自负于其清教徒的正直品行及其对教会之忠诚；每晚念圣者之生活给他的家庭成员听。特蕾莎的母亲，一位长期病患，以侠士之罗曼史来充实其苦涩的日子，并在她的病榻上享受高尔的阿马狄斯（Amadis of Gaul）的冒险事迹。特蕾莎的童年幻想逡巡于浪漫的爱情与崇高的殉道。10岁时她立誓要成为修女。但4年以后，她突然绽放成为一个美丽的年轻女子了，跳跃在生命的欢愉中，多彩的服装使她倍加妩媚而使之遗忘了修道院的装束。崇拜者接踵而来；她与其中之一热恋了，并被邀约。在最重要的关头她受到惊吓并向她父亲供认了这“可怖的阴谋”。其时母亲已死亡，阿伦佐·德塞佩达（Don Alonzo de Cepeda）将此敏感的女孩子交给亚威拉之奥古斯丁（Augustinian）教会的修女们。
特蕾莎憎恶修道院中严肃的生活与纪律。她拒绝立誓作修女，且烦躁地企盼着16岁生日之来临，届时她将被允许离开。但当这个月快到达时，她病得很厉害，几至死亡。后来虽然恢复了，但她的年轻的欢愉却消失了。显然地，她得了一种歇斯底里的癫痫症，可能由于对不合其本性之束缚的压抑的反抗。虽痊愈了，但已使她疲惫不堪。她的父亲将之迁出修道院，送她去乡下与同父异母之姐妹同住。在旅途中一位叔父给她一册《圣哲罗姆》。那些栩栩如生的字句描绘地狱的恐怖，及性的挑逗在通往永恒破灭的道路上将带来怎样的惩罚。特蕾莎读得很用心。经过另一次严重的打击，她放弃了追求世俗快乐的想法，并决心去履行她童年的誓言。她回到亚威拉，并加入加尔默罗会（the Carmelite Convent of the Incarnation，1534年）。
有一个时期她对日常的弥撒、令人安慰的祷告和净心的忏悔觉得快乐；当她领取圣餐时她觉得圣体如同真实的基督在她舌头及血液之中。但她被修道院的松弛的纪律所困扰。修女们不住在小室而是住在舒适的房子里；除了每周的斋戒外她们忙得很；她们用项圈、手镯及指环装饰自己；她们在客厅接待访客，并在修道院外享受长假。特蕾莎感觉这些情况不足以保护她使之免于情欲之诱惑与想象。也许是由于这些原因及她渐增的不满，她的病发作得更加频繁且更痛苦。她的父亲又将她送到她姐妹处，而且在路途中她的叔父又给了她一本宗教书籍：《宗教初阶》（The Third Abecedarium），作者是弗朗西斯科·德奥苏纳。它是一集神秘祷文，是祷告文而无文字；因作者认为：“只有以静默来接近上帝，话语才能被听见并会被赐予答案。”她在乡间休息并练习静默的冥思的祷告，这种祷告与她发病时的恍惚状态非常吻合。
一位草药医生曾给她治疗，但他的调理几乎致她于死，当她在1537年回到亚威拉修道院时，她濒于死亡，并渴求其来临。现在病情严重得发作了；她昏厥而被误以为死亡；有两天的时间冰冷而寂然地躺着，显然地并无呼吸；修女们为她挖了个坟墓。她恢复了，但仍软弱得无法消化硬质的食物，且不能被碰触。有8个月之久她躺在修道院的疗养所呈现完全之瘫痪状态。她的病情逐渐发展到半瘫痪，但“的确我不受重病之侵袭的时间很少”。她扬弃了医药治疗，而决定完全仰赖祷告。3年之间，她受苦、她祈祷。但突然地，在1540年的一个早晨，这位缠绵病榻，几乎无可救药的病人醒来发现她的四肢不再麻痹了。她起身而行。日复一日，她更积极地参加修道院的活动。她的恢复被称为一次奇迹，而她也如此相信。也许是因为祷告使其冲突的情欲、罪恶感及对地狱之恐惧之过度紧张的神经系统得到抚慰；而其平静了的神经，给其身躯带来了不寻常的安宁。
因卡纳西翁（Incarnation）女修院因这一神奇的痊愈而变得名声斐然。人们由附近的乡镇来探视这位上帝所复原的人；他们捐钱及礼物给此神圣的修道院；女修道院院长鼓励这种访问，并令特蕾莎出现在访客面前。特蕾莎觉得苦恼的是她因访问、名声及英俊男人之出现而感到愉快。一种罪恶感回流到她身上。1542年的一天，当她在客厅与一位特别吸引她的男人谈话时，她认为她看见基督站在访问者的身边。她陷入恍惚中，而不得不被人用帆布床抬到陋室之中。
其后16年之间，她继续地发生此种幻觉。此幻觉对她变得比生活更真实。1558年，当她贯注于祈祷时，她觉得她的灵魂移出了躯壳而奔向上天，并在那里看见并听到基督。这些幻觉不再使她疲惫，它使她振作。她写道：
常常，由于可怕的痛苦连带之虚弱与感动，灵魂由其中涌出充满了生命力及可赞赏地适合采取行动……如同上帝已决定肉体本身，已服从于灵魂的渴望，应分享灵魂的快乐……灵魂经此眷顾而被赋予极大之勇气以致在当时若躯体为上帝之故而成粉碎，它也只会觉得最真实的舒适。
在另一个场合她认为一位“非常美丽的天使”，用一枝长的金标枪，尾之以火，“几次地穿过我的心，所以它达到了我的体内”——
这种苦楚是如此真实，迫使我大声呻吟，然而它是令人惊讶甜蜜，因而我不欲被由其中救出。没有其他生命的喜悦能给予更多的满足。当天使收回标枪，他遗留给我对上帝的伟大的爱的狂热。
圣特蕾莎著作中的这一段及其他记载是精神分析的现成资料，但没有一个人能怀疑这位圣者的高度真诚。如同伊格内修斯（Ignatius），他相信她见过上帝，而这最深奥难解的问题在这些幻觉中对她表明得很清楚：
一天，在祈祷，在一瞬间我被赋予洞察上帝所看之事务及其内在……那是上帝所曾赐给我的所有的恩典的最佳代表……我们的主使我了解到如何一位上帝能显然在3个人身上，他使我看得如此真切，因而当我被慰藉时，我是极端地惊讶……而现在，当我想到三位一体之圣时……我感到一种无可言喻的快乐。
特蕾莎的修道院姐妹们解释她的看法为幻想与病态的发作。听她告解的神父倾向此种观点，并严厉地告诉她：“魔鬼欺骗了你的感觉。”城里的人认为她被恶魔附体，招致宗教裁判来检查她，并建议一位僧侣来为她驱邪。一位朋友劝告她将生活及幻觉的描述报告给裁判法庭。她写下了古典的《人生》（Vida），调查者审视它，并宣布其为神圣之文件，其可增强阅读者之信仰。
由此判决而使她的地位强化，特蕾莎现在已57岁了，决心去改革加尔默罗修女教团。她并非去恢复古老的因卡纳西翁修道院的苦行纪律，她决定开创一所隔开的修道院，她邀请愿意接受绝对贫穷统治的修女及见习修女参加。原来的加尔默罗会穿着破旧的忏悔服，永远打赤脚，吃得俭省并常斋戒。特蕾莎要求她的不穿鞋的加尔默罗教徒以相似的严苛规律，其本身并非目的，而是作为谦卑与抗拒此诱人的世界的代表。但引起了上千的障碍；亚威拉城里的人指责此种计划为终止修女及其亲戚的来往。她发现有4位修女参加，而新的圣约瑟修道院于1562年在亚威拉的一条小街上成立。修女们穿着草鞋，以稻草为褥，戒荤食，严格地足不出户。
180位旧制修女简单表明对她们平易作风的不满。修道院的副主持，认为特蕾莎应遵守她服从的誓言，并命令她重着她以前之白道袍、穿鞋子，并回到因卡纳西翁的修道院。特蕾莎服从了。她被判以傲慢之罪，并被困于其小室内。城议会票决关闭圣约瑟修道院，并派遣4个壮汉驱逐无领导者之修女们。但着草鞋的修女们说：“上帝希望我们留下，因之我们应留下。”而冷酷的法律官员们不敢强迫她们。特蕾莎因谈及凡阻止其计划者即为触犯圣灵而使加尔默罗的俗人震惊，她被释放了。4位修女与她一起离开，这5位妇女经过雪地回到她们的新家。4位创始的会员把她当作圣母那般，愉快地欢迎她。对几乎所有西班牙人而言，她现在成为特蕾莎·耶稣（Teresa de Jesu），即上帝之密友。
她的规则是亲爱、欢愉和坚定。她们的住处不对外开放，访客不得进入，窗户蔽以布幔，砖地作为床、桌及椅子。一个旋转的盘子装在墙中间；不论什么食物放在桌子的外半边皆被感激地接受，但不许乞讨。她们以纺织及刺绣来增加收入；其产品置于修道院外，任何买者可以选取他所喜爱的并留下他愿付出的。不顾这些清规，新会员加入了，其中之一是亚威拉最美貌、最受爱慕的女人。加尔默罗的修道会长，访问过这小修道院，印象是如此深刻而要求特蕾莎在西班牙其他地方设立相似的房子。1567年，她带了一些修女，乘坐一辆简陋的马车，经过70英里的崎岖道路在麦第纳德康波（Medina del Campo）设立了赤足加尔默罗（Discalced Carmelite）修道院。给予她的唯一一所房子是个废弃的、倒塌的建筑，所有的是残墙与漏顶。但当居民看到修女们要住进去时，木匠和建筑工来了，未受请求亦不要求报酬，为她们修补并做简单的家具。
麦第纳的加尔默罗派修道院副院长，希望改革他的纪律松弛的教士，想到特蕾莎并求教其训练的方法。这位副院长很高，但陪同他的一位青年是如此弱小，而使特蕾莎用启发她苦行的幽默，在他们离开时喊道：“我主保佑，因我有一个半修道士作为我的新修道院的基础。”这位小的教士名胡安·耶皮斯（Juan de Yepisy Alvary），注定了要成为圣胡安·德拉·克鲁兹（San Juan de la Cruz），即圣十字的圣约翰（St.John of the Cross）——赤足加尔默罗会教士们的灵魂与荣耀。
特蕾莎的困难并没有结束。加尔默罗会的大主教，也许是为了考验她的意志与勇气，任命她为因卡纳西翁修道院的副院长。该地的修女们恨她，并害怕她会为了报复而对她们极尽侮辱之能事，但她的举止是如此之谦恭及仁慈而将她们一个个地争取过来，逐渐地，新的及更严格的制度代替了旧有的松弛，由这个胜利，特蕾莎更进一步在塞维尔设立一所新的修道院。
规则较松的修道士则决定停止此种政策之延伸，有人偷偷地将一名密探伪装为赤足修女派到塞维尔修道院，不久这女人声称特蕾莎鞭笞修女并偷听告解，俨如她是一位僧侣。宗教裁判所被请求去调查她。她被招至可怕的法庭；法官听她的证言，并作判决：“你可免于所有的指控……回去并继续你的工作。”但教皇的使节被她的敌人说服。他谴责特蕾莎是个“不服从的、顽固的女人，她假借虔敬散播有害的教战，她违抗她的长者之命令私离修道院，她是有野心的，并教授神学恍如她是宗教的解释者，藐视圣保罗，她禁止妇女教书。”他命她退职而幽居于托利多（1575年）的修女院。
因在此新的变化中无所适从，特蕾莎写信给国王。菲利普二世曾读过并喜爱她的《生活》一书，他派遣了一位特使请她来觐见；他听了她的辩解，并相信她的高尚品格，教廷之特使被国王谴责，而撤销了他对特蕾莎约束的命令，并宣称他是被蒙蔽的。
她开始旅行，在苦难之中写了著名的带有神秘信仰的著作：《美满之道》（El camino de la perfección，1567年）及《内在之城》（El Castillo interior，1577年），在后一她提到她身体的疾病又回来了。“感觉上似乎是许多泛滥的河流冲激在我的脑子里，越过一处悬崖，然后再度地被水浪声所淹没，那是鸟的歌声与啼声，我使我的脑筋倦怠并增加我的头痛。”心脏病复发了，而她的胃感到难以吸收食物。虽然如此，她艰辛地经过她所创建的、检查的、改进的、激励的一个个修女院。在马拉加她被一阵麻痹所侵袭；她恢复了，继续到塞哥维亚、巴利阿多利德、帕伦西亚、布尔戈斯和阿尔瓦去；肺出血迫使她中止行程。她愉悦地接受死亡，深信她要离开一个痛苦及邪恶的世界，并要永远地陪伴基督。
经过一场可耻的竞争，及阿尔瓦和亚威拉二地对其遗体之抢夺后，她被葬在她出生的城镇，虔敬的崇拜者声称她的躯体永不会败坏，而在她的坟墓有着许多神迹的报道，1593年，赤足托钵教派这个团体得到教皇敕准。著名的西班牙人如塞万提斯和维加联合呼吁教皇至少要美化她，要求在1614年达成，而8年后，特蕾莎连同阿波斯特尔·詹姆斯（Apostle James），被宣称为西班牙守护神之一。
同时在西班牙有一位更伟大的人物出现来改革教会并推动世界。
