的确，忠实的教士们几个世纪以来承认教会改革的需要，宗教改革的爆发与进展予改革的需要与要求以新的迫切性，成百上千的小册子与讽刺书将矛头指向僧侣，罗马遭劫触及了受惊吓的红衣主教和民众的良心与收入，上百位教士表示这个大灾难是上帝的警告。史塔菲里奥（Stafileo）主教1528年在教廷法院讲教战，以新教徒的口吻解释上帝何以打击基督教世界的首都：“因为所有的躯壳都变得腐败了，我们不是罗马这个圣城的公民，而是巴比伦的，是腐败之城的公民。”正如路德曾说过的话。
1517年前不久，乔万尼·彼得罗·卡拉法（Giovanni Pietro Caraffa）和加埃塔诺·蒂内（Gaetano da Thiene）在罗马创设了“圣爱祷告所”——为祷告与自我改革之用。许多显赫的人物参加，其中包括萨多雷托、吉贝蒂、朱利亚诺·达蒂（Giuliano Dati）。1524年，加埃塔诺制定了僧侣规程——教区牧师遵从修道院的誓约。在罗马之劫后，该祷告所被解散了，而卡拉法及他人参加了新的教团，采用的名字为塞亚蒂内斯，源自卡拉法的两个塞亚特辖区；基耶蒂声望高的人被允许加入——班贝格、马坎托尼欧·弗拉米尼奥、路易吉·普列里、孔塔里尼、雷金纳德·波尔……他们保证固守贫穷、照顾病患及严格的道德生活，去“补偿”“僧侣们欠缺的，他们被恶意和无知所腐败而危及人民”，其会员散布在意大利，而他们的例子连同教堂的改革，连同圣方济各会及耶稣会的例子被广泛宣传，以恢复天主教僧侣和教皇道德的情操。卡拉法领先推却其所有的圣俸，并将其可观的财富分给穷人。
吉贝蒂本人及其经历是天主教改革的缩影。在利奥十世教皇的时代，他是主要的人文主义者；在克莱门特七世时，他当教廷法庭的第一书记。受到1527年大灾难的震荡，他回到维罗纳当主教，治理其教区俨如一个苦行僧。他震惊于该处宗教的败坏——教堂毁坏，宣讲教义甚少，教士在弥撒时不解拉丁文，民众甚少使用告解室。经过例证、箴言及坚定的训练，他改革了他的僧侣团体。不久，一位天主教历史学家表示：“地牢中关满了纳妾的教士。”吉贝蒂在1531年重建卡利特德联合会，此为朱利亚诺·美第奇红衣主教于1519年创建；他设立孤儿院，开创了平民银行以便借债者免于高利贷者的剥削，埃尔科莱·贡萨加红衣主教在曼图亚，维达在阿尔巴，法比奥维吉利在斯波雷托推行了相似的改革。许多主教了解教廷必须改革，否则便将死亡。
几位正教改革的英雄其后受到他们曾协助拯救的教会的褒扬。圣菲利普·内里（St.Philip Neri）是一位佛罗伦萨城的贵族，1540年在罗马创立了特殊的教团（Trinitàde’Pellegrini）：由12位俗人组成，在参加星期弥撒后，将赴长方形会堂之一或草原地朝圣，在该地表示或听从真诚的经语并唱宗教乐曲。他们很多都做了教士，奥拉托里的教父由他们对音乐的爱好组成了合唱之义圣查里·波罗维梅奥（St.Charles Borrowmeo）。教皇庇护四世的侄子辞去了罗马红衣主教的高位以清洁米兰的宗教生活。作为大主教，他在僧侣中维持纪律，并由其本身的严肃与奉献来显示其决心。不过那里有些反抗，乌米利亚蒂（Umiliati）3个教团，首傲于其谦恭，退化沉溺于一种逸乐的、甚至放荡不羁的生活，红衣主教命令他们遵守他们的规矩。其中一人在他祷告时对他放了一枪，结果民众把他当成宗教革新最好的示范加以崇敬。在其一生及其主教辖区之内，庄重在僧侣和俗人中成为流行的品质。整个意大利皆可感受到他的影响，并将红衣主教由世俗的贵族变成奉献的教士。
由于这些人物刺激，教皇们才开始关注宗教的改革。教皇保罗三世任期之初，著名的法学家乔万·巴蒂斯塔·卡西亚（Giovan Battista Caccia），就教会的改革呈给他一篇论文。他在序言中表示：“我认为教会这样改变，使她失去了《福音书》派的品格；而教会本身也找不出谦恭、节制、节欲及使徒的力量。”保罗用接纳这篇论文表示了他的态度。1534年11月20日，他任命皮科罗米尼、桑塞韦利诺、塞斯3位红衣主教起草教会道德改革的计划。1535年1月15日，他敕令严格执行1513年利奥十世改革的训谕。由于受困于教皇和帝国的政治，惊恐于土耳其人的出现，以及不愿意在这些危机中以激进的变革干扰教会法庭的结构与功能，保罗延缓了积极的改革，但他所举荐的红衣主教们几乎都以廉正和热诚而著名。1536年7月，他邀请了孔塔里尼、卡拉法、萨多雷托、科尔特塞、杰罗姆·阿林德尔、波尔、托马索·巴地亚和古比奥的弗德里戈·弗雷戈塞（Federigo Fregose）主教，他们都致力于改革，在罗马召开改革会议，并命他们将教会的弊端见于文章，及采纳他们所欲建议的方法缓和弊端。萨多雷托以勇敢的声明引出了开场白，他声言，教皇们的罪愆、恶行及财政的贪污，正是教会退化的主要原因。该会议持续了3个月。其精神领导者为孔塔里尼，是反宗教改革（Counter Reformation）中的最佳人选。他1483年生于威尼斯的贵族家庭，并受教于自由的帕多瓦，很快升任为威尼斯政府中的高位。他被派往查理五世德国的使节，陪同他到英格兰和西班牙，并在教皇法庭中担任元老院的代表（1527—1530年）。退出政坛后，他勤于研读，使他家成为威尼斯最好的政治家、传教士、哲学家及人道主义者的聚会之所。虽然是俗人，他思虑宗教的革新，并与卡拉法、吉伯提、科尔特塞、波尔等人积极合作。意大利视他为知识与品行罕有的结合。1535年，他被保罗三世任命为红衣主教，但他从未见过教皇。
1537年3月，调查团呈给教皇们一致的建议。改革教会而任命的红衣主教会议以令人惊讶的直白暴露了教皇政府的弊端，并勇敢地将其归因于“精于宗教法典者肆无忌惮地夸大教皇的权威”。该报告认为：“有些教皇擅用权力变卖教会的办公处所，而卖圣物扩展了唯利是图与腐败之风，使教会这个伟大的组织由于人民对她的廉正缺少信心而濒于崩溃。”该报告力陈对所有教廷的活动予严格的监督，对特赦有所节制，停止对他们金钱的酬佣，对所有任命有较高的标准及其对红衣主教和传教士的适任性，禁止多重或不在位而领取圣俸。该报告又说：“在整个世界上，所有的牧羊人都放弃了他们的羊群并将之托付于佣工。”僧侣的规约必须恢复，而修道院应置于主教的监督之下，因为僧侣的巡视曾招致毁谤与亵渎。赦免一年只能宣布一次。该报告以对教皇严肃的劝诫结束：
我倒已满意我们的良心，虽然希望渺茫，在你的任期内，神的教堂恢复了……你领取了保罗之名，我倒希望你模仿他的慈悲，他被选为传达基督之名给异教徒的工具，而你，我们希望，已中选去复活并寻找那些早已被异教徒和僧侣们忘记的名字；去治愈我们的病痛，去团结基督的羊群于一栏之中，使我们的头免于愤怒，免于上帝威胁性的报复。
保罗愉快地接纳此“金言”，正如许多人所说的，并分送每个红衣主教一份副本。路德将之译为德文，刊行出来作为与罗马决裂的理由。然而，他判断该文件的作者们是“骗子……绝望的激进派以嘲笑来改造教会”。1537年4月20日，保罗任命了4位红衣主教——孔塔里尼、卡拉法、西莫内塔、吉努西——改造达塔利亚，它是教会法庭的一个部门，已因授予特赦、恩惠、特权、特典和圣职而腐败异常，而该权力是保留给教皇的权力。这种作为需要勇气，因达塔利亚每年贡献5万杜卡特给教皇——几约其收入之半。行动立即引起了官员及其家属的痛苦叫嚣，他们抱怨罗马生活费太高，并宣称若他们被束缚于法律许可的范围内，则他们的家庭立即就匮乏不堪。保罗谨慎地进行，但阿林德尔书告莫罗内（Morone，1540年4月27日），“改革的工作忙碌地进行”。12月13日，保罗召集了居住在罗马的80位大主教和主教，敕令他们回到他们的辖区。又一次产生了许多反对意见。莫罗内警告教皇：急迫地执行这项命令可能驱使一些主教回到目前新教徒占优势之地，加入路德派。这种事确有发生。不久保罗在帝国政治中丧失了他自己，而将其改革留诸其继任者。
内在的改革运动获胜于它的领导者卡拉法膺选为保罗四世（1555年）。僧侣们未获正式的许可及明显的需要而离开他们的修道院的，被命令立即回去。1558年8月22日晚上，教皇命令关闭罗马所有的城门，并逮捕所有游荡的教士。相似的做法在整个教皇国内施行，一些触犯者被罚做划船苦工。修道院不再供给不在的官吏岁收。主教及修道院长们若非确实在教庭法院有固定的工作，皆被请求回到他们的工作岗位，否则将丧失他们的收入。双重圣俸被禁止。教廷法院所有的部门被命令减少他们的支出，并消除任命圣职时任何买卖职位以谋利的行为。虽已削减了他自己的收入，保罗又做进一步的牺牲，终止为确认大主教地位的付款。几项教皇敕令针对放高利贷者、优伶及娼妓，淫乱则处死。丹尼尔·沃尔特拉（Daniele da Volterra）被要求以衣遮盖米开朗基罗的“最后的审判”中某些较敏感的部位。罗马目前采取了一种外在的虔敬与道德不相适宜的气氛，在意大利——其外较不明显——教会改革了其教士与道德，同时使她的教条光荣地存在。
改革来得很晚，当它来临时却是真诚与伟大的。
