16世纪对于哲学来说是一个相当贫瘠的时代。神学控制了生活的每一个方面，吸引了所有思想家和信仰的注意力，也使理性随着它的方向发展。路德驳斥理性，认为理性会导致无神论，无神论的案件却很少。1512年，一位荷兰传教士在海牙被烧死，因为他否认基督的创造、永生及神性之说，但他不是很明显的无神论者。英国的一位史学家记述1539年道：“这一年有一位伟大的医生死在巴黎大学，他说从他20岁起，他就一直认为没有上帝，他死时已八十几岁，终其一生，他从未泄露这一秘密。”纪尧姆·波斯特尔（Guillaume Postel）在1552年发表《反无神论》（Contra Atheos），但“无神论者”这一词与“自然神教信奉者”、“泛神论者”或怀疑论者等名词没有多大区别。
怀疑论者则为数甚众，以致引起路德的攻击。据传，路德曾说：“对于世界上那些盲目无知的子民而言，信仰对他们是陈义太高。在三位一体中事实上只有上帝一人，而上帝之子变成了人类。基督有两种本性，一种是神的本质，一种是人的本质。这种说法对于那些无知的人而言只是一种虚构的故事而已。”他更指出：甚至有些人怀疑上帝是否创造那些他预知将受天谴的人类。在法兰西有些人怀疑是否有永生的存在。1537年，波拿文都拉·德斯佩列（Bonaventure Desperiers）在他所著的《世界钟声》（Cymbalum Mundi）一称，所谓的神迹奇迹是无稽之谈，《圣经》中的矛盾及对异教徒的迫害都是毫无道理的。他的书被加尔文和索邦谴责，并被官方的绞刑吏所焚烧。因此，玛格丽特必须将他从她在聂拉克的宫廷放逐，但仍送钱给他，使他得以在里昂过活。1544年他自杀身亡，留下一些手稿给玛格丽特，他称她为“万善的支持保护者”。
怀疑的精神表现在政治上攻击国王的神权与不可侵犯。因此，通常怀疑论者就是那些在天主教统治下的基督教思想家，或是那些在国家至上理论下的天主教思想家，两者对环境均感格格不入。1558年，约翰·波内特主教因不满都铎王朝的玛丽女王，发表了《政治权力短评》（A Short Treatise of Politique Power），在该他称：“放逐国王，杀死独夫的例子在历史上不断发生过，这些都证实一个事实，即国王、君主及总督能讨好人民时，人民能接受他们作为人民的代理人，这就是符合上帝的判断与旨意。”有一位苏格兰的教授，约翰·梅杰（John Major），曾帮助约翰·诺克斯形成其学说。梅杰辩称，既然所有世俗的权力都来自社会的意志，人民可以放逐或处决一个恶君，只是必须依照适当的法律程序。
最有趣的反对君王绝对权论的是一位年轻的天主教徒，他因死在蒙田的怀里而留名后世。埃堤内·波伊提（Etienne de la Boétie）被认为是无与伦比的论文家，“在我认为，他是我们这一时代最伟大的人。”波伊提是佩里格（Périgord）一个高官的儿子，在奥尔良攻读法律。在他到达所规定的年龄之前，他已成为波尔多议会的议员。约1549年，他19岁时，由于受了罗马和希腊文学而获致的共和思想的鼓舞，他写了一篇文情并茂攻击专制主义的论文，但从未将它发表。他称该文为《自愿奴隶论》（“Discours sur la servitude Volontaire”），谴责一人凌驾众人之上的独裁，名之为“反抗独夫”（Against One）。
以下是其中最精彩的一段：
无以计数的人宁愿像奴隶似的服从一个暴君时，那将是多么可耻的事。一个独夫专制暴君剥夺了人民对其财产、父母、妻子、儿女，甚至他们自己生命的权利，这种暴君是怎样的一个人？他不是大力士海格力斯，也不是巨力法官萨姆森（Samson）！而只是一个侏儒，一个最优柔寡断的懦夫，他只是最卑鄙的娼妓的奴隶，他的权力并不是因为他本身的力量所致。他的臣民是多么可怜，如果这些三四个人不起来反抗独夫，那很明显是他们缺乏勇气，但如果成百上千的人不起来摧毁那些独夫加在他们身上的桎梏，人类的尊严与个人的意志则荡然无存。要解救自己并不需要对暴君使用武力，一个国家对这个暴君厌倦时，他自然要崩溃。被他奴役的人们只须否认暴君的任何权力。要求得到解脱只有唤起高度的意志去摆脱枷锁……立定决心不再受奴役，然后你就得以自由。拒绝向暴君提供任何援助，这样就像巨石像的底座被抽出，其像必崩溃破碎。
这时，波伊提已为卢梭和潘恩的思想铺了道路。他提出：人类生而向往自由；人幸与不幸非我们能料，幸运的人有为其同胞服务的责任，因为所有的人类都是兄弟，都是同一个上帝用同一块泥土做出来的。很奇怪的是，这段激进的声明吸引了一向冷静谨慎的蒙田，造成历史上最著名的友谊之一（1557年）。当时蒙田24岁，波伊提27岁，可能当时蒙田还年轻，能够容纳激烈的言论。波伊提32岁去世时（1563年），他们的友谊方告一个段落。蒙田描述波伊提临终那几天的情形时，就好像柏拉图描述苏格拉底之死一样。他如此哀悼那位满怀热诚的青年的过世，以致在17年之后他再提起这件事时，仍然比任何事都来得激动。他对出版《自愿奴隶论》一书并不太赞成，一位日内瓦牧师在1576年将它出版时，他触景生情，感到非常忧伤。他认为该书之成归因于青年高洁的精神，故将其完成此书时的年龄提前至16岁。这几乎成为法国革命之音。
