虽然欧洲在解剖学上有相当的进步，但在医学和医术方面仍然依赖希腊和阿拉伯的权威。由感官上所获的证据也很难用来驳斥盖仑或阿维森纳的话，即便维萨里也是如此。他的解剖证实了盖仑的错误时，他说：“我几乎不能相信我的眼睛。”编译盖仑或希波克拉底等作品、传播古老的知识将压制新的实验，好比意大利文艺复兴时代诗人彼特拉克与法国诗人龙萨努力模仿维吉尔的史诗而抹杀了他们原有的天分。林纳克（Thomas Linacre）在1518年设立了后世所谓的皇家医学院（Royal College of Physicians）时，其主要工作就是翻译盖仑的书。
各种药品传到欧洲，使医疗之术大为改善，如金鸡纳树皮、吐根、大黄、苏门答腊的姜、安息香、马六甲来的丁香、越南来的芦荟、中国来的樟脑和肉桂。这种发展也使欧洲人利用土生植物的数量大增。瓦勒里乌斯·科杜斯在1546年编纂了第一部德国药典。由西印度传来用零陵香木泡制之汁来治疗梅毒的方法变得非常普遍，使富格尔家族又一次从其债务人身上获得大利。查理五世在其王国内垄断这种买卖。
贫穷与肮脏使疾病在百姓中流行。到处都是成堆的垃圾和粪便，污染了空气，有时甚至充塞在道路上。巴黎有排水系统，亨利二世原希望将污水排到塞纳河。但市政当局向他解释塞纳河是全市一半市民饮水的唯一来源，使其计划作罢。1532年英格兰已经成立了排水委员会，但一直到1844年，英格兰总共才有两个城镇用公款来清除贫民区中的垃圾。
这时传染病已经不像中古时期那样猖獗，但在高的出生率和高的婴儿死亡率下，人口数量基本稳定。1500年至1568年，德国和法兰西全境不断地发生瘟疫。1422年、1577年、1586年，英格兰则因虱子的传染流行斑疹伤寒。1528年、1529年、1551年、1578年在英格兰流行一种“出汗症”——可能是一种流行性感冒；同样的病在1543年至1545年流行于德国，1550年至1551年流行于法兰西。据说在几天之内，汉堡和亚琛两地各死去万人。流行性感冒被认为是上天的影响，因之得名。1562年，鼠疫再度在德国出现，使汉堡4万居民中的9000人丧生——虽然我们怀疑这些死于流行性疾病的统计数字可能过于夸大，而在好的一方面，则是癞病的消失及精神病的减少。
医术的进步远比医学的进步来得慢。庸医仍然到处都是，虽然有一些限制的法律，无照行医仍然很容易。大部分婴儿都是由产婆接生。当时几乎还没有分科的专门医生。牙科、药科及外科都没有分家。理发师也能拔牙，并装上象牙制的假牙。除了维萨里等少数例外，几乎所有的医生都将外科手术留给理发医师去做。这些理发医师不仅替人理发，而且很多人还是受过训练的技术外科医生。
帕雷开始时也是一名理发医师的学徒，最后终于执外科学之牛耳。他1517年出生在法国西北部缅因的波哈森，后来到了巴黎，并在圣米歇尔区开了一间理发店。在1536年战争期间，他充当随军医生。治疗那些伤兵时，他接受当时盛行的一种理论，认为枪伤的伤口是有毒的，而且也像维萨里一样，用当时的方法以滚烫的熟油来烧伤口，那使伤痛更为剧烈。有一晚油用光了，帕雷用蛋黄、蔷薇油及松脂做成的软膏涂在伤口上。第二天早上他写道：
昨晚我一直在想着那个我不能替他腐蚀伤口的病人，以致整夜失眠。我原以为第二天早上他们都会去世，也正因为有这种念头，我起得特别早，去看他们。但使我大为惊讶的是我发现那些我用软膏涂在他们伤口上的病人已经不太痛，也没有发炎……他们整晚睡得相当舒服。而其他用滚烫的熟油替他们消毒伤口的病人则发高烧，伤口发炎……而且非常痛苦。因此，我决定今后决不再用那种残酷的方法来消毒。
帕雷并没有接受多少教育，直到1545年才发表他著的小本手册，即现在我们熟知的医学古籍——《论伤口的治疗》（Méthode de Traicter les Plaies）。在1552年战争中，他证明在割伤的止血方法中，绑扎动脉比烧灼腐蚀来得有效。后来他被敌方所俘，因他主持了几次很成功的手术而获释。回到巴黎之后，他被任命为圣康姆（St.C?me）学院的外科主任，该学院位于阴森森的索邦，在那里一个教授若不懂拉丁文将被视为生物学上的怪物。他成为亨利二世的外科医师，然后替弗朗索瓦二世和查理九世当御医。虽然他是新教徒，但在圣巴托罗缪节大屠杀中，他因皇命而受宽宥。1573年，他发表《外科二册》（Deux Livres de Chirurgie），并没有增加多少理论，但对外科的方法确较多讨论。他发明了一些新的工具，介绍义肢，普遍运用脱肠带来治疝气、改善胎位的转换方法。他是第一个自手臂关节切割肘的人，指出一氧化物的毒性和苍蝇能传染疾病。他在医学史上最著名的是他的谦虚，他曾对那些恭贺他在一次困难的病例中取得成功的人说：“我医他，但上帝使他康复。”他死于1590年，享年73岁。他改善了外科医师的地位与能力，并使法兰西在外科术上执牛耳达数世纪之久。
