在这个人们专注于神学和经院哲学的时代，能够产生科学史上最杰出的两位科学家——哥白尼、维萨里——可说是非常值得人们注意的。而且很奇怪的是，浓缩他们两人学说的精义的文章竟同时发表在1543年出版的《奇妙的年代》（Annus Mirabilis）中。当时很多因素有利科学的发展，美洲的发现、亚洲的探险、工业的需要及贸易的扩展，这些发展带来了与传统观念相反的新知识，并鼓舞着新思潮的到来。由希腊文和阿拉伯文翻译过来的译本，阿波罗尼乌斯所著《圆锥体》（Conics）的印行（1537年）及阿基米德的论文（1544年），都刺激了数学和物理的研究。除了这些严谨的知识之外，仍有许多旅行家漫天撒谎，一些印刷品也散布着形形色色的知识。当时虽已有许多种科学仪器，但都相当原始粗劣。当时还没有显微镜、望远镜、测温器、湿度计、测微器、微计时器等。文艺复兴时代重视文学及其格式，对哲学的兴趣则稍逊，而对科学毫不注意。文艺复兴时代的教皇对科学并不敌视。利奥十世和克莱门特七世都很虚心地倾听哥白尼的解说，保罗三世也曾毫不犹豫地接受了哥白尼呈献的那本惊动世界的《天体运行论》。但在保罗四世时期反动派兴起，在意大利宗教法庭发展起来，再加上在特伦特召开的红衣主教大会上发布的敕令，使科学研究在1555年之后越加困难。
新教徒不喜欢科学，因为其信念是以不容置疑的《圣经》为基础。路德拒绝接受哥白尼主张的天文学理论，因为《圣经》记载约书亚命令太阳站着不动，而不是地球不动。梅兰希顿则倾心于科学，他研究数学、物理、天文和医学，教古代数学史，但他的多方面的兴趣被自己强有力的天性及路德死后狭隘的路德教派的声势压倒。加尔文对科学没有多少贡献，约翰·诺克斯对科学的前进就更谈不上有所助益了。
这种迷信的环境气氛一直笼罩、困惑甚至威胁着未来的科学家，尤其是卡丹和帕拉切尔苏斯（Paracelsus）。从埃及传来的炼金术、希腊神秘的毕达哥拉斯派学说及新柏拉图学派、犹太教的神秘哲学，吸引了上千人，人们的想象接受了这些新的刺激，因此在那一时期历史的撰述中充满了神话与奇迹。旅行者叙说有喷火的龙和能爬索的行僧。几乎公私生活中任何一件不寻常的事都被解释为上帝或魔鬼对人类的告诫或诱惑。许多人相信彗星与流星是愤怒之神投出的火球。每一个受过教育的家庭都收到传单说重金属能够转变成金子，当时的一篇报告称：“所有听到或看到这些传单的裁缝师、鞋匠、仆人将会把他们所有的钱付给那些懂得这种法术的到处流浪的骗子。”1549年，在英格兰一个案件中，一位名叫威廉·威彻利（William Wycherley）的魔术师说，在那个岛上有500位像他一样的魔术师。在德国四处巡游的学生出售抵抗女巫和恶魔的护符，士兵中也流行携带保证能避枪弹的符咒。人们常在弥撒中祈雨或盼天晴，甚至祈求战争的胜利。祈雨是很平常的事，有时似乎过分灵验。如果过分灵验的话，教堂的钟将会敲响，以通知上帝停止下雨。1526年至1531年，特鲁瓦（Troyes）的僧侣即曾对传染植物病害损害收成的蝴蝶判驱逐教籍，但补充说明这种敕令只对那些向教会付什一税的农人拥有的土地有效。
一般来说，大多数事件被归因于恶鬼甚于上帝。一位新教徒作家在1563年很惋惜地称：“许多城镇几乎没有一年不发生极其无耻可怕的事，而那只是魔鬼的阴谋，他企图利用各种肉体或灵魂的引诱来消灭神圣的《福音书》。”甚至路德也像群众一样，认为大多数疾病是由恶魔闯入人的身体引起的，这一看法并不与我们现在的理论完全不同。许多人相信疾病是由恶魔的眼睛或其他奇怪的方法得来的，因此疾病能被一些神奇的药帖治愈。大多数治病的方法要依靠行星的方位，医学生必须研习占星术。
占星术的产生基于宇宙间有一种不变的法则这一假说，其得以成为一个学科则是由实验而来的。在这期间相信人世的事件受星象的位置与运行支配的人已不像以往那样普遍，但16世纪单单巴黎一地就有3万名占星术者，只要付一块硬币，他们就能为人们画出一幅天宫图。占星预言的历书是当时最畅销的，法国讽刺作家拉伯雷在《巨人传》中讽刺他们为阿尔科弗里巴斯（Alcofribas）大师。在这方面，路德和巴黎大学神学院都一致谴责任何形式的占星术。对这种占星预卜先知之事，天主教会官方的态度并不欢迎，因为这种占卜蕴含着宿命论并将教会置于星象的支配下。当时一位驻教廷大使说，当时最伟大的思想家之一教皇保罗三世如果没有择吉日或观察星象，绝不召集宗教法庭会议或外出旅行。其他如弗朗索瓦一世、美第奇的凯瑟琳、查理九世、尤里乌斯二世、利奥十世、阿德里安六世等都询卜问卦。梅兰希顿更改路德的生日，以使他能在天宫图上占有更吉利的位置，并要求路德在新月时不要旅行。
在这个时期，占星术士仍然很受欢迎。法国有位占星术士名叫诺斯特拉达穆斯（Nostradamus），精通医术与天文，被认为是美第奇家族的凯瑟琳的半官方占星官。凯瑟琳为他在勒斯·霍尔斯（Les Halles）建了一所观测台。1564年，他预测查理九世能活到90岁。但后者在10年后即去世，时年仅24岁。1566年，他自己去世，遗留下一本预言的书，在该他很聪明地使字里行间显得模棱两可，而且总能与以后历史上的每一个事件相印证。
因为16世纪的基督徒相信能从魔鬼那里得到超自然的力量，而且从小就害怕魔鬼，他们认为必须将女巫烧死。路德和加尔文追随教皇英诺森八世，呼吁惩罚女巫。路德说：“对这些女巫我没有丝毫的同情，我要将她们都烧死。”1540年6月29日维滕贝格烧死4人，1545年日内瓦烧死34人。当然，改革教派可从《圣经》中获得其焚烧巫师的正当理由，而清教徒也能从《出埃及记》中取得根据。天主教伏魔的仪式鼓励了人们相信巫术，认为魔鬼的力量潜伏在人体内。路德宣称，在莱比锡的敌手埃克曾和魔鬼撒旦签订条约，而约翰尼斯·科舍罗反驳说，路德是撒旦与玛格丽特·路德的私生子。
当时常利用指控对方施行巫术作为除去仇敌的手段。被指控的人只有选择冗长的拷问，以说出供词或因供认而即被处死。在16世纪的欧洲，执行拷询是极具系统的，常常极其冷血残暴地迫害异教徒和不信教的民族。许多受害者好像也相信他们自己是有罪的，认为自己曾与魔鬼有心灵或肉体的交感。有些被指控者自杀，一位法国法官注意到一年之内有50件此类案件。在这种迫害行为的高潮中，俗世的官员有时常超越神职的界限进行迫害。依照1541年亨利八世的法律，任何有施巫术行为者均处以死刑，但西班牙的宗教法庭认为施行巫术是心智耗弱者的幻觉，如此则否决了大众焚烧女巫的要求。
当时提出保护女巫的人比保护异端的人还少，虽然异教也信巫师。但1563年，有一位克莱沃的名叫威尔（Johannes Wier）的医师，发表了一篇论文《论魔鬼的骗术》（De Praestigis Daemonum），才稍微缓和了那种迫害的疯狂。他没有对魔鬼的存在提出疑问，而只是提出女巫是被魔鬼侵入体内的一个无辜的受害者，受魔鬼引诱去相信他们所供认的荒谬行为。他认为，女人及那些心灵或肉体受着疾病折磨的人容易成为魔鬼可能附身的对象。最后，他下结论称，巫术不是一种犯罪，而是一种病。他要求欧洲各君王们停止对那些可怜妇女的迫害。几年之后，威尔又写了一，很详细地描述地狱的情形，包括它的头目、组织及内部的情形。
我们可以从浮士德的故事中看出当时的看法。我们最早知道浮士德是在约翰·特里特缪斯（Johannes Trithemius）的信上。特里特缪斯称浮士德为江湖郎中，然后到1513年穆蒂亚努斯·鲁弗斯（Mutianus Rufus）再度提及，但也无好评。有一位沃姆斯的医生名叫菲利普·比加迪，在1539年写道：“在之后几年，有一位相当杰出者名叫浮士德，他曾周游列国，而且自夸为伟大的医生，并精通手相、面相、预言及其他各种技能。”这位划时代的浮士德似乎在1539年去世，据梅兰希顿说，他是被魔鬼捏死的。4年之后，浮士德与魔鬼结交的神话出现在巴塞尔一位清教徒牧师约翰·加斯特（Johannes Gast）写的《欢乐布道》（Sermones Conviviales）一。有两个古老的观念使这位历史性的江湖郎中成为神话、戏剧及艺术中的人物，这两种观念是：人如果与魔鬼勾结即能获得神力；世俗的知识是一种无礼的自负，可能将人导入地狱。总而言之，这个神话可能是路德对天主教的一种讽刺，用一种更深入的眼光表示宗教排斥凡俗的知识，自认为本身即已是一种真理，就好像他反对谦卑地接受《圣经》一样。歌德反对这种对凡俗知识的排斥，认为宗教应吸取知识，以便应用到日常的善行之中，进而净化宗教本身。
浮士德的神话在阿格里帕（Henry Cornelius Agrippa）悲惨的一生中得到验证。阿格里帕于1487年出生在科伦的一个世家中。他到巴黎打天下，并在那里交结了一些自认为具有奥秘的智慧的魔术师和庸医。为了寻求学问与名望，他研习炼丹术和秘术，而且确信有一个不是遵循正轨观念和理性可达到的开明世界。他把一本《秘教哲学》（De Occulta Philosophia）的手稿送给特里特缪斯，并附有一封私函：
我觉得很奇怪，而且也觉得不平，因为竟然到现在尚无一人起来为这种崇高的研究辩护，虽然所研究的被指为不敬之事。我内心沸腾，希将我所思予以哲学化，因此我欲著一本值得称赞的著作，如果我能为它辩护，这种古老的魔术将为所有明智之士学习，脱离被指控不敬的悲惨之境，而获得其本身应有的合理地位。
特里特缪斯给予他很好的建议：
对大众只能说可以公开的事，而秘密或高调只能对最亲密的朋友说。要对人说人话，对鬼说鬼话，因对象不同而话题有异。好好地加以考虑，以免你也像别人一样遭人残害。
可能是谨慎，也可能是无人肯出版，阿格里帕一直将该书压了20年未付梓。后来马克西米里安皇帝征召他到意大利作战，他在战场上表现甚佳，又曾抽空到比萨大学讲解柏拉图的课程，并在帕维亚大学取得法律和医学的学位。1518年，他被任命为梅斯的律师，不久之后即因干涉一件年轻女人被控施巫术的案件被免职（他将她从宗教法庭中释放）。那个时候他认为换个职位也未尝不是明智之举。之后两年他充任萨伏依的路易丝的医生，因他仍卷入甚多纠纷中，她停发了他的薪水。他带着第二任妻子与小孩搬到安特卫普，并担任奥地利玛格丽特·雷根的史官及皇家图书馆负责人。至此他方能三餐不辍。这时他完成最重要的一部著作《科学的不定与虚幻论》（De Incertitudine et Vanitate Scientiarum），他在1530年将其发表，然后再将其早期的作品《秘教哲学》加上一段序言，称他仍继续相信该书所指的神奇的护符，并将该书予以发表。这两触犯了整个世界。
《秘教哲学》主张如果人的灵魂支配着人的肉体，则整个宇宙也由宇宙精神（spiritus mundi）支配。而我们可遵循拜火教的方式来净化我们的心灵，然后就能发掘这种伟大的灵魂力量。如果用这种方式再予以加强，我们的心便能洞悉各种物体之质，也能透视星象的秘密控制地面上的各种力量和半空中的魔鬼。该书发行甚广，甚至到他死后仍发行数版，使人传说阿格里帕亦曾与魔鬼结盟，魔鬼化身为他的狗伴着他，并使他能够在地球上飞翔、睡在月亮上。
生命的兴衰缓和了阿格里帕对超感官体验的主张。他知道魔术或炼丹术并不能维持他一家人的温饱，也不能偿付其债务以免于入狱，故转而拼命追求知识，在39岁那年完成《科学的不定与虚幻论》，那是在16世纪蒙田散文问世前最具争论的书籍。他在序言中写道：“我很清楚我必须面临一阵苦战……首先必定是由污秽的文法学家挑起的战端……然后紧跟着便是乖张的诗人，唯恐天下不乱的历史学家，咆哮夸言的讲演家，顽固的逻辑学家……占星术士、魔术师及爱好争辩的哲学家……”并称所有的知识是不确定的，所有的科学都是无用的，而无知是最快乐的一种生活。接着又指出，知识破坏了亚当与夏娃的幸福，及苏格拉底承认无知带给他满足与名望。
阿格里帕开始质疑法文的文法，并指责字母的发音不一致。他嘲笑文法家，认为所谓文法的例外比规则还多，那些人一再地为人们排拒。他又称诗人都是疯子，没有一个心智正常的人能写出一首诗。他还称大部分历史都是虚构的，但不像伏尔泰所称的“一个不变的虚构”，而是一个每一位历史学家或每一个朝代都在改变的常变的虚构。演讲是用流利的词句引诱人们的心智走入歧途。阿格里帕指出他自己的书谈论的神秘论只是一个虚假的赝品，如果你愿意的话，甚至可以说它是一个谎言。如果他正式地从事占星术、魔术、占卜、炼丹术或其他不学无术的伎俩，那主要是因为顾客纠缠不休地恳求告知人不可知的天机，并能付出可观的代价。巫术是有害的迷信。对于一个哲学家来说，对一件事各有不同的说法，无疑是自掘坟墓。我们可以不予理会而让他们自相残杀。至此，在哲学家寻求从理性演绎出道德的规范中，如果主张因时地不同而有道德标准的差异，那将是可笑的事。科学渗入了虚伪的成分时，艺术也将开始腐坏。每一个宫廷都是腐化习俗的集大成，也是罪恶的归宿。交易是欺诈的行为，司库是盗贼，无所不偷，无所不抢。战争是少数人残杀多数人的一种活动。医学是一种杀人的艺术，其对医生本身常较病患本身来得更危险。
如果科学仅是短暂的一种观念看法，而哲学只是对不定的大自然所作的一种无谓臆测的狂想，那人将依赖什么生存？那只有信赖《圣经》所说的“圣道”了。阿格里帕怀疑之事有些过于偏激，但也有许多地方显示出其改革之道。他反对教皇具有世俗的权力的说法，他甚至指出如教皇违背《圣经》所言，其宗教的权威性也值得怀疑。他谴责宗教法庭，认为它不是用理性与《圣经》来说服人，而是用柴薪与烈火来说服人。他希望天主教会少说教，多行善事。但他比改革教派更进一步指出《旧约》和《新约》的作者们也会有误的说法。他认为只有基督才是永恒的真理。我们只须信赖他，只有他才是我们的心灵与灵魂的最后归宿。
阿格里帕对他的言论引起的风潮甚感满意，但在他的余年中他必须为此而付出代价，牺牲欢乐。查理五世命令他收回对天主教会的批评。他拒绝了，因此他的薪水也被削减。他因负债入狱，他要皇帝负责，因皇帝有责任支付他的宫廷史官的费用。坎佩基欧（Campeggio）红衣主教和列日的主教保他出狱，但查理五世仍将他驱逐出其帝国领土（1531年）。阿格里帕搬到里昂，据说，他在那里又因债入狱。释放之后，他搬到法国东南部的格勒诺布尔（Grenoble）。之后，他在此地去世，享年48岁。他可能对形成蒙田的怀疑论有所影响，但他唯一为世所知的书是那本为他自己废弃的评论秘教之书。秘教思想及其应用之术一直兴盛到16世纪末。
