大革命中，西欧教育制度一度被瓦解，这是很自然的事，因为那样的制度几乎完全效命于教会，天主教教士团对教育的控制若非受到破坏，则其影响力所受的挑战不会成功。路德谴责现存的文法学校只教学生“够恶劣的拉丁文使之能成为僧侣并能念弥撒……而终其一生仍是一个可怜的无知者，既不适合呵呵笑，也不适合下蛋”。大学，对于他而言，似乎是谋杀者的巢穴，古代火神的庙宇，腐化的会堂，地球上所曾出现过的……或可能出现的……没有一件会比之更为凶恶的了；他的结论是：大学“只值得化为尘土”。梅兰希顿基于大学正在把学生变成异教徒的理由而同意了他的看法。卡尔斯塔特，这位茨维考（Zwickau）的预言家和再洗礼派教徒，认为教育是无用的矫饰，危及道德，又有碍于救赎。这种看法很快地被父母们接受，他们舍不得付出费用让子女受教育。有些父亲说：既然次级教导主要用来引导学生作僧侣前的准备，而僧侣现在又如此不合时尚，送孩子上大学是不合理的。
宗教改革家曾期望，将城邦占用的教会财产总收入的一部分奉献出来建新学校，以取代那些修道院关闭后消失的学校。但路德抱怨道“诸侯和领主太忙于酒窖、厨房和卧室中高尚与重要的事业，以致没有时间”帮助教育。他写道（1524年）：“在德国各省中，各地的学校都将毁灭。”1530年，他和梅兰希顿为德国大学的衰颓而哀悼。在欧福，学生入学人数从1520年的311名降到1521年的120名，再降到1524年的34名；在罗斯托克，从1517年的300名降到1525年的15名；海德堡在1525年教授人数多于学生人数；1526年，巴塞尔大学的学者人数只有5名。
路德和梅兰希顿努力修复这种伤害。在《致市长的书信》（1524年）中，路德恳求世俗当局设立学校。1530年，远远地超越他的时代，他建议初级教育应该强制执行，并由公家负担费用。对新教赞助下逐步重建的大学，他建议以《圣经》为课程的中心，但仍教拉丁文、希腊文、希伯来文、德文、法律、医学、历史和关于“异教或基督教……的诗人和雄辩家”的知识。梅兰希顿以复兴教育为其终生的事业。在他的领导和激励下，许多新的学校开设了。16世纪末，德国有300所学校。他为学校和大学的组织草拟了一个学校计划（1527年），写了拉丁文和希腊文文法、修辞学、逻辑学、心理学、伦理学和神学的教科书；为这些新学校训练了成千名教师。他的国家很感激地称他为德国的教育家。北德的大学一个接一个地在新教徒的控制之下产生了：维腾贝格、马堡（1527年）、图宾根（1535年）、莱比锡（1539年）、哥尼斯堡（1544年）、耶拿（1558年）。反对“正确、真实的新教教条”的教授或学生均被开除。加尔文派教徒被逐出路德派的学院，天主教掌握的大学仍拒收新教徒。一般而论，《奥格斯堡和约》之后，德国学生不准进入与其领主信仰不同的学校。
约翰尼斯·斯图姆（Johannes Sturm）在斯特拉斯堡设立了中级学校（1538年），并于同年出版了有影响力的论文《论正当地开设文科学校》，新教育大为跃进。像中欧的许多思想领袖一样，斯图姆从共同生活兄弟会中接受教育。然后他到卢万和巴黎，他在巴黎遇到了拉伯雷，巨人卡冈都亚关于教育的闻名信件，可能是他们相互影响的回音。在使“聪明的虔诚”变成教育的主要目标的同时，他强调研究希腊和拉丁语的重要。这种古典文学的彻底训练后来传到德国的中级学校，建立了一支学者军，在19世纪时翻搜穷研了古代的文献世界。
英国学校忍受宗教上的颠覆之苦甚于德国的学校。天主教堂、修道院、商会和附属礼拜堂的学校，在攻击教会的滥权和财富的狂热中融掉了。大部分大学学生是由以上的学校升上来的。1548年，牛津只有173名文科学士毕业，剑桥只有191名，而1547年和1550年，牛津根本无此类毕业生。亨利八世觉察到这一问题，但他对战争和婚礼的款项的需要，限制了他设立三一学院、剑桥和财政资助国王所设的神学、希伯来文、希腊文、医学和法律各种讲座。这一时期，私人慈善事业建立了克里斯蒂学院、基督教会学院、圣约翰学院、牛津的三一学院和剑桥的抹大拉学院。克伦威尔派往牛津和剑桥代表国王的皇家委员会（1535年），使其教职员和课程均受到政府的控制。经院派在英国的主宰权终于结束了。约翰·邓斯·斯各特的作品实际上随风四散了；教会法被置于一边弃而不用；希腊文和拉丁文的研究受到鼓励；课程大大地世俗化；但教条主义仍存在。1553年的法律要求所有攻读学位的候选人要赞同英国宗教条款。
在天主教的法国和佛兰德斯，大学的衰微不在于捐助或注册人数，而在知识上的活力和自由。新大学开设于兰斯、杜亚、里尔、贝桑松等地。卢汶大学在学生人数（5000人）和维护正统（即使教皇也认为是极端的）方面，和巴黎大学抗衡。巴黎大学有极多的注册人数（6000人），但它不再吸引数目相当可观的外国学生，也不再像13世纪鼎盛时期那样容忍新见解的传播。其神学院索邦的教职员支配其他的教职员，几乎使索邦成为该大学的同义词。神学和修订过的古典作品的课程，对于蒙田而言，似乎是遵照表面例行公事。拉伯雷永不厌于讽刺索邦经院派的拘泥形式和逻辑上的健身术——把学生的岁月浪费在细心地摆脱对实际生活关心的辩论上面。克莱门特·麦罗发誓道：“我宁愿失去天堂的享乐，只要这些伟大的野兽——教授们——能不毁我的青春。”该大学的所有权力和权威都是用来反对法国的新教徒和法国的人文主义的。
曾喝过意大利酒并曾遇到过沉湎于古希腊、罗马文学的传教士的弗朗索瓦一世，极力维护法国的学术，使之不致受到来自索邦的保守派的阻碍。受到比代、让·杜贝尔莱红衣主教和永不疲倦的玛格丽特的敦促，他提供基金来设立（1529年）与大学完全独立的一所学校，该校主攻人文方面的研究。四位“皇家教授”被任命——两位教希腊文、两位教希伯来文，拉丁文、数学、医学和哲学讲座不久就被加进去了，不收学费。这所皇家学院，以后重新命名为法兰西学院——成为法国人文主义者温暖的火炉和自由而受过训练的智者的家园。
西班牙虽然属于很热情的正统教派，却有极佳的大学。1553年有14所，包括在托利多、圣地亚哥、格拉纳达新建的在内；1584年有70位教授和6778位学生的萨拉曼卡大学，足可跟任何大学相比；博洛那大学在1543年，文科教职员中有57位教授，法律方面有37位，医学方面有15位，而帕多瓦是来自阿尔卑斯山以北的追求进步的学生心目中的圣地。波兰一度以15338位学生入克拉科大学来表明其黄金时代。在波兹南，约翰主教创立（1519年）的鲁伯兰科学院，奉献于人文主义的追求。总而言之，在这个剧变的世纪，在天主教国家的大学所受的灾难不如在新教国家那么多。
教师的重要性被低估了，更悲惨的是待遇过低。法国皇家学院的教授一年收到200克朗的薪水，但这是例外。在西班牙的萨拉曼卡大学，教授是通过试教由学生选择之后才被任命的。教导方式大部分采用演讲式，有时则恢复辩论式。笔记使许多学生用以代替教科书，字典极少。除了对炼丹家外，实验室几不为人所知。学生住在廉价而热度不足的房间，因为不干净和不适当的食物而生病，很多人半工半读。课于上午6时开始，下午5时结束。训练严厉，接近毕业的学生也会被鞭打。学生们以巷斗和他们出得起价钱的酒和女人来温暖自己。借助任何的方式，他们完成教育，获得学位。
阶级低的女孩子仍不识字，中产阶级的女孩子在女修道院里获得中等教育，富裕的少女有家庭教师。荷兰自夸有数名女士须以拉丁文求婚，而且可能其结婚的能力强于婉拒的能力。在德国，普丁格尔（Peutinger）之妻和皮尔德海姆的姐妹和女儿均以博学闻名；在法国，弗朗索瓦国王四周的妇女以古典的引文来增加其挑逗的情调；在英国，有些女学者——托马斯·摩尔的女儿、简·格雷、“血腥的玛丽女皇”和伊丽莎白女王都很博学。
这个时代有两位名师。一位是托马斯·艾略特（Sir Thomas Elyot），其作品《管理者》（The Governour），引出教育纲要，以教育望族学生成为政治家。该书以痛骂英国贵族在文化上的粗鄙开始，他将之和古代希腊和罗马老于世故者所信的学问对比，并引用犬儒大师第欧根尼的话——他“看到一个无学问的人坐在石头上时，他就说：‘注意！那块石头坐在另一块石头上。’”7岁的男孩必受教于细心挑选的家庭教师，他将教他音乐、绘画和雕刻等基本课程。14岁时，他将被教以世界志、逻辑、历史，而且在角力、打猎、长弓射击、游泳和网球方面加以训练；不训练足球，因为那是庸俗的，“而且其中除了野兽般的狂暴和外在的暴虐外，一无是处”。小孩子在教育的每一阶段都要学古典作品——起初是诗人的，然后是雄辩家的，然后是史学家的。然后是将军的，然后是哲学家的；像是后来才想到的，艾略特又加上了《圣经》，如此正好倒转了路德的计划。尽管他有新教思想，他爱古典还是甚于爱《圣经》。“上帝啊，在柏拉图和西塞罗的作品中，其言词和事件具有多么难以形容的甜美，其中加入了严肃和愉快，卓越的智慧夹带着神圣的雄辩，绝对的美德带有难以置信的乐趣”，因此“这些书几足以造就一个完美而卓越的统治者！”
人文主义者中最富人本精神的约翰·维韦斯遵行的是更大的目标和更宽广的途径。他1492年生于瓦伦西亚，7岁时就离开西班牙，此后没有回去过。他在巴黎研究的时间长得使他爱上哲学而轻视经院学派。26岁时他写了第一本近世的哲学史——《哲学的源流与殊荣》（De Initiis，Sectis，Et Laudibus Philo Sophiae）。同年，他以攻击经院派的哲学教学法来向大学挑战；他觉得以辩论来增进思想的方案，只是增进不合逻辑的无谓争吵而已。伊拉斯谟称赞此书，推荐给莫尔，而且很客气地担心“维韦斯……可能使……伊拉斯谟黯然失色”。也许由于伊拉斯谟的影响，维韦斯被任命为卢汶人文学的教授（1519年）。由伊拉斯谟力劝，他出版了奥古斯丁的《上帝之城》（City of God）一书，附有极为精辟的评注；他将之献给亨利八世，而收到很热诚的回报，所以他搬到英国（1523年）。他受到莫尔和与他同国籍的凯瑟琳王后的欢迎，而亨利任命他为玛丽公主的家庭教师之一。很显然，为了指导她，他写了《论孩童的教育》（De Ratione Studii Puerilis，1523年）。一切都很顺利，直到他对亨利废婚的抗辩表示不赞同。亨利停止给他薪水，逮捕他并软禁42天。获释后，他回到布鲁日（1528年），在那里度其余年。
37岁了仍具有理想主义的思想，他向查理五世提出伊拉斯谟式的请求——以国际法庭的仲裁来代替战争（1529年）。两年后，他出版了其主要作品《学问的传播》（De Tradendis Disciplinis），这是文艺复兴时代最为进步的教育论文。他要求教育要导向“生活的需要、身心的改进及尊敬的培养与增进”。学生进入学校应“像进入神圣的殿堂”。但他在那里的研究，应为他成为可敬的市民做准备。那些研究应包括生活的全部，而且应被授以其间的相互关系，正如在生活中的作用一般。自然界和书本都要研究、事物本身比理论更具教导性。让学生注意血脉、精神、骨头和在解剖及行动中的身体其他部分；让他向农夫、猎人、牧羊者、园丁请教……并学习其特具的学问；这些东西聚集起来将会比“以逻辑为名而使各种知识腐化的”经院派的“胡言乱语”更为有用。为青年而修订的古典作品应保留为课程中有生命力的一部分，但现代历史和地理也应该学习。方言和拉丁语应被传授，而且以民生日用的直接方法来教导。
维韦斯超越其时代如此之远，以致时代看不见他，而让他死于贫穷。他到死仍是天主教徒。
