1556年9月28日，查理最后一次进入西班牙，在布尔戈斯以奖赏的方式遣散那些追随他的人员，并向他姐妹匈牙利的玛丽和弗朗西斯一世遗孀安丽诺哈告别。她们希望能分享他在修道院的退隐生活，但恪于规定禁止她们这样做，她们就在距离她们兄弟不远的地方定居下来，他们之间的手足情谊似乎颇深。查理在沿途备受各方礼遇之后，到达普拉森西亚（Plasencia）山谷的胡安迪拉（Juandilla）村庄，该地在马德里西约120英里之处。他在那里停留数月，等待工人们为他修建栖身之所，那是他下令在尤斯特修道院内建造的房屋，距村庄只有6英里远。他完成旅途最后一站时（1557年2月3日），他进驻的地点不是修道院的斗室，而是一栋大厦，宽敞得不仅容得下他带的50名贴身侍从，而且能住更多人。僧侣们非常高兴能有这么一位不寻常的贵宾住在他们中间，但随即感到懊恼，因为他们发现这位贵宾无意分享他们的养生之道。他大吃大喝的情形依然如故——过分的纵食和豪饮。沙丁鱼煎蛋卷、埃斯特雷杜拉（Estremadura）腊肠、鳗鱼馅饼、腌松鸡、肥阉鸡及流水般的烈酒和啤酒，通通消失在查理肥大的肚皮之内。他的医生被迫开出大量的旃那叶和大黄根，以排除他腹中的积食。
查理不背诵玫瑰经，也不读连祷文和诗篇，却以阅读他儿子的来信和去信指示其子处理国政，来度他修道院的生活，在战争、神学和政府各方面，查理都为他提供意见。在他生命的最后一年，他变成一个残酷的顽固老头，他建议采用残忍的刑罚来“铲除异端的根”，他懊悔不该在沃姆斯放走路德。他下令，不论任何妇女，若是进到距离修道院围墙二箭远的范围以内，就要笞以100鞭。他修改遗嘱，交代在他死后，要举行3万次弥撒来安慰他的灵魂。我们无法评论他在暮年的行为，许多因精神错乱造成的污点，可能是得自他母亲血统的遗传。
1558年8月，他的痛风症发展到火热的程度，先转为间歇热，继之又猛烈上升，在他寿终之前（1558年9月21日）的一个月，他身心饱受疾病的折磨。1574年，菲利普将他的遗体移葬于埃斯科里亚尔（Escorial），他们还为他建立一座庄严堂皇的纪念碑。
查理五世在那个时代的失败，最难令人忘怀，更由于他的德行，时常给人类带来不幸。意大利在饱受10年蹂躏之后，他才允许给以和平，他降服意大利的同时将教皇政治带到西班牙；意大利文艺复兴的花朵，也在他黑暗的统治下枯萎了。他打败了弗朗索瓦，俘虏了他，却在马德里失去了与他缔结条约的机会，若能如此，不但可保全一切颜面，也可挽救无数的生灵。由于他曾经协助奥地利在维也纳击败苏里曼，在地中海阻止了巴巴罗萨。他加强了哈布斯堡王朝，却削弱了皇帝的权力；他失去了洛林，却降服了勃艮第。德国的诸王子挫败了他建立中央集权的企图，从他的时代开始，神圣罗马帝国成了正在腐朽中的组织，等待拿破仑来宣布她的死亡。他失败于未能压服德国的新教教义，却在尼德兰获得成功，镇压了新教的兴起，不过也为他的儿子埋下了失败的种子。他发现德国诸城市的繁荣和自由，便把它们放置在保守的封建制度统治下，使他们不愉快。他到德国时，德国无论在思想和精力方面，都生气勃勃，超过欧洲任何国家；他退位时，无论精神和智力，都困顿不堪，以致德国在两个世纪中处于停滞状态。他的政策是造成意大利和德国式微的次要原因，在西班牙却是主要的原因，他的措施压制了地方自治的自由和人民的活力。为了亨利，他说服了凯瑟琳向亨利让步；为了天主教会，他拯救了英格兰；他迫使教皇克莱门特陷于招致毁灭的犹豫不决之境。
这是我们看到他的错误和他凶恶的罪行之后的观感，但我们的历史观能够宽恕他，因为他深深地受到他智力环境的限制，及当时严厉而错误的见解的影响。他在同时代的人物中，算是一位有才气的政治家，仅就胆识而言，他有勇气和当时的执政人物在广大的范围内，讨论最深奥的问题。他是一位大人物，但被他那个时代许多困难的问题贬低和困扰。
两次运动在他长期统治的时代中，蓬勃地发展着。最基本的运动是民族主义，在统一的君主政体下滋长；但在他的王国内，他没有分享到这份成果。最戏剧性的运动是宗教革命，它产生于国家领土的分裂和利益之中。德国北部和斯堪的纳维亚接受路德主义；德国南部、瑞士和低地，分裂为新教派和天主教派两大部分；苏格兰变成加尔文派的长老会；英格兰变成英国国教的天主教或加尔文的清教徒派；爱尔兰、法兰西、意大利、西班牙和葡萄牙，仍然忠于疏远的和精练的教皇制度。各国虽然在这种双重运动的分裂之下，它们之间仍然产生一种微妙的统合：各自尊大的独立国家，发现它们需要相互依赖，这是以前从未想到的；必须加强团结在一个经济网内，并且要在一个广大的区域内，形成相互关联的政治、战争、法律、文学和艺术。我们现在看到的欧洲，就是如此形成的。
