在查理统治稳固的佛兰德斯，因兴盛的商业弥补了工业一时的衰退。布鲁日和根特经济萧条，布鲁塞尔因成为佛兰德斯的首府而维持其繁荣。卢万正在酿造神学和啤酒，安特卫普正在变成1550年欧洲最富裕、最忙碌的城市。这个位于广阔的、处处可供航行的须耳德河上兴旺的港口，由于进口少出口多、与西班牙政治结盟及致力于证券交易所等各项原因，而招来国际贸易和财源，该地的碑铭说：要将每一寸土地，每一个人的口才，用在商业上。在这城市从事一切商业活动，可以不受同业公会的限制和城市保护贸易政策的阻挠，因为这两种制度曾幸运地阻止中古世纪工业的进步。意大利的银行家在这里开设分行，英国的“商业投机者”建立仓库，富格尔家族的商业活动也集中于这个城市，商人工会（Hanse）也在这里修建了一座气派的伊斯特林斯会馆（1564年）。每天有500艘船只进出这个港口，5000名商人在交易所从事买卖。安特卫普的汇票成为当时最流行的国际通货。在这个时期，安特卫普逐渐取代里斯本的地位，成为欧洲香料贸易的主要港口。进入里斯本的货船，货物就在船上被佛兰德斯的代理商买去，然后直航安特卫普，以便把货物分配到北欧。“我一见到安特卫普就感到忧愁，”一位威尼斯的大使写道，“因为我看见威尼斯落后了。”他正在目睹商业的领导权做历史性的转移，从地中海移到北大西洋。这种商业的刺激使佛兰德斯的工业复兴，甚至根特也是如此；低地每年给查理五世带来150万利维尔，他个人全部岁入的半数。
他回报他们的，就是给予佛兰德斯和荷兰以合理的良好政治，不过宗教自由除外。这样的恩惠，无论对他的朋友还是敌人来说，都是始料未及的。他的权威因他的誓言而受到宪法的限制，因为他对人民保证遵守宪章和各城市各省份的地方法；市公民坚决维护他们个人和住宅的权利；建立国务、财务会议和控诉院，作为中央行政的一部分。一般来说，查理使用间接手段治理尼德兰，运用那些为人民接纳的摄政来执政；最先是他的伯母兼保姆和教师的奥地利的玛格丽特，然后是他的妹妹玛丽，匈牙利以前的王后。这两位女人都是了不起的人物，有才干，仁慈而机智。但是查理的帝权越大，人也越专横。他将西班牙的卫戍部队派驻在各个城市，严厉镇压违反他外交政策的人。他要求各地征收军费时，别的城市都接受了，唯独根特拒绝投票通过，于是他使用毫无置辩的武力来镇压该地的背叛，以儆效尤，勒索酬金和赔款，废除自治市的传统自由，并由皇帝任命的官吏替代当地民选的政府（1540年）。但这是少有的典型。虽然查理有这些偶然鲁莽的措施，低地的臣民仍然爱戴他。政治上的稳定和社会秩序的良好，使他获得了经济的繁荣，所以当他宣布让位时，几乎所有的公民都感到悲哀。
查理接受当时流行的学说，若要国家太平和有力量，必须全国宗教信仰统一；他和法国及路德派的德国处于敌对状态时，查理深深畏惧在尼德兰的新教会威胁他侧翼的安全，因此他支持天主教教会在佛兰德斯迫害异端。在路德之前，当地改教运动还相当的温和；1517年以后，德国的路德派和再洗礼派，瑞士、阿尔萨斯及法兰西的加尔文派和茨温利派，纷纷由各地区进入尼德兰。路德的著作马上被译为荷兰文，由热心的传教士在安特卫普、根特、多德雷赫特、乌特勒支、兹沃勒和海牙等地予以解说。多米尼克派的修道士倡导下列的回应：一个人说，他愿意用牙齿咬紧路德的喉咙，并毫不迟疑地口中带着血去参加领圣礼。仍旧年轻的皇帝，想要阻止由这些出版物引起的骚动（1521年），于是应教皇的要求“张贴布告”，禁止出版或阅读路德的著作。同年，他命令非宗教法庭在尼德兰全境强制实施沃尔姆斯的诏书，反对一切拥护路德主张的人。1523年7月1日，两名奥古斯丁派修道士亨利·沃斯和约翰·埃克，被送往布鲁塞尔火刑，这是低地新教第一批殉道者。祖特芬（Zutphen）的亨利是路德的朋友，也是路德的学生，他是安特卫普奥古斯丁修道院副院长，因拥护路德主张而下狱，逃脱后又在石勒苏益格—荷尔斯泰因被捕，终于在该地被烧死（1524年）。这些死刑的执行正好为那些宗教改革者的主张做了宣传。
虽然颁布检查命令，路德的《新约》译本仍然广泛地流传，在荷兰的新教徒比富庶的佛兰德斯人更来得热心。渴望恢复最初单纯的基督教而产生千禧年的希望，盼望基督早日复临，并在地上建立新耶路撒冷。在这千禧年的国度中，没有政府，没有婚姻，没有财产，与这些观念混为一谈的，就是共产主义平等的理论，互助甚至“自由恋爱”（free love）。再洗礼派的团体是在安特卫普、马斯特里克特（Maastricht）和阿姆斯特丹组成的。1531年，梅尔基奥·霍夫曼由埃姆登来到阿姆斯特丹，莱顿的约翰于访问后带着再洗礼派信条，由哈勒姆回到蒙斯特。在许多荷兰市镇中，据估计约有2/3的人属于再洗礼派信徒；甚至于代芬特尔的市长也改信再洗礼派的教义。由饥饿煽动宗教运动变成一种社会叛乱。“在这些省内，”伊拉斯谟的一位友人于1534年写道，“我们被再洗礼派的爆发弄得极端不安，因为它正像火焰一样地蔓延着。几乎没有一地或一镇不在暴动的火炬照耀之下。”匈牙利的玛丽，以后任摄政，警告皇帝称，叛乱者计划掠夺贵族、教士和商业阶级一切形式的财产，然后依照需要，给每个人分发战利品。1535年，莱顿的约翰差遣密使到荷兰的若干中心点，安排再洗礼派信徒在各地同时发动叛乱。这些造反者确实表现了不少英勇的事迹：有一群人在西弗里斯兰（West Friesland）攻占了一座修道院，并加以设防，使总督不得不用重炮围攻它，800人死在绝望的防御战中（1535年）。5月11日，若干武装的再洗礼派信徒猛攻并占据了阿姆斯特丹的市镇厅；市民们将他们逐出，受惊的人们使用恐怖的报复手段杀戮那些倡乱者，将他们的舌头和心脏从活着的身体上剜出来，投在那些将死的和已死的人脸上。
查理想到整个社会结构受到共产主义者的挑战，于是将宗教裁判所输入尼德兰，并授权给地方官扑灭这项运动及其他一切异端，甚至不惜牺牲当地人民的自由。1521年至1555年，他接二连三地下令公布阻止社会和宗教的分歧。在这些命令中最严厉的一道（1550年9月25日）显示了皇帝的堕落，为尼德兰人反对其子的叛乱种下了祸根：
禁止任何人私自在教会、街上或其他地方出版、录写、抄写、保存、隐藏、买卖或赠送路德、奥科兰帕迪乌斯、茨温利、布塞尔、加尔文等人的书籍和著作，及由圣教会摈斥的其他异端的著作……禁止打碎或损坏圣母玛利亚或封为圣徒的雕像……禁止皈依上述异端的信徒举行的非法聚会或集会，并在会中教训异端的道理和施洗，及任何反对圣教会和公众利益的任何方式的阴谋，人民不得涉足上列场所……吾人禁止一切俗家人公开或秘密地谈论或讨论有关《圣经》上的事……阅读、教授或解释《圣经》，除非受过正式神学教育的，或由著名之大学核准……或接纳任何上述异端的意见……违者则处以下列刑罚……倘犯者承认其错，男子斩首，女子活埋，若坚不认错，则处以火刑；处于上述两种情形的，其财产均没收归皇帝……
禁止所有人留宿、款待、供给衣食和火或同情异端教徒及显然具有异端嫌疑者，有人违反规定，而别人不加告发者，则应受前述之同等处罚……如有人知悉某人接受异端训练，应向官方检举并将其人交出……检举者在定案后，可获得被告财产的半数……为达此目的，法官与主管官吏没有理由——不能借口惩罚太大或太重，或托词说，此项命令只是用以阻吓违规者——减轻对犯者的惩罚，应按规定处以应得之罪，（兹规定）被控犯罪之人必须按照前述宣布的刑罚切实严办；禁止一切法官改变以任何方式减轻刑罚；无论在什么情况下，禁止任何人向吾人或任何有权之人为罪犯请求赦免，或做有利于异端者、被放逐者或亡命者的请愿，宣布的刑罚，文武官员不得更改，也不能凭私意惩处。
又规定，凡进入低地各国者，须签署保证书，声明忠于全部的正统信条。
因为颁布了这些极端苛刻的赦令，尼德兰变成新旧两教之间的主要战场。据威尼斯派驻查理宫廷的大使于1546年的估计，约有3万人是再洗礼派教徒，在皇帝的长期屠杀计划下被杀害；但另据一项不太耸人听闻的估计，受难者的人数减至1000人。就荷兰的再洗礼派而言，加罗林（Caroline）异教徒裁判所的工作是成功的；在荷兰残存的都采取不抵抗主义，有些逃往英国的，他们在爱德华六世和伊丽莎白的统治下，变为新教活跃的支持者。由于迫害的阻吓作用和经济的繁荣，尼德兰的共产主义运动完全瓦解了。
再洗礼派浪潮甫趋平息，追求胡格诺派的另一股洪流又从法国倾入低地，将加尔文的福音带进荷兰。新异端的严格和神权政治的热诚，唤起那些继承神秘主义传统和共同生活兄弟派的人，而加尔文主义采纳的，在工作方面是尊严而不是诅咒，在财富方面是祝福而不是犯罪，在共和政治制度上，对于富有政治野心的商人阶级而言，它比君主政体更适合他们的需要，它能容纳社会各种不同的阶层，欢迎一切身份不同的老百姓。1555年，在伊普尔、图尔奈、瓦朗谢讷、布鲁日、根特和安特卫普各地，均有加尔文派的聚会，于是改教运动又蔓延到荷兰。不是路德教义，也不是再洗礼派教义，而是加尔文教义，将查理的儿子拒之于门外，在冲突中，经过了艰苦的一代，把尼德兰分裂为二，将荷兰从西班牙的统治下解放出来，使之成为近代人的天堂。
1555年，查理五世除了死于其神圣义务外，他所有的梦想都无力兼顾了。他放弃了一切希望，不论是镇压德国和尼德兰的新教，或是在特伦特会议中调解新教与天主教的冲突。他放弃雄心，再也不打算率领新教和天主教，德国和法国堂皇地进军抵抗苏里曼、君士坦丁堡和威胁基督教世界的土耳其。由于他放纵宴饮和纵欲过度，加以频频用兵，消耗精力，又因各地革命之火燃烧不已，国务繁重，以致斫伤健康，政治才能日渐衰退，壮志全消。33岁时，得了溃疡症。35岁已现衰老，45岁饱受痛风、气喘、消化不良、口吃等种种疾病的折磨。他在醒着的时候，有一半时间是在痛苦挣扎之中，他难以入睡，又因经常呼吸困难，彻夜直坐，关节炎使他手指扭曲，签署《克里皮和平条约》时，执笔都感困难。科利格尼将亨利二世的来信呈递给查理时，他的手指费了很大的气力才把信打开。“你对我有何种想法？”他问，“费了这么多气力，才能打开一封信，我不是一名能突击和折断长矛的优秀骑士吗？”或许因饱受疾病的折磨，他丧失耐性，以致对尼德兰新教徒的攻击，有时显得特别残忍和野蛮。他曾下令将那些被俘的德国雇佣兵双脚砍断，因为他们受雇为法国作战，虽然他的儿子，未来的残酷的菲利普二世，为这些人求情，他也无动于衷。他的爱妻伊莎贝拉去世时（1539年），他却为爱妻之丧悲哀逾恒，又允许将那些可怜的少女送到他的寝宫。
1555年10月25日，他召开尼德兰国会，并将菲利普由英国召回，参加会议。会议在布鲁塞尔布拉班特公爵大厦，一间用挂毡装饰的宏大厅堂内举行，习惯上那里是金羊毛骑士们（Knights of Golden Fleece）集会的地点，尼德兰的议员、贵族和17省的首长，在武装部队戒护森严之下，在此集会。查理倚在他儿子未来的敌人奥伦治的威廉的肩上进入会场。菲利普、女摄政匈牙利的玛丽、萨伏依的伊曼纽耳·菲利贝托、皇帝的顾问官、金羊毛骑士们，及当时许多左右世界的风云人物，跟随在皇帝之后，鱼贯进入会堂。所有与会之人坐定之后，菲利贝托起立发言，解释皇帝因为健康、精神和政治上的原因，愿意将尼德兰的统治权让给他儿子，皇帝对他这篇冗长而生动的演说，感到非常不耐烦。然后，查理起立，重新倚在那位颀长俊美的奥伦治王子肩上，简单而切题地说了几句话。他扼要地说明他的政绩，如何致力于开拓疆域、扩张权力，并奉献其一生岁月于国事，他回忆往事，曾9次出巡德国，6次出巡西班牙，7次出巡意大利，4次出巡法兰西，2次出巡英格兰和非洲，海上航行达11次之多，他继续讲：
这是我第四次由此地动身往西班牙……我毕生从未经历过如此的痛苦……诚如我感觉的，今天与诸君分别，没有什么相赠，但我非常切望和平与安宁……我因体力不支，不能再担当国家大任，以免贻误国事……责任如此重大，令人担心，但我健康斫伤已甚，不免使人气馁——这一切使我不再有治理国事的精力……我目前的处境，不得不放弃权位，我应将重要原因诉之于上帝与人民。……我子，菲利普国王，正当有为之年，其能力足以管辖诸君，我愿他成为我钟爱臣民的贤君……
查理痛苦地坐回他的宝座时，听众们宽恕了他的罪过和迫害，同情他的挫折，因为他在最艰危的时期，凭其个人才智为国辛勤了40年。很多人听了他的话而流泪，菲利普于是正式被立为尼德兰的统治者，他庄严地宣誓（如以后他被人提醒的）遵守各省一切的法律和传统的权力。早在1556年，查理即将西班牙的王位和西班牙在新旧大陆的一切属地统治权传给他。查理保留了皇帝的头衔，准备也传给他儿子，但因斐迪南的反对，不得已于1558年让位给他兄弟。1556年9月17日，他由弗拉兴（Flushing）乘船至西班牙。
