西吉斯蒙德一世和他儿子西吉斯蒙德二世执政期间是波兰的黄金时代。这两位君主都是有文化教养和坚强意志的人，也是文学与艺术的奖励者，他们赋予人民以宗教思想和敬拜神祇的自由，虽然还不够完全，但若与东欧其他国家相比，那些国家似乎仍在中古时代。西吉斯蒙德一世与米兰公爵吉安·加里亚佐（Gian Galeao）的女儿波娜·斯福尔扎（Bona Sforza）结婚（1518年）。她是一个性格开朗、有才气的女人，她下嫁波兰国王时，曾将意大利的一批朝臣和学者作为随员，带到克拉科，国王不但不讨厌他们，反而待之以礼，把他们视为文艺复兴的桥梁。波兰贵族初次享受到华丽的服饰和富丽的陈设，他们倾心于奢侈的生活，语言和礼仪更为精致，文学与艺术也随之兴盛，伊拉斯谟写道（1523年）：“我祝贺这个国家……现在在科学、法理学、道德和宗教及使我们脱离野蛮的一切成就，都达到鼎盛，足以与那些第一流的和最荣耀的国家媲美。”波娜以其美丽、文雅和多智，使其夫婿言听计从，她不但是王后，也是革新人物。她的儿子西吉斯蒙德二世是人文主义者、语言学家和演说家，也是一个从考究服饰上寻求乐趣的人。战争和这些显赫的王朝结了不解之缘，波兰为了争取波罗的海及沿海各港口的霸权，与瑞典、丹麦、俄国发生战争。波兰虽然失去了普鲁士，却获得了马佐维亚，包括华沙、利沃尼亚和里加。这一时期波兰成为欧洲重要国家。
此时，宗教改革的浪潮已由德国和瑞典渗入波兰。由于波兰国王对其信奉希腊正教的臣民保证敬拜的自由，人民对宗教一向采取宽容的态度。在他邻近的波希米亚，却发生长达一个世纪之久的胡斯信徒和称为饼酒同领派的叛乱，使波兰不甚关心远处的教皇权力。由国王任命的主教都是受过爱国教育的，怀有伊拉斯谟的警戒，偏向于改革教会，而且大度地支持人文主义运动。然而，这不能减少贵族和市民们对他们财产和收入的忌妒。群众怨声四起，控诉国家的财富流到罗马去了、赎罪券的昂贵与荒谬、教会买卖圣职、在主教法庭诉讼要花钱。波兰的小贵族（szlachta）尤其攻击教士的免税特权，和教士们装入私囊的贵族缴来的什一奉献。大概出于经济原因，一些有势力的男爵们用同情的心来倾听路德派教徒们对教会的批评；那些具有半统治权的诸侯们也保护所在地的新教运动，很像德国独立的王侯，发动叛乱、庇护路德。但泽（Danzig）有一名僧侣拥护路德的条文，要求教会改革，并与一个女继承人结婚（1518年）。另外的传道士有效地奉行路德的主张，以至在几次大会以后，就将宗教的偶像从教堂里搬走了（1522年）。市议会也准许修士和修女们还俗，封闭修道院（1525年），1540年，但泽所有教堂的讲坛都把持在新教的手中了。在波兰与普鲁士交界的布朗斯堡（Braunsberg），有一些传教士采用路德的仪式时，主教驻堂教堂的牧师们向主教控诉，主教回答说，路德的见解是根据《圣经》来的，谁觉得能反驳他们，就承担这个任务好了（1520年）。西吉斯蒙德一世被劝实行检查书籍，并禁止路德著作传入；但他自己的大臣和波娜的方济各修道会的信徒们，却被那些遭到禁止的信条说服了。1539年，加尔文将他所著的《对弥撒的评语》（Commentary on the Mass）一书呈献给王储。
王储成为西吉斯蒙德二世时，在波兰的路德派和加尔文派，教徒发展得很快。《圣经》被译为波兰文，于是本国语言开始在宗教服务中代替了拉丁文。著名的教士扬·拉斯基宣布改信新教。1548年，波希米亚兄弟会（Bohemian Brethren）被他们国家放逐出境，于是移民到波兰，不久就在波兰境内成立了30处秘密聚会所。天主教的教士们企图指控一些小贵族为异端，想趁机没收他们的财产，却引起许多小贵族背叛教会（1552年）。1555年，波兰国会会议通过，一切信仰凡是根据“圣道”，均有宗教自由，并立法许可教士结婚和在圣餐中用酒饼。波兰的宗教改革至此达到全盛时期。
16世纪的欧洲，最强的一神论的发展，使波兰的情势变得很复杂。早于1546年，在这拉丁基督教的偏远东方，就讨论过塞尔维特的反三位一体假说。1551年，莱利乌斯·索齐尼（Laelius Socinus）访问波兰时，留下激进观念发酵的种子。乔吉奥·布兰德拉塔（Giorgio Blandrata）继续这个运动；1561年，有新的团体发表它的信仰宣告。他们继续迷失于塞尔维特的神学之中，限制神父的全部神性，但承认相信基督的降生是超自然的，他神性的启示、神迹、复活和升天都是超自然的。他们否认原罪说和基督救赎论；他们承认洗礼和圣餐仅仅是一种象征；他们教训人说，拯救最重要的是依靠个人自觉地遵行基督的教训。加尔文派的克拉科会议（1563年）判定这些教义不适当时，唯一神教的信徒们另外组织了独立的教会。这一个教派仅仅在莱利乌斯的侄儿福斯图斯·索齐尼（Faustus Socinus）时兴盛过，他曾于1579年到过波兰。
天主教教会曾使用迫害、文学和外交手段，以阻止这些发展。1539年，克拉科的主教将一名80岁的老太太送去火刑，控告她的罪名是她拒绝向奉献的圣饼敬拜。普鲁士库尔姆（Kulm）的主教斯坦尼斯拉斯·霍休斯，其后成为红衣主教，以他的能力和热心抨击此事。他努力改革教会，但对新教的神学和仪式却不同情。由于他的建议，维罗纳的主教洛多维科·利波马诺奉派赴波兰，作为教皇的特使，桑特的主教乔万尼·康曼多尼（Giovanni Commendone）则成为教皇驻克拉科的使节。他们说服西吉斯蒙德二世主动支持教会，压制新教中的分裂，并在这种信奉相反的和动摇不定的信条环境下，尽力把建立人民道德的困难予以扩大。1564年，霍休斯和康曼多尼两人将耶稣会带进波兰，这些受过训练的和虔诚侍奉神的人，在教育组织上获得了重要地位，使重要人物听他们的话，使波兰人民恢复了传统的信仰。
波希米亚人早在路德之前已经成为新教徒，并发现路德的观念没有什么可怕的地方。德国在边界上有很大的影响力，使他们很容易改教。波希米亚兄弟会的人数约占全部40万人口的10％，比路德的新教的人数还要多。其中60％为饼酒统领派，他们是主张两种圣餐礼的天主教徒，即奉行酒与饼的人，无视教皇提出的抗议。1560年，波希米亚2/3的人口为新教徒；但1561年斐迪南将耶稣会传入后，潮流又将老百姓推回正统的天主教信仰轨道。
日耳曼的移民带着路德的观念进入匈牙利，宗教改革便经移民之手进入匈牙利，那就是一个人不服从教会和皇帝，依然能够生存。匈牙利的农民深受教会支持的封建制度的压迫，所以用一种友好的眼光来看新教教会，盼望能得他们之助，终止向教会的奉献和义务。封建的男爵们则垂涎于教会的庞大财产，因为教会的出产足以与他们的收益匹敌。市镇的劳工们则深受乌托邦思想的影响，视教会为他们梦想的主要障碍，因此放纵于打破偶像的狂喜。教会说服政府与其合作，定新教徒死刑。在匈牙利西部，斐迪南努力使双方和解，希望允许教士结婚，并用两种形式的圣礼。东匈牙利在土耳其人的治理下，新教可以自由发展，因为土耳其人对各色各样的基督教信仰轻蔑又漠不关心。1550年，似乎全匈牙利都要信仰新教了，由于加尔文派开始在匈牙利与路德派竞争（马扎儿人本质上是反日耳曼人的），他们支持瑞士式的宗教改革。1558年，加尔文派的教徒，人数之多足以在捷恩格尔（Czenger）召开一次动人的宗教会议。在改革中发生了两个敌对的中心点，因此将这次运动撕裂为二。许多公务人员和改变信仰者，由于寻求社会安定和心灵的宁静，又转回天主教。17世纪，耶稣会在一名加尔文派信徒之子的领导下，使匈牙利回到天主教的怀抱。
