诺克斯对苏格兰人呼吁，要他们挣脱罗马教廷的轭制，并与其他改教家传福音的工作联合起来。英格兰的新教徒拥入苏格兰，《圣经》和小册子纷纷由欧洲大陆和英格兰渗入苏格兰，加上苏格兰的贵族们渴望获得土地，利用打击宫廷中的法国人来激起群众的愤怒改变局面，所有因素结合在一起，使苏格兰的叛乱酝酿到爆发点。1543年，天主教的地位稳固，在洛林的玛丽摄政时期，骄横的法国人蜂拥而入，使爱丁堡的老百姓受到压迫，他们愤恨地忍受着。这群闯入者进入苏格兰，使人民的生活处处不幸。双方敌对的情绪逐渐高涨，教士们支持法国人时，民族主义的精神变为反天主教的弦外之音。宗教游行——在游行中抬着圣母和圣徒的雕像，叫人敬拜，并热心地展览圣物，叫人吻它——惹起老百姓的讥笑和怀疑，这种情绪逐渐高涨。1557年9月，一群热心的怀疑论者夺取圣吉莱斯的雕像——圣吉莱斯在爱丁堡被称为“教会之母”（Mother Kirk）——投之于塘，以后更将它烧成灰烬。根据诺克斯的宣告，苏格兰到处发生类似的破坏偶像行动。
1557年12月3日，一小群称为“普通的一群”（Common Band）反教士贵族——阿盖尔、格伦卡伦、默顿、罗尔尼、厄斯金等——在爱丁堡集会（该地于1542年成为首都），签订《第一苏格兰条约》（First Scottish Covenant）。他们自称“耶稣基督的大议会之主”（Lords of the Congregation of Jesus Christ），以示与“撒旦的议会”（Congregation of Satan）相区分——那就是教会。他们宣誓保证拥护“最神圣的圣道”（the most blessed Word of God），并请求“改革宗教和政府”，要求摄政王归还自由，“以便将我们自己用在宗教和良心的事上，因为我们必须回答上帝”。他们决议在苏格兰全境采取行动改革教会，并宣布他们所有的教会采用《公祷书》，该书为爱德华六世时规定英格兰全国采用的。天主教的主教们抗议这种大胆的分裂教会，劝大主教汉密尔顿加以压制。他勉强下令烧死沃特·米尔恩（Walter Milne，1558年4月28日）。他原为一个年老的僧侣，还俗后结婚，在穷人中传播改革信心的福音。老百姓非常尊敬这位老人，对最后一次以异端罪名烧死苏格兰新教徒的事，他们发出恐怖的呼声，在他殉道的地方，用石头建立起一座圆锥形的石堆。另外的传道人被召受审时，他的保护者带着武器，用武力打开一条路，来到女摄政王面前，警告她不得再许可迫害宗教信仰。大议会之主也正式通知摄政王（1558年11月），除非允许人民自由崇拜，“否则若因滥用权力，触发人民用暴力改革时”，他们概不负责。在那个月，他们送信给诺克斯，假如他回国，他们愿意负责保护他的安全。
他慢慢赶来，直到1559年5月2日才到达爱丁堡。5月3日，他在珀斯讲道，才缓和了革命的气氛。在这次讲道中，他告诉他们，“要激烈地反对敬拜偶像”；解释“何为敬拜偶像及在弥撒中哪些是令神憎恶的”，“为了破坏敬拜纪念物，神颁布了什么诫命”。如他描写的“流氓群众”应当由教会中逐出去。一位天主教的祭司试图在附近的教堂举行弥撒，一位青年起来大声呼叫：“这简直令人难以忍受，神讲出来的话，他明明白白地要惩罚敬拜偶像的，我们会看到他们遭到报应。”据诺克斯所描述，这位祭司竟“重重地打了这孩子一拳，这孩子愤怒地拿起一块石头，掷向祭司，未打中祭司，却打中了圣龛，将一尊雕像打碎了；全体群众马上纷纷抛石头，并用手打碎圣龛和一切其他敬拜偶像的纪念物”。这些群众蜂拥冲入3所修道院，砸碎雕像，抢劫他们财物，但允许这些修道士尽其所能扛着他们所需的东西离开。“在两天中，这3座大修道院……被破坏得荡然无存，只剩下残垣断壁。”
女摄政王大为恼怒，她的兄长洛林红衣主教劝她仿效玛丽·都铎的办法，砍下为首作乱的新教徒的脑袋；当时在珀斯和其附近地区得胜的叛乱者威胁天主教的祭司们，只要他们敢举行弥撒，就杀害他们。5月22日，大议会之主在武装扈从们的支持之下，送给女摄政王一封不祥的最后通牒：
书致仁慈的女王摄政阁下，以下是草民们履行义务和服从政府的先决条件：以迄于今，吾人不顾生命危险，以温顺之心效忠于苏格兰及阁下之权威……可是，目前由于不公正的苛政计划加害于吾人，吾人被迫不得不以最忧伤的心灵，向摄政阁下郑重宣布，对加之于吾人的一切宗教迫害，吾人将执正义之剑起而抵抗……由于此种残忍的、不公正的、最暴虐的谋害，意欲加之于城镇和群众，过去如此，如今亦然，此为吾人一反历来顺服的唯一原因，今在上帝明鉴之下，倘能使吾人生活于和平与自由之下，此为耶稣基督宝血所买来的，则吾人当保证忠于统治吾人的女王（苏格兰的玛丽女王）及其夫婿及摄政阁下……阁下的顺服的臣民，在一切事上，均不致悖逆上帝——苏格兰耶稣基督忠实的大议会。
大议会又向贵族们发出呼吁，请求他们支持这次起义，并在另外的公开信中警告：“伪基督撒布瘟疫的高级教士和他们属下的僧侣们……倘若你们继续进行恶毒残忍的暴行，你将会受到处治，不论在何处，人民将把你们当作凶手和上帝公开的敌人，加以逮捕……和平条约将永不会达成，除非你们停止公开敬拜偶像和残忍地迫害上帝的子民。”
女摄政王玛丽带着她能调集的军队进入珀斯，教会的朋友们也武装列队欢迎她来。玛丽目睹此情，自忖无法克服他们，于是签署了停战协定（1559年5月29日）。诺克斯退到圣安德鲁斯，超乎大主教禁令之上，他在教区教堂里传反对敬拜偶像的福音（6月11日至14日）。听众被他热情的讲道感动，纷纷从城里的各教堂中将敬拜偶像的纪念物移走，并当着天主教教士们的面焚烧那些雕塑偶像。大主教逃往珀斯；大议会的部队却声言玛丽违背停战协定，使用法国的资金发放苏格兰军队的粮饷，于是攻占了那处大本营（6月25日）。28日，他们劫掠并焚烧斯昆的修道院。倘若我们相信这位富于想象力的诺克斯（有时好像是一位“贫穷的上了年纪的保姆”），我们就可以了解大致的情形。他曾注视着这场大火说：“现在我看到，同时了解神的审判是公正的。自从我有记忆以来这个地方除了是淫棍们的巢穴以外，什么也没有。简直令人难以相信……很多人的妻子与人通奸，处女贞操被破坏，都是这些伤风败俗的禽兽做下来的孽，而这批禽兽就是在这巢穴中养育出来的，特别是由那恶人……主教一手培养的。”
洛林的玛丽那时病势沉重，随时都有死亡的可能，只好逃往勒科斯，打算利用与胜利的再洗礼教徒举行和谈的机会拖延时间，等待法国的援军到来。大议会获得来自英格兰伊丽莎白女王的支援，挫败了她的诡计。诺克斯写了一封信给英女王，对她郑重宣告，在他写的《反对女性君主的号声响了》一文中，并不包括她在内，伊丽莎白的首相威廉·塞梭（William Cecil）劝告她帮助苏格兰的革命，如此可使苏格兰在英格兰的势力下，成为一个政治独立的国家。他感觉这样做是抵抗玛丽·斯图亚特的合法防护办法，其时玛丽·斯图亚特刚成为法兰西王后（1559年），她也曾提出继承英格兰王位的要求，因为她认为伊丽莎白是私生女，是不合法的篡位者。英国舰队马上开到福斯湾，封锁该地港口，阻止法国援军登陆支援女摄政，英国的陆军也参加大议会的军队攻击莱斯。洛林的玛丽退避到爱丁堡的堡垒，在接受侍从们逐一的接吻礼后死去（1560年6月10日）。她原为一个善良的妇女，只因扮演了错误角色，以致铸成不可避免的悲剧。
她最后的防卫者终因被封锁包围，困于饥馑而不得不投降。1560年7月6日，大议会、玛丽·斯图亚特、法兰西、英格兰四方代表签订《爱丁堡条约》（The Treaty of Edinburg），这一条约所订的条款，深深导致了以后玛丽与伊丽莎白之间的冲突。除去法军留置120人外，所有外国军队都撤离苏格兰；玛丽·斯图亚特和弗朗索瓦二世放弃对英国王位的要求；承认玛丽为苏格兰的女王，但若没有三级会议的同意，她不能宣战或媾和；她可以在12名三级会议议员中，选任5名参加她的私人会议；外国人和教士不能居高位官职；宣布大赦，但由三级会议特别提名者不在大赦之列。对于未出席的女王来说，这是一个屈辱的和平，但对于大议会来说，这是一项异常的不流血的胜利。
国会在1560年8月1日集会，仅仅只有8票反对，一致通过《信仰的宣告》（Confession of Faith）。该书由诺克斯及其助手起草，其中若干条款曾由勒辛顿的梅特兰修订，使其趋于温和。苏格兰长老会至今采用它为正式信条，其中若干主要条款值得我们纪念：
一、我们承认只有一位三位一体的神。
二、我们承认我们这位神曾按照他自己形象造男人（就是我们的第一位祖先亚当），也为男人造女人……因此在全部人性中可以说，没有不完善的，离开了那种荣耀和纯全，男人和女人彼此堕落，女人被蛇欺骗，男人则听信女人的话……
三、始祖所犯的罪，一般称之为原罪，使神的形象在人类中被玷污；他和他的后裔与神为敌，做了撒旦的奴隶、罪恶的奴仆；在一律被治死的情况下，永久的死亡在以往和将来，都有权统治古往今来无法从上苍获得重生的人；重生是圣灵的工作，圣灵在上帝选民的心里做工，这是在神应许里确实的信心……借着这种信心他们认识耶稣基督……
八、这位永恒的上帝和父……因着他的怜悯……在基督耶稣里拣选了我们……在创世以前……
十六、我们最热诚地相信，从太初就有，现在有，将来有，以至世界末了，都有一个教会，也就是说，有一个由上帝拣选的人组成的一个团体或一群人，他们借着在基督耶稣里真正的信心，正确地崇拜和信奉他……他们是从一个没有生命和没有永恒幸福的教会中出来的。因此我们绝对厌恶那些亵渎神明的人，他们断言，人只要按照公平和正义行事就可得救，他们所信奉的是何种宗教……
二十一、……我们承认……只有两种主要的圣礼……洗礼和圣餐……我们不能幻想饼有任何变体说，变成神的自然体……但是，借着圣灵的工作……我们相信，只要正确地使用圣餐桌上的酒饼，那信仰坚定的人如此做，就是吃了主耶稣的身体和饮了他的血……
二十四、我们承认帝国，王国，自治领土和城市……都是出于神命……保守和净化基督教是国王、王子和各级行政长官最主要的职责；因此，他们不仅要制订内政政策，也该维护真正的宗教，压制敬拜偶像和迷信……
按照这些条款声明的，苏格兰宗教改革的国会，否定了教皇的审判权，制订改良的信条和强迫遵守的仪礼，禁止举行弥撒，初犯者施以体罚并没收财产，再犯者处以流刑，第三次犯者处以死刑。可是，控制国会的贵族们需要的是土地而不是流血，因此并未采用加尔文派神学字义的解释，对那些仍然信奉天主教的苏格兰人施加的迫害相当温和，从未施用体罚。现在，贵族们许可人民反对炼狱之说，认为那是神话，他们力言那是骗局，因为他们祖先遗留下来的财产，有一部分土地和金钱，被他们祖先捐赠给祭司，请祭司为死去的亡魂做弥撒。但是依照新的神学理论，这些死去的人在创世以前已经决定，不能更改以得救或受刑。因此，教会财产的分配能够愉快地说，那是归还被偷的东西。大多数苏格兰的修道院都被封了，他们的财产都被贵族拿走。最初，政府对加尔文派的牧师没有规定，在革命时期视他们为意识形态的帮助者，现今贵族们对神学已经失去兴趣。诺克斯和支持他的传教士们曾经为了新的秩序冒着生命危险付出很多的代价，原盼望将教会的财产用以支持新教会和他们的牧师。他们向国会请愿，要求予以处理，却得不到答复，但是最后获准，将劫掠的全部财产的1/6分配给他们。发现这种不合理的情势后，他们转过来反对专权的贵族政治，于是展开了历史上苏格兰长老会正义与民主政治的联盟运动。
就所有的改教运动而言，苏格兰人流血最少，而且是最持久的。天主教徒们默默无言地忍受着新的现实；他们的主教逃走；大部分教区的祭司们都接受新的改变。乡间路旁的十字架再也看不到了，受人朝拜的古代神龛也因被遗弃而荒芜，再也没有人为圣徒们举行欢乐的节日。许多人的心灵不得不为此而忧伤和缅怀以往，许多人等待着，寄望于他们年轻的女王，由法国返回故土。有许多人已经失去了过去的欢笑和美丽，有许多人变得残忍、无情和不诚实，有许多人变得更加刚硬和冷酷。但是改变毕竟成为事实了。当互相控告成为过去，人们逐渐调整自己，使自己适应新的秩序，这也许是一种恩赐。信仰上的一致，再加上共同遵奉王道的缘故，结束了苏格兰人和英格兰人之间辛酸的战争。不久，弱国就要对强国的君主献上她的王地，大英帝国就是那个强者。
