许多向玛丽进言的人，经常这样批评：赦免权用得过于频繁了。神圣罗马皇帝及其驻英使节曾经这样责难她，说她对叛徒不但不置之于死，反而赐给他们自由，而这些人得到自由后，又集结起来反抗她。查理曾这样问她：“在一个政敌可以为所欲为，随时都充满着暗杀危险的环境下，叫菲利普如何能够安心？”加德纳主教极力主张为了保护国家，叛国者必须处死。玛丽惊惧之余，接受了这些观点。她下令将简·格雷及其丈夫处死——简的丈夫之死，可谓罪有应得，因为他一心想夺取王位，但简本人非常冤枉，因为她根本不想做什么女王。简这时仅17岁，面对死亡却很泰然。1554年2月12日，临刑时，她既不求饶也不掉泪。简之父沙霍克枭首示众，从犯百余人被绞死。玛丽对所俘叛徒，凡情节轻微者，均令其认罪免死。怀亚特受审时，先一口咬定伊丽莎白曾经参与叛变计划，但在登上断头台之日（1554年4月11日），却说他以前的话都是乱讲的。科特尼监禁一年后，被放逐出境。查理建议玛丽将科特尼和伊丽莎白除掉以绝后患。此时玛丽先将伊丽莎白送到圣詹姆斯宫看管，一月后才将她移往天牢。伊丽莎白在天牢中关了两个月，这期间雷奈再促玛丽将之处死，但玛丽说，伊丽莎白参加叛变一事尚未找到证据。伊丽莎白的生命，此时真是危若悬丝。对死的恐惧形成了她以后多疑及事事感到缺乏安全感的性格。这种性格在她当政的后期，曾有显著的反映。她变得非常冷酷，尤其是当她怀疑玛丽·斯图亚特，正如今天玛丽·都铎怀疑她的时候。5月18日，这位未来的女王奉命移居伍德斯托克（Woodstock），在此接受严密监视的软禁。因怕再有其他拥立伊丽莎白阴谋的出现，玛丽决定结婚生子。
玛丽对结婚颇为积极，菲利普却不热衷。1554年3月6日是菲利普和玛丽举行结婚大典的日子。可在这个日子，做新郎的不是他本人，而是他指派的代表。菲利普迟至7月20日才到英国。他的仪表和风度颇令英国人感到惊喜。大额头尖下巴结合成一张近于倒立三角形的脸。金色的头发，金色的胡须，配上这张脸，看上去颇有威仪。最难得的是，举止优雅，谈吐机智。其一举一动，处处表露着他有过人的才华。当时欧洲大陆的来客，多把英国视为蛮荒之地，但菲利普及其随员，似乎没有这种观念。他对伊丽莎白，也极谦恭有礼——也许他此时已经料到，玛丽不可能给他生孩子，伊丽莎白终有一天会登上英国国王的宝座。对于菲利普而言，将来英国国王的宝座由伊丽莎白来坐，远比由苏格兰的玛丽女王来坐要好得多，因为后者一直和他的世仇法国有关联。玛丽在年龄上虽比菲利普大很多，但她对菲利普表现得异常柔顺。多年来对爱的饥渴，加上王子的英俊，她简直乐得忘乎所以。玛丽对菲利普献出了全部忠诚，以致朝中臣僚都怀疑英国已成为西班牙的属地。玛丽致书查理五世，极尽谦卑，说她现在“快乐之情难以言喻。由于我的丈夫至善至美的德行日益显露，我经常祈祷，愿上帝赐我以诸德，以博得我丈夫的欢心”。
玛丽希望给菲利普生个儿子及给英国王位生个继承人的心如此急切，不久她便自认为她已怀孕。她把月经不调视为怀孕的一种征兆。由于希望过切，她完全忘记了过去这种现象也是有的。对怀孕的征兆，她甚至把消化不良也算进去了。玛丽的幻想变成了新闻，威尼斯驻英大使居然在其报告中说，女王的“双峰”不但日益丰隆，而且真有奶汁溢出！在颇长的一段时间中，玛丽像她所统治下的一般可怜女性一样，天天为可以做妈妈而高兴。但我们可以想象得到，御医将检查结果告诉她，这不是怀孕而是浮肿时，她的悲哀与失望，会怎样令她发狂。玛丽怀孕的谣传曾经遍及全国。一度处处都有人为她祈祷，有些地方庆祝王子降生的游行队伍也已组成。一度甚至传说，王子已经诞生，于是商店放假，教堂鸣钟，男男女女拥到街上狂欢庆祝。一位传教士更公然宣称，新生的王子“既白又胖”！然而，事实是残酷的。玛丽为了此事又羞又恼，自确定并未怀孕之时起，她有好几个月都未在公开场合露面。
红衣主教波尔的返国使她颇感安慰。波尔反对英西联姻，曾被查理扣留于布鲁塞尔。现在波尔的回国，显然查理与波尔之间已取得谅解。1554年11月20日，红衣主教以罗马教皇使节身份，横渡英法海峡。他踏上他离去22年的祖国时所受到的热诚的欢迎，使他深受感动。欢迎者中，有官吏，有教士，有老百姓，这表示英国人极愿恢复他们与教廷的关系。波尔见到玛丽，除了有极动人的言词大加赞颂外，更加上这么一句：“祝你早生贵子。”英国国会打听到波尔从教皇得到谕令，说过去分到教产的人现在不必退还时，议员无不欢声雷动。他们一致跪下来忏悔，说他们不该反对天主教。主教加德纳踌躇了一下，决定给这些忏悔者免罪。教皇的威权又获得承认。第一年的薪俸，“第一次的收成”又归他所有。各处又开设宗教法庭。教士又可在各教区征收什一税。一度为威克利夫主义排斥的神像，又处处出现。书刊检查权又从政府移归天主教。历尽沧桑20年，天主教势力在英国复又抬头。
菲利普与玛丽共处达13个月之久。他很希望她能替他生个孩子。当他确知这种希望幻灭后，他即告诉她，他要返回布鲁塞尔，因为他父亲已决定在那里禅位给他。玛丽依依不舍地送他上船。船沿泰晤士河顺流而下，玛丽凭窗目送，直到船影消失，才凄然回宫（1555年8月28日）。菲利普当时的感觉是，一年来为了国家，他不得不和一个病人做爱，现在他的责任已了，他又可回到布鲁塞尔那些如花似玉的嫔妃身边。
波尔现在成为英国炙手可热的人物。他为重建英国天主教而终日奔忙。在玛丽的协助下，他恢复了不少男女修道院。玛丽看着天主教的复兴大感欣慰。她喜欢看那些古老的宗教仪式。教堂里，有耶稣受难像，有种种神圣挂图，有教士、儿童及教友所组成的行列。为生者或死者祈福，均须坐下或跪下来做弥撒，虔诚的祷告一做就是半天。1556年，耶稣受难日前夕，即洗足木曜日那天，玛丽曾为41位老太婆洗脚。她把那些脚放在膝上一一地洗，一一地吻。除洗脚外，她对这些老太婆每人都有赏赐，玛丽生子既已无望，精神上唯一可以寄托的，自然就是宗教了。
但是，她很难把过去的一切恢复过来。新的观念已在市民的脑海里生根发芽，这时秘密活动的就有十几个教派。他们不断以宣传品和书籍传播其教义。玛丽最感痛心的是，有些教派居然否认基督的神性、圣灵的存在及原罪的遗传。在她单纯的信仰里，这些异端在道德上已犯了滔天大罪，其罪远甚于谋叛。在拯救人类的灵魂方面，难道异端比她信奉的红衣主教还懂得多？她接到一个报告说，一位传教士竟在聚会时高声祷告，愿上帝或使她改信基督教，或将她自地球上抹去。一天，有人把一只死狗从窗户抛进玛丽御用的教堂。这只狗剃了个修道士的头，颈上套了根绳子。肯特郡一位传教士被人割了鼻子。玛丽想，这太不讲理了。她让这些新教徒安全离境，他们却写了许多小册子攻击她，说她反动，说她愚蠢，说她崇尚“偶像弥撒”的“拉丁礼拜”。有些小册子甚至鼓动老百姓起来推翻她。1554年3月14日，在阿尔德盖特（Aldgate）一个1.7万人的集会上，有人高呼伊丽莎白万岁。她获得不少消息，在外国的英国新教徒正策划在国内叛变。
玛丽直到1555年还是十分仁慈的。她的仁慈，一方面出于天性，一方面出于习惯。是什么使她由仁慈变成残忍？在历代女王中她的残忍是首屈一指的。她的残忍，一是由其本人及其信仰遭受无情攻击激起；二是恐政敌利用异端作为掩护，以推翻其统治；三是由于折磨与失望侵蚀了她的心灵，使她丧失了理智的判断；四是受到其亲信菲利普、加德纳及波尔等人的影响。这些人坚称，宗教的一统与国家的存在密不可分。菲利普在荷兰即按照其信念行事。1554年春，加德纳主教即决定将3位新教主教胡伯、里德利及拉蒂默处火刑，假定他们不肯改变信仰的话。波尔红衣主教，与玛丽一样，其天性也是仁慈的，但对天主教教条的执着则毫无商量余地。他深爱天主教，以致对任何反对天主教教条和权威的言论都不接受。玛丽对新教徒的迫害，波尔没有直接参加。有时，他主张对新教徒从宽处置。他一次即释放了20位新教徒，这些新教徒依邦纳主教的判决，一律须活活烧死。可是他给教士指示，所有异端，凡属不能以和平方式加以说明者，“一律铲除以免滋蔓”。玛丽对此则较和缓：“谈到惩治异端，我们不可操之过急。别让有些案件，眼前看处治似颇公道，事后却后悔过于轻率。”她对惩治异端虽不积极，却很坚定。尤其在1558年英法之战使她及英国大吃苦头之后，她认定那是神的震怒，震怒她对异端的宽纵。基于这种想法，她对异教徒的迫害，由消极变为积极。
恐怖时期由加德纳命其主教法庭逮捕6位教士开端（1555年1月22日）。6位教士，1位答应改变信仰，4位（包括胡伯），一度出任格洛斯特和伍斯特的主教，被判处火刑（1555年2月4日至8日）。仅此一案，加德纳似乎就倒了胃口。以后便不再参与迫害事件。由于健康急剧衰退，下令烧人那年的11月他就逝世了。主教邦纳继之为刽子手。这时菲利普尚在英国，他倒主张从宽行事。邦纳判处六七个人的火刑时，神圣罗马皇帝驻英大使雷奈认为，“这太轻率野蛮了”。 菲利普的忏悔师，一位西班牙托钵僧，更当庭指斥，这项判决与基督温和宽厚精神相违。邦纳于判决后迟疑了5个礼拜，最后终于下令“烧”！他觉得他这样做是够宽大的，枢密院曾一度谴责他，说他对惩治异端不够积极。邦纳对逮捕到的每个异端，都叫他们“悔过自新”，有时还附有钱财的鼓励，可是当劝诱无效时，他唯一的决定就是处死。烧人时，通常放一袋火药在受刑者的胯下，因为这样他可以死得快些。可是在烧胡伯时，由于柴火不旺，一时引不发火药，以致这位主教受了一个多钟头的苦才告断气。
到目前为止，大多数殉道者都是工人。他们读《圣经》，并采用新教解释，而这些解释都是前一朝代容许的。也许当政者现在发觉，正本清源应自惩治那些提倡新教思想的教士着手，因此，在1555年9月于天牢中提出克拉默（时年66岁）、里德利（时年65岁）及拉蒂默（时年80岁），于牛津加以审讯。在亨利八世时代，拉蒂默曾以其无碍的辩才，指证再洗礼教徒和圣方济各会教徒有罪而判处他们火刑。里德利一则曾参与拥立简·格雷；再则曾宣称玛丽是私生子；三则曾共谋解除邦纳和加德纳的主教职位。克拉默一度为英国从事宗教改革的领袖，他为亨利解除其与凯瑟琳的婚姻关系；替亨利与安妮撮合；用他所著的《祈祷书》代替弥撒；他迫害过弗里茨、兰伯特及无数天主教徒；他同意爱德华把王位传给简·格雷；他指斥弥撒是亵渎神圣。这几位曾经显赫一时的人物，到现在为止，打入天牢已两年有余，在牢中他们每天期待的，就是死。
克拉默于9月7日提到牛津审讯。审讯者千方百计劝他抛弃其信仰，他坚持不肯，因此被判有罪。他当过大主教，大主教判刑应由教皇批准，因此在判决后又返回天牢。9月30日提讯里德利，他也不肯放弃其所信。同一天，也提讯拉蒂默。登上法庭之时，拉蒂默已把生死置之度外。他衣衫褴褛，白发苍苍，头上顶着帽子、睡帽和包巾，颈上挂着老花眼镜，腰间系着《圣经》。在法庭上，他仍否认变体论，因此10月1日即和里德利一道判罪。10月6日执行火刑。到柴堆前，他们跪下祈祷。行刑人员以铁链将他们系在一根铁柱上，每人颈上挂着一袋火药。火点燃时，拉蒂默对里德利说：“别忧伤，里德利，我们要做男子汉大丈夫。今天蒙上帝的恩赐，以我们为照亮英国的蜡烛，我们应感谢。此烛一燃，我相信它是永远不会熄灭的。”
12月4日，教皇保罗四世批准对克拉默所判之刑。有一段时间，克拉默，坎特伯雷的第一位新教大主教，颇有屈服求饶的样子。尽管他有生花妙笔，足以撰写《祈祷书》之类的文章，然而在精神与肉体的双重折磨下，即使金刚也难忍受。精神和肉体的折磨加上波尔的甘言劝诱，迫使克拉默写了许多“指斥异端及路德与茨温利谬误”的文章。他一再宣称他虔诚相信七圣礼、变体论、炼狱及所有天主教的一切教义。照说，他这样的表示，根据“自新”的惯例应该可以由死刑改为监禁了。但（据福克斯记载）玛丽认为，他的种种表示全是做作，因此仍维持死刑原判。
在牛津圣玛丽大教堂中，克拉默在临刑的早上（1556年3月21日），他读完他第七次同时也是最后一次的悔过书时，在众人之前突然这样说：
现在让我郑重宣布，最近我所写的、我所说的，都是假的。由于它们完全违背了我的意志，因此使我良心备受责备。现在，让我宣称，我刚才写的一切都是假的……我之所以这么写，主要是因为我怕死……我要说，现在我写的，我签署的一切条件，都是基于我的劣根性……我的手造下这种罪孽，写下了违背良心的东西，我要首先惩罚它。因此，要烧……就先烧它。谈到教皇，我十分鄙弃他，因为他是基督的敌人，基督的叛徒。
在柴堆上，火焰接近克拉默时，他即伸出他的手放在火焰中。福克斯说：“继续放在其中，一点也不移动……围观者可以清晰看到，他的身体尚未着火，他的右手已开始燃烧。他自口中发出一阵圣斯蒂芬的话语：‘主啊，请接纳我的灵魂吧！’，便随即消逝在熊熊火焰中。”
克拉默之死可算已达迫害时期的高潮。总计因受迫害而死者达300余人，其中273人即死于玛丽统治的最后4年。这种不顾一切的屠杀显然是一大失策。因为大屠杀产生了殉道者，和在基督教初期一样，教徒们会因殉道者而获得力量。现在新教徒越来越多也越来越顽强。至于天主教徒，以玛丽的残暴与新教殉道者的坚韧两相对照，反而纷纷对其信仰发生动摇。邦纳主教虽然对屠杀不十分感兴趣，由于这类屠杀多半在其教区，大家都叫他做“血腥的邦纳”。一位妇人指称他为“刽子手，屠夫，英国众主教的奴隶”。数以百计的英国新教徒逃往天主教法国请求政治庇护。在法国，他们向一个目标前进：敲响玛丽暴政的丧钟。亨利二世一面不断迫害法国新教徒，一面却鼓励英国新教徒推翻天主教的玛丽——玛丽与西班牙王联姻，使法国四面受敌。1556年4月，英国特务探知一项阴谋：有人在亨利·达德利爵士的领导下，想以伊丽莎白取代玛丽。已有不少人被捕，被捕者中，有两人为伊丽莎白的管家。其中一人招认，伊丽莎白和法王共谋。这件事虽然很快便告一段落，从此玛丽却寝食不安。她整天提心吊胆，恐遭人暗算。
在逃亡者中，有一群人遭遇到一种意想不到的苦难。从他们的遭遇，我们可以看出这个时代教条主义多么盛行。詹拉斯基是波兰籍的加尔文信徒，1548年行抵伦敦，不久即在英国创立第一个长老会。玛丽即位后一个月，詹拉斯基和他的一部分教友即分乘两艘丹麦船离开伦敦。在哥本哈根，那里的人说，除非他们正式宣称皈依路德教派，否则不准入境。他们是坚定的加尔文教徒，认为这种皈依办不到。不愿皈依不准上岸，他们只有另求出路。他们到过维斯马（Wismar）、吕贝克和汉堡，然而每处碰到的情形都一样。德国的路德教徒对受玛丽迫害的新教徒并不同情。英国新教徒否认“圣肉实在论”，因此路德教徒斥之为异端，说他们的殉道，殉的是“魔鬼的道”。同样，加尔文也斥责路德教徒为宗派主义，他说他们残酷无情，就在那年（1553年），他下令判处塞尔维特火刑。詹拉斯基这一群漂泊者在北海处处碰壁。他们费了差不多一整个冬天的时间，最后才在埃姆登找到一个立足之地。
玛丽当其末日降临时，其遭遇是可悲的。她敬爱的丈夫，在与教皇和法国国王打了几个回合后，现在（1557年3月20日）跑到英国来了。他要求玛丽带领英国和他进行联合作战。为了争取老百姓的同情，以便达到他此来的目的，他劝玛丽对新教徒的迫害稍稍放松一点。不过，英国人的同情并不是那么容易争取的。在他到达英国后一个月，红衣主教波尔的侄子托马斯·斯塔福德（Thomas Stafford），即发动了一次叛变。叛变的目的，就是推翻玛丽和菲利普的统治。托马斯的叛变没有成功，他本人被处绞刑（1557年5月28日）。使玛丽更加难过的是，就在5月，教皇不但褫夺了波尔教廷特使的职位，还指控他为异端。6月7日，玛丽为了讨好菲利普，以亨利二世支持托马斯叛变为由，对法国宣战。菲利普达到目的后，7月即离开英国。玛丽对此一别似有预感，她说：“在我以后的岁月里，再不会有人给我温暖陪伴了。”对法之战出于勉强，此役英国丢掉了加来（1558年1月6日）。英国领有该地曾达211年之久。加来住有好几千个英国人，现在田园沦陷，无家可归。这些人流落英国各地，衣食无着，怨气冲天。他们说玛丽不能保有英国大陆据点，简直罪该万死。从前有句老话，说加来这一可贵的港口，是“英国皇冠上的一颗宝石”。现在玛丽又加上这么一句：“我死之后，你们破开我的胸膛，你们可以发现，这颗宝石存在我的心里。”
1558年初，玛丽又觉得她怀孕了。她预料会有难产可能，一方面预立遗嘱，一方面送快信给菲利普，要求他在生产时赶来看她。他回信向她祝贺，但说分不开身。事实上，玛丽错了。她发现怀孕又属幻想时，她简直疯了。她坐在地板上，用脸靠着膝，一坐就是几小时。她有时在宫中踱来踱去，飘忽无定像一个游魂。她经常一面哭泣一面写信，写给她西班牙王的丈夫。然而菲利普接获这些泪痕斑斑的信时，他认为这是玛丽快死的征兆，于是下令派驻英国的亲信去争取伊丽莎白。他希望伊丽莎白最好嫁给他，不然，嫁给任何一位西班牙贵族也可以。
1558年，是玛丽活在人世的最后一年。是年夏季，疟疾流行。9月，玛丽染上疟疾，她早就患有水肿及“黑胆汁过多”症，一染上疟疾，其体力便急遽衰退。她深知她已不久人世，于11月6日将王位传给伊丽莎白。她的这一措施显得颇为明智。她对天主教的偏爱，没有偏爱到牺牲正统性的王位继承，可以说是英国之福。玛丽曾长期陷于弥留状态，她清醒时说，她曾梦见好些孩子又唱又跳地围绕在她膝前。11月11日早上她曾去望弥撒，同时说了不少话，但第二天天不亮她就死了。
波尔与玛丽死在同一天。波尔于临死前一个月，还判了5个人火刑，3个男的，2个女的。在这个疯狂的时代里，除再洗礼教外，一切教派无不认为只有他们自己是正统，凡与他们相左的都是异端，异端即应置之于死。不错，这种观念很普遍。但举目斯世，所有基督教国家，甚至连西班牙也包括在内，都没有像波尔当权时代的英国烧死过这么多的人。
就玛丽而言，其残暴也许情有可原。因为她的心智曾为过多的悲哀、疾病、虐待所摧残。她之所以由仁慈转变为残暴，是由于若干次阴谋叛变使她深感若不以死镇压，她的王位，甚至她的头，恐怕都保不住。她太轻信教士了。教士要她迫害异教徒，她便迫害异教徒。其实，教士迫害异教徒，大多不是为了宗教信仰，而是为了倾轧报复。直到死神降临之时，她始终认为，她杀人真正在维护她信仰的宗教。世人把她称之为“血腥玛丽”似乎并不恰当——自然，如果我们以此为她统治时期的表征自又另当别论——因为，事实上她也有许多可爱的地方。使英国脱离罗马的羁绊，是她父亲一生致力的工作。对此她也颇有贡献，不过，她做贡献的方式相当奇特：她让英国人充分认识天主教邪恶的一面。正因她有此贡献，自她死后，英国人才比以往更坚定、更乐于接受她一心要摧毁的新教了。
