《乌托邦》发表后不久，亨利即命莫尔进入枢密院。具有这种思想的人，居然能进入枢密院，说来真是不可思议。也许，号称博学的亨利，根本读不懂拉丁书籍——等《乌托邦》出英文版，亨利已经去世。尽管莫尔思想相当激进，亨利赏识他的，却是品格与能力。亨利以他为沟通下院的桥梁，授之以爵位，让他管金库（1521年）。最后，亨利还把最重要的外交政策设计委托于他。莫尔不赞成沃尔西所定的外交政策，因为这种政策会导致英国与查理冲突。在莫尔看来，查理——这位现任的神圣罗马皇帝——实在不该惹，因他实力强大，而且他是为基督教国家向土耳其打头阵的英雄。沃尔西执政时，莫尔是反对党领袖，现在沃尔西垮了，他便成了名正言顺的继任者。莫尔就任御前大臣，总计达31个月。
但实权操纵在亨利手中。亨利对教廷的不友好感到不满，同时，要把他意中人立为王后，非脱离教廷羁绊不可。莫尔很快便发现，他对外交政策无权过问，亨利要他做的，只不过是一种跑龙套的角色。于是，他即专心对付新教：写文章反驳新教理论；将新教领袖抓来修理。在《异端丛谈》（A Dialogue Concerning Heresies，1528年）一书及其他文章中，莫尔对斐迪南二世、加尔文及路德派诸侯主张的宗教由国家统一领导——利于集中力量与维持秩序——之说颇表赞同，但他担心新教抬头会使英国演变成教派林立的局面。在《圣经》方面，他赞成伊拉斯谟的拉丁《新约》译本。他指斥廷德尔英译《圣经》的不当，他说，廷德尔为了支持路德的论点，有许多地方把《圣经》的内容歪曲了。翻译《圣经》，他指出，不该用作一种武器，以维护或驳斥某种学说的论点。至于天主教，他说，不管怎么样都不该因为意见不同而把它拆散。他认为天主教有三大优点：人们行为上的准则，精神上的安慰，灵性上的激励。
基于上述观点，莫尔曾下令烧死不少新教徒。有一项指控，说莫尔把一个异端分子拖到家中猛力鞭打，这项指控可能靠不住。因为照莫尔的资料观察，那个人似与神学无关。莫尔在一份有关资料中，有下列话语：“他是否偷窥女人，”这个女人在祈祷，“是否低头沉思，他是否偷偷走到女人后面……突然把女人衣服揭起来，一下抱住她的头……”莫尔在其主教区中，曾经判过3个人的死刑。显然在他当政期间，他是赞同国家是宗教法庭的一种世俗武器这一原则的。由此原则推演，异端分子应烧死，岂非必然？即使在《乌托邦》中，他主张的宗教容忍也极有限。他不容忍无神论者，他不容忍否定灵魂不朽者，他不认可不同教派的人彼此动武谩骂。不过有趣的是，他在和英国新教徒展开笔战时，口齿却很不干净。
问题发生了，莫尔发现亨利就是当时最危险的异端。他发现亨利与安妮那种不正常的结合。他看到一连串反教士立法的出现（1529—1532年）。在他心目中，教会是社会秩序的基础，反教士立法的出现无异于在摧毁这个基础。1532年，他罢官归里——回到切尔西（Chelsea）的家时，虽仅54岁，但他似有预感，他的寿命快结束了。他为他的家人预作安排，下面是他女婿威廉·罗佩（William Roper）的记载：
论及殉道者的生命，论及……殉道者的坚忍，论及殉道者的痛苦和牺牲，在殉道者看来，除了顺从上帝，一切都无足轻重。顺从上帝就是幸福。为了上帝的爱，财物、自由、土地乃至生命的损失都可忍受。他曾一再强调，如果他的子女能勉励他为正义真理而牺牲，他必视为莫大的安慰。有此安慰，便可使他含笑对死神。
终于如他所料。1534年初，莫尔被指控与肯特州修女阴谋案有牵连。他承认见过这个修女，但否认知道修女的阴谋。克伦威尔建议释放他，亨利也批准了。但4月17日，又将他关进监狱，原因是他拒绝誓遵《王位继承法案》及遵此法案根绝教皇对英国教会的一切威权。他最宠爱的女儿玛格丽特，写信劝他接受这一法案。他的回信是，劝告给他的打击，和失去自由所遭受的打击相比，更使他觉得痛苦。他的（续弦）夫人，到监狱请求接见，（据罗佩记载）她曾责备他个性太拗：
在这种太平盛世，莫尔，我真想不透你这么聪明绝顶的人会坚持要做傻瓜，躺在又脏又臭的监狱里与老鼠为伍。你知道，如果你像所有主教及国内其他有学问的人一样接受政府的要求，国王陛下和枢密院一定会开恩还你自由。我知道，你之所以留在这儿，是为了上帝之名，但是，你不想想我们在切尔西的家。那里有你心爱的住宅，心爱的图书，心爱的花园，心爱的田庄，及一切心爱的事物。别这么硬吧，莫尔，你知道你的妻儿子女是多么期望你和他们回家团聚。
想软化他的一切方法都用尽了，他仍笑着摇头。
1535年7月1日，莫尔面临最后审判。在辩护中，他说得条条有理，可是最后他还是被判叛国罪。在他由威斯敏斯特解往监狱途中，他的女儿玛格丽特，曾两度冲破警戒线去拥抱他，并接受他的最后祝福。执行死刑前夕，他将他的“马毛衬衣”（hairshirt）送给玛格丽特，衣中附有一张字条：“明天我就要去见上帝了……再见，我亲爱的孩子。给我祈祷，我也为你及你的朋友祈祷。让我们在天上再见。”他步上断头台时（7月7日），他发现台子已朽到好像要垮的样子。他向行刑的人说：“刑官，让我们慢慢地来，以免把台子弄垮了。”刑官求他原谅，他便上去拥抱他。亨利有令，不许他多说话。临刑时，他对旁观的人说：“请为我祈祷，请为我作证，我是为天主教而牺牲的。”接着，他请观众参加他为王的祈祷，愿上帝赐王以贤良辅弼。最后，他说，他虽死但仍是王的忠仆，不过，他愿把上帝放在第一位。当他把头放在俎上时，他曾仔细整理他那飘拂的银须。刀子快下来时，他说：“此头掉得无辜，因为它不曾叛国。”他的头被斩下后，曾挂在伦敦桥上示众。
一阵恐怖的浪潮袭击着英国各地，亨利的残酷震惊了整个欧洲。莫尔的死，伊拉斯谟说，使他也不久于世，“因为，我们俩虽有两个躯壳，却共着一个灵魂”。果然，一年多一点，他也死了。查理听到莫尔死讯，即对英国使臣说：“像莫尔这样才识兼备的相才，如果能为我所有，我宁可失掉一座大城，也绝不愿意失掉他。”教皇保罗三世立刻草拟一道敕令：将亨利逐出天主教；在英国停止一切宗教活动；禁止天主教国家和英国贸易；解除英国臣民对亨利的效忠宣誓；令所有英国臣民及天主教各诸侯群起而推翻亨利。敕令拟好了，但因查理和弗朗索瓦都不肯一致采取这种行动，迟到1538年才行颁布。敕令虽然颁布，查理和弗朗索瓦，仍不许这道敕令通行于其控制地区。理由很简单，他们不愿证明教权优于王权。这道敕令的行不通，足可证明一点：教皇权威的没落与国家主权的勃兴。
斯威夫特（Dean Swift）认为，莫尔“是自有英国以来，德行最为完满的人物”——显然，德行一词取自勇的古义。莫尔与费希尔殉道400年后，罗马天主教将他二人一并列为圣徒。
