宗教改革的必要性，今天已无人表示怀疑。在法国和在其他各地一样，宗教予人的观感好坏杂陈。有诚挚的神父，有虔敬的僧侣、圣洁的修女、全心敬神不谈政治的主教，可也有愚蠢贪婪的神父、懒惰好色的僧侣、装穷卖苦的修士、不甘寂寞的修女、争权夺利的主教。教育的发展导致信仰的低落。教士阶级的知识越高，对修来世便越不感兴趣。主教对教区的选择，多以利益肥瘦为标准。因为在肥硕的教区，可以过上奢侈的生活。洛林的让为什么紧紧抓着梅斯、图尔及凡尔登主教区，兰斯、里昂、纳博讷、阿尔比、麦肯、阿让及南特大主教区，戈尔泽、费康、克吕尼、马尔穆提、圣乌恩、圣德拉昂、圣杰尔默、圣梅达德及萨·恩特·曼苏（属图尔）大修道院不放？因为这些所在，大有油水可沾。人真贪得无厌，还天天哭穷。因为分赃不均，僧侣骂主教，神父骂僧侣。布朗托姆引了一句话“神父必贪，僧侣必淫”，这句话立刻不胫而走。《七日谈》一开头讲的，就是塞（Sées）地的主教如何存心勾引有夫之妇。在这本，关于僧侣的风流故事，细数起来竟有十几个之多。在一个故事中，有一个人这样说：“一看到僧侣我便给吓坏了。有错我也不向他们认，因为他们比谁都坏。”瓦西耶（Oisille）——玛格丽特于《七日谈》中用作其母的代名——虽然说过，“僧侣之中也有好人”，但在她的一本日记中，我们发现有下列这么一段：“1522年……谢天谢地，我和我儿算是认清了这批伪君子的真面目。这批伪君子，有时是白脸，有时是黑脸，有时是灰脸，有时是花脸……对这些脸，要不是上天庇佑我母子，我们真是无法分辨。若耶稣基督所言不爽，那么这必是最危险的一代了。”
然而，由于露易丝贪、弗朗索瓦淫、法国宫廷乱，教士阶级也找不到好榜样。法国国王是法国教士的首脑，上梁不正下梁歪，实为理所当然。1516年，弗朗索瓦自教皇利奥十世那里，取得任命法国地区主教和修道院院长之权。弗朗索瓦既使宗教为政治服务，则对宗教领袖的生活行动自不便干预。事实上，利奥十世与弗朗索瓦所订的条款，已使法国天主教脱离罗马教皇而归法国统治。基督教国家化，德英两国不知道流了多少血才争取到，弗朗索瓦不费吹灰之力便得到了。弗朗索瓦获致此项成果，比路德发动改革还早一年。法国教会尽管名义上不叫新教，实质上已与新教差不了很多。站在国王的立场而言，法国新教徒对法国还能有何贡献？
谈到法国新教教义，事实上远比路德教义还早。1512年，雅各·勒菲孚生在皮卡第（Picardy）的埃唐普（Etaples），后来任巴黎大学教授。他以拉丁文译《保罗书信》并加注释。勒菲孚可说是路德的先驱，他说，灵魂的获救，靠的不是善行而是信心。信上帝的恩典，信耶稣基督为人类所做的牺牲。圣餐中，他说，基督的体现，并非神父以面包和酒所化，而是其事迹精神的感召。他呼吁回到《圣经》，这点和路德一模一样。他主张，以《新约》来刷新基督教，让基督教从中世纪的传说神话中解放出来。这点又与伊拉斯谟相同。1523年，他将《新约》译成法文。一年后，圣诗也因他而出了法文版。他对教士曾大肆批评：“世间最可耻之事，只有主教们才做得出来。他们领导人们酗酒、赌博、打猎、嫖妓！”巴黎索邦神学院指他为异端，他逃往斯特拉斯堡（1525年）。玛格丽特替他游说，法国国王将他召回，令他管理布卢瓦图书馆，并做皇家子弟的家教。1531年，新教徒闹事，法国国王大怒，由于害怕他跑到玛格丽特那里寻求庇护。此后一直跟着玛格丽特。他死于1537年，死时87岁。
纪尧姆·布里松内（Guillaume Briconnet）是勒菲孚的关门弟子。于1516年出任摩莫（Meaux）的主教。他的一切行事完全从其老师所教。经过4年的准备，他认为改革时机已趋成熟，于是任命一班著名的宗教改革者如勒菲孚、法雷尔、路易·贝尔奎恩、杰拉德·鲁塞尔、弗朗索瓦·凡塔布等担任有俸圣职，同时，鼓励他们以回到《福音书》为布道目标。对这件事，玛格丽特曾为他喝彩，聘他为她的属灵指导。但巴黎大学神学院，巴黎大学的实际统治者，宣布路德有罪时（1521年），布里松内却叫他的党羽站在教廷的一边。因为就他看来，教会的统一远比改革重要，他的看法，可以说也就是伊拉斯谟和玛格丽特的看法。事实上，巴黎索邦神学院无法禁止路德思想横越莱茵河。学生、商人，把来自德国的路德著作，当作每天的新闻。自巴塞尔运来的路德著作，在法国到处都可买到。不满现状的工人，拿着《新约》当革命经典。他们最听得入耳的，就是社会上人人平等的乌托邦福音。1523年，布里松内主教在其教堂门口贴出一通教皇赎罪令时，一个摩莫地方的梳羊毛工人让·勒格雷（Jean Leclerc），前来一手把它撕掉，同时换上一张“教皇是基督叛徒”的标语。勒格雷当场被捕。巴黎议院在他额头上烙了几个字后，把他放了。他迁移至梅斯，在那里，当颂圣队伍准备敬香时，他把所有圣像都捣毁了。他得到的惩罚是砍掉右手，割去鼻子，两个奶头用钳子钳起来，头上戴个炽热的铁箍，最后，被活活烧死（1526年）。1526年至1527年，有不少人以“亵渎神明”或拒向玛利亚及圣徒祷告等罪，在巴黎受火刑。
对这类处罚，法国老百姓似乎并不反对。他们认为，异端专在剥夺穷人的希望，受罚是罪有应得。在法国中产阶级观念的支配下，没有路德思想产生的背景。至于反对教皇专制勒索，经过弗朗索瓦与利奥所订的条款，目标已经达到了。这时，加尔文在日内瓦尚未得势，对法国还谈不到有何影响。反对正统的人虽曾获部分贵族支持，但尚无所作为。因为这些贵族面薄心软，要他们动手变更宫廷和人民的信仰则办不到。弗朗索瓦对路德思想的容忍是有限度的，那就是绝对不容许它对法国社会与政治有所威胁。其实，他也是个怀疑派。他怀疑教皇的威信，怀疑赎罪券的买卖，怀疑炼狱的存在。他对新教徒容忍，也许还有一个理由，即以此为武器打击教皇对查理五世的示惠。他极器重伊拉斯谟，请他出任新设立的皇家学院院长，同意他说的发展教育与宗教改革并重，但这两者均宜按部就班实施，以免造成人民分裂，及削弱教会在维护社会秩序和提高个人道德上的影响。“国王和母后（露易丝），”玛格丽特1521年写信给布里松内说，“对宗教改革颇具好感。”路易·贝尔奎恩因翻译路德作品的罪名于1523年遭巴黎大学神学院逮捕时，玛格丽特曾通过国王将其释放。不过，德国农民暴动——新教宣传的结果——发生时，弗朗索瓦怔住了。在他出征意大利前——此次出征在帕维亚遭受溃败，他即命令主教在法国杜绝路德一切活动。在法国国王被囚于马德里期间，贝尔奎恩再度被抓，但又因玛格丽特之助获得自由。从马德里回来的弗朗索瓦，一度对自由非常重视。这次他能回来，得力于他姐姐的营救，因此，凡是他姐姐重视的人，他也不吝加以青睐。他下令废止对勒菲孚和卢塞尔的放逐令，把他们召了回来。这项举动使玛格丽特相信，宗教改革运动将在法国得胜。
但不久，弗朗索瓦变卦了。他走回旧教，有两大原因。第一，他需要一笔钱赎回他的两个孩子，他们因为换取他的自由，目前被查理扣为人质。教士阶级答应给他130万利维尔，但附有一个条件，要他坚决反对异端。1527年12月16日，他接受了这笔钱答应了这个条件。第二，1528年5月31日，一件事使他感到震惊。圣热尔曼教区一座教堂门口圣母圣子两尊雕像的头，一夜之间不见了，老百姓怒吼着要复仇。弗朗索瓦一方面悬赏1000克朗捉拿罪犯；一方面亲率教士、官员、贵族、百姓用银为圣母圣子雕像修复所缺之头。巴黎索邦神学院趁机又把贝尔奎恩抓起来，同时，弗朗索瓦有事他往时，该院就在布卢瓦把这个顽固的路德派活活烧死（1529年4月17日）。该院这样做，纯系取悦暴众。
弗朗索瓦对新教徒的态度，常随外交关系而变。1532年，他因讨厌教皇克莱门特七世与查理五世的合作，一方面与德国路德派诸侯谈和，一方面容许玛格丽特的门客卢塞尔在卢浮宫前传道。巴黎索邦神学院对此提出抗议，他反而把该院负责人逐出巴黎。1532年10月，由于克莱门特对他很不错，于是他又答应以严厉手段镇压法国新教徒。11月1日，尼古拉·科普在大学里发表亲路德演说，巴黎索邦神学院对此提出抗议，这次他的做法可不是放逐该院负责人，而是下令把演说者处死。接着，他与查理发生严重争执时，他却派纪尧姆·杜·贝莱——赞成宗教改革者，到维滕堡和梅兰希顿接头，希望梅兰希顿搞出一套新旧两教都可接受的观念，为旧教的法国与新教的德国联盟铺路（1534年）。梅兰希顿同意照办。与此同时，法国改革者中一个极端派，在巴黎、奥尔良及其他城市大肆活动。他们甚至在国王寝宫的门上大贴废止弥撒、打倒偶像、打倒教皇及所有天主教教士阶级的标语。标语称教皇及教士为：“吸血虫……叛徒、狼……撒谎者、亵渎神明者及灵魂的谋杀犯。”（1534年10月18日）弗朗索瓦火了，一个命令，把所有嫌疑分子抓起来。在这个命令之下，法国监狱处处人满为患。出版商也遭了殃，在一段时间内，老板被关起来，什么东西都不许印。玛格丽特、马罗及许多温和派新教徒，联合起来谴责这次标语的张贴者。1535年1月21日，从国王起，王子、外国使节、贵族、教士，燃着烛，排着队，默默地、庄严地，齐赴巴黎圣母玛利亚教堂，举行赎罪弥撒。弗朗索瓦宣称，如果他发现任何人，甚至他的孩子有窝藏异端的事情，他保管叫其人头落地。当晚，6位新教徒在巴黎被执行火刑。行刑方式很恐怖：“他们把这些新教徒先吊起来，然后在底下烧火；当火正旺时，才把他们一一放下来；但当烧着以后，又把他们拖上去，这样让他们不生不死地受罪。”1534年11月10日至1535年5月5日，巴黎烧死的新教徒为数多达24个。太残酷了，残酷得连教皇保罗三世都看不过去。他派人劝止弗朗索瓦，不必要的酷刑应予停止。
1535年还未告终，弗朗索瓦的态度又变了。他再度向德国新教徒示好。7月23日，他写信给梅兰希顿，说他欢迎梅兰希顿来法国，“和我国博学之士共聚一堂，以商重建教会的百年大计”。梅兰希顿没有来，也许他怀疑弗朗索瓦把他当作与查理斗法的工具，也许他被路德和萨克森选帝侯劝止。他们说：“法国人所走的，不是福音教派的路，而是伊拉斯谟的路。”这种话，对于玛格丽特、勒菲孚、卢塞尔等人而言是对的；但对于法国南部的激烈分子及加尔文派的法国新教徒而言则不然。1538年，弗朗索瓦与查理讲和后，他再不姑息任何新教徒了。
在弗朗索瓦统治时期，法国发生了一桩最不名誉的事件。这桩事件的酿成，大部分应由弗朗索瓦负责。12世纪，彼得·韦尔多（Peter Waldo）创立了一个类似清教徒的教派，这个教派称韦尔多教派。目前这个教派在皇家的庇护下，尚在普罗旺斯沿迪朗斯河（Durance）的三十几个村内存在。1530年，这个教派的教徒开始与德国和瑞士的宗教改革者往来。两年后，他们根据布塞尔和奥科兰帕迪乌斯的理论，起草了一个修道誓约。教廷派代表组织宗教法庭调查他们，他们请国王主持公道。弗朗索瓦令宗教法庭不要判他们死罪（1533年）。但土尔农红衣主教认为，这些人有阴谋推翻政府之嫌，于是建议弗朗索瓦下令，在所有韦尔多派教徒中，确定犯异端之罪者即当处死。弗朗索瓦是优柔寡断的人，经这一说，他便听了。1545年1月1日，敕令颁了下去。普罗旺斯的艾克斯法院法官对此令的解释是，凡属韦尔多派教徒均须一律处死。法院下令士兵行动，士兵最初拒绝执行。后经法官尽力劝诱，于是他们同意杀一部分。但一开刀便止不住了，最后终于变成了大屠杀。4月12日至18日，不过一个礼拜工夫，好些村落便杀得鸡犬不留。在一个村落里，男女老幼800人，完全杀得干干净净。两个月内，杀了3000人，夷平了22个村落。700个壮汉，被罚去做苦工。25名妇女，吓得躲在一个山洞里。被发现后，士兵在洞口堆上干柴，一放火便通通闷死在洞里。关于这桩事，新教的瑞士和德国均大提抗议，但弗朗索瓦自西班牙收到贺电。一年后又有一小群路德教徒，在摩莫聚会被发现。领导者为曾受烙印的让的兄弟皮埃尔·勒格雷（Pierre Leclerc）。对这小群人，又是8个受拔舌处分、14个受尽折磨后活活烧死（1546年10月7日）。
用这种残酷手段压制，显然是失败的。新教教义被烈士鲜血染红后，信仰的人反而越来越多。尽管恐怖花样日日翻新，新教徒仍处处秘密集会。1530年，里昂、波尔多、奥尔良、兰斯、亚眠、普瓦提埃、布尔日、尼姆、罗谢尔、索恩、第戎、图卢兹，遍地都是新教徒。弗朗索瓦死时，他可能已感觉到，他留给他的孩子的，不但是与英、德、瑞士的冲突，而且是一片滋长在法国老百姓心中的敌意。
