加尔文对卡斯蒂略之死，感到特别欣慰。因为他知道，卡斯蒂略信的是唯一神教。唯一神教，仅信上帝为唯一真神，因此，排除了三位一体说，同时也排除了基督为神的观念。相信唯一神教者，对加尔文教义便不会接受，因为他们一开始便会对基督教的最终目标表示怀疑。加尔文最怕这种异端，因为他发现，持有这种观念的人在日内瓦为数不少。这种人，尤以从意大利前来寻求庇护的新教徒为多。在这些人看来，以预定论代变体论，简直毫无意义。至于基督乃上帝之子——这点是基督教的基本信念——也是无稽之谈。帕多瓦法学教授，马泰奥·格里波弟（Matteo Gribaldi）在日内瓦附近有幢别墅。审讯塞尔维特时，格里波弟即公然批评政府介入宗教纷争的不当，并极力鼓吹信仰自由。日内瓦议会找他来训了一顿，然后把他驱逐出境。驱逐他的理由为，涉嫌信仰唯一神教（1559年）。蒂宾根大学聘格里波弟为法学教授，加尔文写信给学校当局，说格里波弟思想有问题。学校要他写张相信三位一体论保证书，他不写，愤而远走伯恩。1564年，伯恩正为瘟疫所笼罩，他到达不久，即染疫症而死。一位意大利医生，名叫乔吉奥·布兰德罗塔（Giorgio Blandrata），到日内瓦住不了几天，即被议会传讯。指控罪名为怀疑基督的神性。他怕，逃向波兰。在波兰，他发现他的想法并没有犯罪。瓦伦蒂诺·金泰尔（Valentino Gentile）从科拉布里亚（Calabria）来到日内瓦。由于公开传播唯一神教被抓起来判死刑（1557年）。在执行前，因宣称放弃其信仰而获释。他去里昂，天主教抓他，他说，他的目的是反加尔文，因此不久也被释放。他到波兰去找布兰德罗塔，住了不久又回瑞士，到伯恩被抓。伯恩政府以伪誓异端两罪，将他斩首示众（1566年）。
在为主而战的口号下，加尔文生活得简单而严肃。他靠他的声望及其徒众的拥护，君临日内瓦。他的地位越来越巩固。加尔文这时权势是有了，却失去了健康。他一身的病，头痛、哮喘、消化不良、结石、痛风、热症。病，使他瘦骨嶙峋，使他龇牙咧嘴。1558年至1559年，由于百病夹攻，加上几次严重的肺出血，他衰弱得站都站不起来。尽管大部分时间都必须躺在床上，一旦精神稍稍恢复，他仍继续研究、下命令、讲道。这个时期，上下讲坛都须用椅子来抬。1564年4月25日，加尔文自立遗嘱。在遗嘱中，对他自己受上帝检选能享永恒光荣一点充满自信。4月26日，议员和行政首长亲赴病榻探病，他请求他们原谅他的脾气坏，并谆嘱他们坚持他订的一切教义。八十开外的法雷尔，这时特别从纳沙泰尔赶来与他诀别。经过很多天的痛苦，经过无数次的祷告，加尔文才获得了安息。他咽最后一口气的日子，是1564年5月27日。
加尔文的影响远较路德为大。不过，如果不是路德在前做好清宫除道工作，他的进展不会这么顺利。路德在维护其新建教会上，曾充分利用德国国家主义。这样做虽属必要，无形中却使他的教会只能在条顿族范围内打转。可是，加尔文就不然了。加尔文虽爱法国，对法国新教徒的培植无微不至，他并不是一个国家主义者。我们可以这样说，加尔文的祖国不是法国而是宗教。宗教以人类为范围，因此，加尔文教义也具有世界性。这就是加尔文教派，能在瑞士、法国、苏格兰、美洲立足，并能与匈牙利、波兰、德国、荷兰、英国各地的新教分庭抗礼的缘故。加尔文对新教极有贡献，组织是一项、信心是一项、自尊是一项，这三项合起来，就是加尔文教派经得起考验的原因。
加尔文逝世前一年，其门徒奥勒维努士与梅兰希顿的门徒乌希努士合作，撰写海德堡教义问答。这份问答，其后即为日耳曼的荷兰新教崇奉的经典。贝兹和布林格曾就加尔文与茨温利的理论，修订了《赫尔维希亚忏悔书第二集》（The Second Helvetic Confession）（1566年）。这部集子，而后即成瑞士和法国新教的理论权威。在日内瓦，加尔文虽然逝世，但因继任者贝兹非常能干，故其教会仍能维系于不坠。不过，控制议会的工商巨子，对长老会及牧师团，基于道德立场加于他们经济发展的限制，已逐渐不予理会。贝兹在世时，工商巨子虽已不把宗教放在眼里，但提到宗教还有几分畏惧。及至1608年，贝兹一死，非宗教性事务教会即插不上手。至此，加尔文建立以宗教领导政治的局面，完全告终。18世纪，在福尔特尔哲学的影响下，加尔文传统不断蜕变，清教伦理在社会上已行不通。天主教一直没有忘记日内瓦，经过耐心和奋斗，它们终于在市内占有一席之地。由于天主教教义不是那么阴暗，伦理不是那么古板，信奉的人逐渐多起来。1954年，日内瓦人信旧教者42％，信新教者47％。新旧教虽分庭抗礼，但日内瓦最惹人注目的建筑，则为庄严华贵的“宗教改革纪念坊”。纪念坊沿公园墙壁建造，象征新教胜利，其中央矗立着许多一度最有权势的人物，如法雷尔、加尔文、贝兹、诺克斯的塑像。
加尔文神权政治奠基之时，即民主政治萌芽之日。加尔文教派领袖走到哪里，平民教育就推广到哪里。在加尔文教徒的协助下，荷兰挣脱了西班牙的独裁统治。苏格兰贵族和教士之所以敢于和专横的女王对抗，主要也是因为加尔文教徒撑腰。自苏格兰同盟中，自英格兰和荷兰清教徒中，自纽西兰朝圣者中，我们都可看出加尔文斯多葛学派的色彩。这种色彩，我们甚至可从克伦威尔之心、盲诗人弥尔顿之笔及斯图亚特王室破碎的统治上得到印证。在加尔文教义的启迪下，勇敢与冷静受到鼓励。在这类人物的领导下，人们征服了新大陆。他们建立自治政府，尽力扩张教育。他们宣称，要把自由带给全人类。人们由选举牧师到选举官吏，似乎是顺理成章的事。会众可以自治，市镇自然也可自治。上帝拣选的神话，在美国的建国过程中，扮演了一个非常重要的角色。
在上述历史任务完成后，加尔文教义，特别是其预定论，慢慢被人遗忘了。欧洲，自30年战争结束，英国自1642年至1689年革命告终，美国自1793年后，社会秩序趋于安定。在安定的社会里，人们感到骄傲的，已不是神的拣选，而是有一份正当工作及对此工作的优良表现。这时，人们观念中，安全感增加了，恐惧感减少了。为了适应这种观念，加尔文那吹胡子瞪眼睛的上帝，势必被和蔼可亲的上帝所取代。年复一年，教会对加尔文理论不断修正，最后，所有苛刻而不近情理的部分被通通丢掉了。有些神学家甚至大胆主张，一切夭折的婴儿，均可蒙救恩。一位极得人心的牧师，公然宣称：“不能上天堂的人，只是少数中的少数。”这样的修改是值得大家称道的。我们虽认可一切错误的思想均有其存在的价值，但一个人，如果一方面歪曲上帝的形象，一方面导人类灵魂于阴森可怖之境，这个人显然不会受人喜爱。
