新教旧教联合批准了这个判决。维埃纳的宗教法庭为了杀一儆百，曾焚烧塞尔维特肖像。梅兰希顿在致加尔文和布林格的书信中说，对此“亵渎神明者的处罚”，让“我们共同感谢上帝”。并说，这次火刑，足为“后世垂诫”。布塞尔在斯特拉斯堡传道时称，塞尔维特之罪，火刑太轻了，应开膛剖肚五马分尸。布林格算是厚道者，也主张对这类亵渎神明者处以死刑。
不过，即使在加尔文时代，也有为塞尔维特叫屈的。一位西西里作家写了一首长诗，名为《塞尔维特之火刑的不平》（De Iniusto Serveti Incendio）。巴塞尔的大卫·约里斯（David Joris），一位再洗礼教徒，利用假名对这次死刑的执行发表了一篇抗议书——在他死后，才认出是他写的；本来已埋了，现在又掘出他的尸体当众焚毁（1566年）。加尔文的政敌对塞尔维特的处理，自然感到不满。有些加尔文的朋友说，法国天主教大量处死新教徒，即受到这次判决的鼓励。诸如此类的批评，可能所在多有，也许这就是加尔文于1554年2月，发表《驳米迦勒·塞尔维特的乖谬的正统三位一体信仰》（“Defensio Orthodoxae Fidei de Sacra Trinitate Contra Prodigiosos Errores Michaelis Serveti”）一文的原因。他说，假定我们相信《圣经》是神的话语，那《圣经》就是真理。《圣经》既是真理，反对它就等于反对上帝。反对上帝的人，当然就是我们的敌人。须知反对《圣经》，其罪比谋杀还大。因为谋杀伤害的，仅仅是人的身体，而反对《圣经》，伤害的是人的灵魂。为了防止人类灵魂永坠地狱，政府即非严惩异端不可（这种理论纯是天主教观点）。更有甚者，他又说，上帝对处死异端，有着极明确的训示。任何城市，假定背弃真理，你们都可用剑将它击灭，就是上帝说的。加尔文在上文中，引了《申命记》（13：5—15，17：2—5）、《出埃及记》（22：20）、《利未记》（24：16）。他雄辩滔滔地说：
凡属认为我们对异端和亵渎神明者处置不当的人，显然，已使自己成为异端及亵渎神明者的共犯……我们有权严惩异端，可以说是无可置疑的。上帝诫命，清楚明白，他交付教会的律法，必当垂诸久远。上帝要求我们严惩异端，如果我们对此有所迟疑，那就表示我们对上帝不敬。对上帝不敬，谈侍奉上帝也就变成了空话。因此，任何人一旦犯了异端之罪，为了荣耀上帝，即使至亲，也应绳之以法。
加尔文在结论时，对情节轻微、基于愚昧或心神丧失之异端虽主张宽大处理，但一般而言，他对老师圣保罗的话谨守不渝。事实上，他比保罗厉害，因为他拒绝保罗的在必要时能以新法代旧法的原则。说真的，加尔文建立起来的神权政治，如果容许大家自由发言，相信很快就有崩溃之虞。
不过，不管怎么样，伊拉斯谟的容忍精神一天天在潜滋暗长。容忍精神的发生在于不固执。伊拉斯谟之所以容忍，原因就是他从不自以为是。路德与梅兰希顿本来主张容忍，但因后来自以为是，由容忍而变成残酷。加尔文由于特别早熟，20多岁即以真理创造者自居，真理既属他所有，自然就谈不上容忍了。容忍精神的鼓吹来自一群人文主义学者。他们研究古典思想，发现历代均存在着残酷的思想斗争。他们仔细检讨这类思想斗争，发现一切思想除自以为是者外均无所谓绝对真理。他们于是说，在神学和哲学上，所谓绝对真理是没有的。既无所谓绝对真理，哲学与神学家何苦自相残杀？
人文学者中，在加尔文统治下，敢于明目张胆强调容忍的，就是一度为加尔文之友的塞巴斯提安·卡斯蒂略（Sebastian Castellio）。卡斯蒂略1515年生于法国的侏罗，精于拉丁、希腊及希伯来三种语言。他在里昂教过一阵子希腊文，徙居斯特拉斯堡，与加尔文相识。及加尔文掌权，便聘他为日内瓦拉丁文学校的校长（1541年）。在任内，他开始以西塞罗式拉丁文翻译《圣经》。卡斯蒂略虽对加尔文的人格很欣赏，却讨厌他的理论和作风——预定论及对人类心灵肉体之控制。1544年，他检举日内瓦牧师的偏执、淫荡及酗酒等行为。加尔文送请议会调查，调查结果，说检举纯属乌有。检举不实反坐诬告，1544年被驱逐出境。被逐出境后9年中，他的生活极为穷困。他有一大家人要养，只好日夜不停地工作。1551年，他把拉丁文《圣经》译完了。译书工作译出了趣味，于是，接着又将《圣经》从《创世记》第1章第1节起译成法文。1553年，巴塞尔大学聘他为希腊语教职，至此，其生活始渐改善。卡斯蒂略同情唯一神教徒，希望塞尔维特能获自由。他听到加尔文要杀塞尔维特时，他感到非常震惊。1554年3月，他和凯里乌斯·库里奥以化名发表了一篇文章《异端可杀乎？》，在论宽容上，这是现代数得着的一篇文章。
这篇文章中引文占了大部分。库里奥将所有基督徒名流，拉克坦提乌斯（Lactantius）、哲罗姆、伊拉斯谟、早期的路德，甚至加尔文，对宽容的言论，通通收集排列在一起。卡斯蒂略则在文头文尾发表他的议论。几百年来，他指出，人们对自由意志、预定论、天堂地狱、基督和三位一体，及诸如此类的题目争辩不已，但争来争去迄无定论。也许，所谓定论，永远都无法得出。这些争论对人类是否有益？否，人类最需要的，是把基督精神灌输到日常生活中。照顾穷人，照顾病患，爱我们的邻居，甚至爱我们的敌人。在他看来，无论新教，无论旧教，乃至无论任何宗派，一旦掌握实权，便将其所信视为绝对真理，并强迫大家跟着他信，这是十分荒谬的。因为，这会导致一种结果，一个人在此一市镇是一个信仰纯正的教徒，在彼一市镇就会变成十恶不赦的异端。人们从此一市镇移居彼一市镇，便非改教不可。这样一来，所谓信仰和持有的钱币何异？大家想一想，基督可曾规定提倡成人洗礼者应活活被烧死？摩西异端处死的律法，基督已予以废止。这种废止是对的，因为这是以仁易暴。我们（卡斯蒂略）认为，假定有人否认来世，同时不接受宗教所订之法，执政者最多禁止他说话。但绝不应将他置于死地。再说，以杀来压制信仰是徒劳的。烈士成仁，其思想的扩散更快。这实在是人类的一大悲剧，他在结论中说，昔日反对宗教法庭恐怖之人，一朝得势，竟袭宗教法庭的旧制，以之残害其他人。许人以黎明者，带来的竟是黑暗，人的观念变换得为什么这样快？
加尔文判断这篇文章出于卡斯蒂略之手。这是一篇需要答复的文章，不过他不愿用自己的名义答复，他把答复的责任托付给他最杰出的门徒西奥多·贝兹。西奥多出生于韦兹莱（Vézelay）贵族家庭，在奥尔良和布尔日学法律。毕业后，在巴黎做律师。由于有钱并能以拉丁文作诗，他颇获女性青睐。经过一段时间的放荡生活之后，他终于结婚。一场重病使他倾向罗耀拉所创的新教。在法国存身不住，他只好逃到日内瓦。他向加尔文投诚，借加尔文之力，得以栖身于洛桑大学教希腊语。说来真是一大讽刺，一个以异端险遭屠杀的人，现在居然执笔为屠杀异端者找理论根据。作为一位法学家，他很善于写这类文章。受加尔文之托，1554年9月，文章写成了。发表时，小书名为《论政府制裁异端之责任》（De Haereticis a Civili MagistratuPuniendis Libellus）。文中，他重新指出，对于一个服膺福音真理的人而言，所谓宗教上的容忍，简直是不可思议的。因为，福音就是《圣经》，《圣经》就是“圣道”。他说，离开上帝的话语，宗教便失去了依据。而上帝的话语，与自制、秩序、文化本不可分。须知，人性是邪恶的，如果我们强调容忍，则邪恶必会任意发展。邪恶得以发展，社会秩序便会混乱，基督教文化便会解体。因此，对于一个虔信福音的人而言，宗教应该只有一个。换句话说，只有我们的教才能代表真理，其他尽是胡说八道。胡说八道，就是异端，就是邪说。不错，《新约》曾强调爱，但爱并不等于说不处分强盗及谋杀者。强盗和谋杀者都该处分，对重于强盗和谋杀者的异端该怎么办，岂非自明之理？
卡斯蒂略针对上文又写了一篇题名《驳斥加尔文的小书》（“Contra Libellum Calvini”）的文章，这篇文章却延至半个世纪后才发表。在卡斯蒂略著作中，《怀疑的艺术》（De Arte Dubitandi）是值得重视的一篇。以怀疑为追求真理的第一步，他可说是笛卡儿的先驱。在发表于1578年的一篇名为《四种问答》（“Four Dialogues”）的文章中，他曾为自由意志及《普救说》做辩护。为呼吁新旧教停止倾轧，他写过一篇题名《忠告百事荒废的法国》（“Conseilà la France Désolée”）的文章。文中说，这种倾轧足以毁灭法国，他说，“为什么不能让每个相信基督的人，照他自己所信，而非照别人所信，来侍奉上帝？”以上的言论，在当时可说均是难得听到的声音，1563年，卡斯蒂略以贫病交迫而死，死时年仅48岁。对于他的死，加尔文幸灾乐祸地说，由他的短命，即可见上帝有灵。
