加尔文性格与其神学相和谐。日内瓦大学图书馆油画肖像中的加尔文，是一位严肃而忧郁的神秘主义者。面容苍白，皮肤黧黑，胡子少，额头高，除目光锐利而残忍外，并无任何惊人之处。加尔文矮小瘦弱，看起来不像一个掌权的人物。但撇开文弱的外貌，而考察其心灵和意志，我们将发现他不同凡响。他的心灵，精巧专一；他的意志，百折不挠。加尔文之所以掌权，也许与其坚强的意志有关。智力得天独厚，因而有新教神学的“阿奎那”之称。加尔文博闻强记，所记精确无比。他不信占星学，对哥白尼的太阳中心说也听不进去。他对发生在地球上的许多现象，和路德一样，其解释是魔鬼作怪。他有点腼腆，但腼腆之后，却藏着过人的勇气；他有点怕羞，但怕羞之后，却藏着一分骄矜。他对神极其谦卑，对人有时却极自大。他对批评非常敏感，对任何敌对意见，立即做出回击。一则由于疾病缠身，再则由于工作太累，他常常大发脾气骂人。一次，他对布塞尔说，“脾气如野马”，驾驭真难。他有很多优点，但没有幽默感和审美观念。如果他具有幽默感，也许他便不会这么自信；如果他有审美观念，也许便会产生一些宗教艺术。不过，他对生活并非毫无兴致。他勉励他的信徒常保心情愉快。他说，凡属无害的游戏，如保龄球、掷铁圈都可玩，有时逢场作戏，也可喝一两杯酒。他对朋友亲切和善，对敌人则毫不留情。伺候他的人都怕他，但了解他的人都爱他。在性生活方面毫无缺陷。加尔文生活俭朴，饮食不多，并常斋戒。他一天睡眠约6小时，除睡眠之外就是工作。他从不休假，他的说法是，为了侍奉神任何时间都应工作。为了救济穷人，他不惜到处募捐，但谈到提高其个人的薪俸，他却坚决反对。“好个异端！”教皇庇护四世提到加尔文时曾这样说，“只爱工作不爱金钱。如果他能为我所用，我相信天主教定可囊括四海。”像这样的人，当然会招人忌妒。加尔文对仇敌也从不放松。对骂人他也有一手。他把反对他的人比作猪、狗、笨驴，他骂他们是贱种、白痴、臭畜生，在这方面，这位对拉丁文修养有素的学者，并不比粗犷辛辣的路德为弱。一天，加尔文正在圣彼得大教堂讲道，一位来自法国的还俗修道士进来打岔。他公然宣称预定论亵渎上帝。加尔文除引经据典和他辩论外，最后还令警察把他抓了起来。这个还俗修道士，叫杰罗姆·波列塞克（Jerome Bolsec）。长老法庭指控波列塞克为异端，议会也同意把他处死。正在这个关头，苏黎世、巴塞尔及伯恩的神学家发言了。他们为波列塞克求情。伯恩的人说，处理人类了解范围之外的问题，应力求慎重——此为当时文学界的一种新观点。布林格提醒加尔文：“你在《基督教原理》一所倡的预定论，很多人都不以为然。在这里的人一大半观点均与波列塞克差不多。”在舆论指责下，加尔文让步了。波列塞克由死刑改为驱逐出境。1551年，波列塞克回到法国后重信天主教。
加尔文与人冲突中，最重要的，是他和约阿希姆·威斯特伐（Joachim Westphal）的争辩。威斯特伐是汉堡路德派一个牧师。他宣称，茨温利及加尔文基督精神圣餐说，是“魔鬼的理论”，并主张对瑞士宗教改革者，不但应予口诛笔伐，而且应予明正典刑（1552年）。加尔文针锋相对地予以臭骂，因为骂得太过火，以致他阵营里的苏黎世、巴塞尔及伯恩神学家都不肯在抗议书上签字。虽然他们不签字，他还是把抗议书发了。威斯特伐及路德派的其他神学家又予以回骂。加尔文再度抗议，称这批人为“路德之猴”（apes of Luther）。加尔文抗辩非常有力，赢得了许多原属路德教派地区，如勃兰登堡、巴拉丁奈特领地及胡斯、不来梅、安哈尔特及巴登等部分的赞许。这次争辩，假定不是梅兰希顿装聋作哑（他内心是同意加尔文的）和路德所遗的威望，德国北部的路德派地区可能也会倒向加尔文一边。
加尔文又面临反左派斗争的烦恼。左派分子最近始在瑞士抬头，其根源为意大利反改革者。凯里乌斯·斯肯杜斯·库里奥（Caelius Secundus Curio）曾执教于洛桑和巴塞尔。他宣称，被上帝拣选者——包括许许多多异教徒在内——为数远较受谴者为多。使加尔文大感惊异。莱利乌斯·索齐尼（Laelius Socinus）是意大利某法学权威之子，定居于苏黎世，懂希腊文、阿拉伯文及希伯来文，对《圣经》有独到研究。据他看来，所谓三位一体、预定论、原罪及赎罪之说均不可信。他直接向加尔文提出他的看法。加尔文尽管对他详加解说，他仍不心服。不过，他答应不公开发表意见。可是后来，由于反对加尔文将塞尔维特处死，他便打破缄默了。在那个宗教狂热的时代，他是毅然决然站在少数主张宗教宽容者一边的一个。在政教合一的国度，与加尔文冲突得最厉害的，当属爱国志士与自由分子。这两种人过去主张放逐加尔文，现在也不欢迎他回来。爱国者讨厌加尔文，因为他是法国人。他们因为讨厌他，也讨厌他的法籍支持者。对加尔文，他们称之为“该隐”，把他们所养的狗命名为加尔文。他们曾在大庭广众中侮辱加尔文，据说，一天晚上加尔文住宅周围响起震耳欲聋的50多次枪声，就是他们放的。自由分子相信一种泛神教，在其教义里，没有魔鬼，没有天使，没有伊甸园，没有赎罪，没有《圣经》，没有教皇。那瓦拉之后，玛格丽特是自由分子的支持者。她常自其涅拉克的宫中，对加尔文迫害自由分子加以指责。
1547年6月27日，加尔文在其讲坛上发现一张传单：
伪君子！你和你的同党别再白费心机了。如果你不快滚，你将后悔莫及。因为你将发现没有人会支持你，而有人要打倒你……人们受够了你的压迫，他们要报复……当心吧，人们将像对付维勒般对付你（维勒已给宰了）……我们再不愿要这么多主子……
自由分子领导者之一，雅各·格吕埃（Jacques Gruet），因涉嫌撰写这张传单被捕。找不到罪证，由于过去他有过反加尔文的言论，及在他房中发现有骂加尔文为“骄傲野心的伪君子”、“荒谬的《圣经》、宣传者”、“缺德的家伙”等字句，由此推断是他。一天拷打两次，连续拷打了30天，最后他才招供——所招之供的真实性非常值得怀疑。他招供传单是他贴的；他和法国特务准备推翻加尔文，夺取日内瓦政权。7月26日，他被绑上火刑架，人已半死不活，脚上钉了钉子，头被砍了下来。
情势越来越紧张。1547年12月16日，爱国志士与自由分子武装向大议会请愿，要求终止长老法庭对日内瓦人的迫害。暴乱眼看不可收拾，加尔文毅然亲自去见暴乱领袖。他拍拍胸脯对他们说：“如果你们需要流血，来吧！这儿有血可流。”暴乱领袖一律拔剑在手，但没有一个人敢于发难。加尔文于是向暴众致辞，他的言词无比谦和，最后，大家心平气和地散去。这次，虽然化干戈为玉帛，但他的信心似乎动摇了。12月17日，他在致维雷的信中说：“使我们教会永久存在的希望，我看已经不大。至少，在我领导下的这部分是如此。因为，除非上帝伸出其万能之手，否则我的权威已经动摇。”可是，就在这时，爱国志士和自由分子，因内讧而告分裂。这项分裂——持续到塞尔维特的受审——使加尔文得以安渡难关。
