1536年，加尔文以拉丁文发表其巨著《基督教原理》。此书出版不到一年即售罄。再版也很畅销。1539年，加尔文增订该书。1541年，他亲自将书译成法文。在法文散文中，此书也是最吸引人的作品之一。巴黎议会将此书的两种版本——拉丁文和法文，同时查禁。该院把查禁的书在巴黎公开焚毁。加尔文对此的反应是再增订、再印。其最后一版，竟增加到1118页。
第一版一开始就以充满感情的语调，堂而皇之地写道：“致法兰西信基督的君主。”两个由他提请法国国王弗朗索瓦注意的事件是：其一，1535年1月颁布对法国新教徒的禁令；其二，邀请德国新教领袖梅兰希顿赴法，磋商法国与路德派德国诸侯结盟，对抗查理五世。加尔文把这两个几乎同时发生而又性质相反的事件相连在一起，目的在于争取法国国王对新教徒的同情。他当然明白，这两个事件，前者属于神学纠纷，后者是政治上的权宜之计，不过显然他想特别强调后者，以减轻前者神学上的争执。在文中，加尔文极力指出一点，法国的新教改革与再洗礼运动——这一运动在明斯特曾变质为共有主义——毫无关联。他说，法国新教徒都是爱国分子。他们一方面忠于法国国王，另一方面反对一切政治和经济暴乱。这篇致法国国王书，从头至尾足可反映加尔文的整个思想和风格：
我在献身这一事业之初，即一心这样想念，等有机会我要写一呈给陛下。我写的目的，是为虔诚研讨宗教者立下若干原则……可是，我看到国内一些人对别人所说的一切，均不分青红皂白加以反对时，对能否说出这些原则，不禁深感怀疑……我现在之所以要这样说，目的是请陛下了解，目前国内正动刀动枪疯狂反对的东西的本质是什么。我确信，列举的原则是显示神的话语，因此，不管反对的人如何叫嚣、如何咒骂，乃至说要打我、要关我、要把我充军、要把我烧死、要没收我的财产、要把我这个人自地球上抹去，我均无畏惧。我虽深知，陛下久受小人包围，浸淫日久，对新教理论，莫不视为洪水猛兽，但我确信，以陛下的英明，终究必能发现这一点，若所指控的这些人均属罪该万死，世界上将无正直的人了……
陛下是否曾经想到，这些小人成天诋毁新教的目的何在？用心很明显，他们想篡夺王权，他们想毁坏法制……他们想颠覆政府，他们想残害百姓，他们想破坏秩序，他们想劫夺财产，总而言之，他们的目的，在使整个国家陷于混乱……
因此，我恳求陛下，我相信我有理由恳求，亲自过问这件事。现在这件事，由于处理的人糊涂颟顸，不重法规，只凭好恶，已做到天怒人怨的地步。请不要误会我是为了想安返乡里而为自己找借口；因为尽管我会有所感受，就像任何人应有的感受那样，但在现存的处境之下，我并不因为远离乡土而喟叹。但是我们实在无法了解，为什么诚心信奉耶稣基督的人会遭受别人迫害……
也许有人说我们阴谋叛国及推翻陛下。但我仔细观察，我们之中，没有一个人说过一句叛逆的话。这些人过去生活在国内，都是著名的谦谦君子，即使现在流亡在外，大家终日祈祷的，也是陛下的身体康泰及法国的国运昌隆……我敢保证，今天漂泊异乡的这一群，不但对《福音书》素有研究，而且在人格上，无论是忠贞、豪气、宽厚、涵养、毅力、谦和等方面，均非那些毁谤者所能企及……
陛下对我等，也许尚不了解，也许尚心存厌恶，但我等对陛下仍保有充分信心。我们相信，陛下如果平心静气读完我们这项申辩，也许即会对我们产生不同观感。可是，假定陛下甘受小人蒙蔽，不听我们申辩，仍对我们任意迫害——监禁、拷打、用刑、抄查、火烧，那我们这群待宰的羔羊，也许会铤而走险。不过，我们并不希望变成那样。我们将以无比的耐心祈求主的指引……我们相信，主会使这批穷而无告的人脱离灾难、脱离迫害。最后，愿我们的主，那万王之王，把公理和正义赐予陛下和我们的国家。
生活于现代的人对加尔文写这，为什么不以神学而以政治作为理论中心，也许会感到相当费解。事实上，加尔文对上帝的重视，远较斯宾诺莎为甚。在他的感觉上，人是无限小，上帝是无限大。他说，人想了解上帝，等于蚂蚁想了解星星。人在推理方面的可怜，上帝在《圣经》上就已经显示过了。说《圣经》是上帝的话语（加尔文常常如此说），这一点从人类精神感受上，足可充分证明：
我们读狄摩西尼、西塞罗、柏拉图、亚里士多德，或其他伟大学者的作品时，我们会深受吸引或感动。这些作品能使我们哭，能使我们笑，能使我们神魂颠倒。但若把读《圣经》和它相比，你便觉得那些大文学家、大哲学家，根本不算什么了。读《圣经》，不管你是自动的或被动的，一边读一边会使你感到有股强大无比的力量，贯注到你心里。这股力量在你心田上刻下的痕迹，将永远不会磨灭。
《圣经》既是“圣道”，因此其权威性不容置疑。这是一种最高的权威，这种权威不但及于道德、宗教，而且及于政治、历史以及一切的一切。人类非接受亚当、夏娃的故事不可，因为不接受这个故事，人类的邪恶本性及自由意志的丧失，便得不到解释：
因人心和上帝之道常相背而驰，妄念、肉欲及种种邪恶、卑污、无耻、残酷的举动应运而兴。人心既然充满罪恶毒素，它除日趋腐败外，即将无所作为。人偶然也有善念，但因恶念太多，以致善念旋起旋灭。总而言之，人心常常是天生罪恶的奴隶。
人既然是一种邪恶的东西，当然不能在天堂永享幸福。人不能因其善行而获救，人获救唯一的可能，就是耶稣的牺牲。但获救的不是全人类，因为上帝要谴责大多数人。少数人获救，是基于上帝的仁慈，但获救有个条件，就是相信基督的赎罪。圣保罗说：“愿颂赞归予我主耶稣基督的父，他在基督身上，曾赐给我们天上各属灵的福气，就如神从创立世界以前，在基督身上拣选了我们，使我们在他面前成为圣洁，没有瑕疵。又因爱我们，就按着自己意旨喜悦地预定我们，借着耶稣基督儿子的名分，使他荣耀的恩典得着称赞。这个恩典是他在爱子里赐予我们的。我们借这爱子的血，得蒙救赎，过犯得以赦免，是照他仁慈的恩典。”加尔文一如路德，对保罗这段话的解释是，上帝，以其超乎于我们善恶功罪之外的自由意志，在我们未呱呱坠地前，就已决定谁该沉沦、谁该获救。至于问为什么上帝不管人的善恶功罪而定人的沉沦与获救，加尔文借保罗的话来回答：“因他对摩西说，‘我要怜悯谁，就怜悯谁，要恩待谁，就恩待谁’。”加尔文的结论是：
因此，参照《圣经》经义，我们可以这样说，上帝经过深沉的考虑，才决定谁该获救谁该毁灭，而且这种决定早在我们出生以前就做好了。对上帝的选择和考虑，我们相信除基于他的恩惠外，完全是无理由的。那获救的，其获救完全与其善行无关。至于那定罪的，其永生之门，在似可理解与似不可理解之间，即已关闭。
不但如此，甚至亚当、夏娃的堕落及由其堕落对人类产生的一切后果，在保罗看来，可以说也是“上帝事先决定好的”。
加尔文也承认预定论似乎不近情理，但他说：“若说那不近情理，则人们妄自揣度上帝在冥冥之中做的决定，则更不近情理。”不过，他有时又自以为知道，上帝之所以要随意安排众生的命运，就是“为了使人敬畏上帝”，为了显示他之所以为上帝的权柄。他也认为，这样的上帝是很“可怕”的，“但谁敢否认上帝在创造人类之前，就已预知人类最后的命运？不能承认这一点，上帝的预知，显然是出于自己的安排。”有的人，如路德，也许会说未来之所以预定，是因为上帝有先见之明，而这种先见之明是无法假冒的。加尔文的想法则刚刚相反。他认为，上帝之所以对未来有先见，原因在未来是由他规划、决定的。在加尔文神学中，沉沦是绝对的，因此没有所谓“炼狱”——一个人可以在这个中途站，经过几百年的熬炼，可洗净其罪恶而上天堂。既然没有炼狱，为死者祷告当然是没有意义的。
我们可以这样说，根据加尔文的说法，一切祷告都没有意义。因为，一切早已由神决定，千祷告万祷告，也不能使已决定的命运有丝毫改变。不过，加尔文本人，远较其神学近乎人情。“让我们谦卑而虔诚地祈祷，”他说，“上帝是会垂听的。”祈祷与垂听也是预定的一部分。让我们以谦卑的宗教仪节敬拜上帝。至于弥撒，说是僧侣可将尘世之物变为基督的血和肉，则全是胡说。在圣礼中，基督的体现是精神的而非物质的。把祭神用的圣饼说成是基督，简直就是偶像崇拜。礼拜中使用雕像，显然是违背了十诫之中的第二诫，即不可崇拜偶像。加尔文主张，所有宗教绘画、塑像甚至十字架，均应自教堂中清除。
教会有两种，一种是有形的，一种是无形的。无形的教会才是真正的教会。这种教会由已死的、已生的及将生的选民会众组成。有形的教会组成分子包括经过忏悔，苦行，接受洗礼圣餐（加尔文不接受其他圣礼）宣称信奉我们崇拜的同一上帝与基督之人。不参加教会的人，一律不能获救。教会与国家，两者同属神圣。上帝创造教会与国家，目的是使之协调合作，成为基督社会的灵魂与身体。在分工合作上，教会掌管的是信仰、崇拜和道德；国家，除为教会的支撑，将教会策划的信仰、崇拜及道德规章，完全付诸实施外，尚应做到下列各点：第一，严禁“偶像崇拜”（就新教而言，从广义方面解释，与天主教所用的并无不同）；第二，严禁“有损宗教的邪说在大众中公开传播”；第三，保证人民接受的全属神的话语。最理想的政治是神权政治。革新后的教会，应视之为神的代言者。教会有领导国家之权，历届教皇争取不遗余力，加尔文对此也特别加以强调。
在加尔文神学中，所含罗马天主教的传统和理论之多，实在令人惊异。另外，对加尔文产生影响的有斯多葛派的禁欲理论——于此他最倾倒的是塞涅卡和一般法学理论。然而，影响其最大的，当数圣奥古斯丁。奥古斯丁不知基督为何人，却从圣保罗的理论中，建立了他的“宿命论”（Predestinarianism）。加尔文对基督“慈爱天父”的观念，似故意忽视，对《圣经》主张的人的命运可由人自由创造的理论，也充耳不闻。加尔文在孕育新观念上似乎并不在意，他全力以赴的，似乎在把前人的思想，以其上追奥古斯丁的辩才，做出无情的结论，同时，将之熔铸在一种饱含宗教性质的法律制度里。从路德，他采取了因信称义、因信获选的理论；从茨温利，他采取了圣礼侧重精神的解释；从布塞尔，他采取了神意为万有根源，虔诚是获选证据的矛盾观念。这些新教教义皆曾以温和的方式出自天主教的传统，到加尔文手里，已变得更为成熟、更为精到。从奥古斯丁到但丁的历来思想家，中世纪思想最浓者当数加尔文。他对现世，完全摒弃人文主义尘世乐园的思想；至于来世，更采取较为阴暗的看法。总而言之，加尔文思想也是与文艺复兴思想格格不入的。
这样不太讨人喜欢的神学理论，会在瑞士、法国、苏格兰、英格兰及北美赢得千千万万人的崇拜，乍看起来，实在令人大惑不解。为什么加尔文教徒、法国新教徒和英国清教徒，在孤军奋斗时会这么英勇？在加尔文理论的熏陶下，为什么在历史上会产生无比坚强的人物？是不是由于加尔文教徒，不理会他们所作所为无法改变其最后命运，只着重他们是上帝的选民这一点而获得的力量？就加尔文本人而言，他就相信自己是由上帝挑选出来的。就因为相信这一点，也许就是他虽发现预定论的“可怕”，而仍心安理得，乃至“产生感恩图报”心理的原因。自以为是上帝选民的人，当其想到获救的是极少数、沉沦的是大多数，而自己是属于获救的一群时，其所产生的快乐和安慰是可想而知的。基于“我是上帝选民”一念，勇气油然而生。犹太民族历经艰险，仍能绵延于世，即是基于此念。事实上，加尔文教派的上帝选民说，与犹太民族的上帝选民说是一脉相承的。加尔文教义沿袭犹太，有如新教教义沿袭《旧约》。上帝选民说，是法国新教徒忍受集体摧残集体屠杀、英国清教徒甘愿离乡背井冒险前往新大陆的精神上的支撑。一个皈依新教的罪犯，当其确信自己是上帝之选民时，其从新向善之念，无疑会终生不渝。上帝选民说经加尔文赋予一种“遗传性”。于是其迷人效果更提高到最大限度。他说，无论贫与富，只要他被上帝拣选，其子孙也必被上帝拣选。个人一旦相信被拣选，不但自己，而其子子孙孙都可同升天国。而所谓相信，代价既很低廉，手续又很简单，就是把自己完全交给上帝。
加尔文信徒实在需要这种安慰。因为照加尔文沿袭的中世纪观点，现世是不幸的。对有些人主张“最好是不生，其次是速死；生，不足为之喜，死，不足为之悲”的观念，加尔文的指责仅有一点，就是他们忽略了基督的存在。他认为，对不幸的现世，唯有想到一件事情才可忍耐，那就是，充满幸福的来世希望。“当你有了天国便是故乡的想法，那尘世便不足留恋了，因为尘世变成了异乡。当你有了离开尘世便是进入永生之门的想法，那尘世不足留恋了，因为尘世便变成了墓地。”加尔文的生花之笔，对悲惨的地狱，只是轻轻带过，他注意刻画的，是那可爱的天国。他认为，虔诚的信徒，上帝的选民，应忍受尘世间的一切痛苦，“因为他们应这样想，未来必有一天，主会把他忠实的仆人接到天上。在那充满和平的国度里，主会为他们拭去眼中的泪珠，披上轻快的衣裳，戴上荣耀的冠冕，高高兴兴接待他们，并把他们高举起来……和主永享幸福”。对世界上所有贫苦无依的人而言，加尔文描绘的天国的确充满了诱惑。
