加尔文生于1509年7月10日。其故乡为法国的努瓦永。努瓦永是一个极富宗教色彩的城市。一所大教堂的主教，就是该城的统治者。这可以说就是加尔文神权政治——教士以神的名义实行统治——思想的根源。加尔文之父，热拉尔·沙文（Gérard Chauvin），是主教的秘书，一所小教堂的监督和一郡的财务官员。加尔文幼年丧母，父续弦，加尔文忧郁的个性，也许与其严厉的继母有关。加尔文和他的两个兄弟均遵父命进修教士职位。结果，两个成功了，一个则变成“异端”。变成异端的那个，临死时拒作圣礼。加尔文的父亲因与小教堂有财务纠纷，后来被逐出教会，直到去世，还带着一身的麻烦。
加尔文曾就读于巴黎大学的德拉马策学院。他原名让，报名时始改用约翰尼斯·加尔文（Johannes Calvinus）。他能写一手流利的拉丁文，就是在那里学的。数年后，他转入蒙塔古学院（Montaigu），在那里他一定听大家谈论过该院卓越的毕业生伊拉斯谟。加尔文在此读到1528年才离开。他离开该院之时，正是他的天主教对手伊格内修斯·罗耀拉（Ignatius Loyola）进入之时。“一度传闻的，”一位天主教权威人士说，“加尔文幼年生活失常之说不确。”就各种迹象显示，幼年时期的加尔文是一个羞涩、沉默、虔诚甚至规矩得够做“他同学风纪股长”程度的学生。在同学中，加尔文有不少朋友，他们的友谊，在当时及以后均维系不坠。加尔文热衷于追求秘教知识（esoteric knowledge）及种种有趣的理论。他常常攻读至深夜，由于太过用功，养成很多毛病。这些毛病影响到他一生，也形成了他一种特殊的风格。
1528年底，加尔文忽奉父命赴奥尔良攻读法律。据加尔文推测：“他也许认为学法律足以致富。”事实上，加尔文觉得这门新学问也颇合胃口。法律与哲学和文学大异其趣，它是人类知性的结晶，它使人类从无政府状态进而组成和平安宁社会。他把查士丁尼法律原理具有的精确、绵密与严格等特性，尽量融入他的神学与伦理学中。他甚至把他的大作也冠以类似的名称。他成了最高的立法者，是日内瓦的努马与莱喀古斯。
获得法学学位（1531年）后，他即回到巴黎进修古典文学。也许是由发表欲的驱使，1532年他出版一，是以拉丁文写成的论集，讨论塞涅卡的《论仁慈》（De Dementia）一书。想不到一位以严酷著称的宗教立法者，初次送给世人的见面礼竟是对仁慈的礼赞。这出版后，他寄赠伊拉斯谟一本，他推崇伊拉斯谟为西塞罗以来第一人及抒情文学的创造者。他听到路德的某些布道辞及被路德攻击天主教的猛烈言论鼓舞时，他似乎正致力于人文主义。事实上，巴黎在这一段时期，街头巷尾已处处有人谈及宗教改革。他们对路德，一个僧侣，竟敢当众焚毁教皇敕令和神圣罗马皇帝诏书一事，莫不大感惊奇。在法国，这时事实上已有新教的革命者出现。在敦促教会改革的人物中，有不少是加尔文的朋友。其中之一为杰拉德·鲁塞尔（Gérard Roussel），此人为法国国王的姐姐玛格丽特所宠信。还有一位是尼古拉·科普（Nicholas Cop），他是某大学的名誉校长。科普于1533年11月1日发表一篇影响重大的就职演说，听说即出于加尔文手笔。这篇演说首先提出伊拉斯谟净化教会的呼吁，接着便引论路德救赎是基于信心与恩典的理论，最后大声疾呼：大家应容忍并听取新的宗教见解。这篇演说激起了普遍要求改革的狂热。学校当局怒不可遏，议会更酝酿以异端对待科普。科普见势不妙，潜逃他乡。有关方面决定“不论死活，抓住者赏300克朗”，但他终于逃到巴塞尔。这里比较安全，因为这里已属新教势力范围。
这时友人警告加尔文，他和卢塞尔已被列入黑名单，不走迟早会被抓。听说玛格丽特为他求情无效，1534年1月他便离开巴黎。他到昂古莱姆请求庇护。昂古莱姆有一个路易蒂利特图书馆，该馆藏书非常丰富。利用那些藏书，他开始撰述其巨著《基督教原理》（Institutes）。是年5月，他冒险回到努瓦永故乡。他向那里的圣俸人员自首——他过去曾领过他们的津贴——他们一会儿抓他，一会儿放他。抓放两次之后，他即潜返巴黎。在巴黎，他接触过许多新教领袖，甚至见到后来被他活活烧死的塞尔维特。巴黎处处出现新教激进分子散发的传单时，弗朗索瓦一世大发雷霆。1534年12月，加尔文见情势危险，逃到巴塞尔去找科普。在那里，他完成了那部奇书，立论之大胆、思想之缜密、热情之洋溢、文笔之流畅，堪称宗教革命以来最具影响力的一本著作。他写这部书时，年仅26岁。
