路德逝世后一年，新教在德国碰到了一场大灾难。1545年，查理五世在新教部队的协助下，逼迫法国国王弗朗索瓦一世签订克里皮（Crépy）城下之盟。苏里曼与波斯作战，5年中暂时无法西顾。教皇保罗三世于是对查理说，如“你以全副兵力，转而消灭‘异端’——新教，则我给你110万金币、1.2万步兵及500匹马”。查理本来就有“粉碎新教，利用统一的天主教以巩固其统治”的想法，于是就动心了。事实上，在德国，由于新教诸侯的妄自尊大，他们和他事事都要讲条件的情况下，他哪里像个真正的皇帝？在他的心目中，新教根本不成什么教。路德与其他天主教神学家的争辩，在他看来是毫无意义的。新教使他感到讨厌的有下列几点：第一，为诸侯结盟提供了反抗他的理论；第二，形成决定下届选举神圣罗马皇帝的政治势力；第三，有些新教徒对他极不恭敬——有用小册子或漫画讽刺他的，有用言语侮骂他的，很多传教士甚至说他是“撒旦之子”。以上各点，过去由于形势所迫，只好忍气吞声。但现在是他翻本的时候了。为了巩固统治，为了集中意志和力量，他决定不惜一战。
1546年5月，查理一面对西班牙、意大利、德国及苏格兰中受他统率的部队下动员令，一面把他的心腹干将阿尔瓦公爵召到身边。他在雷根斯堡召开诸侯大会。会中新教诸侯的代表问他动员部队目的何在时，他的答复是，他想使德国恢复帝国声威。在这次会议中，他赢得了阿尔伯丁萨克林摩勒科斯公爵的支持，他是德国军事领袖中最年轻、最能干、最富野心者。富格尔家族答应财政上支援。教皇颁下敕令，在这次圣战中，凡协助皇帝者有赏，凡反抗皇帝者逐出教会。查理首先拿来开刀的是恩斯特丁萨克森的约翰公爵及胡斯的菲利普。他下令削去他们的爵位。他宣称要没收他们的土地和财产。为了分散反对者的阵营，他伪称，凡属其他新教徒地区，他都一概不加干涉。他令其弟斐迪南对波希米亚地区做出同样保证。为了使摩勒科斯不动，他答应将来让他取代约翰做萨克森选帝侯。其余，如科伦和勃兰登堡的选帝侯、巴拉丁挪领地伯爵及新教的纽伦堡领袖，一面心存观望，一面心怀恐惧，纷纷表示中立。至于萨克森的约翰、胡斯的菲利普、安哈尔特的诸侯及奥格斯堡、斯特拉斯堡与各城市，由于充分了解查理不但要消灭他们的宗教，而且要吞并其土地与人民，于是决定拼死一战。他们全力动员，最后集结了5.7万兵马。为了先发制人，约翰与菲利普率兵南下求战。但他们一离开国境，斐迪南和摩勒科斯即率兵直捣约翰后方。约翰回兵自救，战事于是爆发。战事开始之际，约翰颇为得手。但不幸中途发生了两件事：第一，菲利普部队因饷项缺乏而自溃；第二，同盟各城市受查理收买而引策自去。两件事相继发生，使他几乎一蹶不振。在危急中，想不到传来一个好消息，教皇把他的人马从查理身边撤走了。原来保罗三世现在忽然想到，如果让查理获胜，如果消灭了所有足以和查理制衡的新教诸侯，查理便会变得非常强大。一个雄视南北的大帝国，对教廷是不利的。因为这个大帝国的进一步发展，第一，必然蚕食教廷所属各国；第二，必不服从教廷管制。1547年1月，教廷部队的忽然撤走，导致了约翰在萨克森的胜利。据说，保罗三世听到约翰胜利非常得意。
查理当然不肯就此罢休，于是亲自督师向北。1547年4月24日，两军相遇于梅森的米尔堡。一仗下来，约翰全军覆没，自己成为俘虏。斐迪南主张将约翰处死，但查理对维滕堡的守军说，如果他们开城投降，则他可留约翰一命。结果维滕堡降了，约翰被判监禁终身。维滕堡，德国新教的发源地，自此落入天主教徒之手。市镇易手之日，路德已在堡垒大教堂里安息。此时，菲利普拥有少数残兵做困兽挣扎。萨克森的摩勒科斯和勃兰登堡的约阿西姆对他保证安全，劝他投降。菲利普降了，查理并未立即释放他，而是判处菲利普徒刑15年。查理大获全胜，此时和他争雄的人没有了。亨利八世死于同年1月28日，弗朗索瓦一世死于同年3月31日。神圣罗马帝国自查理曼以来，自此国势发展到最高峰。
可惜好景不长。1547年9月，德国诸侯集会于奥格斯堡向查理挑战。他们不承认他的独裁政府。保罗三世这时火上加油，指控查理为谋杀法尔内塞（Pierluigi Farnese）——教皇私生子——的凶手。巴伐利亚由于从来站在教皇一边，因此也树起反抗帝国的大旗，1548年，很多新教诸侯联合强迫查理承认教职婚姻、两种拜领圣餐式及发还所夺新教教产。由于形势所迫，查理一一承认了。这种承认，在他本属权宜之计，但这样一来，惹恼了教皇和天主教徒。教皇指责他越权，天主教徒则指责他恢复天主教信仰是假、扩张帝国领土是真。现在在维滕堡身为萨克森选帝侯的摩勒科斯发现，如果他再跟着查理走，他便非常危险，因为他统治的人民大多数是新教徒。他对查理还有一点不满，就是查理忽视了他对菲利普招降时所做的保证。善于见风转舵的摩勒科斯，于是秘密签署了一项新教徒诸侯于1552年1月所订的《尚博尔条约》（Treaty of Chambord）。依据该约，法国亨利二世答应，如果他们起兵，他愿协助他们把查理逐出德国。查理在因斯布鲁克宣布解散部队、准备大做其太平皇帝梦时，亨利南下了。亨利侵入洛林，连下梅斯、图尔及凡尔登。查理向摩勒科斯求救。摩勒科斯会合其他新教诸侯，率兵3万北上。这3万兵快到罗马帝国城下时，查理才发现他们不是来救他，而是来为他送终的。查理一生以狡诈起家，这时看到无兵可用、无险可守，于是准备先用缓兵之计挡一阵，然后再图解围。他令斐迪南要求停战，目的是使摩勒科斯的部队暂勿北上。但摩勒科斯早已洞悉他的用意，于是一面善待斐迪南来使，一面挥兵进逼因斯布鲁克。1522年5月9日，查理发觉情势不妙，于是趁敌兵未入城前，带着少数随从连夜冒雨坐轿子出城，越布伦纳山隘（Brenner pass），直奔卡林西亚州（Carinthia）的菲拉赫（Villach）。称雄一时的欧洲霸主那天在阿尔卑斯山窝里差一点被冻死。
5月26日，摩勒科斯及其他新教诸侯以胜利者姿态，与斐迪南和少数天主教领袖相会于巴苏。几经折中，最后斐迪南代表查理签订了一项条约（1552年8月2日）。条约内载明：一、立即释放菲利普；二、新教军队解散；三、新协商会议未召开之前，新旧两教同时享有信仰自由；四、协商会议召开后，但若双方无法达成协议，新旧两教的信仰自由，即无限期延长。摩勒科斯虽以叛乱起家，后来表现却很不错。他处世颇有政治家风度，不久即因平阿尔布雷希特之乱——此乱曾使半个德国陷于无政府状态——悲壮殉国（1553年）。摩勒科斯殉国时，年仅30岁。
从此，查理放弃了他统治德国的念头，转而向西和法国算老账。为了解决新旧两教的争端，斐迪南又在奥格斯堡召开了一次协商会议。会议由1555年2月5日开到9月25日，由于斐迪南的耐心，该会给德国带来了半个世纪的和平。斐迪南发现，德国由于诸侯并立根深蒂固，因此想建立一个像法国以中央政府统治一切的国家，一时很难办到。在会中，天主教代表虽占多数，新教代表却有军事力量做后盾，奥古斯都继摩勒科斯为萨克森选帝侯，成为新教徒的有力支持。新教徒一直坚持1530年奥格斯堡会议通过的各项条款，天主教徒发现，如果他们不让步，便会重启战端。查理因为年迈，要求选帝侯推选他的儿子菲利普继承其为神圣罗马帝国皇帝。这项要求，不但新教徒反感，就是天主教徒也反感。因为菲利普有西班牙血统，大家都不愿接受他的统治。查理的要求还有一个障碍，就是斐迪南对神圣罗马帝国皇帝的宝座也很感兴趣。不过，斐迪南清楚，假如他得不到新教徒的支持，要在选举中赢得这个宝座是没有希望的。
一方面有武力做后盾，一方面情势正向有利方向发展，于是新教徒漫天要价：第一，要求开放德国全境给他们传教；第二，要求新教地区禁止天主教传教；第三，要求永远持有现在及将来所没收的天主教财产。斐迪南与奥古斯都斟酌双方要求，于是制定了下列原则。这个原则，可精简为四个字，即“人随地信”（cuius regio eius religio）。为了便于维持和平秩序，每一个诸侯必须在天主教和路德教之间抉择其一。臣民必须接受其“所在地的宗教”，如认为所在地的宗教不合适，则可径往合适地方迁徙。新旧教双方都不佯称自己是宽容的。新教萌芽之际，曾提出一项原则：信仰的基础，在于个人的判断。这项原则，过去曾引起旧教的反对，现在即便新教领袖也已视如敝屣。另外，由于这项原则容易引起派系之争，派系对诸侯统治不便，新教诸侯多主张代之以教条权威。至于新教徒，现在也已完全接受查理和教皇“社会秩序的维持，与宗教信仰的统一密不可分”的观点。信仰基于判断的原则，对德国显然有害，因为它带来仇恨纷争。宗教改革到此阶段，其结果是好坏参半，就人们的心胸而言，显然比以前更褊狭，但诸侯对所谓“异端”的处置，则又已较前宽大——从前对异端是活活烧死，现在则仅给予驱逐出境的处分。各式各样的无谬论的分立，导致彼此的日渐衰微。
这次会议强调的是信仰自由，但事实上，自由的不是信仰而是诸侯。现在每一位诸侯，与英国的亨利八世一样，在其领域内已变为教会的最高领袖。他们有权指派绝对效忠于他们的人领导宗教。这就是“国家全能论”（Erastian principle）——主张国家可以支配宗教的一种学说的最好例证。 领导新教走向胜利的人，现在仍和过去一样，是诸侯而不是神学家。诸侯所获胜利的成果是丰硕的：在领土主权上，他们超越了皇帝；在宗教主权上，他们超越了教会。新教自始便是国家第一、宗教其次，不过这里所谓的国家，不是指整个德国而是指诸侯国。对于整个德国的统一而言，宗教改革对它不是助力而是障碍。斐迪南于1558年登上神圣罗马帝国皇帝宝座，但他拥有的权力，甚至连查理最倒霉的时候都赶不上。从这个观点而言，我们可以这样说，神圣罗马帝国的寿终正寝，不是始于1806年，而是始于1555年。
德国各城市，像神圣罗马帝国一样，也因诸侯的胜利而日趋式微。从前，各城市形成的自治区，直辖于皇帝，诸侯不许干预。但现在，诸侯的权势已高过皇帝，因此他们要干预皇帝也没有办法。促使各城市的衰落，还有两个原因：第一，荷兰贸易的勃兴，使德国货物竞沿莱茵河而出北海；第二，威尼斯和地中海商业凋零，德国货物已不再由南方各城市转运。宗教改革在德国之所以能够成功，各城市在思想经济上贡献不小。但现在，各城市由于政治和经济地位相继低落，思想文化的活力也随之渐告微弱。
《奥格斯堡和约》奠定后5年，梅兰希顿才逝世。他对这种和平并未存多大奢望。梅兰希顿新教领导地位的奠定，一方面，固在代表新教和天主教协商；另一方面，则为其对于教义的贡献。他对路德的神学理论有许多重要的改进。他完全扬弃了预定论和圣肉实存论。在获救方面，他一方面同意路德的善行不足恃，但他不完全忽视善行。梅兰希顿的这些见解，其后在新教中曾引起“菲利普派”——梅兰希顿及其信徒——与“路德正统派”——以耶拿为首的一群新教徒——之争。后者指梅兰希顿为“叛逆”、为“撒旦的奴隶”，前者则指后者为“偶像崇拜者”、为“笨蛋”。这种争执愈演愈烈，双方有时还运用影响力，令政府以对待异端方式对待对方。卷入这项争端的教授，不少受到排挤或监禁。梅兰希顿虽同意路德维持农奴制度及标榜王权神圣主张，但他认为新教运动与其和诸侯携手，不如和自由城市如苏黎世、斯特拉斯堡、纽伦堡、日内瓦等地的贵族结盟。在最足以显示梅兰希顿个性的谈话中，他的态度极似伊拉斯谟一派，他说：“我希望我们把论点限于谈《福音书》，谈人类弱点，谈神的恩赐，谈宗教组织，谈真实信仰。给人们保证，并定下正当行为的规矩，这不就是基督教义的本质吗？其余的只是烦琐的学究争论和派系的争执。”死亡来临时，他把它当作一种从“神学家的愤激”和“这个诡辩时代的残忍”中的解放而表欢迎。像梅兰希顿这样一个天生适合做学问、友善而又爱好和平的人，历史错派了他去当革命战争的将军。
