内心的意念随外界环境而变化，因此环境千差万别，意念也千差万别。新教一发端便宗派林立。1525年，路德即发现：“就目前形势观察，似乎有一个领导者便有一个宗派。”为了稳定路德的地位及调和各种各样的想法，梅兰希顿煞费苦心地创造了许多模棱两可的理论。新教的宗派林立，天主教徒看起来最称心，他们常常幸灾乐祸地说：“解释自由，信仰自由，自由来自由去，现在走到道德沉沦和宗教无政府主义的地步了。这种现象是一种大灾祸，不但对他们不利，对我们也不利，因为由这引起的怀疑主义，会使新旧两教同归于尽。”1525年，有3位艺术家自纽伦堡新教中被驱逐出教，因为他们怀疑《圣经》的权威性、圣餐圣肉实存论及基督的神性。
苏里曼正磨刀霍霍准备将匈牙利一切两半时，德国的诸侯、各僧院院长和市民代表在施派尔集会（1526年6月）。集会议题有：第一，考虑天主教徒所提，实施《沃尔姆斯敕令》的请求；第二，考虑新教徒所提，建议宗教争端未经德国召集协商会议裁定前，应听其自由发展。会议结果，新教徒大获全胜。会议最后的决定是，在协商会议未召开之前，德国各国在宗教上，“应以能对得起上帝和神圣罗马皇帝的政策施行统治”，换句话说，另一方面，对以往触犯《沃尔姆斯敕令》之人，一律不加惩罚；一方面，所有传教士均应遵照“圣道”传教，不得彼此攻讦。对“施派尔会议的决定”，新教徒的解释是：认可路德教会的创立；承认各诸侯领土范围内的宗教自治；禁止天主教徒在路德教会势力范围内做弥撒。天主教徒当然不满这项决定。神圣罗马皇帝因和教皇斗气，故意接受这项决定。斐迪南因忙着对抗穆斯林的入侵，虽不赞成却也无可奈何。
查理与教皇克莱门特和解后，又恢复其君主的保守本性，1529年2月1日，下令续开施派尔会议。会议在作为主席的大公及虽未出席而对会议密切注意的皇帝影响下进行。会中对1526年的决定旧事重提，结果，虽通过一项条款，确认路德教派的存在，但要它在其地区不排斥天主教。可是，在同一条款中，除认茨温利教派和再洗礼教为非法教派外，又规定在天主教地区实行《沃尔姆斯敕令》，即绝对禁止路德教派在其中传教。1529年4月25日，路德派中一小部分人发表了一个“抗议”（Protest），声称他们出于良心，决不接受这项条款。他们请求皇帝召开一次协商会议来讨论这件事情。他们还说，在会议未举行前，他们不惜以任何代价维持施派尔会议的原议。此后，天主教徒即以“抗议者”（Protestant）一词来指新教徒。慢慢地，凡属德国与罗马闹分裂的教徒，大家都以此命名。
由于需要一个统一的德国来对在抗土耳其，查理召开了另一次会议。这次会议于1530年6月20日在奥格斯堡召开，由查理亲自主持。在这次会议上，他一直与富格尔在一起。富格尔是大财主，查理登上皇帝宝座大半得力于他。据说，这位大财主为了讨好查理，曾将他所欠债券当面付之一炬。由于富格尔和教皇也有金钱上来往，通过他的牵线，查理和教皇的关系自然也较亲近。路德没有出席这次会议，因为直到现在他还是钦犯，一露面随时都有被拘捕的危险。尽管如此，他还是来到了撒克逊边界上的科堡。在那里，关于会议经过，他以信件和他的代表保持联系。他把参加这次会议的人比作在他窗前叫叫跳跳的穴鸟。他说：“每一个出席会议的主教，都是无比邪恶的人。”对会议的投票者，他说：“他们全像圣约翰日那天，在狗身上乱舞的跳蚤。”他那首脍炙人口的圣歌“强有力的堡垒就是我们的上帝”（Ein feste Burg ist unser Gott），据说就是这一时期的作品。
6月24日，洛伦佐·坎佩基奥红衣主教建议会议大力压制新教。25日，克里斯蒂安·巴耶尔（Christian Bayer）把梅兰希顿写的“奥格斯堡的告白”——这一著名的自白，后经润饰，曾正式列为路德教会文献——读给皇帝和部分代表听。梅兰希顿一方面慑于皇帝教皇联合对付四分五裂新教的盛势；一方面由于他本性趋向中庸与和平。因此，他的自白（如一位天主教学者所云），非常的“庄严、谦逊与和平”。在自白中，梅兰希顿显然在努力缩短新旧两教观点的差距。提到所谓“异端”，他不厌其详地说，他们只不过是《福音书》爱好者（路德派教徒的自称，意即他们的信仰，基于《四福音书》或《新约》）。他宣称，他们和茨温利教派毫无关联。他把预定说避重就轻地解释为一种基于不同看法的“圣体合质”。谈到对天主教缺点的攻击，他说目前已减少到最低度。他为下列事项，如两种拜领圣餐式、修道誓愿的取消、圣职婚姻制等做辩护时，态度极为谦恭。最后，他请求洛伦佐·坎佩基奥红衣主教以虚怀若谷的胸襟接纳他的自白。对这篇自白，路德虽在少数几点上不表同意，却毫无保留地给予支持。茨温利呈了一份意见书给皇帝，他干脆了当地说，他不相信圣肉实存论。另外，斯特拉斯堡、康斯坦茨、林道（Lindau）及梅明根等人，也分别递有自白。卡皮托和布塞尔联合发表了一项文件，呼吁路德和天主教徒捐弃成见言归于好。
天主教徒的极端派，在埃克领导下，显得非常强硬。他们发表的《辩驳书》由于主张非常过火，会议逼迫他们修改了两次，才同意呈给皇帝。他们意见的要点是，坚持各宗派必须遵行圣体共在论、七圣礼、圣徒祈祷、圣徒独身、一种（只以面包）拜领圣餐式及以拉丁语做弥撒。查理接受了他们的意见，于是宣称：新教徒除非接受天主教的意见，否则就要受到武力制裁。天主教中一个较为温和的团体觉得事态严重，于是出面调停。他们向梅兰希顿说，他们愿在圣餐仪式中让步，即采行两种（面包与酒）拜领圣餐式，以换取新教徒遵行其他仪式。在回答这项调停时，梅兰希顿的意见是，可以认可秘密忏悔、斋戒、主教裁判权，甚至某些来自教皇的附带要求。可是，其他新教领袖不同意，他们认为这种让步太大。路德也不同意这样做。他指出，主教裁判权决不能承认，因为这项权利的承认，使新教传教士有全被清除的危险。对这一项，他认为是宗教改革成败的关键所在。议论纷纷莫衷一是，新教诸侯眼见和解无望，很多人都回去了。
11月19日，这个零落不堪的会议发表了一份既可算作条令，也可算作临时条款的文件。文件宣称：所有新教举措都该受到谴责；《沃尔姆斯敕令》应严予遵行；法务大臣对侵占教产之人应予法办；1531年4月15日后，不遵本会规定者应受惩罚。上述文件由查理批准正式变为敕令，这就是历史上有名的《奥格斯堡敕令》（Recess of Augsburg）。对于皇帝而言，给新教徒半年时间决定是否遵行此会的决议，已经十分宽大。在这半年中，他容许他们不受《沃尔姆斯敕令》的制裁；但半年之后，谁敢违犯，他便要把他们逮交军事法庭审判。
会议进行期中，不少侯国已出现天主教徒联盟。这个同盟的目的，一方面是防止新教徒的攻击，另一方面是企图恢复其传统信仰。新教徒认为这是一种战争的征兆，于是诸侯城镇于1531年3月组成“斯马尔卡蒂克同盟”（Schmalkaldic）。这个名字用以纪念位于爱尔福特附近该同盟的诞生地。6个月后，斐迪南，现为名义上的“罗马人的皇帝”，遂叫查理动用武力。但查理说现在不是时机。因为，苏里曼这时为再攻维也纳做准备，已令其同盟巴巴罗萨打击基督教国家在地中海的商业；法国的弗朗索瓦一世是苏里曼的盟友、查理的死敌，查理知道，他一旦在德国压制新教徒，必然会引发内战；内战爆发，弗朗索瓦就会进兵米兰。为了避免出现上述不利情势，查理现在的决定是，不但把《奥格斯堡敕令》搁在一边，并于1531年4月，呼吁新教徒协助他对抗土耳其。路德和各新教诸侯，均热烈响应这一呼吁。1532年7月23日，新旧教代表聚集于纽伦堡，签订《纽伦堡和约》（Peace of Nuremberg）。协议内容主要有两点：第一，宣布效忠斐迪南；第二，协商会议未召开前，彼此对对方采取宽容政策。在此协议下，一支由德新旧教徒及西班牙、意大利天主教徒组成的大军，打着勤王的旗号，火速向维也纳进发。苏里曼一看苗头不对，便把攻击维也纳的军队全部撤回君士坦丁堡。这支基督教大军，沉醉于兵不血刃的胜利之余，向基督教各城镇大肆劫掠。“这是当地老百姓做梦也没想到的大灾难，”一位英国目击者克拉默（Thomas Cranmer）说，“这场灾难比土耳其人加诸他们的有过之而无不及。”
新教由于这次勤王激发起了教徒的爱国心，爱国心增加了新的声势。阿莱安德再度代表教皇、召集新教领袖集会、传达教皇要他们遵行会议决议时，他们干脆拒绝了。一年之后的1534年，胡斯的菲利普不管路德任何攻击政策的责备，接受法国的援助，为新教徒的乌尔里希在符登堡恢复了公爵地位。这一来结束了斐迪南的统治。他们关闭了所有天主教教会和修道院，并把一切属于教会和修道院的财产完全充公。情势对新教徒显然再度有利：斐迪南有事于东；查理有事于西；再洗礼派教徒在明斯特因共产主义者的革命正忙得喘不过气来；于尔根斯·伍仑威弗的激进派，现在夺取了吕贝克（1535年）；天主教诸侯和上次对抗土耳其一样，需要新教徒帮助他们敉平内乱。更有利者，斯堪的纳维亚诸国和英国正于这时宣布脱离罗马；天主教的法国为了对付查理，反而愿与路德教派的德国结盟。
基于上述各种有利形势，斯马尔卡蒂克同盟决议组成一支为数1.2万人的军队。新教皇保罗三世登基，准备召开新旧教协商会议。但新教同盟说，这一会议必须独立于教皇之外，有德国教会与非教会领袖参加，不视新教为异端，而将其看成与天主教同等地位一份子的会议，否则他们决不接受。在此同时，新教同盟不但拒绝教廷派驻各地的宗教法庭，而且明白通知神圣罗马皇帝大臣，他们决不承认天主教有恢复教产及在新教地区传教之权。天主教国家这时一方面恢复过去同盟关系，另一方面要求查理对教廷派驻各地的宗教法庭给予全力支持。查理对于这项要求答复得很有礼貌，却一点也不施行，因为他知道，只要他一动，弗朗索瓦一世准会从后面扯他的腿。
因此，新教徒的气焰一再高涨。一位天主教历史学家说：
1538年9月9日，哲罗姆·阿莱安德自林兹写给教皇的报告说，德国的宗教情况，已到不可收拾的地步。天主教的礼拜、圣礼已普遍停止。除斐迪南一世外，所有诸侯几乎都已变为新教徒。他们对神父及其他担任圣职者充满愤恨，同时，经常都在算计教会财产。高级教士的生活仍然非常豪奢……教廷命令常被视如废纸。非圣职教士——人数也多不到哪儿去，既不道德而又无知，以至人少势弱的天主教徒逢之退避三舍。
信仰天主教的萨克森公爵乔治逝世后，继位者为其弟亨利，亨利是一名路德信徒。继任亨利的为莫里斯（Maurice），在德国他更是新教的军事救主。1539年，勃兰登堡选帝侯约阿西姆二世（Joachim II），在其都城组成一个新教教会。对这个教会，他深以其独立于罗马和维滕堡之外而自豪。1542年，在克利夫公国内，瑙堡的主教教区，甚至海牙哈雷阿尔布雷希特的主教教区，也相继因战争或政治的影响，变成新教天下。最使罗马感到吃惊的是，1543年科伦的选帝侯大主教，赫尔曼·韦尔德（Hermann von Wied）伯爵，公然宣称放弃天主教而改信新教。新教领袖个个充满信心，1540年1月，路德、梅兰希顿及其他新教领袖发表了一个宣言。大意是，和平唯有经神圣罗马皇帝和天主教教皇宣布放弃其自我之“偶像”，及承认自己的“错误”并诚心接受奥格斯堡能获的“郑重”决议始致。宣言中称：“即使教皇对我们主张的教义和仪式让步，我们也不会轻易放过他。为了不使他在别的国家倒行逆施，我们有责任将这个压迫者永远放逐。”路德得意地说：“今天我们必须使教皇及其所信的邪神、魔鬼，同时完蛋。”
查理对路德等的要求几乎已完全同意。为了不使局面恶化，他抢先教皇一步，于1540年4月，邀请德国的新旧两教领袖，做一次协调彼此歧见的“恳谈”（Christian colloguy），以便发现和平解决之道。“照目前情势看来，”一位教皇的使节也说，“除非教皇痛下决心施出回天手段，否则整个德国会落入新教徒之手。”在沃尔姆斯举行的初期会谈，埃克和梅兰希顿一场唇枪舌剑的争论，结果使最初以顽固著称的天主教代表勉强同意采取一种奥格斯堡会议中比较温和的立场。这项结果鼓励了查理，于是建议双方在雷根斯堡再谈。1541年4月5日至5月22日，在查理的领导下，新旧两教领袖又谈了多次，最后算是找到了双方都觉得可以接受的解决办法。保罗三世企望和平。作为他的首席代表的加斯帕罗·孔塔里尼（Gasparo Contarini）红衣主教，是一位德高望重的好好先生。神圣罗马皇帝查理一方面深感法国对他的威胁，另一方面必须答应斐迪南请求协助对抗土耳其的入侵，所以非常热衷于新旧两教的和平解决。他对此太热衷了，有些天主教徒怀疑他偏袒新教。会中彼此同意，准许传教士结婚及实行两种拜领圣餐式。至于教皇在宗教上的权威及圣餐中的变体论，由于一时找不到足以肯定和推翻的依据，只好存而不论。在谈论中，最使孔塔里尼感到不愉快的，是一位新教徒问：假定一只老鼠啜食一些供神祭品的面包屑，我们应认为它吃的是面包还是耶稣的身体？会议并没有真正解决问题，查理忙于出征，因此给新教徒一道临时敕令，即暂不反对他们根据奥格斯堡会议决议所持教义，并暂不收回他们曾经没收的教会财产。
基于成年累月的辩论和行动，一种新信仰逐渐发展成一个新教会。这个教会，路德称之为“福音教会”。最初，他曾主张实行教会民主制，即每一个会众都可自行推选牧师、决定聚会仪式。但由于路德长期仰赖诸侯支持，使他不能不屈从诸侯之意，让教会附属于国家。1525年，萨克森的选帝侯约翰命令所有在其公国之内的教会一律采行由梅兰希顿拟定、经路德核准之福音礼拜仪式。他规定凡不服从这项命令的牧师，一律剥夺其圣俸。会众有不遵行者，经过一段宽限期间，一律驱逐出境。此例一开，其他路德教派诸侯纷纷跟进。他们发布的命令可说大同小异。为使这些新教会有所遵行，路德编订了一本5页的《简明教义问答》（Kleiner Katechismus，1529年），其中包括十诫、使徒行传及对这两项所做的简单解释。这些教条，若在基督教诞生的最初400年，可说是很正统的东西。
一般而言，新教牧师大都品德高尚，熟谙《圣经》，其他学识虽不精深，但对牧师工作颇为称职。礼拜天定为安息日——这点，路德接受的倒不是《圣经》而是传统。“礼拜仪式”很多地方和天主教相似，也是圣坛、十字架、蜡烛、祭坛布及一部分依德国习惯所做的弥撒。新教礼拜着重点是讲道。另一个与旧教不同之处即在礼拜中，不再对圣母和圣徒祈祷。宗教绘画和塑像废止不用，教堂建筑的风格以平易近人为标准——因此，顶楼建筑几乎变成新教教堂的固定格式。最大的创新是音乐介入聚会仪式。现在，即使不会唱歌的人也开口了，大家都唱，唱得不好也易藏拙。也许是福至心灵，路德居然于一夜之间变成了诗人。他写了许多雄壮的圣诗，不论是说教的、理论的或启示性的，听来都很动人。新教徒唱的圣歌很多，有些是路德写的，有些是别人写的。新教徒的歌不但在聚会时唱，在非聚会时也唱。歌声不但洋溢在教堂，也在家庭。一位耶稣会会员说：“路德的圣歌比他的说教更能夺人心志。”如果说，文艺复兴产生了天主教绘画，那我们也可以说，宗教改革带来了新教音乐。
