宗教改革者由于他们的不宽容及独断，言论的激烈，宗派的林立和仇恨，宗教艺术的摧毁，宿命神学，对俗世学术的漠视，魔鬼和地狱的重新强调，集中精神于个人来生的得救——所有这些行为，促使人文主义者远离宗教改革。人文主义是一种非基督教的古典文化的复归，新教则是忧郁的奥古斯丁的初期基督教，甚至《旧约》犹太教的虔诚回返。希腊主义与希伯来主义的长期争斗又恢复了。在天主教教会中，人文主义者曾有过不寻常的进展；在教皇尼古拉五世和利奥十世时期他们曾掌握了教皇制度；教皇们不仅容忍保护他们，而且帮助他们恢复失去的古典文学和艺术的宝藏——所有这些全都基于教皇的默契谅解，即便他们的著述用拉丁语对那些有教养的阶层演讲，也不会扰乱一般人的正统信仰。现在，人文主义者在这个安逸的协议中有了困扰，因为发现条顿的欧洲更关心的，不是他们及其贵族文化，而是新的本国语传教士在上帝、地狱及个人救赎方面的慰藉灵魂的谈话。他们嘲笑路德与埃克，路德与卡尔斯塔特，路德与茨温利的论辩，那些论战的问题，他们早就缺乏兴趣或礼貌地遗忘了。他们对神学毫无胃口，在他们看来，天堂和地狱都不过是神话，较之希腊罗马神话更为荒诞。在他们看来，新教是文艺复兴的叛逆，是晦昧中世纪心灵的超自然主义和非理性主义，是魔鬼崇拜的重建。他们认为这不是进步，充其量只是反动，是解放了的心灵对原始的民众神话的再度臣服。他们愤恨路德对理性的谩骂以及他对信仰的推崇——这种信仰已被新教徒或统治者武断地下了定义。而假如发生在地球上的每一件事——人类正义和价值中的每一个英勇事迹，每一次牺牲，每一点进步——仅仅是由无助和无意义的人们完成上帝的预知和无可避免的律令的机械行动，那么，为米兰多拉所描绘的人类尊严还残存些什么呢？曾经批判过教会，却始终未脱离教会的人文主义者——威姆菲林格、贝图斯·勒纳鲁斯、托马斯·穆诺和布兰特——现在急于证实他们的忠诚了。不少曾经赞赏过路德的最初反叛，认为有助改进羞耻滥权的人文主义者，当新教神学和争辩术定型时，都远离了他。威利巴尔德，希腊语言专家和政治家，他曾公开地支持路德，以致在艾克苏奇·多米内（Exsurge Domine）教皇谕令的第一回草稿中就已被开除教籍，为路德激烈的言论所震惊，而和他断绝关系。1529年，虽然依旧批判教会：
我不否认，刚开始时，所有路德的行动似乎并非无益，因为任何一个善良的人，对基督教多年来的积弊都会不满。因此，和许多人一样，我希望某种方法可能补救如此的罪恶，但是我被残酷地欺骗了。因为旧弊尚未根除，令人更加难以容忍的新弊却潜行而入，与之相较，其他就有如小孩玩意……事情已经发展到一种情况：新教徒似乎善良地做着天主教的罪恶……路德，用他那无耻和难控制的口舌，一定已经陷入疯狂，或被魔鬼教唆。
穆提安努斯也颇有同感。过去他曾歌颂路德为“维滕堡的晨星”，但不久，他抱怨路德如神经错乱者的一般暴躁。克罗图斯·罗比安鲁斯曾以《默默无闻者之信》为路德打开一条路，但在1521年，又逃回天主教会。罗伊希林虽写信问候过路德，并劝阻埃克焚毁流行于因戈尔施塔特路德书籍，却叱责其侄子梅兰希顿采纳路德神学，而他也死在天主教的怀中。约翰尼斯·科克雷，最初赞成路德，在1522年却转而反对他，并写了一封信谴责他：
你以为我们希望为天主教教士的罪恶和邪恶行为辩白或辩护？愿上帝救救我们！——我们很想帮助你从根铲除它们，只要是采取正当手段……可是基督并没教导你去用“反基督团”、“娼寮”、“魔窟”、“粪坑”及其他闻所未闻的辱骂字眼的方法，且不提你刀剑流血和谋杀的威胁。啊！路德，你的这种工作方法绝非基督所授。
这些德国的人文主义者也许忘记了意大利先驱——菲勒佛、波格奥（Poggio）和更多人的粗俚言语，已经为路德侮慢的文笔立下榜样。不过，路德的战斗方式仅仅是他们控告的表面。他们注意的——就像路德注意的——是德国的道德和习俗的败坏，而将之归罪于教会当局的分裂及路德否认“善行是获救的真相”。此外，新教徒轻视学问，路德对学识和博学的轻视，也是他们感到伤心的所在。伊拉斯谟道出了人文主义者的一般心声，这一点即使梅兰希顿也无可反驳——路德教派胜利之处，人文主义即行衰微。新教徒反驳说，这仅仅是因为对于人文主义者来说，学问主要意味着异教徒古典文学和历史的研究。在这一时期，宗教争辩术的书籍和小册子占满了德国与瑞士的思想和印刷事业，注意力，包括一切报章杂志在内，除了讽刺文学，其他任何一种文学都失去了读者。出版公司，如巴塞尔的弗罗本和维也纳的阿特兰瑟（Atlansee），曾不惜巨资出版的学术著作，乏人问津，以致濒临破产。敌对的宗教狂热葬送了德国文艺复兴的幼苗，而文艺复兴的基督教异教的和解趋势，也就终止了。
有些人文主义者依然效忠于宗教改革，如胡斯、胡滕等。胡斯在工作上漂泊了一段时候，回到爱尔福特时，大学已成废墟（1533年），而后以教授诗学终于马尔堡（Marburg，1540年）。胡滕在济金根陷落后即逃往瑞士，以沿途抢劫食物为生，又穷又病，只好到巴塞尔找伊拉斯谟（1522年），虽然因其没加入宗教改革者的行列，他曾公开污辱这个人文主义者是一个懦夫。伊拉斯谟拒不见他，宣称他的火炉无力温暖他的骨头。于是，这位诗人写了一篇讽刺诗，名为《忠告》（Expostulation），公开指责伊拉斯谟是胆小的叛徒；还提议说，如果伊拉斯谟给他钱，还来得及阻止出版。伊拉斯谟阻止并力劝胡滕息事宁人方为上策。但胡滕已经把他的讽刺诗的原稿私下传播开来，伊拉斯谟得知之后，加入巴塞尔天主教界，敦请市议会把这位暴躁的讽刺诗作者驱逐出境。胡滕索性将《忠告》付梓，并动身前往穆尔豪斯（Mulhouse）。一群民众要去攻击他的避难所，他又被迫逃亡，在苏黎世为茨温利接纳（1523年6月）。“看哪！”这个宗教改革者说这里较之人文主义者更人文，“看看这位破坏者、恐怖的胡滕，我们发现他是如此地喜爱人们和小孩！这张嘴，曾对教皇吹出狂风暴雨，却呼吸着高雅和良善。”同时，伊拉斯谟为了报复《忠告》对他的诋毁，曾仓促地写了一篇《伊拉斯谟毁谤书》（Erasmus’Sponge on Hutten’s Aspersions），又写信给苏黎世议会，请该会反对以“谎言”攻讦他的胡滕，并对胡滕处以流刑。但是现在胡滕就要死了，观念斗争及梅毒已经耗尽了他。胡滕在苏黎世湖中的一个小岛上咽下了他的最后一口气（1523年8月29日），享年35岁。死时除了他的衣服和一支笔之外，别无他物。
