在利奥十世1520年6月颁布的敕谕中，路德公开指责的错误是“烧死异端违反神意”。在《致基督徒贵族的公开信》（“Open Letter to the Christian Nobility”，1520年）中，路德规定“每人皆为教士”，有权依照他私人的判断及个人的理解解释《圣经》；并加上“征服异端，不当用火而当用书”。在《论世俗权威》（“On Secular Authority”，1522年）一文中，他说：
统治万民是上帝之事，不容许别人代庖……我们希望将这点说得清楚一点，以便每一个人均可了解，而且我们的贵族、王侯及主教将会明白当他们企图强迫人民……信这信那时，他们是多么的愚不可及……由于信与不信全是个人良知之事……世俗权威应满足于料理其自身之事，而准许人们，依照他们的能力和志愿，信这或信那，而不用外力强迫任何人……当人们全凭力量而不凭神的话语反抗它们时，信仰和异端决不如此强烈。
在致选帝侯腓特烈的信（1524年4月21日）中，路德请求对闵采尔及与他为敌者作宽大处理。“你不应禁止他们发言。教派是必须有的，神道必须面对战争……让我们将战争和心灵的自由会战交由上帝处理。”1528年，其他人主张处再洗礼教徒以极刑时，他发出忠告，除非他们犯了叛乱罪，否则他们只应该被处以流放。同样，1530年，他劝告人们，亵渎神祇罪应自死刑减轻为流放。诚然，即使在这些宽宏大度的岁月中，他好像希望他的信徒和上帝淹死，或剔除所有教皇信奉者。然而，这仅仅是“运动的演说术”而已，并非他的真实想法。1521年1月，他写道：“我并不想采用暴力或谋求手段来维护福音真理。”同年6月，他曾谴责攻击牧师爱尔福特的学生，他并不反对稍微“吓吓他们”以改善他们的神学。1529年5月，他指责以武力使天主教教区改变为新教教区的计划。迟到1531年，他还教导：“我们既不能也不该强迫任何人信教。”
像路德这种坚强而独断个性的人，在他地位相对稳固之后，要他依然主张容忍，便很难办到了。一个肯定其自身通晓《圣经》的人，是不能容忍他的反对者的。从宽容变为不宽容，在犹太人这个问题上是最易实现的。直到1537年，路德还主张他们保有自己的教条是应该被宽恕的：“由于这群傻瓜，这些教皇、主教、辩士和修士，这些粗鲁的笨驴，像他们那样对待犹太人，每个基督徒恐怕都宁可当犹太人了。真的，如果我是犹太人，看到这些笨瓜白痴那样解释基督教教义，我宁可变成猪而不当基督徒……我呼吁每一个人应善待犹太人，同时教他们研读《圣经》。这样做，我想我们可以争取他们到我们这边来。”路德也许领悟到，新教教义自某些观点来看，是犹太教义的一种回归。例如，反对修道院制度、教士独身主义，重视《旧约》、《旧约》中先知写的预言书、《旧约》中的赞美诗，及采取较天主教更为严格的性伦理（路德本人例外）。他发现犹太人并不相应地转向新教时，他失望了。对利息索取的敌意帮助他转向反对放高利贷的犹太人，后来发展到反对普通犹太人。选帝侯约翰自萨克森（1537年）逐出犹太人时，一个犹太人曾请路德出面调停，他竟一口拒绝。他在其《桌边细谈》中，把“犹太人与教皇信奉者斥为不敬神的坏蛋”合为“一丘之貉”。路德晚年，反犹太主义非常炽烈，他公开指责犹太人是“一个僵颈、不信神、骄傲、邪恶、可厌的民族”，并认为他们的学校和会堂应被付之一炬：
让任何人把硫黄和松脂尽量掷向他们。假如有人能在他们身上投掷地狱之火，那就更妙了……这样做，是为了光耀我们的主和基督教，如此一来，上帝将会发现我们是真正的基督徒。把他们的房舍也给粉碎和摧毁……把他们的书籍和《塔木德》，还有他们的《圣经》夺下。禁止他们的教师传教。封锁所有街道和大路以阻其通行。禁止他们放高利贷，把他们所有的金银财宝夺下并贮进保险箱。如果这还不够，就将他们像疯狗一样驱逐出境。
路德应该从没妥协。1522年，他已经比那时的历任教皇更像教皇。他写道：“我不允许任何人批判我的主张，即便是天使。凡不接受我的主张者就不能得救。”1529年，他稍作让步：
没人能被强迫加入信仰，但也没人能被允许伤害它。让我们的敌对者提出他们反对的理由，并听取我们的答辩。如果他们因此而改变信仰，照准，如果不的话，就让他们保持缄默，并信仰他们所愿意的……为了避免麻烦，假如可能的话，在同一国度中，我们不应该忍受相反的教旨。即令你不信教，也应该遵守十诫、上教堂听道并做到表面上的一致。
路德此时同意了天主教教会的“基督徒需要的，是确信明确的教条及可生死与俱的确然《圣经》”。早期基督教的教会，由于教派林立以至分裂、削弱而感觉到非阐释其教条和驱逐所有叛教分子不可，现在路德因为由个人判断的种子发了芽的多样教派的纷争而惊慌，一步步地从宽容变向独断。“现在谁都敢批评福音了，”路德愤愤地说，“的确，几乎每位老迈昏聩者或喋喋不休的诡辩家必然是神学博士。”由于被天主教痛骂——指他使教条和道德的规范松弛瓦解——所刺激，他下结论说，社会秩序的维持需要彻底的辩论公决，需要大家认可的权威教会充作“信仰之锚”。那个权威该是什么呢？天主教的答案是教会，理由是唯有一个活的机构才能使它自身和它的《圣经》适合于不可避免的变化。但路德说，不，唯一而且最终的权威应该是《圣经》，因为所有的人都承认它是“圣道”。
在这本绝对正确的，《申命记》第13章，路德发现一条明确的诫命，出自上帝的主张，将异端者置于死地：“你不可顾惜他，你不可庇护他”；即便他是“你的同胞弟兄，或你的儿女，或是你怀中的妻子……你必定要杀他，你要首先下手，将其置于死地”。根据这个可怕的正当理由，13世纪，教会从事了消灭阿尔比教派的举动。这个神圣的咒语为宗教裁判所的火刑做了一个权威的凭照。路德言语暴烈，但在处置异议者上，却从不及教会的酷厉。在权力所及地区和界限，他总是尽量循和平途径来压制。1525年，路德恳求萨克森和勃兰登堡的检查规制之助，毁掉再洗礼派教徒和茨温利派教徒的“邪恶教条”。1530年，在评《诗篇》第82首时，他建议政府应将煽动暴乱或反对私有财产的所有异教徒，“那些教导反对明晰的信仰条目……如以基督不是神而是人的观念灌输儿童之人”处以极刑。塞巴斯蒂安·弗兰克认为，就言论和信仰自由而言，路德教派国家的人民还不如土耳其人。利奥·祖德、茨温利派教徒也加入卡尔斯塔特一边，称路德为另一位“教皇”。不过，有一点我们当指出的是，在其生命的后期，路德又回归于早期的宽容。在他最后传道时，又呼吁放弃一切以武力摧毁异端的企图。他说，对天主教徒和再洗礼派教徒，我们必须予以优容直到最后审判之日，基督会照料他们。
其他宗教改革者在追捕异端上，堪与路德相比，甚或过之。斯特拉斯堡的布塞尔，主张新教国家政府，对声称信仰“邪”教者，应斩草除根。这种人，他说，较之谋杀者更邪恶，其妻儿子女牲畜也应一并摧毁。较为温和的梅兰希顿接受了以下狱和死刑的方式来镇压德国再洗礼教徒的世俗宗教裁判所所长的职位。他问：“为什么我们要比上帝更怜悯这种人呢？”因为他相信，上帝已经注定所有的再洗礼派教徒入地狱。他倡议，凡属拒绝接受婴儿洗礼或原罪或圣餐中基督真实存在等观念的人，都应判处死刑。他坚持，任何认为异教徒也可获救或怀疑信仰基督为一个赎罪者能将原罪化为正直的人，都是该杀的人。我们将会看到，塞尔维特被处死刑，他大声喝彩。他请求政府强制人民定期参加新教礼拜。他要求禁止一切反对、妨碍路德派教义的书籍，因此茨温利及其信徒的著述，在维滕堡被正式置于禁书目录之列。虽然路德满足于路德教派王侯统治地区天主教徒的被驱逐出境，梅兰希顿却偏爱肉体的刑罚。二者均同意政府的职责应该是传播和拥护“上帝的律令”——路德派教义。不过路德建议，在同一国内如有两个教派，少数应屈服多数。如在天主教占优势的公国里，新教徒就应让步和移居，反之亦然。如果他们反抗，他们就应该被有效地惩罚。
新教当局仿效天主教先例，承受维持宗教一致的职责。1537年1月18日，奥格斯堡市议会颁布了一项命令，禁止天主教徒的礼拜，并放逐8天之后不改信新教的人。恩赐的限期满时，议会派军接收所有教堂和修道院财产；祭坛和塑像被迁移，修士、修女被驱逐出境。法兰克福颁布过类似的法令。天主教财产的没收和天主教仪式的禁止蔓延了整个新教徒控制的国家。天主教地区所行的新闻检查，新教也照行不误。萨克森选帝侯约翰，在路德和梅兰希顿的请求下，于1528年颁布一项敕令，禁止出版、售卖与阅读茨温利教徒和再洗礼教徒的文学作品，或宣扬教导他们的教义。“任何人对违反禁令者，无论识与不识，必须向当地长官检举，以使犯者能被及时逮捕和惩罚。知情不报者，视情节轻重，或处死或没收财产。”
开除教籍的惩罚方式，像检查制度一样，也来自天主教。1530年的奥格斯堡正式宣布路德教派教会有将反对路德派教条者开除教籍之权。路德解释道：“虽然开除教籍在教皇制度中已经存在并被可耻地滥用，所招致的只是痛苦，不过，我们一定不容许它堕落，而应该照基督命令的，用之于正途。”
