宗教改革造成了邦联的分裂，同时似乎注定要摧毁这个邦联。伯恩、巴塞尔、沙夫豪森、亚本塞与格里森各郡支持苏黎世，其他各州郡则抱着敌对态度。其中5州——卢塞恩、乌里、施威兹、翁特瓦尔与楚格——成立天主教联盟，以敉平所有胡斯派、路德派与茨温利派的运动（1524年）。奥地利的斐迪南大公怂恿所有天主教州郡联合行动，允予援助，显然是希望恢复哈布斯堡王朝在瑞士的权力。7月16日，除沙夫豪森与亚本塞两州外，其余各州全都同意排除苏黎世，拒绝其参加未来的邦联议会。苏黎世及茨温利派遣传教士进入塞高（Thorgau）倡导宗教改革，以为反击。其中一人遭受逮捕，朋友予以拯救，同时率领一群疯狂之徒劫掠并烧毁一座修道院，捣毁好几座教堂里的圣像（1524年7月）。结果3位领导者遭到处斩，双方的战斗精神因而激昂起来。畏缩在巴塞尔一隅的伊拉斯谟，惊见受到传教士煽动起来的虔诚教徒，“像神魂附体，脸露激愤……像受到将军鼓舞，勇赴大战场的骑士”一样地走出教堂。六州扬言，如果苏黎世不受惩处，它们便将退出邦联组织。
以担当战争领袖这一新角色为荣的茨温利，敦劝苏黎世扩充军队与军械厂，寻求与法国结盟，在蒂罗尔煽动革命，以在斐迪南背后生起一把火，同时答应保留塞高与圣高尔修道院的财产，以回报他们的支持。他以3项条件同天主教联盟谈和：交出圣高尔大修道院，放弃与奥地利结盟，同时将为文尖刻批评宗教改革家的卢塞恩讽刺家托马斯·穆诺交给苏黎世。天主教同盟予以拒绝。苏黎世于是下令在圣高尔的代表攫取这一修道院，他们照办（1529年1月28日）。2月，巴塞尔事件使情势益加紧张。
这个“瑞士的雅典”的新教领袖为约翰·霍斯沁（Johannes Hausschein），他把意思为“家灯”的名字希腊化为奥科兰帕迪乌斯（Oecolampadius）。他12岁时便开始写拉丁诗文，不久又精通希腊文，他对希伯来语的造诣，仅次于罗伊希林。他在圣马丁教堂的教坛和在大学神学的教席上，早以改革家和道德家闻名。除了对宗教外，一切都很人道。1521年，他一直攻击忏悔室的弊端、变体论及对圣母偶像的崇拜。1523年，路德为他喝彩。1525年，他接受茨温利的计划，包括对再洗礼派教徒的迫害。但他排斥宿命论。他认为：“我们的拯救来自上帝，而获谴则来自我们本身。”主要为新教徒盘踞的巴塞尔会议宣称信仰自由时（1528年），奥科兰帕迪乌斯便加以反对，同时要求禁止弥撒。
1529年2月8日，800人聚集在圣方济各派教堂里，向巴塞尔会议送出一份要求，禁止弥撒，所有天主教徒都得解除公职，同时实行较为民主的宪法。会议答应考虑。翌日，诉愿者武装前往市场，到了中午该会议仍未达成结论，群众于是携带着斧锤进入教堂，摧毁映入眼帘的一切圣像。伊拉斯谟在写给威利巴尔德的信里描述这一事件道：
铁匠与工人除去教堂里的所有图像，对圣像与十字架横加侮辱。平日只要这些圣者稍受触犯，经常便有许多奇迹显现，而今一个奇迹也没有，倒真奇了。教堂里、小室里、走廊里、修道院里的雕像，悉数捣毁。教堂里的壁画被涂上一层石灰。凡可焚之物，悉投之于火，其余的也都捣为碎片。没有一样东西因为看在爱戴或金钱的分上而幸免于难。
巴塞尔议会见风转舵，投票赞成废除弥撒。伊拉斯谟、伯图斯·勒纳努斯（Beatus Rhenanus）及大学里几乎所有的教授都离开了巴塞尔。胜利在握的奥科兰帕迪乌斯，在这场暴乱后又活了两年，茨温利死后不久，他也逝世了。
1529年5月，一位来自苏黎世的新教徒传教士，企图在施威兹城传教，结果遭受火焚于柱。茨温利因而说动苏黎世议会宣战。他拟定作战计划，亲自率领州内军队。他们在苏黎世以南十英里的卡佩尔（Kappel）为一人所阻，此人是格拉鲁斯的兰德曼·阿伯利（Landemann Aebli），他乞求一小时的停战，以便与天主教联盟谈判。茨温利怀疑其中有诈，主张立即挥军前进，但受到柏恩各同盟及不管州界、宗教界线而与敌国士兵亲善交往的部下士兵所阻。谈判继续了16天之久，最后瑞士人的明智获胜，双方签订了《第一次卡佩尔和约》（The First Peace of Kappel，1529年6月24日）。条约条款对于茨温利而言，是一次胜利：天主教各州同意赔款给苏黎世，终止与奥地利联盟，双方均不得因宗教歧异而攻击对方；附属于两州或两州以上的“公地”人民，须以多数票决定各自的宗教生活规章。然而，茨温利并不满意。他虽曾要求，但未取得新教徒在天主教各州传教的自由。他预测这纸和约不久即将遭到破坏。
和约维持了28个月。中间，曾经努力结合瑞士与德国境内的新教徒。查理五世已与克莱门特七世和解，双方现在可联合出兵对抗新教徒，但新教徒早已形成一股强大的政治势力。德国半数为路德派；许多德国城市——乌尔姆、奥古斯堡、符登堡、美因茨、法兰克福、斯特拉斯堡，都强烈地同情茨温利；而在瑞士，乡村各区域虽为天主教的天下，但大部分城镇则为新教所有。自卫抵抗神圣罗马帝国皇帝与教皇，显然需要新教的团结。只有神学阻挡其中。
胡斯的伯爵菲利普，首先邀请路德、梅兰希顿及其他德国新教徒在法兰克福以北马尔勃罗的城堡，与茨温利、奥科兰帕迪乌斯及其他瑞士新教徒相聚。1529年9月29日，这两个对峙的支派相遇，茨温利慨予退让：他使路德不再怀疑他怀疑基督的神性，他接受尼西亚信经及原罪的独断教条。但他并没撤销他所坚持的圣餐为一种象征与纪念而非神迹这一观点。路德在会议桌上用粉笔写下认为是基督所说的话——“这是我的身体”——同时只准人照字面解释。双方签署了载有14条条款的协定。他们在圣餐这一点上产生分歧（10月3日），态度并不和蔼。路德拒握茨温利伸出来的手，他说：“你的精神并不是我们的精神。”他拟定了包括“圣体合质”在内一共17条的信仰表白书，同时劝说路德派的王侯，勿与不完全签订这17条条款的任何团体结盟。梅兰希顿同意其师的说法。“我们正告茨温利派信徒，”他写道，“他们一则说我们教义错误，一则犹直呼我们为兄弟，我们奇怪他们的良心怎么能允许这种行为。”这一时代的精神便浓缩在这一句子里。1532年，路德规劝普鲁士的阿尔布雷希特公爵，勿让任何一位茨温利教徒留在他领土内，不然便会受到永劫之罪。要求路德从中古世纪一步跨入现代，有点勉为其难。他习染于中古宗教，没有耐心忍受别人对其基本教条的任何指斥；同一位标准的天主教徒一样，他感到如果丧失了自己赖以塑成信仰的任何基本要件，则他整个思想世界便将崩溃，同时人生的整个意义也将凋萎干枯。路德是最中古的近代人。
茨温利遭遇到这次失败的打击，再度回到在他独裁统治下变得动荡不安的苏黎世。人民不满严峻的禁奢令；商业由于各州间不同之宗教信仰而受到阻碍；工匠们也不满意他们在政府里仍然微弱的呼声；而茨温利的布道，因夹杂政治在内，也丧失了原有的鼓舞与吸引力。他敏锐地感到这种变化，而向议会告假，以在别地寻求另一个教职，但为众人挽留。
现在他埋首写作。1530年，他把《理性的信仰》一书送给查理五世，后者并无接受的征象。1531年，他向弗朗索瓦一世发表《基督教简明释义》一书。他在表达了伊拉斯谟式的信念，认为基督徒在抵达天国时，将会发现那里有许多高贵的犹太人和异教徒：不只有亚当、亚伯拉罕、伊萨克、摩西、以赛亚……并且还有海格力斯、西塞斯、苏格拉底、阿里斯提德斯、努马、卡米勒斯、卡托兄弟与西比奥兄弟，“简言之，从世界开端以至世界末日，不会有任何好人、任何神圣的心灵抑或任何一位虔诚的灵魂不与上帝同在者。我们还能想象出比这一情景更为喜悦、愉快而高贵的东西？”这段文字使路德非常震惊，以致判定茨温利是“异端”。布绥主教（Bishop Bossuet）这回同意路德的看法，予以引述证明茨温利是位无望的邪教徒。
1531年5月15日，苏黎世的一群民众及其同盟以投票的方式，迫使天主教各州允许他们在境内传教。待各州拒绝时，茨温利便建议一战，但其同盟宁可采取经济封锁。天主教各州拒绝一切进口货，转而宣战。敌对的两军再度前进，茨温利再度带路并维持其标准，两军再度在卡佩尔遭遇（1531年10月11日）——天主教徒8000，新教徒1500。结果天主教徒胜利，47岁的茨温利也在苏黎世500名战死者的尸堆中。他先遭分尸，然后在一堆干粪上被焚化。路德听到了茨温利的死讯之后，宣称这是对异端的天罚及“我们的胜利”。“我衷心希望，”据说他这样讲过，“茨温利能够获救，但我又害怕相反的结果，因为基督曾说，凡不认他者，均将遭受天谴。”
茨温利在苏黎世的后继者为布林格，在巴塞尔，迈康尼乌斯（Myconius）在奥科兰帕迪乌斯死后继志述事。布林格避开政治，只监督城里各学校，庇护逃难的新教徒，同时施舍给任何教派的贫穷者。他赞同处斩塞尔维特（Servetus），但除此而外，他都采取信仰普遍自由这一途径。他跟迈康尼乌斯和利奥·祖德拟就的《赫尔维希亚声明》（The First Helvetic Confession，1536年），成为一代以来茨温利观点的权威表白，又与加尔文起草《众议书》（Consensus Tigurinus，1549年），使苏黎世与日内瓦的新教徒同在一“改革教会”之下。
尽管有这一保护性的协调，天主教在后来，部分由于在卡佩尔地方的胜仗，还是收复了在瑞士丧失的许多根据地。神学以竞争性的屠杀或生殖在历史上获得证明或遭到否定。7州附属于天主教——卢塞恩、乌里、施威兹、祖格、翁特瓦尔、弗里堡与索洛图恩；4州则确切为新教所有——苏黎世、巴塞尔、伯恩与沙夫豪森；其余各州则在新旧信仰之间保持平衡，无法确定它们偏向哪一方。茨温利在格拉鲁斯的后继者瓦伦丁·丘迪（Valentin Tschudi）折中在晨间为天主教做弥撒，而晚间则为新教传播福音。他倡导彼此容忍，结果也受到容忍。他写了一本《编年史》（Chronicle），不偏不倚得使人无法分辨他赞同哪一个信仰。
