几乎不自觉地，但也是由于他特殊教育的自然结果，茨温利改变了他教会内牧师团的性质。在他之前，讲道备受轻视；弥撒与圣餐礼几乎成为全部的仪式；茨温利使讲道成为仪式的主干。他身兼教师与布道者，随着他信心的增加，他更加坚持基督教应该回归到早期淳朴的组织与崇拜。他深受路德的反叛和文章及胡斯《论教会》（“On the Church”）一文的感染。1520年，他公然攻击修道院制、炼狱、圣僧招魂之说；此外，他声称什一税该像《圣经》中所载，纯属自愿性质。他的主教乞求他收回这些陈词，但他坚持到底。州议会予以支持，下令辖区内的所有僧侣，单只传播见载于《圣经》的训诫。1521年，茨温利说服议会，禁止法国人招募瑞士雇佣兵。一年后，这一禁令扩张及于所有外国政府。这时，枢机主教申内尔仍继续为教皇招募士兵，茨温利于是向会众指称，这位枢机主教头戴红帽，不无道理，因为“倘若扭转红帽，你们便可看见你们近亲骨肉之血，从折痕处淌下”。因未在《圣经》中发现四旬斋期间不食肉的记载，他允许教民漠视教会四旬斋期禁食的教规。康斯坦茨地方主教提出抗议，茨温利在《始末》（Archeteles）一予以答辩。该书预卜人们对教会之普遍背叛，同时劝导高级教士效法恺撒，将法衣折在身旁，然后死于恩宠与尊严之中。他跟其他10位牧师联合上书主教，请求允许僧侣结婚，以终止教士不道德的行为（1522年）。他这时正蓄养安娜（Anna Reinhard）为情妇。1524年，他公开与她结婚，比路德娶布拉还早一年。
有两件争辩先于他与教廷的断然决裂，其一令人忆起路德与埃克（Eck）在莱比锡的辩论，其二则遥遥反映出中古各大学经院派的争辩。由于瑞士是半民主的共和政体，它对茨温利的提议——他与保守对手的不同观点，该予公开兼听的机会——并不为之震惊。苏黎世大议会欣然负起神学裁判之权，开始邀请各主教派遣代表。他们来势汹汹，总共约600位，磨砺以待市议厅这场令人兴奋的竞赛（1523年1月25日）。
茨温利提出67个主题辩护：
1.凡认为未得教会认许，《福音书》便不算数者，错……
15.《福音书》中，全部真理显然赅备……
17.基督是一永恒的高等僧侣。凡自称高等僧侣者，必抵御和摒弃基督的荣耀与尊严。
18.曾经委身在十字架上的基督，为所有信仰者的罪孽，做了充分而永恒的牺牲。因此，弥撒绝非牺牲，而是牺牲在十字架上的一种纪念……
24.基督徒不受基督所未训诫的任何工作之束缚。他们可以随时吃用任何食物……
28.凡属上帝所允许而又未遭禁者，均属正当。因此，婚姻适合于全人类……
34.（教会）的所谓的精神权力，在《圣经》与基督的垂训中，并无基础。
35.但俗世权力却由基督的垂训与典范（《路加》2：5、《马太》22：21）予以肯定……
49.我知道再没有比一则禁止教士合法婚姻，而一则却以罚金方式允许他们蓄妾这一更大的丑闻。耻辱！……
57.《圣经》根本没有炼狱之说……
66.所有高级教士均应立即忏悔，并树立起基督之唯一十字架，不然他们将行毁灭。斧钺已直指本根。
康斯坦茨教区的总主教费伯（Johann Faber）拒绝详细讨论这些命题，声称该让各著名大学或是教廷全体会议来讨论。茨温利认为并不需要。既然《新约》已印成各种方言，大家都可知“上帝之道”以决定这些论点，这便足够了。结果议会同意，宣布茨温利免于异端之罪，同时嘱令所有苏黎世教士只传播见载于《圣经》和垂训。这里，像在路德派的德国一样，国家取代了教会。
大部分僧侣——其薪金现由政府发给——都接受议会的这一命令。其中许多教士结婚，以方言施洗，不做弥撒，不拜圣像。有一队热心分子开始不分皂白地捣毁苏黎世各教堂的图画与塑像。茨温利为这场暴力的蔓延所扰，便安排第二次辩论（1523年10月26日），由550位俗世人士和350位教士参与。结果由议会发令组织包括茨温利在内的委员会，为人民撰写教义小册，在此同时，一切暴力均须中止。茨温利于是急速写就《基督简义》（Eine Kurze Christliche Einleitung）一书，送给州内各教士。天主教抗议，在卢塞恩（Lucerne）开会的邦联议院（1524年1月26日）支持这一抗议，同时保证改革教会。苏黎世市议会不理这些抗议。
茨温利在两篇拉丁论文里更充分地阐扬了他的教义：《宗教真伪》（“De Vera et Falsa Religione”，1525年）和《理性信仰》（“Ratio Fidei”，1530年）。他接受教会的基本神学——三位一体的上帝，亚当与夏娃的堕落，耶稣的神人合一，处女生子说，及耶稣的受难与死；但他认为“原罪”并非承自我们“原始父母”之罪，而是承袭了一种人性的反社会倾向。他与路德都认为，人类绝不能凭其善举获救，但须相信基督受难而死这一救赎的功效。他与路德、加尔文都相信宿命说：每一事件、每一个人的永恒命运，均为上帝所预见，并且必如预见时一样发生。但上帝只将拒斥《福音书》者沦入地狱，凡基督教父母之子女夭折者，即使未予施洗，也已获救，因为他们太年幼无罪恶可言。地狱事属真实，炼狱则属“无稽之谈……为杜撰者图利的事业”。《圣经》对此毫无所知。圣礼并非是神恩的奇妙工具，而是有用的象征。秘密忏悔并不需要；没有一位僧侣——只有上帝——能宽赦罪孽；但将我们精神上的纷扰托给僧侣，是有益之举。上帝的晚餐，并非真是吃基督的身体，而是上帝灵魂与个人及基督社团结合的象征。
茨温利保留圣餐当作改革仪式的一部分，仪式中佐以饼与酒，但一年只举行四次。大部分的弥撒仍保留在庆典中，只是由会众与牧师共同背诵。其余一年当中，弥撒改由布道取代。诉诸感觉与想象的礼拜仪式，转而附属于诉诸心智的讲道——对普遍心智与思想稳定性的一场轻率赌博。由于绝对无误的《圣经》现在取代了绝对无误的教会而为教规与行为的准则，路德的德译本《新约》，转而采用瑞士方言。由圣徒利奥·祖德（Leo Jud）领导的一群学者与神职人员，受命从事整本《圣经》的德文翻译，于1534年在苏黎世由基督徒弗罗绍尔（Froschauer）予以出版，比路德版本早面世4年。
为了忠实顺从第二戒律及表示新教返归到早期犹太的传统，苏黎世议会下令搬除市内各教堂所有的宗教图像、圣徒遗物与装饰，甚至连风琴也被搬掉，苏黎世大教堂的宽阔内部，因而显得凄清空荡。有些图像荒谬得很，有些则尽属迷信，凡此都值得摧毁，然而有些美得让茨温利的后继者布林格（Heinrich Bullinger）哀悼其沦丧。茨温利本人对不当做具有神力的偶像而加以崇拜的图像，态度尚还容忍，但他宽恕这一废除之举，用以谴责偶像崇拜。州内各乡村教堂，倘其中大多数教民意愿如此，可准予保留图像。天主教教徒保有某些公民权利，但不得出任公职。参加弥撒，处以罚金；法律禁止礼拜五吃鱼而非吃肉。修道院与修女院（有一例外）均行关闭或转为医院或学校，修士与修女出修院后即结婚。取消圣者的节日，朝圣、圣水及为死者举行的弥撒，也都废除。这些改变到1524年为止虽未全部完成，但宗教改革就茨温利与苏黎世而言，远比路德与维滕堡进步。路德那时仍是一个单身修士，仍在做弥撒。
1524年11月，苏黎世成立一个6人的枢密院（Heimliche Rath），准备解决迫切或须重点处理的政府问题。结果茨温利与枢密院达成可行的妥协：茨温利将教会与俗世事务交与枢密院管辖，但后者得由前者领导。教会与政府在苏黎世合二为一，茨温利为非官方首领，《圣经》被认为是法律的首要来源与最后考验。《旧约》中由先知引导国家这一理想，在茨温利，就像日后在加尔文身上一样，获得实现。
在苏黎世如此迅速而完整地大获成功之后，茨温利贪婪的眼睛旋又转向天主教各州郡，心里盘算着能否赢取全瑞士，改奉新形式的旧信仰。
