宗教的背叛使农民开始想入非非，他们要求分享德国更多的繁荣。生活的艰苦已经使12个乡村发生骚动。马丁·路德公然反抗罗马教会、责骂王侯、破坏宗教戒律和令人敬畏的各种限制，使每个人都可以当教士及宣告基督徒的自由。在那个时代的德国，教会和邦国严密地契合着，教士们在社会秩序和国内行政上，都扮演着很重要的角色。所以，教会威望和权力的崩溃，使防止革命的一个栅栏被移开了。韦尔多派教徒、贝格哈德教派（Beghards）教徒和共同生活会的弟兄们仍继续着古老的传统，以《圣经》的内容作为根本的意见。印刷本《新约》的流布不仅对政治是一项打击，对宗教的正统性也是一项打击。因为它暴露出教士是由人的本性和世俗的方法造成的；揭发基督徒的共有主义；揭发基督对穷人和被压迫者的同情。在这些方面，《新约》成了这个时代激进分子的真正“共产宣言”。农民和无产阶级在此找到一个做乌托邦梦的神圣保证，他们梦想着私人财产被禁止，穷人将拥有土地。
1521年，一本小册子在德国广为流行，书名为《卡尔斯坦斯》（Karsthans），意即用长柄叉的约翰（Pitchfork John）。这位“带着锄头的人”、表示农民护卫马丁·路德的文章及同年又陆续出版的书，都主张乡村叛变，以反抗天主教教士。1521年，约翰内斯·埃伯林（Johannes Eberlin）出版的另一本小册子要求普遍的男性选举权，每一位统治者和官员对全民选出的议会的服从义务，资本家机构的废除，恢复面包与酒的价格，所有的孩子应受教育，学习拉丁文、希腊文、希伯来文、天文学和医学。1522年，另一本小册子，名为《德国民族的需要》（Teutscher Nation Notturft），被误认为是已逝的皇帝腓特烈三世所写，要求废除“所有通行税、关税、护照和罚金”的，废止罗马法和宗教法规，限定商业机构资本额不能超过1万基尔德，逐出政府中的教士，没收修道院财产，以及主张穷人的收入分配。1524年，奥托·布隆费尔斯（Otto Brunfels）声称，税款1/10付给教士是违背《新约》的。有一个人宣称，天堂之门是为农民开的，对贵族和教士是关闭的。另外有人建议，农民不要再付款给教士或修士。闵采尔、卡尔斯塔特和胡布迈尔（Hubmaier）向听众忠告：“农夫、矿工和打谷者，比整个村庄的修道院院长、教士或神圣的博士，更为了解福音，更能够传说福音。”卡尔斯塔特还加上：“比马丁·路德好。”年鉴和占星家好像是给予行动的暗示一样，预测1524年会有一场暴动。一位天主教人文学家约翰内斯·科克拉乌斯（Johannes Cochlaeus），于1523年警告马丁·路德：“镇里的民众和省里的农夫，将会叛变……反对教皇和地方权势的印刷小册子和激昂的言论，使他们中了毒。”马丁·路德、传教士和出版小册子的人，都不是叛乱的原因。主要的原因是农民正当的抱怨。但有一点是真的，即马丁·路德的福音和他的更激进的跟随者“火上加油”，使这些被压迫者的愤怒，转向乌托邦的幻想、难以数计的暴行和易动感情的复仇心理。
托马斯·闵采尔正好赶上这个时期的骚乱。1522年，他被指派在奥尔斯提德（Allstedt）传教。他要求以武力消灭“不信上帝的人”——罗马天主教和保守派教会。他声称：“这些不信上帝的人，没有权利生存，除非上帝的选民，允许他们生存。”他建议王侯应该领导人民革命，以反抗教士和资本家。王侯并没有响应。于是，他呼吁百姓连王侯也一并推翻，然后建立一个纯良的社会，正如柏拉图……和阿普列乌斯所设想的社会。他写道：“所有的东西都是公用的，在必要情况下，东西应该是分配的。任何王侯、伯爵或男爵，在经过很诚恳地提醒这个真理后，假使仍然不愿意接受的话，将会被砍头或吊刑。”腓特烈选帝侯能够很幽默地容忍这个福音，但他的兄弟约翰公爵和他的堂兄弟乔治公爵，联合马丁·路德，1524年把闵采尔逐出教区。这位愠怒的使徒，从一个市镇流浪到另一个市镇，宣称犹太人的获救和天堂王国的将临。
他在图林根地区（Thuringia）发现一个自由市米尔豪森（Mühlhausen），纺织工业使很多无产阶级聚集在那里。对于他而言，这是适合他的政治舞台。亨利希普·菲弗（Heinrich Pfeiffer）曾经当过修士，借着中下阶级的支持，开始在这个地方酝酿革命，要从贵族的寡头政治中夺取市议会。闵采尔向这个市镇的工人和附近的农夫传播他的激进计划。1525年3月17日，菲弗和闵采尔的武装人员，把贵族们除名，建立了一个所谓“永恒的议会”（Eternal Council）来统治米尔豪森市。按梅兰希顿的记载，这一群胜利的激进分子把修士们驱逐掉，同时把教会的财产统统搜刮了。无论如何，我们不能相信这个时代的神学家会公平地记载他们的敌人所做的活动和概念。公有财富并未建立。事实证明，菲弗在实务方面比闵采尔能干，他把叛乱消弭于中产阶级的需要中。闵采尔预测会遭受帝国军队的攻击，于是把工人和农夫组织成军，在赤足修士（Barefoot Friars）的修道院里，他得到重炮。他呼吁他的军队：“前进吧！乘火正热的时候前进吧！使你的刀剑沾满血液而温暖！”
约在这个时候，农民的叛变使德国南部大为震惊。也许，1524年的一次毁灭性的降雹使施图林根丰收的希望整个破灭，变成了叛乱的导火线。这个地方靠近沙夫豪森，距离瑞士并不太远，此处刚强的农夫实为楷模，除了封建权力的形式外，他们已经解放了他们自己。1524年8月24日，汉斯·穆勒（Hans Müller）接受闵采尔的建议采取行动，他召集了施图林根的一些农民，把他们组成“福音兄弟”（Evangelical Brotherhood），宣誓解放整个德国的农民。很快，不满的来克瑙（Reichenau）修道院院长、康斯坦茨主教、韦尔登堡的伯爵蒙福尔、卢普芬和苏而兹的佃农们，都加入了他们的组织。1524年底，约3万名武装的农民，在德国南部拒绝付给国家税、教会什一税、封建税，并发誓不自由毋宁死。在梅明根（Memmingen），他们的代表们受到苏黎世来的茨温利教派新教徒（Zwinglian Protestants）的影响，于1525年3月，订下“十二条款”（Twelve Articles），使半个德国剑拔弩张：
愿基督徒读者得到平安，并借基督蒙神的恩惠。
有很多反对基督教的人，后来借农民集会的机会诟骂福音。他们说：这就是新福音的结果吗？没有人服从，所有的人都在反叛……推翻或杀死宗教及非宗教的君主吗？对这些不信上帝的邪恶批评，以下列条文作为回答，一来是为了除去对《圣经》的这些谴责；二来是为了用基督徒的方法，来证明农民的不服从与背叛，是正当的——
第一条：将来，我们应该有权利使整个的社区能够选举和指派一位牧师，同时有权利罢免该牧师……这是我们谦虚的请愿和要求，也是我们的目的和每一个人的意愿。
第二条：因为什一税是《旧约》所订、应验于《新约》的。所以，我们将会缴纳谷物的什一税，但是，必须以适当的方式……将来这什一税款，是由社区指派的教会首长收集和接受。再将税款分予牧师，适当而足够地维持牧师的一切……剩余税款，应该分给同一乡镇里的贫困者……这微少的什一税，我们将毫不奉献，因为上帝创造了牲口供人们自由利用……
第三条：人们把我们农民当作他们的私人财产，到目前为止，仍有这种习俗。而这是很可怜的。看，基督曾用他的血为我们赎罪，不管是卑微的人或是伟大的人……因此，我们是自由的，而且我们要自由，这是符合《圣经》的……对我们所选、所指派的统治者（可以说是上帝为我们所指派的），我们愿意服从所有适当的及基督教的事务。同时，作为一个真正的基督徒，我们不怀疑他们乐意解放我们农奴的处境，或在福音里，告知我们，我们是农奴……
第六条：我们有一项沉重的苦境，因为礼拜仪式一天比一天增加……
第八条：我们遭受很大的压迫，因为我们之中，有很多人都有不够维持租款的租地，农民们遭到损失和破灭的痛苦。希望地主们以诚实的人调查租地，订立公平的租款……因为每一位劳动者，都应该得到他们的工资……
第十条：我们的权利受到侵害，因为有些人把共有的地方划归为他们的私地。这些共有的地方，曾经属于社区……
第十一条：我们应该把那该死的税捐完全废除掉。我们无法忍受这些税捐，也无法忍受让孤儿寡妇如此被侮辱地剥削着……
第十二条：假使这十二条款中，有一条或一条以上……能够按照《圣经》指出它的不当，而我们从《圣经》的角度来看确实值得争论时，我们一定将该条文撤回。
为路德半革命的宣言所鼓励的农民领袖们，寄了一份“十二条款”给他，要求路德支持他们。路德把1525年4月所印的一本小册子《和平的谏言》（Ermahung Zum Frieden），寄回作为回答。他称赞农民们服从《圣经》。他注意到现在对他的一些控诉，控诉他的言论和作品激发了革命。他否认他对革命事件的责任，但是，他不撤销对上层阶级的评论：
地球上除了你们王侯、地主，尤其是盲目的主教和疯狂的教士以及修士外，任何人都不应感谢这种错误的叛乱，因为你们的心灵坚决地反对神圣的福音，尽管你们知道福音是事实，而且是你们不能加以辩驳的。除此之外，在你们的政府里，你们什么事也不做，只是苛责和剥削民众，使自己过富丽堂皇的日子，直到那些可怜的百姓，忍无可忍……那么，由于你们自己是使上帝愤怒的原因，假使你们不及时改善态度的话，上帝的愤怒无疑就会发生在你们身上……农民们已经群集而起，将以残酷的杀害和流血，使德国毁灭、破坏，变成废墟。除非上帝被我们的忏悔感动，才能预防这些不幸。
路德请教王侯和地主们，以了解“十二条款”的正确性。同时，他极力主张用仁慈关怀的政策。他向农民演讲，坦然容纳他们的错误，但是要求农民要抑制暴力和报仇行为。他预测，诉诸武力的行为，将会使农民们比以前更糟糕。他预见到暴力革命会玷辱宗教改革运动，而他也会被任意指责。每一次演讲，他都反对教会什一税被挪作他用。他认为，政府当局应被服从，而且有权向百姓征税以供政府费用。“基督徒的自由”是指精神上的自由，农奴甚至奴隶，都可以有精神上的自由：
难道亚伯拉罕、其他民族的族长和先知们，都没有奴隶吗？阅读圣保罗有关仆人的教言，就知道这些仆人在当时都是奴隶。因此，你们的第三条款，严重违反福音……该条款要使所有的人都一律平等……而这是不可能的。因为一个世俗王国，除非有不平等的人，否则这个世俗王国无法存在。因此，有些人是自由的，有些人是被监禁的，有些是君主，有些是臣民。
他的最后忠告，倘使被农民听从了，会使德国减少不少流血事件和破坏事件。他的忠告如下：
在贵族中，选出某些伯爵和君主；从城市里，选出某些议员。然后，把这些问题以友善的方法好好地讨论、处理。你们这些君主的顽强态度……放弃一些你们的专制和压迫，让可怜的百姓们得到一点生存的空气和空间。至于农民，就他们的本分，应该让他们自己接受命令，放弃一些远不可及、高不可攀的条款。
然而，农民领袖们认为现在回头已经太晚了，因为一旦和解，他们迟早都要被处罚。他们埋怨路德为叛徒，继续叛变。他们之中，有些人还煞有介事地做着平等的美梦：贵族放弃了城堡，像农民或市民一样地过日子，不再骑马，不再高高在上。会众将要告知牧师们：从此以后，他们是仆人，不是主人，假使不绝对地且不只忠于《圣经》的话，就要被开除。城里的工人也提出相似的要求。他们公然抨击：城里的商店被富人垄断，贪官污吏挪用公款，物价不断上涨，工资却滞留不动。一位激进分子称：“假使上帝的高级教士们不是如此富裕、奢侈的话，假使他们的财产统统分给穷人的话，对灵魂的拯救就会更好。”温德尔·希普勒（Wendel Hipler）和弗雷德里希·韦甘特（Friedrich Weigant）建议：教会所有的财产应予没收，挪作地方需要之用；所有通行税和关税，应予免除；整个王国，应该通用一种币制和度量衡制。
这次革命涌现了一些出色的领导人物：银行管理员乔治·梅斯乐（George Metzler）和梅特恩·费尔巴哈（Metern Feuerbacher），快乐的饮者杰克林·罗尔巴赫（J?cklein Rohrbach），一些退役军人和曾经当过教士者，及两个在济金根被打败的骑士——弗洛里安·盖耶（Florian Geyer）和“铁手”葛兹·伯利欣根（G?tz von Berlichingen）。霍普特曼（Hauptmann）和歌德后来以这两位骑士为主角，创作过戏剧。每一位领导人物都是所在团体的领袖，行动很少和其他领袖商议。虽然如此，1525年春，几乎有12处地方同时突然爆发叛乱。在海尔布隆（Heilbronn）、罗藤堡和维尔兹堡，劳工代表集团夺取了都市行政权。胜利的集团以法兰克福为主要都市，在此发表宣言：把议会、市长、教皇和帝王，统统划归为一。在罗藤堡，教士被逐出教堂，宗教偶像被捣毁。1525年3月27日，一座小礼拜堂被夷为平地，教士的酒窖也被饮空。属于封建君主的城镇，抛弃了它们对君主的效忠；主教的城镇，也终止了教士的特权，同时倡言要将教会财产世俗化。很多公爵管辖领地都加入了革命，很多君主和主教们，在毫无准备之下，宣誓接受革命对他们的要求。施派尔和班堡的主教、肯普滕和赫兹费尔德的修道院院长，都在这种情况下宣誓了。亨讷堡的威廉伯爵解放了他的农奴。乔治伯爵和霍恩洛厄的阿尔布雷希特伯爵，皆降于农民领袖，并加入这个新组织：“乔治兄弟和阿尔布雷希特兄弟，从现在起，发誓农民是你们的兄弟，因为你们现在不再是君主，而是农民。”大部分城镇都由衷地欢迎这次乡村变革，很多敌视高级教士的低级教士也支持这次革命。
1525年4月4日，在莱普海姆（Leipheim）靠近乌尔姆的多瑙河上，发生了第一次重要会战。在一位精力充沛的教士雅各·威希（Jakob Wehe）的领导下，3000个农民占领了这个城镇。他们把所有能找到的酒一饮而尽，抢劫教堂，捣毁风琴，把祭服拿来当绑腿布。他们中间的一个坐在圣坛上，穿着教士的衣服，假装接受封建时代的臣礼。受雇于士瓦本联盟的一支外国雇佣兵军队，由能干的将军乔治·特鲁克西斯（Georg von Truchsess）统率，围攻莱普海姆，迫使未受过训练的农民投降。威希和其他四个首领被斩首，其他人被宽恕了，但联盟军烧毁了很多农庄。
1525年4月15日，星期五，梅斯乐、盖耶及罗尔巴赫麾下的三支叛军分队围攻靠近博洛涅（Boulogne）的魏恩斯堡，统治该堡者为严酷得特别令人痛恨的路德维希·赫尔封斯滕伯爵。农民代表靠近城墙，要求谈判；伯爵及其骑士们，突然发动突击，杀掉这些农民代表。在复活节的星期日，这些围攻者借城内一些市民的帮助里应外合，突破了城墙，杀掉40位武装顽抗者。伯爵、伯爵夫人（已故的马克西米里安皇帝的一个女儿）和16位骑士被下狱囚禁。罗尔巴赫没有与梅斯乐和盖耶商谈，私自下命令让这些囚犯在配有枪矛的农民行列中穿过并受夹击之刑。伯爵呈献他所有的财富以为赎金，但被认为是见风转舵的权宜之计而遭拒绝。伯爵夫人匍匐在地上，狂言呓语地乞求保住伯爵的生命。罗尔巴赫命令两个人将她扶起来，让她目睹这一场复仇的狂欢会。伯爵在短剑和枪矛之间赴死时，农民提醒他过去曾做过的一些残暴行为。一位农民叫道：“你把我的兄弟推入地牢里，只因为你经过时他没有脱帽致敬。”另一位叫道：“你把我们像驾了轭的牛一样用。你把我父亲的双手砍掉，只因为他在农场上杀了一只野兔……你的马、狗和猎人，踏坏了我们的农作物……你把我们最后一个便士也搜刮了。”过了半个钟头，16位骑士都同样躺下休息了。他们允许伯爵夫人在一所修道院中归隐。
几乎每一个地区的农民集团都流于放纵。修道院的修士被绑架了，强迫他们付出相当高的赎金。1525年4月7日的一封信写道：“叛徒们的企图无处隐藏，他们杀死不愿和罗马教会断绝关系的教士，破坏所有修道院和主教们的住处，把天主教的根完全从这个领土中刨掉。”这也许夸张了，但我们可以看到，在巴伐利亚、奥地利和蒂罗尔的新教徒，很明显地受到压制。农民军夺取很多城镇，并强迫斐迪南大公同意，每次传道皆需按照《圣经》——这是新教徒特殊的要求。在美因茨，阿尔布雷希特大主教在这一场暴风雨之前就逃开了，他的代理人，签署了“十二条款”、偿付了赎金1.5万基尔德，才拯救了罗马教廷。4月11日，农民叛军否认主教的封建权力，抢劫并火焚主教的城堡，掠夺罗马教会的房子。在阿尔萨斯，革命进行得非常快，4月底以前，省内每一位天主教徒和富有的地主都生活在恐怖之中。4月28日，2万农民军攻击札本（Zabern），占了斯特拉斯堡的主教位置，抢夺了主教的修道院。5月13日，农民军夺下了该市镇，强迫1/4的人加入他们的组织，拒付什一税，并要求从那个时候开始，所有官员，除帝王以外，通通需要经过全民选举，而且可以被罢免。在蒂罗尔的布里森（Brixen），曾任主教秘书的迈克尔·加斯梅尔（Michael Gasmaier）组织了一支叛军，攻击所有罗马教会教士，于5月12日，抢劫当地修道院，猖狂了一整年。当时一位冷淡的史学家称，在整个因河和埃兹克河流域，“有叫嚣和暴乱的群众，使善良的人几乎无法在街上走动。抢劫、偷窃……变得很平常，致使虔诚的人也被激怒了”。5月24日，在布赖司高的弗赖堡，农民抢劫城堡和修道院，并强迫该市加入“福音兄弟”会。在同一个月中，一群农民把维尔兹堡的主教赶走，在主教的储藏室里，欢宴一场。6月，威武好战的大主教马赛亚斯·兰恩（Archbishop Matthias Lang），从萨尔茨堡的住处赶到他的城堡要塞，监视城市的动静。在巴拉丁挪领地的努伊施塔特，路德维希选帝侯被8000个武装农民围困。他邀请农民领袖共餐，并很乐意地允诺了他们的要求。一名当时的人说：“可以看到农奴和他们的主人坐在一起吃喝。看来，似乎他对他们很有诚意，他们对他也一样。”
在这些事件的急流中，约1525年5月中旬，路德于维滕堡出版一本小册子，名为《反对农民的集体抢劫与谋杀》（Against the Robbing and Murdering Hordes of Peasants）。该书的激烈，使王侯与农民、高级教士与人文学者都同样震惊。他因农民过分的愤怒叛变而震惊，害怕推翻德国所有法律和政府的可能性，也因为被指控其教言引起这场灾祸，他现在坦率地站在危险的地主这边：
在过去所出版的书籍中，我不曾贸然地批评农民，因为他们曾经试着就正于人、就教于人……但是在我仔细思考之前，他们忘了他们的尝试，而致力于暴力，像疯狗似的抢劫放肆……他们从事的，是恶魔的勾当。尤其，统治米尔豪森的闵采尔，更是大恶魔……我必须开始把他们的罪状，在他们面前公布……然后，我必须教导这些统治者，如何在这种环境下，把握自己……
任何煽动叛乱的人，是凌驾于上帝和帝王法律之外的，因此先杀他的，就是行善事……因为叛乱带来遍地的谋杀与流血，造成孤儿、寡妇，而且所有的事情，都被颠倒是非……因此，要让每一位能秘密或公开地破坏、毁伤和刺伤的人记住：没有其他任何事情会比叛乱更恶毒、更有伤害性、更富于罪恶的了。那就是说，有时候人必须杀掉一只疯狗。假使你不伤它，它便会伤你。而整个领土是与你息息相关的……
他否认《圣经》里有共有思想的说法：
《福音书》并没有货物共有的意思，除非是出于个人意愿，就像基督使徒在第四章中所做的一样。他们并不像疯狂的农民一样，愤怒地要求共有别人的财物，不管是比拉多还是希律王的财物，而只有自己的财物不共有。无论如何，我们的农民们是要共有别人的财物，而将自己的财物拥为私有。所谓好基督徒，竟是这些人啊！我想不会有魔鬼还留在地狱了，它们通通跑去附在农民身上了。
对未经审判即打击叛乱的天主教统治者，路德仍给予谅解。对新教徒统治者，他要求祈祷、忏悔及商谈，但是假如农民顽抗不屈时，
那么就赶快拿起刀剑。因为王侯或君主必须记住，在这种情况下，他是上帝的使者和上帝愤怒的仆人，对于他而言，刀剑是用以对付这些家伙的……假使他可以惩罚，而不惩罚——甚而是夺取生命或流血的惩罚——的话，那么这些人所犯的谋杀和罪恶，全部是他的罪恶……那么，统治者在他有生之年，应该继续不关心，把良心放在一边……假使任何人觉得这太困难，就让他记住叛乱是不能容忍的，这个世界的破坏，可以想象每个小时都在发生。
那是路德的不幸，他爆炸性的言论传到读者耳朵之时，正是有产阶级以武力压制叛乱之时，而这位宗教改革者因镇压恐怖主义而受到不恰当的赞扬。危急中的这些大人物不大可能被小册子影响。他们以一种令人毕生难忘的严厉手段处置叛乱者，是出于他们自己的脾性。有一段时期，他们以商谈和允诺迷惑头脑简单的农民，得以成功解散很多叛乱集团。与此同时，大人物们却组织和武装他们召集的人。
1525年5月5日，叛乱到达顶点之时，腓特烈选帝侯逝世。他本人沉静而安详，承认自己和其他王侯曾经错待农民，拒绝施加极端的报复手段，留遗命给他的继承人约翰公爵，召开缓和局面的会议。但是，这位新的选帝侯觉得他哥哥的政策不够聪明。他把他的军队加入不伦瑞克的亨利公爵和胡斯的菲利普·兰得格拉夫（Philip Landgrave）的军队中，一起移兵攻打闵采尔宿于米尔豪森外的营地。双方军队在人数上旗鼓相当，各有8000多，但公爵的军队大部分都是受过训练的士兵。农民方面，除了闵采尔的房子设有炮兵防卫外，大部分都没有防护设施。农民缺乏训练，并由于出乎自然的恐惧心理，显得毫无纪律。闵采尔靠着他的口才恢复士气，他还领导农民祈祷和唱圣诗。公爵方面，第一阵炮火，就屠杀对方数百人。惊恐的叛军于1525年5月15日逃到弗兰肯豪森（Frankenhausen）的城镇里，公爵的军队乘胜追击，又屠杀了5000人。300名战俘被宣判死刑。他们的妻女请求公爵方面大发慈悲，这项请求被有条件地获准了，条件是要这些妇女把鼓动叛乱的两名教士的脑袋击碎。获胜的公爵们看着妇女们执行了这个要求。闵采尔躲藏起来，还是被捕获了，酷刑之下认罪，并在王侯的指挥部被斩首。菲弗率领1200名士兵驻守米尔豪森。他们也被攻克了。菲弗和其他领导人都被处死。市民们以赎金4万基尔德而获赦。
此时，特鲁克西斯以和谈的方式，取得博布林根（B?blingen）的城镇。进入城镇后，他却把枪支指向在外扎营的叛军营地（5月12日）。那些炮火下幸存的农民，却被他的骑兵队铲除了。至此，符登堡的革命告一段落。下面轮到魏恩斯堡。特鲁克西斯把魏恩斯堡付之一炬，把曾经策动“魏恩斯堡大屠杀”的杰克林·罗尔巴赫施以文火烤刑。特鲁克西斯继续进攻，在哥尼修芬（K?nigshofen）和因戈尔施塔特（Ingolstadt）分别击溃农民军，再度占领维尔兹堡，将81位选出来的叛徒斩首示众（6月5日）。弗洛里安·盖耶潜逃，不知所终。葛兹·伯利欣根投降，一直生存至替查理五世攻打土耳其人，1562年，他82岁时始寿终正寝。6月20日，罗藤堡失陷，随后是梅明根。阿尔萨斯的革命受到打击，因为5月17日至5月18日，在利普斯坦（Lipstein）和札本的死亡人数，从2000人增至6000人。5月27日，2万农民在阿尔萨斯被杀，很多是投降后被杀的。整个市镇的空气里飘散着腐尸的臭味。马克格拉夫·卡西米尔把投降的农民或砍头或吊死，较轻的是砍断手或挖掉眼珠。最后有些王侯于心不忍，出面干预这种野蛮的报复行为。8月底，奥格斯堡议会发布命令，从轻处罚叛民。一位贵族很有哲理地问道：“假使叛徒通通被杀了，到哪里找农民来供给食物？”
在奥地利，革命持续了一年。1526年，迈克尔·加斯梅尔向整个蒂罗尔发布最激进的革命计划。所有不信上帝的人（指非新教徒），若怀疑《圣经》的真实性或压迫人民时，都将被处死。所有教堂里的图书和神龛都被移走，弥撒也取消了。城墙、塔台和堡垒统统被大肆破坏，现在只要农庄存在，所有的人一律平等。官员和审判官要由成年男子全面选举。封地租金和税款，有一天将要废除。教会什一税，要给予革新后的教堂及穷人。修道院要改成医院或学校，矿产属于国有，价格由政府制定。有一段时期，加斯梅尔以聪明的策略击败前来攻打他的军队，但城池终被攻破，他本人逃往意大利。斐迪南大公悬赏割他的头，两位西班牙刺客于1528年在帕多瓦加斯梅尔的房间里将他暗杀，领取了这笔赏金。
日耳曼人的生命财产在农民革命中的损失仅逊于“三十年战争”，约13万人死于战争，约1万人经士瓦本联盟的裁判被判处死刑。特鲁克西斯这位刽子手，曾吹牛他亲手杀了1200位罪犯。农民破坏了数百座城堡和修道院，数百个农村或城镇人口锐减，或被人为摧毁，或因为巨额的赔偿费变得荒瘠了。5万以上无家可归的农民流浪在街头或躲在森林里，孤儿寡妇成群，救济机构并不热心，也可能是本身匮乏。叛军曾烧掉很多记载封建税的文件，现在新的文件又草拟完毕，重新订下义务，有些比从前宽容，有些却比从前严厉。在奥地利、巴登和胡斯，对农民做了让步；其他地方，农奴制度被强化，而且持续下去，直至19世纪，如易北河东区，民主刚开始就宣告流产了。知识分子的发展也受到阻碍，罗马教会对出版物的检查制度加强了，新教派的检查制度也一样。人文主义在这一片大火中凋零了。文艺复兴时代对生命、文学和爱的喜好，转变成神学、虔诚和对死亡的深思。
宗教改革几乎在农民战争中毁灭。尽管有路德的否认和公然抨击，反叛已经炫耀了新教派的色彩和观念：经济上的期望是以路德认可的文句来表明，共有的说法是仅仅要返回《福音书》。查理五世解释这场骚乱为“路德运动”，较保守的学者把新教派剥夺教会财产权和农民抢劫修道院相提并论。在南部地区，受惊的王侯和贵族重新表明他们对罗马教会的虔诚。在很多地方，如班贝格和维尔兹堡，甚至是有产阶级，也因为接受路德教的思想而被处刑。农民本身又转而攻击宗教改革是陷害他们的饵，有些农民称路德为“Dr.Lügner”——“说谎博士”或“王侯的谄媚者”。农民革命以后的数年，路德非常不受欢迎，致使他很少敢离开维滕堡，甚至1530年他父亲逝世，他也不敢去参加葬礼。1525年6月15日，他写道：“大家都忘了，上帝是借助我来拯救世人的。”“现在君主、教士和农民统统反对我，威胁着我的生命。”
屈服或道歉不是他的个性。1525年5月30日，他在给尼古拉·阿姆斯多尔夫（Nicholas Amsdorf）的信中写道：“按我的看法，把农民通通杀掉，还比让王侯或大官死去好些，因为乡下人拿起刀剑，并没有神圣的权威。”1525年7月，他发表《有关反对农民书籍的一封公开信》（“An Open Letter Concerning the Hard Book against the Peasants”）。他说他的批评，不望得到答复；他们的批评，只显得他们像农民一样，是出自内心的叛逆，不再得到同情。“统治者应该抓住这些人的头，使他们抑制住他们的舌头。”——
假使他们认为这个回答太强硬了，只是以武力来闭住人们的嘴巴，我会说这样是对的。叛逆不值得与之讲理，因为他是不会接受的。对付这种嘴巴的答案是，以拳头让血从鼻子流出。农民不会听……直到他们的头跳离他们的肩膀为止，他们的耳朵必须用子弹打开。这种门徒，就需要这种教鞭。不听上帝仁慈的话语的人，就必须听从拿着斧头前来的刽子手。
我不愿听，也不知道什么叫作仁爱，只是特别注意到上帝话中的意思而已……假使他是生气，而不是仁慈的话，那你们还要仁慈做什么？当上帝命令扫罗（Saul）执行他的愤怒时，他还对阿玛雷克（Amalek）表示仁慈，难道扫罗不是犯罪了吗？……因为农民受到鞭打，你们就高赞仁慈，你们为什么不在农民愤怒、破坏、抢劫、纵火、偷窃，让人惨不忍睹、不忍听闻时，赞扬仁慈呢？为什么他们要把王侯和贵族赶尽杀绝，而不对这些人仁慈？
路德认为，仁慈是基督徒私人的责任，就像国家的官员一样，无论如何，必须以正义为大前提，而不只是仁慈。因为自从亚当、夏娃的罪恶以来，人们就一直是不道德的，因此需要政府、法律和刑罚来控制。我们应该对受了危害的社区，付出更大的关心，而不是对危害社区的罪犯：
假使农民的企图得逞的话，任何忠厚的人，也都无法幸免，有谁多了一个芬尼（pfennig），就要为这一芬尼痛苦。他们已经开始采取行动，而且很难停止；妇女和孩子，将要蒙羞；他们也将彼此残杀，任何地方，都不会有和平或安全了。还有什么比一群农民饱食又掌权之后，更加肆无忌惮的？……驴子将要挨打，人民将要被暴力统治了。
路德有关农民战争的一些偏激的言词，使今日的我们大为震惊。路德面对的，是农民集团的残暴现实，他们把原先的诉苦抱怨，转为不分青红皂白的抢劫，威胁到德国法律、政府、生产和分配。事实证明了他的预感：他冒生命危险所从事的宗教改革，将会因为被局限于跟随这不成功的革命的保守反应而陷入严重的危险中。他很可能对在维滕堡、沃尔姆斯和瓦特堡保护他的那些王侯贵族，私下感到歉疚。而且，假使王侯不再臣服于宗教改革，谁来保护他对抗查理五世和克莱门特七世？他显然很彷徨。对于他而言，礼拜上帝和按照自己的良心寻求获救的自由，似乎是一项值得争取的自由。在永生之前的这短暂的序曲里，不管他是贵族还是奴隶，那又有什么不同呢？我们应该毫无怨言地接受我们目前的情况，受着肉体和责任的约束，但在精神上和蒙神的恩惠上，我们是自由的。
同时，农民也有理由反抗他。因为他曾经不只是预期社会革命的发生，他还说要以微笑迎接，即使人们以主教的血洗手。他也制造了革命，危及社会秩序。他对国家的嘲弄，并不少于他对罗马教会的嘲弄。他没有抗议社会将教会的财产充公。当农民被禁止投票，而压迫者又日复一日地使用武力时，农民要怎么办呢？农民觉得新教认可了他们叛变的理由，激起了他们的希望和行动，而在最后生死关头时，新教却把他们抛弃了。一些农民在愤怒的绝望之下，变成怀疑人生价值的无神论者。很多农民，或他们的子女，在耶稣会会员（Jesuits）的引导下，又回到天主教的怀抱。有些农民跟随着路德咒骂的激进分子，从《新约》中听到共产主义的召唤。
