虽然马丁·路德的神学给人的感觉是忠于《圣经》的，但他的解释潜意识里仍留有中世纪后期的传统。他的民族主义使他成为近代人，他的神学却属于信仰时代。他背叛天主教组织和仪式，远甚于背叛天主教教条。他抗议的事情大部分都至死不渝。他背叛时，步威克利夫和胡斯的后尘，而非任何其他新组织。他像他们两位一样，否认罗马教皇的权位、天主教会议、教阶组织及不是用《圣经》导致信心的任何其他方法。他像他们一样，称罗马教皇为伪基督。同时，也像他们一样，在国内找到庇护。从威克利夫到胡斯到马丁·路德，是14世纪到16世纪宗教发展主线。神学上，该线终止于奥古斯丁对宿命论和简短祷文的奇想，按顺序而言，该线应该建基于保罗的使徒书，而保罗对基督从未有认识。新教形成时，几乎所有的非基督教分子都销声匿迹了。犹太人的贡献胜过希腊人；预言家胜过经院哲学家的亚里士多德和人文学者的柏拉图；保罗将耶稣转换成替亚当赎罪的人，他较属于预言家，而较不属于使徒；《旧约》使《新约》黯然失色；上帝也使基督面无光彩了。
马丁·路德对上帝的看法是犹太人式的。他能够畅谈上帝神圣的慈悲与恩典，但是在他的思想里上帝仍显现为复仇者的旧姿态，是最后的审判者。他相信（历史上并无“他不相信”的记载）上帝曾经将几乎所有的人类沉溺于洪水，曾经降火尽焚索多玛城，也曾经怒号和挥动手破坏土地、人民和帝国。马丁·路德认为：“只有少数人被解救，无限多的人都被惩罚了。”具有缓冲作用的玛利亚，作为这个故事的调停者，使最后审判为带有原罪的人类留下真正的恐惧。同时，上帝也用野兽、害虫和邪恶的女人，来惩罚人类的罪恶。马丁·路德常以此提醒他自己——除了知道上帝是存于天地之间的神外，我们对上帝一无所知——当一个爱找麻烦的年轻神学家问他“世界被创造以前，上帝在哪里”时，马丁·路德直率而夸张地回答：“上帝正在为像你这种狂妄自大、心绪不宁、好管闲事的人建造地狱。”
马丁·路德视天堂和地狱为当然之事，而且相信创世之初就有了。他描述一个充满喜乐的天堂有可爱的狗，“金黄色的毛，闪闪发光，像名贵的宝石一样”。因为他的子民们，曾对他们死去的狗表示关心，马丁·路德对他们说了这一段亲切的话。他像阿奎那一样，满怀自信地谈论天使，他认为天使是无形而仁慈的灵魂。有时，他把人类描绘成善、恶天使永无止境的竞争对象，人类命运所有的一切遭遇，都是由于天使们的喜怒哀乐和所作所为来决定——这是祆教的说法闯进了他的神学。他完全接受中古世纪对魔鬼的看法，认为魔鬼徘徊人间，带给人类脾气、罪恶和不幸，使人类更容易通往地狱。“许多魔鬼藏于林间、水中、荒野和黑暗的池塘，随时都准备伤害人；有些魔鬼，也藏在厚厚的乌云中。”这些说法，部分是为了教育而有意创作的神秘的恐怖故事。但是，马丁·路德说得非常真切，仿佛连他自己也深信不疑。他说：“我熟识撒旦。”他还把和撒旦的对话详细地记下来。有时候，他吹弄笛子来愉悦撒旦。有时，他叫撒旦的臭名，把可怜的撒旦吓走。夜里，被墙壁遇冷收缩的声音惊醒时，他习惯地把这个声音归诸于撒旦，充满自信地下结论——那是撒旦在漫步，他能够再度安稳地入眠。他几乎无法接受我们所谓的“大自然的法则”，他把大自然的各种不愉快现象，如冰雹、闪电和鼠疫等，统统归之于魔法；而所有一切善举，统统归之于神力。所有条顿民族的民间传奇故事，如吵闹的鬼、制造声音的精灵，显然都被马丁·路德赋予表面上的价值。蛇和猴子是撒旦喜欢的化身。魔鬼可以和妇女一起睡、生孩子。这种古老的说法，在马丁·路德看来，似乎是很有道理的。有一次，他还建议应该将这种魔鬼与妇女所生的孩子溺毙。他把魔术和巫术当真，认为将这些巫婆处以火刑，是基督徒的责任。当时的人，无论基督徒或新教徒，大部分也都有这类观念。对魔鬼的力量和魔鬼无处不在的信念，在16世纪达到顶点，这是任何其他时代所不及的。这种对撒旦的全神贯注，蛊惑了许多新教神学。
马丁·路德坚信人类生来邪恶，易于犯罪， 这使他的哲学晦暗不少。作为对亚当和夏娃不服从的惩罚，人类心中神圣的影像被撕毁，只留下人性自然的倾向而已。“没有人是生而为基督徒，或生来就虔诚的……世界与群众永远是无慈悲心的……恶人总是多于善人。”甚至于善人的恶行，也要多于其善行，因为他无法超越自然的本性，就像保罗所说的：“没有义人，没有，一个也没有。”马丁·路德觉得：“我们是愤怒之子，我们所有的成就、意义及思想和我们的罪恶，相互抵消之下，变得一无所有。”计算到目前为止所做的善行，我们每个人都该挨骂。所谓善行，马丁·路德主要意指教会所要求的虔诚仪式，如禁食、朝圣、向圣人祈祷、为死者望弥撒、赦罪状、报佳音、送礼物给教会……但是，他认为善行还包括了所有的“行为，不论其性质的行为”。他对需要慈善与喜欢健康的社会生活并不置疑，但是他感觉到，即使有这些美德祝福的人生，仍不能得到永恒的祝福。“福音所传之道，并没有提到善行；若说福音要求人要有善行才能获救，说这话的人，我明白地断言，他是个说谎者。”并非由善人行善行就能赎罪，因为每件罪恶，都侮辱到无限大的神性。只有上帝的儿子基督，承受痛苦和死亡的这种赎罪牺牲，才能为人类的罪恶赎罪；而且，也只有相信基督的神圣赎罪，才能将我们从地狱中解救出来，如同保罗对罗马人说的一样：你若口里认耶稣为主，心里信神叫他从死里复活，就必得救。这种信仰，就是说“释罪”（justifies）造就一个人，使人得到解救，而不管他所犯的罪恶。基督本人也说：相信、接受洗礼的人，将会得到解救；只有相信的人，将不会受到判罪。马丁·路德由此推论：“因此，每一位基督徒最应关心的，是把所有对善行的信念抛置一旁，只要不断地加强信心。”他又更进一步地写下一段话，使一些神学家产生困扰，却使许多犯罪的人得到安慰：
耶稣基督俯首弯腰，让罪犯跳到他的背上，以此将他们从死亡中解救出来……把基督伪装成这种样子，让他隐藏在我的罪恶、你的罪恶、全宇宙的罪恶里，并以为他为我们承担了所有的罪恶，这对虔诚的人说来，是多么地安慰啊！……当你知道自己的罪恶附在他身上，那么你就会很安全，不至于有罪恶、死亡或堕入地狱之虞。基督教的教义并没有什么，就是要不断地训练一种无罪的感觉，只要将你的罪恶丢给基督，即使你有罪，也会感觉无罪。了解替罪羔羊承担了整个世界的罪恶，那就够了。罪恶并不能使我们和基督分开。假使一个人浑身罪恶，福音还告诉他：要有信心和信仰，从今以后你的罪恶就可以得到赦免。这对于他来讲，岂不是一个好消息吗？一旦这个塞子被拉出，罪恶就被宽恕了，那么也就没有什么事情值得去做了。
这段话，可能是有意要安慰、鼓励一些敏感的人，他们介意他们自己犯了太多的过错。马丁·路德也还记得，有一次，他把自己过错的不可原谅惊人地夸大了。但是，对于某些人来讲，很像台彻尔所主张的：“把钱币投入捐献箱里，那么你所有的过错，都会不翼而飞。”现在，信心取代了从前忏悔、赦免、捐献及赦罪状等所能做的一切神奇事情。更引人注意的是下列一段话。在这段话中，热诚的马丁·路德对罪恶本身下了一个很妙的说法。他说，当撒旦不断地诱惑我们时，聪明的办法，就是去犯一两次罪过：
尝试一下你亲近的朋友们所处的社会，去喝、玩，谈淫秽事，使你自己愉快。一个人有时候应该因恨撒旦或藐视撒旦，而去犯点小过错，以便不给撒旦有机会使你无事自扰。假使一个人对于罪过，过分震惊，他就是迷失了……啊！假如我能找到一些真正妙的过错时，就可以给撒旦来个打击！
这种贪婪而富于幽默的闲话，很容易引起曲解。马丁·路德的一些追随者把他解释为：好像是在原谅通奸、不贞、谋杀。一位路德教派的教授告诫路德教派的传教士们，尽可能地少用只靠信仰即可释罪的说法。马丁·路德对信心下的定义，不仅仅是对某一个命题作知识上的认可，更主要的是鼓励个人自我献身于实际的信仰。他对完全信仰上帝的恩赐，深具信心。因为基督赎罪的死亡，使人具有根本的善良，所以偶尔肉体上的取乐，并不会造成长久的伤害；只要有信心，就可以很快将犯罪者带回精神上的健康。他激赏善行，所反对的是善行对获救的有效性。他说：“善行并不能造就善人，而是善人会行善。”那么，是什么造就善人呢？就是信仰上帝和基督。
一个人要怎样才能有这种能获救的信心？并不是由于他的功过，而是一种神圣的恩赐，用以赐予上帝的选民。就像圣保罗在提及法老王时所说的：“神要怜悯谁就怜悯谁，要叫谁刚硬就叫谁刚硬。”根据这神圣的宿命论，上帝的选民是被选来享受永恒的幸福，其他的人，被失宠地留下，被诅咒下永恒的地狱：
信心的极致，即在相信上帝拯救了这么少的人，责罚了这么多的人，他仍旧是仁慈的；他就是使我们命定毁灭的人。所以……上帝似乎以使人受苦为乐，他得到的恨应该多于爱才对。假使以任何推理的方法，在上帝表现了这么多的怒气和不公平时，仍能想象他是仁爱而公义的话，那就不需要信了。
因此，马丁·路德在反对异教文艺复兴的教会反动中，不只是回到奥古斯丁，他还回到德尔图良。相信宿命论，对他而言似乎是一种功德，因为就理性而言，宿命论是不可信的。虽然如此，他认为正是严密的逻辑推理，使他走到怀疑的地步。这位写过很多有关“基督徒自由”的神学家，1525年在一篇论文《论奴隶意志》（“De Servo Arbitrio”）中争论：假使上帝是全能的，他应该是一切行为的唯一原因，包括人类的一切行为。假使上帝是全能的，他应该能预知任何事情，而且一切事情都该按照他所预测的发生。因此，任何时刻、任何事件，都在他心里有所预定，永远按着这预定进行。马丁·路德像斯宾诺莎一样下结论：“人类像一块木头、一个石块、一把泥土或一撮盐一样地不自由。”更不可思议的是，上帝神圣的远见不但剥夺了天使的自由，连上帝本身的自由也剥夺了，因为他也必须按他所预见的去行事，他的远见就是他的命运。一位疯狂的极端分子，解释这一教条为：“一位年轻人，砍掉他兄弟的头，把这个行为归之于上帝，他只是上帝的代理人。另有一位逻辑学家，以脚踏死他的妻子后，哭道：‘这是天父所要做的事。’”
大部分说法在中世纪的神学里隐约杂陈，马丁·路德将这些说法，从保罗和奥古斯丁开始，以不可辩驳的坚毅态度加以演绎。他可能否认文艺复兴的教会，而似乎愿意接受中世纪神学。他较容易容忍受苦大众的宿命论，而不易容忍无耻的敛聚税收的教皇权威。他不承认将罗马教会定义为大主教、主教等的总称，认为那是相信基督神性和赎罪的信众的社区。但是，他还是响应教皇的教条，他写道：“不借着基督来亲近上帝，而借任何其他的人（如犹太人、土耳其人、天主教徒、伪圣人、异教徒等）来亲近上帝的所有这些人，行走在恐怖的黑暗和错误之中，终必死亡或迷失在他们的罪恶中。”在维滕堡重新复活的是博尼费斯八世和1302年罗马会议的教言：“罗马教会之外无获救者。”
在马丁·路德的神学中，最具改革性的内容是教士的废立。他不允许把教士当作不可或缺的圣礼执行人，也不允许把教士当作上帝的特权媒介人；教士仅仅是会众选出来的奴仆，是服侍会众的精神需要的。结婚、建立家庭的教士们，会发出神圣的光辉，使教士之职更具令人敬畏的力量，他们是“同辈中的佼佼者”。但是任何人，在必要时，皆可以执行教士的职权，甚至为忏悔者赦罪。修士们应该放弃他们的自私和惯有的无价值的独身主义，应该和其他人一样，结婚、工作。男耕女织，比修士们喃喃地重复无法了解的祈祷文更能侍奉上帝，祈祷者应该使灵魂直接与上帝交流，而不是求助于半传奇的圣人。朝拜圣人，按马丁·路德的判断，并不是寂寞的生灵和圣洁的死者之间的友善而慰藉的交往，而是原始多神论偶像崇拜的恢复。
至于圣餐礼，一向被认为是教士授予神圣恩典的仪式，马丁·路德很严格地把教士们的职分减少。圣餐礼不具有神奇的威力，而其功效，并非靠其仪式和宗教套语，而是靠接受者的信心。坚信礼、婚礼、教士任职礼及死者临终涂油礼，这些仪式，在《圣经》里并没有记载具有特殊神圣的恩宠，新教可以把这些仪式废除。受洗礼是有“施洗者”约翰之例为证的。秘密忏悔可以保留为圣礼之一，不管《圣经》里有无根据。 至高无上的圣礼，是耶稣最后的晚餐，即圣餐。圣餐的饼由教士念过祷文以后，可以变为基督的身体，马丁·路德认为这个观念是荒诞而亵渎神灵的。不过他主张，基督本身会自天而降，具体地出现于圣餐的酒和饼中。圣餐并非教士的神奇力量，而是一种神圣而永久的奇迹。
马丁·路德有关圣礼方面的教条，是以圣餐礼来代替弥撒。他获上帝解救的理论，是靠信心而不是靠善行。他的这些教条暗中伤害了德国北部教士们的权威，进一步排斥主教法庭和宗教法规。在路德教派广为分布的欧洲，民众法庭是唯一的法庭，俗世的力量是唯一合法的力量。地区统治者，可以指定教会人事、支配教会财产、管理教会学校和修道院的慈善基金。理论上，教会和国家行政是各自独立的；实际上，教会附属于国家。路德领导的宗教改革运动，是想将全部生活委诸神学，却无心地、不情愿地促进了成为现代生活基本要件的深入与世俗化。
