伊拉斯谟回到布鲁塞尔后，发现自己更加受到皇室宫廷热忱欢迎的诱惑。他非常认真地执行顾问的职务，竟忘记了凡名作家都很少具有政治家的才能。1516年是他忙碌的一年，他仓促地完成了一篇《一个基督教王子的教育》（“Institutio Principis Christiani”），其中充满着前马基雅维利主义（pre-Machiavellian）的那一套有关一个国王应如何举止的陈腐言词。为献身于查理，他大胆写道：“你应感激天佑，你的王国没有受到侵害；如果你能维持和平与安定，将是你智慧的最高显现。”伊拉斯谟的看法如同大多数的哲学家，认为君主政体是最无害的统治方式。他担心人民是“多变且多头的怪物”，因而反对民众讨论法律和政治，并且判定革命的混乱比国王的暴政更坏。但他建议他的基督教王子要注意财富的集中，应向奢侈品征税。寺院应减少，学校应多设。最重要的是，基督教国家之间不应发生战争，甚至对穆斯林也不应有战争。“我们最好以虔诚的生活而非以武力征服穆斯林，如此基督教王国才能依照其创始的方式受到保护。”“战争乃战争之源——但礼貌招致还礼，正义招来正义。”
正当查理与弗朗索瓦接近战争边缘时，伊拉斯谟不断地呼吁和平。他称赞法国国王对目前和解的心情，而且询问谁能持有与法国作战的念头，“基督教世界中最纯洁、最兴盛的部分”。他于1517年在《和平的控诉》（“Querela Pacis”）一文中，表现他杰出的口才：
古代战争的悲剧姑且不提。我要强调的是最近的几年中所发生的这些战争。哪里的陆地或海洋，没有人们从事最残酷的战争？哪里的河川，不染上人类的鲜血……基督徒的鲜血呢？啊！这真是最大的耻辱！他们在战场上的行为比非基督徒更残酷，比野兽更野蛮……在君主们的善变下从事的这些战争，受大害的是平民，而实际上他们与这些冲突毫无关联……主教们，红衣主教们，教皇们，你们都是基督的代表——你们之中却无一人对发动基督最憎恶的战争感到羞耻。那么军人的头盔与主教的法冠有何区别？……主教们，你们保有使徒的地位，怎敢在教授使徒箴言的同时，教给人们涉及战争的事务？……和平，即使是不公正的，莫不优于任何最富正义的战争。
王公和将领们也许能获得战争的利益，民众却承受悲剧和耗费。从事自卫的战争有时也许是必需的，但即使在这种情况下，最好用贿赂收买敌人而避免从事战争。让国王们将他们的争执提交教皇解决。这种事如在尤里乌斯二世治下是不能实行的，因他本人即是战士；但利奥十世，“是一位博学、诚实而热心的教皇”，也许能以正义仲裁，而且会有效力地主持国际法庭。伊拉斯谟称民族主义为人类的祸源，并且要求政治家们建立一个世界性的国家。他说：“我愿被称为一个世界公民。”他原谅比代爱法国的事，但是“以我的意见，如把我们对事物与人们的关系置于视世界为我们所有人类的共同国家的基础上的话，则更富哲学意义”。伊拉斯谟在宗教改革民族主义上升的时代里，是最无民族精神的。他写道：“最崇高的事是使人类受益。”
我们不必去注意伊拉斯谟有关人性，或战争原因，或城邦行为的任何现实的概念。他从未面对马基雅维利在那些年一直讨论的问题——如果一个城邦执行其宣扬给民众的道德，这一城邦是否能存在下去。伊拉斯谟的任务是改善现有的信仰，而非建立一种积极而一贯的哲学。他甚至不确定他自己是基督徒。他多次声称接受圣徒的信条，然而他一定怀疑过地狱的存在，因为他写道：“否认上帝存在的人们，正如那些形容它为无情的人们一样，都并非是不虔诚的。”他很难相信《旧约》的神圣权威性，因为他曾说如果《旧约》废除会平息罗伊希林（Reuchlin）激起的狂怒，“他愿意看到整个《旧约》被废除”。他对米诺斯和庞皮利乌斯以法律创之于神为理由，劝服其人民服从不合民意的立法的这种传说表示讥讽，而且大概怀疑摩西类似的政治才能。他对莫尔满意于个人不死的论证表示惊奇。他认为圣餐较诸奇迹更是一种象征。他公然怀疑三位一体、基督的化身及圣母的生育（圣婴）。他对当时基督徒的习俗逐一发难——赦罪、守斋、朝圣、告解、修道院制度、教士守贞、崇拜圣物、祈求圣人及焚烧异教徒等。他对《圣经》中很多章节给予讽喻或合理的解释。他以普罗米修斯的故事来比亚当与夏娃的事，并指称此为最不按照字义的《圣经》解释。他把地狱的苦痛解释为“伴有日常罪恶的心灵上一种永久性的极端痛苦”。他并没将他的怀疑在众人之间传开，因为他并未提供慰藉或劝谕的神话去代替旧有的。他写道：“虔诚需要我们有时隐藏真理，我们应当注意不要经常把它显示出来，仿佛我们在何时、何地或对谁表示它是无关紧要似的。……也许我们必须承认柏拉图所说之言——撒谎对人们是有益的。”
伊拉斯谟虽有这种强烈的理性主义倾向，外面上仍然保持正统信仰。他从未对基督、《福音书》及教会用以促进虔诚的象征性仪式失去热情。他《对话录》中的一个人物说：“如果任何事物对于那不讨厌《圣经》的基督徒是通用的话，为此理由我要注意我不可以得罪别人。”他梦想以基督的哲学代替神学，而且努力以异教徒思想使之和谐。他把“神圣的启示”这句成语应用于柏拉图、西塞罗和塞涅卡。他不承认这种人不会得救，而且他“很难能够抑制”向圣苏格拉底祈祷。他要求教会将基督教义的重要教条“尽量减少，使他人有自由的意见”。他并未提倡对各种意见的完全容忍（谁能这么做），但他赞成以一种温和的态度对待宗教的异端。他理想的宗教是效法基督，然而我们必须承认他自己实行的较少。
