伊拉斯谟于1514年7月离开英国。他接到在斯坦因他已遗忘的小修道院院长的一封信，提出他的请假早已过期，并望他最好归来以痛悔的虔诚度其余年。他被警告，因为按宗教法规，院长可以利用世俗力量把他拖到他的监狱。伊拉斯谟借故推托，而该院长也未坚持此事，但是为了避免这种尴尬之事再度发生，这位流浪的学者要求他有势力的英国朋友向利奥十世要求准予赦免他担任僧侣的义务。
正当谈判进行之际，伊拉斯谟启程上莱茵河到巴塞尔，而愿把他最重要的作品原稿给予福罗本印刷业者——该作品把《新约》的希腊原文做批评的修正，附有新式拉丁文翻译和评注。这对于作者与出版商来说都是一种虔诚、自负及冒险的工作：这项准备已花了数年，印刷与编辑都是费力与花钱的，擅自修改哲罗姆的拉丁文本——很早就被祝圣为“拉丁语《圣经》”——也许会被教会定罪，而且出售所得也许不能抵偿花费。伊拉斯谟把该作品奉献给利奥十世，以减轻危险。1516年2月，福罗本终于印出了《新工具，由伊拉斯谟研究与修正》。而后的版本（1518年）把“工具”改为“圣经”。在对比栏里，伊拉斯谟印出他修正的希腊原文及其拉丁文翻译。他希腊文的知识尚不够精通，其中的错误他须与排字者共同负责；以学者的身份，这部即将付印的希腊文《新约》第一版要比许多学者于1514年为西蒙红衣主教编排并印刷的要差，但后者直到1522年才发布。这两件作品显示了人文知识对早期基督教文学的应用及《圣经》评论的开始，该评论于19世纪又把《圣经》当作人文著作。
伊拉斯谟的评注以单行本出版。用清晰通俗的拉丁语写出，当时各大专毕业生均能看懂，因而受到普遍的欢迎。虽然是一般的正统，但是它们在而后研究的许多调查结果上领先了一步。在第一版中，他略去了有名的科马·约翰努姆（Comma Johanneum），他肯定了三位一体，但被今日的标准修正译本否定，认为这是4世纪加入的。他把女人容许通奸的故事（《约翰福音》7章53节，8章11节）及《马可福音》的最后12行诗印出来，但注明大概系伪造。他一再指明原始与现行的基督教义的区别。在《马太福音》23章27节他评注道：
如果哲罗姆能看见圣母的奶被展示出售，他会说什么，以对基督圣体同样的尊敬来尊敬圣母的奶；神奇的油；真十字架的部分，如果集中一起，足以满载一大船？这里有圣方济各的头巾，那儿有圣母的小裙，或圣安妮的梳子。并非当作宗教的纯真助手，而是宗教自身的本质——这一切是出于传教士的贪财及僧侣的伪善而利用人们的轻信。
注意到《马太福音》19章12节被宣称劝告修道士保持独身主义，伊拉斯谟评注如下：
在这个阶级里，我们包括了那些被欺诈或恫吓而投入那种独身生活的人们，他们被允许通奸，但不准结婚；若他们公开养妾，仍是基督的传教士，但如娶了妻子，则会被烧死。以我的意见，凡欲其子做独身传教士职务的父母们，与其让他们的儿子违反意志暴露于情欲的诱惑里，还不如在其婴儿时予以阉割来得仁慈。
进而对《提摩太前书》3章2节译注道：
现在的传教士数目众多，其庞大如兽群，内有世俗的和正规的，其中很少是贞洁的，真为害不浅，其大部分沦于情欲和乱伦，而且公开淫佚。如果这些人不能节制，最好准其合法结婚，以免违犯亵渎。
最后，在《马太福音》11章30节的评注里，伊拉斯谟发出了宗教改革的呼声——从教会回到基督：
如果卑下的人们所创立的机构，对加诸基督身上的重担毫无所增的话，那么，诚然，基督的轭将是甘甜的，而其负荷也将是轻微的。他只是命令我们彼此相爱，没有什么比感情上得不到温柔与甜蜜更痛苦的。依照本性的一切事物都易忍受，而且再没有任何事物能比基督的哲学和人类本性协调得更好。其唯一目的在于使堕落的人性复归于天真与诚正。教会增加的很多事物，其中有些可以略去，并非我们对信仰有什么偏见……例如凡是有关……上帝的本性及世上人类阶级的区别……这些哲学理论……有关祭衣的规定和宗教的仪式！……创立好多斋期……有关誓愿……教皇的权威，滥用赦罪和特免等事，我们说什么好呢？……但愿人们能满足于基督根据福音的律法来统治，而且但愿人们不再以人为的法令寻求加强其反启蒙主义的暴政。
大概就是这些评注使这书获得成功，这一定使作者和出版商同样感到惊奇。第一版经过3年时间，新修订本在伊拉斯谟去世前曾出版69次。这部作品受到的批评是非常猛烈的，被指出很多错误。埃克博士，英戈尔施塔特（Ingolstadt）的教授，路德的原初反对者，污之为可耻的陈述，认为希腊文的《新约》要比德摩斯梯尼（Demosthenes）的更为低劣。然而利奥十世核准了该作品，教皇阿德里安六世要求伊拉斯谟为《旧约》做一些他为《新约》所做的事情。但特伦特会议（Council of Trent）谴责伊拉斯谟的译文，并宣布哲罗姆的拉丁文《圣经》是《圣经》中唯一可信靠的拉丁语本。伊拉斯谟《新约》的学术地位马上被取代了，但作为思想史上的一个事件，它的影响极大。本国语的翻译受到欢迎与重视，很快就有人追随仿效。他在序言中说了一段热情的话：
我宁愿使最柔弱的妇女阅读《福音书》和圣保罗的《使徒书信》……我要使这些话译成各种语言，不仅苏格兰人和爱尔兰人，而且突厥人和撒拉森人均能阅读。我渴望种田的人一面耕地一面唱着它，纺织者哼之于穿梭的旋律中，旅行者以此为娱乐以排除其途中的无聊……我们也许会因从事其他的一些研究而后悔，但是当人从事这些的研究时，一旦死亡来临，他就是幸福的。这些神圣的话给予你基督的谈话、治病、死亡及复活的真实印象，使得他如此常在，以致如果他在自己的眼前，你未必会更真实地见到他。
伊拉斯谟对福罗本印刷所及其员工的能力感到满意，于1516年11月发行了对圣哲姆的批评版，随后又出版了类似修正的古典与教父的原文，修正了大家所公认的塞涅卡原文中的4000个错误。这些对学术均有实质的贡献。他于1517年在《意译》中重叙了《新约》的故事。这类工作需要他经常住在巴塞尔，但一份新的差事使他定居在布鲁塞尔的皇室宫廷附近。查理此时只是卡斯蒂尔的国王并兼任尼德兰的统治者，尚未任查理五世皇帝。他仅15岁，但他敏锐的心灵已漫游于各种娱乐嗜好，而且他被说动了，如果在他私人的顾问中含有当代杰出作家的话，则其朝廷将可增光。事情就如此决定，1516年，伊拉斯谟由巴塞尔归来时，在适当的薪水下接受了这个荣誉的职位。
有人愿给他在科特赖克的一个牧师职，赋予他主教的职权。他拒绝了。他原先接受了莱比锡和英戈尔施塔特两所大学任教的邀请，而弗朗索瓦一世以一种奉承的姿态想使他脱离查理，来法国宫廷。伊拉斯谟礼貌地婉拒了。
同时，利奥十世已将他所请求的赦罪令寄送伦敦。1517年3月，伊拉斯谟横渡至伦敦并收到教皇的信件，免除他对修道院的义务，并使他因私生子身份而遭受的不公获得补偿。利奥在其正式公函内附有私函如下：
亲爱的孩子，祝你健康幸福。你的一生及特性，你那罕有的博学和崇高的勋绩，不仅可由到处为人所颂扬的你研究上的不朽成就，而且也由最有学问的人们一致同意嘉许，最后由两位极为杰出的王公的信，即英国国王和法国天主教国王向我们的推荐而得到证实，使我们有理由予你特殊厚遇。故此准你所求，如果你将来有任圣职的机会或愿偶然为之，我们均将随时给你更多的优待，本人认为你从事神圣的努力，勤勉地为大众利益效劳，是为至当。更应以适当的报酬以鼓励你达到更高的境地。
也许这是对于善行的一种明智的贿赂，也许是一个宽容而具人文主义的宫廷所表现的一种诚实态度。无论如何，伊拉斯谟绝不会忘记教皇的这种礼遇，而且常常感到难以脱离如此容忍他的批判的教会。
