他们向南航行到了加那利群岛，想在航入西方之前，寻得东风。在该群岛做一漫长的停留之后，他们再沿着北纬28度，冒险出航（9月6日）。他们并未南偏得足以完全受到信风的助益。我们现在知道，更向南方的横渡，将缩短抵达美洲的距离与苦难。天气友善，“像是安达鲁西亚的4月天，”哥伦布在航海日志上写道，“唯一欠缺的就是听不到夜莺的鸣转。”33天焦虑地过去了。哥伦布向手下少报了每天的航行里数；但因他高估了船速，结果竟是歪打正着。由于静风持续，他只好改变航道。这时，船员比以前更感失落与沮丧。10月9日，品达号与妮娜号的船长登上了旗舰，请求立刻回航到西班牙。哥伦布答应，除非在3天之内看到陆地，否则悉听尊意。10月10日，他自己的船员叛变，他也以同样的保证予以安抚。10月11日，他们从海洋上拖上一根开有花朵的绿树枝。他们对总司令的信任重新恢复。翌晨两点，在近乎满月的夜晚里，妮娜号的守望员罗德里戈·特里西纳（Rodrigo de Triana），终于喊出：“土地！土地！”终于抵达陆地了。
黎明时，他们看到沙滩上裸体的土著人，“个个身材壮硕”。三位船长由武装人员护送上岸；他们一齐跪下，亲吻地面，并感谢上帝。以基督教之名，哥伦布把这座岛称为圣萨尔瓦多岛——神圣的救主——旋以斐迪南、伊莎贝拉与基督之名，占领该岛。那些野蛮人客气地接待他们未来的奴隶主。这位舰队总司令写道：
为了赢取诚善的友谊——因为我懂得用爱比用武力更能将之解放，并使之皈依圣父，我便将红帽子给其中一些人，玻璃念珠给另一些人……并给了他们引以为莫大乐趣的其他许多价值不大的东西。他们一直是我们的忠实朋友，这真是奇迹。后来他们游到我们大船边的小船上，带给我们鹦鹉、棉线……最后，他们善意地跟我们交换他们拥有的一切东西。
使卢梭、夏多布里昂（Chateaubriand）与惠特曼（Walt Whitman）着迷的那群“友善的野蛮人”的称呼，可能便从那时那地开始。但哥伦布在这岛上首先获悉的事情之一是：这些土著常会受到其他土著部落的奴隶袭击，而他们或他们祖先，也曾征服较早在此定居的土著人。登陆后两天，这位总司令在日志上记下了一道不祥的备注：“这些人非常不善武事……只要50个人，便可收服他们，并驱迫他们去做随你喜欢的一切事情。”
不幸的是，圣萨尔瓦多不产黄金。10月14日，这一支小舰队再度开航，试图寻找西本哥（Cipango）——日本——与黄金。10月28日，他们在古巴登陆。那里的土著人也非常友善。他们加入来客，试着合唱《万福玛利亚》（Ave Maria）圣歌，还尽力制作十字架的记号。后来哥伦布把黄金出示给他们看，他们似乎指示说，可在内部，即他们所称的古巴纳萨姆（Cubanacam）——中古巴——的某一地点上寻获一些黄金。哥伦布把Cubanacam误解为中国的大可汗（Great Khan）——于是派遣两位西班牙人，带着外交文件，去找寻那难以找寻的君主。他们没有找到可汗，返回后却愉快地诉说到处所受到的礼遇。他们也带回来欧洲人对美洲烟草的首次报道：他们看到男女土著将烟草卷成雪茄形状，插进鼻子。哥伦布失望之余，离开古巴（12月4日），同时以武力挟持了5位年轻土著当通译及另外7名妇女。他们全都死在回航西班牙的途中。
在此期间，哥伦布的年长船长平松（Martín Alonso Pinzón）驾船他逃，以自寻黄金。12月5日，哥伦布抵达海地，停留了4周之久，受到土著人的欢迎款宴。他寻获了一些黄金，觉得自己又稍稍接近了可汗国；但他的旗舰不幸触礁，船身为波浪与岩石击碎，其时正在他准备庆祝一生最快乐的圣诞前夕。所幸妮娜号在附近得以拯救船员，而善良的土著人也驾着独木舟赶在船沉之前，卸下大部分的货物。土著人的酋长以款待、黄金及保证在海地有大量这种致命的金属，来安慰哥伦布。这位舰队总司令感谢上帝赠予黄金，宽恕它带来这回船难，并在日志上写道：“斐迪南与伊莎贝拉现在将有足够的基金征服圣地。”他深感于土著人的友善举止，因而留下部分船员定居下来，用以探勘全岛，自己则回到西班牙报告一路的发现。1493年1月6日，平松驾着品达号重入阵营，哥伦布接受了他的道歉，因为哥伦布不愿只开着一船回国。他们一行在1月16日开始回航。
这是漫长而凄惨的航行。整个1月，风怀敌意，2月12日，一场剧烈的暴风雨拍打着不过70英尺长的小船。待船接近亚速尔群岛时，平松再度离弃，满心希望自己是第一个抵达西班牙、告诉大家亚洲已经发现的人物。妮娜号在亚速尔群岛中的圣玛利亚岛外停泊，原是为朝拜岛上的一座圣母庙，结果遭受葡萄牙当局逮捕，下狱4天。获释之后，妮娜号再度起航；但另一场暴风雨又把船吹出了航道，风帆也告撕裂。水手极度沮丧之余，发誓在以后着陆的第一天，只以面包与水果腹，同时遵守十诫。3月3日，他们看到了葡萄牙，哥伦布虽明知自己在冒一场外交纠纷的危险，仍决定在里斯本着陆，而不再尝试以一艘船完成到达帕洛斯所剩余的225英里的航程。约翰二世很友善地对待他；妮娜号也修理完毕。3月15日，该船经过了“无数的艰辛与恐怖”之后，终于回到了暌别193天的帕洛斯港。平松早几天前在西班牙西北部登陆，并送信给斐迪南、伊莎贝拉国王夫妇，但他们拒绝接见平松或其信差。品达号晚妮娜号一天驶进帕罗斯港，平松怀着恐惧、羞辱逃回家里，每天躲在床上，抑郁而死。
