在医药科学与治疗上，犹如在文学与艺术上一样，北欧较意大利落后半个世纪之久。即使意大利到1300年也才仅仅恢复1000年前盖仑与梭拉诺斯（Soranus）所达到的医学水平。虽然蒙彼利埃、巴黎及牛津的医药学校大有进展，但当时最伟大的外科医生是法国人。这一行业那时已组织严密，都在为本身利益而互相设防。但对医疗的需求很大，使草药家、药剂师、产婆、江湖郎中、剃头外科匠——更不用提起一般庸医——处处与受过训练的医生竞争。由于错误的生活方式而招致疾病，继则在寻求无误的诊断与便宜速疗的大众，通常均抱怨唯钱是视抑或药到“命”除的医生。弗鲁瓦萨尔认为“所有医药人士的目的，都在于获取大笔的钱财”。
当时最有趣的医者是外科医生。他们仍未说服行业公会承认其平等地位。巴黎大学在14世纪除非学生发誓绝不进行外科手术，否则拒绝其进入医药学校。即使那时已成为万灵药的放血，也禁止医生参与，而只留给他人负责。那些剃头外科匠现在也放弃了理发业务，而专攻于外科手术。1365年，巴黎共有40位这种剃头外科匠，在英国则直到1540年还有剃头外科匠。1372年的一道法令，限制法国的剃头外科匠只治疗“不致引起死亡的伤口”。此后，主要的手术只能由忠于专长的“外科大师”合法地进行。皇家外科学院于1505年在爱丁堡特许成立。
14世纪上半叶，在外科方面的著名人物是曼德维尔（Henri de Mondeville）与吉·肖利亚克。弗鲁瓦萨尔可能已注意到，曼德维尔虽然求之者众，他到死仍然贫穷，并带着哮喘与肺病工作。他的《外科》（Chirurgia）是法国人论外科术的第一本著作，该书透彻而称职地论及整个领域，因而为外科医生赢得新的地位。他显著的贡献在于：他在博洛尼亚向博尔贡吉尼（Borgognoni）学习了以完全洗涤、阻止酿脓、排除空气并以酒敷来处理伤口的方法之后，再予应用、发展。他警告世人之因循盖仑或其他古代权威，而为自己的改革辩护。“现代人之于古人，”他借着大家喜爱用的中古形容词写道，“犹如踏在巨人双肩上的矮子一样，他看到巨人所看到的一切，并看得更远。”
在他之后的30年中，产生了最有名的中古外科医生。吉·肖利亚克出生在自己因之得名的法国村子里，他深深打动数位庄园领主，自愿为他支付上图卢兹、蒙彼利埃、博洛尼亚与巴黎等大学的学费。1342年，他成为阿维尼翁的教皇医生，担当这项艰难的任务达28年之久。黑死病袭击阿维尼翁之际，他留在原位，看顾那些受难者，结果也染上了瘟疫，但侥幸逃脱一死。与任何人一样，他也犯了严重的错误：他把这场瘟疫时而归咎于星体的不幸组合，时而归咎于犹太人欲毒害所有基督教世界。他排斥曼德维尔的简单清洁法，使用灰泥与药膏，因而延误了伤口的外科手术。他所著的《大外科》（Chirurgia Magna，1363年）一书，是16世纪以前最为透彻、最有系统与最博学的外科论著。
社会与个人的卫生，很难跟上医药的进展。个人的清洁并非当时崇拜之事。即使英国国王每周才沐浴一次，有时间隔更长。德国人有公共澡堂——洗澡者裸体站着或坐在大桶里，有时候是男女共浴。单是乌尔姆在1489年便有168个这样的浴室。整个欧洲——除了贵族——同样的衣服一直连穿好几个月、好几年，甚至好几代。许多城市已有供水设备，但只通到少数家里，大部分的家庭均需从最近的喷泉、井或野泉汲水。伦敦的空气被屠宰的牲畜散发的气味污秽，直到1371年禁屠为止。厕所的气味减少了对乡村生活的田园幻想。伦敦的共同住宅区只有一间厕所供全部居民使用；许多家宅根本就没厕所，直接把排泄物倒入庭院或街道。成千的厕所将排泄物直灌进泰晤士河。1357年的一道城市法指斥这一事实，但居民依然我行我素。1388年，由于受到好几次瘟疫的冲击，国会通过全英国适用的第一部《卫生法》（Sanitary Act）：
鉴于如此多的粪便、垃圾、内脏及被杀死的野兽和其他腐败物流入、投入沟渠、河流及其他水道……复鉴于空气大受腐败、污染，许多疾病及其他无法忍受的恶疾，每天的确在居民……在其他前往或正在该地旅行的人民之间发生……本会一致同意，向英国全境宣布……凡倾倒、弃置这些厌物者……必须完全予以清除……否则将在英国国王令下丧失财物或性命。
相似的法令也约于这一时期在法国颁布。1383年，马赛依照拉古萨（Ragusa，1377年）的例子，下令隔离瘟疫患者40天——这相当于现在的检疫拘留期。流行性疾病仍继续发生——出汗症在英国（1486年、1508年），白喉、天花在德国（1492年）——只是毒性与死亡率较为降低。卫生虽然松弛，医院却相当多——1500年英国有460家，单单约克郡便有16家。
对疯者的治疗，已渐渐从迷信敬畏或野蛮残忍转到半科学的管理。1300年，自称为圣灵的一个女孩尸体，由教会下令挖出，并予火化，另两位表示相信这位女孩说法的两名妇女，则火焚于柱。1359年，托莱多的总主教授权内政当局，活活烧死自称是天使长米迦勒的兄弟及一位每天造访天堂与地狱的西班牙人。但15世纪，情形已获改善。一位名叫若弗尔（Jean Joffre）的修道士，满心同情遭受巴利亚多利德街道一群暴民叫嚣驱逐的疯子，在该地为他们建立一所精神病院（1409年）。其他城市先后遵循其例，1247年在伦敦建立的伯利恒圣玛丽医院，1402年改为一所精神病院。伯利恒这个词，演变为伯勒姆，成为疯人院的一个同义词。
确诊的麻风病人，仍遭驱逐，但麻风病在15世纪几乎已从西欧消失。取而代之的是梅毒。此症或许是法国原先所称作的“大水痘”的扩展，或许是美洲的一种输入品，但它于1493年已确定在西班牙出现，意大利则在1495年出现。该病在法国传播得如此广泛，因而被称作“法国病”。德国有些城市被蹂躏得乞求免税。早在15世纪末，我们便听说人们使用水银以治疗此症。当时医学的进展如同今日一样，与疾病的衍生勇敢地赛跑。
