今日，我们对于世界与人类之起源与命运的见解，如此不同，故在大部分国家里，人们已不再惩处宗教信仰不同者。我们目前的不容忍，只是针对那些敢于质问我们的经济与政治原则之士。我们解释这种独断主义，其所持之理由为：任何加之于这些珍贵的假定之上的怀疑，均将危害到我们国家的巩固与生存。直到17世纪中叶以前，基督徒、犹太人与伊斯兰教徒，比我们今日更敏锐地关怀宗教一事。他们的神学理论，乃是他们的至宝与信托品。他们将拒斥这些信条的人士，视为攻击社会秩序基础及人类生命真正意义的敌人。每一个集团均因确信而难以容忍，并将他人视为异端。
由于孩童教育与环境的影响，几乎所有的中古基督徒，都相信《圣经》字字均由上帝口授，同时相信上帝之子直接建立基督教会。基于这些前提，人们自然认为上帝希望所有的国家，均为基督教国家，而异教的流行，也必然是对上帝的全然侮辱。此外，由于任何一位异端，必然受到万劫不复的惩处，故宗教法官相信（许多人似乎如此诚挚地相信），只要能消除一个异教徒，他们便能挽救他潜藏于内心的皈依本性，或是挽救自己免于永恒的地狱。
处在真正神学家气氛中的伊莎贝拉，大概也持有这些观点。斐迪南是现世的刚硬人物，可能会怀疑其中的某些见解；但他显然了解，宗教信仰的一致将使西班牙更容易统治，并能更坚强有力地打击敌人。经他与伊莎贝拉的请求，教皇西克斯图斯四世终于颁行一道敕书（1478年11月1日），赋权他们任命6位持有神学与宗教法学位的僧侣，为宗教裁判所的评议员，以调查、惩处异教徒。这一道敕书的显著特色，是西班牙君主拥有提名宗教裁判所人员的权力。较早的异端裁判组织，则由多米尼克或圣方济各会的省区领袖推举。和在下一世纪奉行新教的德国与英国一样，这里的宗教臣属于国家达三代之久。但从技术上看，这些异端裁判者只是由君主提名，再经教皇任命；他们的权威系由教皇批准而来。这一机构依然是教会的——它是教会的一个组织，而教会又是国家的一个组织。政府一方面提供宗教裁判所的经费，一方面收受其净利。国王与王后对其工作密切监视，人民若不服该所的裁判，还可向他们上诉。在斐迪南的一切统治工具中，这一组织最称他的心。他的动机主要不在财政；他虽可取利于定罪者被没收的财产，但他拒收足以操纵裁判者的富豪罪徒的贿赂。他的目的在于统一西班牙。
异端裁判者被赋予雇用教会或俗世的助理作为调查员或行政官员的权力。1483年后，整个组织划归于一个名为异端最高总裁判庭。宗教裁判所的管辖权，延伸至西班牙境内的所有基督徒，并未触及尚未归化的犹太人或摩尔人，其恐怖的箭头指向有恢复犹太教或伊斯兰教之嫌的那些归化者，及被指控为异端的基督徒。直到1492年，尚未皈依基督教的犹太人，反比受洗的犹太人安全。教士、僧侣与修道士要求免受异端裁判，但均遭拒绝。耶稣会抗拒该所的管辖权达半个世纪之久，结果仍然屈服。最高裁判所权力的唯一限制为君主的权威，在后来的几个世纪里，即使君主的权威也受漠视。宗教裁判所要求，并通常接受所有俗世官吏的合作。
宗教裁判所自定法律和程序法典。在城市建立法庭之前，该所经教区讲坛颁行一道“信仰敕令”（Edict of Faith），要求凡是知道任何异教活动的，均得向异端裁判者报告。每个人均被鼓励成为密探，以告发其邻居、朋友及亲戚（在16世纪，不允许指控近亲）。告密者可获得完全的保密与保护；凡知情不报和掩护异端者，均将受到峻厉的咒逐——逐出教会及诅咒。倘若一位受洗的犹太人仍然指望弥赛亚的来临；倘若他还保持《摩西法典》中的饮食法规；倘若他以星期六为崇拜与安息日，或在那天改换其亚麻衣衫；倘若他以任何方式庆祝犹太的任何一个圣日；或对自己任何一个孩子施行割礼，或命以任何的希伯来名字，或没做十字记号即予祝福；倘若他进行祈祷，不加荣耀一词便重复《圣经》的福音；倘若他临死面向墙壁——凡此等及类似者，均被异端裁判者视为秘密异端的表征，须立即呈报法庭。在“恩典”一词之下，任何感到有异端之嫌的人均可前来忏悔。这样，他虽将受到罚金或苦行的惩罚，仍可获得宽恕，条件是他必须揭发他可能知道的其他异端。
异端裁判者对告密者与调查员收集的证据，似乎都仔细审查。倘若裁判所一致认为该被告有罪，便发拘票捕人。被告被单独监禁，只有裁判所的代理人才能与之交谈，任何亲戚不得探访。通常，他必须戴上镣铐。他须携带床铺衣物，且支付监禁与维持生活的所有费用。假使所付的款额不足，则其相当数目的财产将被拍卖，以应所需。其剩余的财物则由宗教裁判所的官员予以扣押，以避免被告将其藏匿或另作处置而逃避没收。大部分的情形为：卖出部分财物，以养活犯罪者家中没有劳动能力的人。
被逮捕者提审时，由于裁判所已先判定其有罪，此时被告的责任为证明自己是无辜的。审判秘密而不公开，辩护者（被告）如果获得释放，须发誓绝不揭露有关审判的任何事实。没有任何证人出面指证，他们的名字也不向他提起。异端裁判者称这一程序就保护告发者而言，是必需的。被告首先不被告以受人指控之罪；他只受邀来承认他本身的放弃正教信仰与崇拜，并说出他怀疑有异端之嫌的人。倘其招认令裁判所满意，则他可能受到死刑之外的任何惩处。倘若他拒绝招供，他得选择发言人为他辩护。这时，他被单独监禁。在许多案例中，被告因受到折磨而诱出口供。通常案件得以拖延数月，而手铐脚镣的单独监禁，常足以获得裁判者想得到的任何口供。
刑讯只在大多数的裁判者投票赞成后施行。其理由为：证据虽未使罪行确定，但已有可能。通常如此判决的刑讯均予延后，以使被告对其恐惧，而能诱出口供。异端裁判者似乎相信刑讯对于已被指为罪犯的被告而言，是一项恩典，因为招供之后，他可得到较轻的惩罚；即使在招供之后，仍须处死，他也能够享受教士的赦免，而不堕入地狱。然而单单认罪犹嫌不足，裁判所也可能施用拷刑，以逼迫愿招之被告，说出犯上异端或罪恶的连带人物。互相矛盾的证人，也可能受刑以找出谁真谁假。奴隶也可能受刑而招出不利于主人的口供。刑讯逼供没有年龄限制，13岁的少女与80岁高龄的老妪，都有可能被架上拷问台。但西班牙宗教裁判所的法规通常禁止虐待哺乳期妇女，或心脏衰弱者，或被控以轻微的异端之罪者，比如普遍认为通奸不过是可宽恕的轻微之罪。拷刑不得令犯罪者永久残废，而且只要随侍的医生下令，便得停止。刑讯只在负责该案的裁判者、一名公证人、一名记录秘书及一名地方主教的代表之前施行。方法随时间、地点而不同。受难者的双手可能被反绑在背后，然后吊起；也可能被缚得不能动弹，然后慢慢用水灌入喉咙，直到几乎窒息为止；或可能被绳索绑住手臂与腿，然后拉紧，直到绳索穿肉刺骨。我们听说西班牙宗教裁判所使用的刑讯，比早期教皇的宗教裁判所或当时俗世宫廷使用的温和。主要的折磨是延长监禁。
宗教裁判所不仅是检察官、法官与陪审团，还颁布信仰与道德的律令，并建立次序或刑罚。在许多情形下，刑罚还算慈悲，因悔罪者的年龄、无知、贫穷、醉酒或一般的令誉而免除部分惩罚。最温和的惩罚是申诫，较严重的是强迫公开宣誓放弃异端邪说——此举甚至使无辜者也长留标志到死。通常被定罪的悔罪者，须身穿“悔罪服”——绘有燃烧火焰的十字架的衣服——定期参加弥撒。他可能袒露至腰，身披罪行标志而游行过街。他本人及其后代子孙可能永远不得担任公职。他也可能被逐出城，偶尔也被逐出西班牙。他可能被鞭打一两百下，到“安全限度”为止。此刑男女同等。他可能遭受囚禁，或流放到军舰上服役——斐迪南倾向于后者，认为对国家较为有用。他也可以缴付一些罚款，或没收其财产。在有些案例中，死人也被控以异端，并接受死后审判，财产没收充公。这时，其继承者即丧失遗产权。告发已死的异端者，可得30％至50％的利益。凡是害怕这种追溯既往判决的家庭，有时向裁判者付出“和解费”，以保障其继承的遗产不被没收。财富因而变成了富人的一项危险，及告发者、异端裁判者与政府的一种诱惑。随着金钱流入宗教裁判所的钱柜，里头的官员追求黄金比保存正教信仰更加热心，腐败堕落也假宗教之名盛行起来。
最大的惩罚为火刑，保留给那些被判定犯了严重的异端之罪，而未在判决宣布前承认者，及那些虽已及时招供，虽已获得“和解”或宽恕，但过后又流为异端之徒。宗教裁判所本身宣称它绝不杀人，只不过将定罪者交给俗世政府；但无论如何它明晓刑法规定，凡严重犯上或不知悔改的异端，均须火焚于柱上。教士正式出现在公开焚烧异教徒的场合，即坦然显示教会的责任。“信仰之举”不仅仅在火焚一事，而在判罪与执行时的整个仪式。其目的不仅在于恐吓潜藏的触犯者，还在于训诲子民，使之预尝到最后审判的滋味。
起初，火焚的程序很简单：那些被判死罪者被送到公众广场，然后列成一排被缚在柴堆上，异端裁判者端坐在对面的平台上，口念认罪的最后呼吁，继而宣读判文，点燃火把，这场痛苦终告圆满结束。但后来由于火焚渐多，威慑力降低，其仪式更加复杂并令人惊惧，而以一出精密安排、耗资无数的大戏搬上舞台。如果可能，火刑总定在西班牙国王、王后或王子登基、结婚或拜访之日，以资庆祝。城市与国家官吏、宗教裁判所的人员，及地方教士与僧侣，均应邀——事实上是必须——参加。行刑前夕，这些高僧显宦均加入一道肃穆的行列，经过城里的主要街道，同时将宗教裁判所的绿十字架，安置在大的或主要的教堂的祭坛上。裁判者做最后努力，以取得被定罪者的招认。许多人那时便屈服下来，其判决因此减为有期或无期监禁。第二天早晨，囚犯从密集的人群中被引到城市广场。他们是骗子、亵渎者、重婚犯、异教徒及复陷于异端的皈依者，后来再加上新教徒。有时这一行列还包括缺席罪犯的画像，或装有死后被判罪者的骨头的盒子。广场里，在一座或数座高台上坐有异端裁判者、俗世与修院的教士及城市与中央官吏，国王也偶尔亲自主持其事。先是讲一会儿道，继而凡在场者均须宣誓服从宗教裁判所的神圣职事，并保证弃绝并迫害任何形式和任何地方的异教徒。随后，囚犯一个接一个被带到裁判者前面聆听判文。我们不必想象有任何大胆的反抗发生；到这地步，每一个囚犯几乎都已精疲力竭、身心交瘁了。即使到这时候，他仍可招认而挽救性命；遇到这种情形，宗教裁判所通常均以鞭笞、没收财物或监禁该犯终身来聊以满足。倘若罪徒直到判文宣读完毕后方才招认，则他可得到在火焚前被绞死这项慈悲，像这样直到最后一分钟才认罪的罪犯很多，因此被活活烧死的情形便相对减少了。那些被判严重犯上的异端之罪而否认到底者，均不得行最后的圣餐礼（直到1725年），且依宗教裁判所之意，只能被弃置于万劫不复的地狱。“悔罪者”现在则被带回监狱；怙恶不悛者则“交还”给世俗军士，并嘱以虔诚小心，不得让他们滴下任何污血。这批人终于被带出城，从附近数十里前来迎睹这一圣日景观的人丛之间经过。他们最后到达一个准备好的刑场，招认者先绞后焚，而顽抗者则被活活烧死。柴火一直加添助燃，直到死者全部烧尽，只剩一堆灰，然后将之散落于田野、溪流之上。这时，僧侣与围观者才各自返回他们的祭坛及家宅，心中深信他们已呈给受到异端侮辱的上帝一种求和的供品。人类的献祭行为又恢复了。
