14世纪和15世纪已播下了宗教改革的种子：巴伐利亚的路易，英国的威克利夫，波希米亚的胡斯等，预演了马丁·路德、亨利八世、加尔文及诺克斯的戏。在斯堪的那维亚，教士财产因为免税而迅速增加，也成为人民和国家一种不情愿的负担。评论家宣称，教会占有丹麦一半的土地，握有哥本哈根的领地。贵族们对仅凭一项教条就受到保护的那些财产，早已产生忌恨，甚至正统教派也反对。瑞士各郡的傲然独立无异为改革派茨温利（Ulrich Zwingli）及加尔文铺路。1433年，马德堡逐走其总主教和教士，本博也群起反抗主教的统治，而巴苏（Passau）把该地的主教监禁在城堡。1449年，欧福（Erfurt）大学（马丁·路德曾在该处念书）的教授向尼古拉五世建议国民大会的抗辩在权威上高于教皇。胡斯在邻近的波希米亚的叛乱影响了整个德国。韦尔多教派到处集会，秘密地保存了早期的异端邪说及半共产式的企图。虔诚被引到依附于异端的神秘主义上去。
埃克哈特（Johannes Eckhart）所谓的神秘主义，变成了旁门左道，几乎不理会正规教条的多神主义。这位多米尼克派修士非常饱学，以至“名家”的头衔成了他大名的一部分。他的哲学著作用学院派的拉丁文写成，这些书是他独有的作品，也未带来任何伤害或名声。当他在科隆修道院用警句性的德语宣扬荒谬的多神主义时，引起了宗教裁判所的注意。他追随狄奥尼索斯（Dionysius）、最高法院法官及埃里杰纳（Johannes Scotus Erigena），努力宣述上帝无所不在的绝对意义。埃克哈特想象的这种广容的神性，非人非灵，只是“绝对的空灵之性”。概言之，那是一种无形的神性存在：
上帝即万物，万物即上帝。圣父生我，即为其子，永不止息。我再说明：他与我同在，我与他同在，我看上帝的那只眼即他看我的那只眼……我的眼和上帝的眼是同一只眼。
每个个体都有上帝的部分；因此我们可与他直接交往，我们认为与他是同属一体的。无须由教会的仪式，甚至无须由《圣经》，只须由这“宇宙的意识”，人的灵魂就能接近上帝、看见上帝。个人越能否定个体本身及尘世的欲念，这神性的火焰就显得更清楚、更久远，直到最后上帝与灵魂合而为一，于是“我们完全归入上帝”。天堂、炼狱和地狱只是灵魂的一种形态：脱离上帝即为地狱，与上帝结合即为天堂。这些主张被科隆的总主教认为具有异端邪说的味道。他召见了埃克哈特，并予以审讯（1326年）。埃克哈特断言他所说的是顺乎道理的正统，并提出他的声明只应视为文字上的夸张。主教仍判了他的罪，他向教皇约翰二十二世上诉，及时被免于火刑（1327年）。
苦修折磨自己达16年之久的汉里希·苏索（Heinrich Suso），把耶稣的名字切成碎片吞下去，自称基督伤口的血已饮入口内，并用德语写了一本《永恒智慧小册》（Little Book ofEternal Wisdom），他说那是上帝用德语给他的启示。约翰尼斯·陶勒（Johannes Tauler）奉埃克哈特为“最神圣的主人”，并在斯特拉斯堡和巴塞尔宣讲神秘主义与上帝结合的道理。马丁·路德认为《德国神学》（Deutsche Theologie）是属于陶勒的，该书关于上帝、基督及永恒不朽的简明教义使他印象深刻。
教会注意到神秘主义的那些说法，如不必理会大部分教义、不必注重仪式、宣称无须教士或圣事的助力即能接近上帝等等。这种神秘主义酝酿着私人判断教义的宗教改革可能，而且人人成为教士，赎罪不必需要善功，只凭超绝一切的信仰即可。教会认为这种超越自然的启示，可能来自上帝和圣人，也可能来自魔鬼和狂人，教会认为这时必须有权威性的领导，才不致使宗教崩溃于个人的幻想与理论的混乱中。
