当教会似乎再度走向壮观与权威之路时，欧洲却遭遇着种种经济上、政治上与学术上的变革。这渐渐影响到拉丁基督教世界的格局。
宗教通常繁荣于农业社会，科学则随工业经济而得势。每一次收获是大地的奇迹与苍穹的杰作。受到气候左右、耗竭劳力的卑微农夫，看到超自然的力量无所不在，因而祈求慈悲的上天保佑，并接受一个由诸侯、藩主、国王而对上帝层层效忠的封建宗教礼制。城市的工人、商人、制造业者与金融家，生活在计数、程序、物质因素及规律效果的数学世界里；机器与柜台限制了他们放宽眼界去见识一下“自然法则”的统治力。15世纪，工业、商业与金融的成长，劳力从乡村引渡到城市，商人阶级的兴起及由地方经济到国家经济再扩张到国际经济——凡此均为原本信赖相合的封建制度与农村阴沉变迁的预兆。商人扬弃了教会的限制和封建诸侯的抽税权，此时教会只有借着明显的神学戏法而屈为同意：倘所借的资本用以扩张生意及工业，则可抽取利息。1500年，“高利贷”这条老禁令也遭到普遍漠视。律师与商人越来越取代教会人士与贵族来管理政府。再度胜利地攫取了罗马帝国传统与威严的法律，领导着世俗的进行，一天天地侵入教会宗规规定的人生领域。世俗法庭延伸其司法权，教会法庭则日趋没落。
由工商收入而致富的年轻王朝，一天天地脱离教会的管制。国王对境内教皇使节的官邸，或只认教皇权威的特使及教会各自为政的现象，愤愤不平。在英国，《圣职候补人法》（Provisors，1351年）与《王权侵害罪法》（Praemunire，1353年），严格限制教士的经济与司法权力。在法国，《布尔日诏典》理论上虽于1516年废止，但国王仍保有提名大主教、主教、修道院院长及方丈的权力。威尼斯的元老院则坚持指派威尼斯所有附庸的高级教士。斐迪南与伊莎贝拉夫妇因任派西班牙境内许多神职的空缺而权驾教皇之上。在神圣罗马帝国，格列高利七世过去击败国王亨利四世而维持着教皇的授职权，而今西克斯图斯四世却将300采邑与7位主教的指定权让给国王。国王则滥用此权而将神职给予宠臣，这些宠臣只知收取财利，而漠视了自己的责任。教会的许多腐败现象，都可从这些被派任的世俗分子中寻得线索。
同时，教会的知识环境也在发生改变。教会仍扶持辛勤且有良心的学者，它所建立的学校与大学却在培养少数思想时常拂忤圣徒的人物。且听圣伯那汀诺（St.Bernardino）在1420年前夕所讲的一段话：
大多数人在考虑僧侣与修道士、修女与俗世教士邪恶的生活后，深为这一事实所震惊：是的，他们常没有信仰，只相信自己高于其他一切，他们对形诸文字而与我们信仰有关的东西不认为真实，而相信并非上帝的启示，只是人们所虚构的骗人的东西……他们蔑视圣餐……并认为心灵不存在；他们既不害怕地狱，也不向往天堂，而只全心依附短暂的世物，坚决认为尘世是他们的乐园。
商人阶级可能最不虔诚，财富越多，宗教信仰却越趋淡薄。高尔（Gower）指出英国的商人很少关心来世。他说：“凡能获取今生的甜蜜而不去取得的人，是蠢物。因为人死后，既无目标，也无方向。”十字军的失败，当时形成了一种怀疑，怀疑基督教的上帝竟然允许伊斯兰教获胜，这份怀疑原已渐渐消退，但君士坦丁堡被土耳其人占领，使这些怀疑重兴。古沙的尼古拉与洛伦佐·瓦拉两人揭发“君士坦丁的捐赠”（Donation of Constance）这一事实系伪造，更加伤害了教会的威信，削弱了其在世俗范围内的声誉。古典作品的整理与发行，由于其显示出早在基督教会诞生之前便已有繁荣的学术与艺术，因而滋生了对宗教的怀疑论调，但教会在拉特兰大教堂举行的第5次宗教大会，曾经否认了在教会以外获得救赎的可能性：除教会外，别无救赎之道。美洲的发现及对世界日益扩大的探究，更显示出成百的国家明目张胆地漠视或拒斥耶稣，却拥有与基督教同样肯定、同样灵验的信仰。从异教地区回来的旅行者，也带回一些奇特的教条与仪式。这些外来的宗教仪式与耶稣的崇拜、信仰，并肩齐行，对峙的教条因而在市场与港口彼此攻讦摩擦。
13世纪，曾经是神学婢仆的哲学，也在倾注全力为正统的信仰寻找合理的基础。14世纪，因威廉与马西利乌斯两人之力而获得解放。16世纪，因蓬波纳齐（Pomponai）、马基雅维利与圭恰迪尼（Guicciardini）诸人之力而更大胆地趋向世俗化，并“罪迹昭彰地”怀疑起来。约在路德宣言4年前，马基雅维利写下了一道震惊人心的预言：
倘使基督教遵照开创者的戒律而加以坚守，则信仰该教的国家与人民，将远比目前团结与幸福。同时也不会有“人们越接近罗马教会——他们宗教的头领——便越少宗教信仰”这一堕落的事实。凡曾查考过该教会依以建立的教义，并见到其目前恣肆地离经叛道的行为者，均会断定，其毁灭或遭受惩罚之日，即将来临。
