马丁五世重新组织教廷，使之更宜于行使职务。但他除了模仿当时的世俗政府与卖官鬻爵外，也寻不出资助教廷之法。因为教会可以整个世纪不事改革而存在，却受不了一个礼拜没有钱，马丁认为金钱比改革更为迫切需要。1430年，马丁逝世前一年，驻在罗马的一位德国使节在呈给他的王侯的一封信中，几乎敲响了宗教改革的警钟：
贪婪在罗马教廷里主宰一切，并且天天都有新花样……向德国人诈取金钱……因而引起许多咆哮与愤怒……教皇职位将会引起许多问题，不然，信徒最后必将悉数与教廷断交，以逃避意大利人疯狂的压榨。依我看，后一趋势将为许多国家所接受。
马丁的继任者是一位虔诚的圣方济各修会的弗朗索瓦科（Franciscan）修道士，却拙于管政，他面临罗马教廷许多累积的问题。教廷须同时统治列国与教会，因此教皇应为老于世故者，他们至少要涉足尘世，绝少可能成为圣者。尤金四世（Eugenius Ⅳ）如不因困扰烦心，便可能成为圣者。在他就任教皇的第一年，巴塞尔宗教大会（the Council of Basel）再度宣称大会权力高于教皇。它接二连三地指出教皇的传统职责：发行赎罪券与特赦状，指定圣俸，并要求教士头年的薪俸转交给大会而非教皇。教皇尤金下令解散该会，但后者反而宣布将他废黜，并指定萨伏依公爵阿马迪厄斯八世（AmadeusⅧ）为反教皇的费利克斯五世（Felix Ⅴ，1439年）。教皇的分裂再度出现。
为促使教皇完全败阵，法国国王查理七世召开由境内高级教士、贵族与律师组成的大会。后者宣称宗教大会的至高权威，同时发布了《布尔日诏典》（The Pragmatic Sanction ofBourges，1438年），其中规定神职人员从此由地方教士选举，但国王可以“推荐”；又向教廷请愿申诉，除非经过法国境内司法机构查问，否则不得办理；神职人员的头年薪俸，不再送交教皇。事实上，这道法令无异于建立了一个独立的高卢教会，并且使国王成为教会的主人。一年之后，在美因茨举行的宗教会议又采取决议，目的在于建立德国境内相似的国家教会。而波希米亚则早已脱离教廷管辖。罗马教会的整个结构似乎崩溃在即。
但尤金受到土耳其人的搭救。由于奥斯曼人逐渐接近君士坦丁堡，拜占庭政府认为希腊首都值得搭救，而希腊与拉丁基督教的重新统一，是赢得西方军事或财力支援不可或缺的前奏。希腊的高级教士与贵族们穿着画锦似的全副甲胄抵达费拉拉，继而又到佛罗伦萨参加由教皇召集的罗马教士团会议（1438年）。经过一年的争论，终于达成一项协议，认可罗马教皇的权威凌驾所有基督教世界。1439年7月6日，这一会议的所有会员，以希腊皇帝为首，一起跪在不久前似乎还是最受轻视与被排斥的尤金面前。虽然这项协调因受到希腊教士与人民的否认而寿命短暂；但毕竟恢复了教皇的威望，并使新的分裂及巴塞尔宗教大会告一结束。
嗣后一连几位能干的教皇，因为受到意大利文艺复兴的繁荣与激荡，将教皇职位提高到无上地位，连英诺森三世得意之日，也未能相比。教皇尼古拉五世（Nicholas Ⅴ）以教会收入资助学术与艺术，赢得大众赞扬。卡利克斯特斯三世（Calixtus Ⅲ）则建立了族阀主义的密切惯例——将职位给予亲戚，后来成为教会腐败的主因。英明却孤独的庇护二世（Pius Ⅱ），努力改革教廷与各修道院。他指定一个以廉洁、虔诚著称的高级教士委员会研究教会的缺失，并向这一委员会公开承认——
有两件事特别缠绕我心：与土耳其的战争及罗马教廷的改革。我决心施行的整个教会事务的改革，都依靠本教廷为其楷模。我想首先开始革新此处教会的风气，禁止一切圣职买卖及其他各项恶例。
这一委员会提出许多令人赞许的建议，庇护二世将其一一载入一道训谕中。但在罗马几乎无人愿意革新。下级官吏或高僧，都借种种贪污而获利。他们用冷淡与消极抵抗击败了庇护二世。同时，他用来对抗土耳其人却中途失败的十字军，也耗尽了他的精力与财力。在他担任教皇临结束时，他对红衣主教们作了最后的呼吁：
人们说我们生活享乐，聚敛财富，举止轻慢，骑肥骡，坐骏马……豢养猎犬以供狩猎，花在优伶与食客身上的钱多，而用来保卫信仰者，则无一物。他们有些话不无道理：我们教廷里的许多红衣主教及其他神职人员，确实过着这种腐化生活。如果坦白承认那是事实，那么我们教廷里的奢侈与靡费，实在太过分了。这就是老百姓为何如此厌恨我们，以至即使我们在传道何为正义与理性时，他们也不屑一听的原因。在如此令人羞辱的情形下，你们该如何去做？……我们必须调查我们的先辈是借何种方法来为教会赢得权威……我们也必须借同样的方法来维系这项权威。谦和、贞洁、单纯、信仰的热诚……轻视世俗，及殉道的志节等提高了罗马教会的地位，使她成为全世界的主人。
尽管像教皇尼古拉五世、庇护二世及真诚、渊博的红衣主教切萨里尼（Giuliano Cesarini）与古沙（Cusa）的尼古拉等人如此苦心孤诣地努力，教廷的罪过仍随着15世纪的将近终结而日渐增多。保罗二世戴了一顶超过一座皇宫价值的冠冕。西克斯图斯四世（Sixtus Ⅳ）使其侄儿成为百万富翁，热衷于进入政治圈，为他在战场使用的大炮祝福，并且用高价出卖神职来支援他侄儿的战争。英诺森八世在梵蒂冈庆贺他孩子们的婚礼。与马丁·路德与加尔文（John Calvin）一样，亚历山大六世也认为教士的独身主义是一个错误，因而在成为合理节欲的教皇之前，他生了5个以上的孩子。那时，某些风流韵事在教士中已被视为平常；而触怒欧洲的是亚历山大那种轻率的外交。其子恺撒·博尔贾（Caesar Borgia）残忍的领军，为教皇重新赢得各臣属国家添加了教廷所需的财源与力量。在这些政策与战役中，博尔贾家族使用了所有的战略方法和死亡战术。这些方法不久即被马基雅维利著入《君主论》（Prince，1513年）一，而被视为建立一个强国或统一意大利所不可缺少的。尤里乌斯二世（Julius Ⅱ）在指挥对抗贪婪的威尼斯及法国入侵的那次战争中，更胜过恺撒·博尔贾。他千方百计地自梵蒂冈越狱，并率领自己的军队，对军事阵营的粗犷生活和言词非常喜爱。欧洲不但震惊于教皇的世俗化，而且震惊于他的军国主义倾向；然而也不禁要赞美那些误投身为教皇的勇武战士们。有些话传遍了阿尔卑斯山，称道教皇尤里乌斯特别眷顾拉斐尔与米开朗基罗对艺术的贡献。这位教皇开始建筑新的圣彼得教堂，并首先允许把赎罪券卖给购买者。在尤里乌斯教皇任内，路德曾到过罗马，并亲自看到了这座基督教会都城的“罪恶的沉沦”，这原来用以指洛伦佐·美第奇（Lorenzo dé Medici）。欧洲已没有一位统治者，再将教皇组织视为一个道德上的超级政府，用来团结所有国家，使之成为一个基督教联邦。教皇组织本身就像一般世俗国家，成为国家主义。随着旧信仰的消退，整个欧洲陷入列国分崩之局，既无超国家的，也无国际的道德法律，这注定了基督教会之间5个世纪的争斗。
欲对这些文艺复兴时期的教皇做一种公正的评判，我们必须以当时的背景做根据，北欧各国自可察觉到教皇的罪过，因其财务支援之故；唯有那些明了在尼古拉五世与利奥十世这段时期意大利之繁荣情形者，才能以宽谅之心待之。他们之中虽然有些在个人信仰上很虔诚，但大部分接受文艺复兴时期的信念，认为这个世界对很多人来讲，虽然还是个眼泪与邪恶诱惑的深谷，但始终是一个美丽的、生活紧张与飞驰的场景。他们的享受生活及教皇权位，并不为过。
他们也有好德行。他们曾费力地将罗马从阿维尼翁时期诸教皇陷入的丑陋与肮脏中挽救回来。他们抽干沼泽、铺平街道、恢复桥梁与道路，改良供水设备、建立梵蒂冈图书馆与罗马神殿博物馆，扩展医院、施舍赈济、修建教堂、以宫殿和花园点缀城市、改组罗马大学、支持人文主义者，以复活异教的文学、哲学与艺术，同时雇用画家、雕刻家和建筑家，使其作品留传至今成为全人类的宝贵遗产。他们浪费了数百万的钱财，但也有了同等价值的建设。他们花在新圣彼得教堂的钱财，虽然为数过巨，但比起法国国王花在枫丹白露、凡尔赛与卢瓦尔河河畔的城堡的款额，并不为多。也许他们认为，这些建筑是为了人民及上帝，而将转眼即逝的零星财富转变为永垂不朽的荣耀。大部分教皇，其私下的生活至为单纯，有些（如亚历山大六世）更起居有节，只是在迎合大众的趣味与宗规的要求下，才富丽奢华。他们总把备受斥责并没落的教皇职位，提高成一个具有权力的巍巍局面。
