整个14世纪，教会饱受政治的屈辱与道德的腐化。教会从彼得与保罗虔诚的信仰开始，逐渐成为一个具有家族性、学院性、社会性与国际性教条、秩序及道德的庄严体制。但如今则堕落为一个既得利益集团，专务自保和财利。菲利普四世促成一位法国人当选教皇，同时说服他将罗马教廷迁移到罗讷河（the Rhone）的阿维尼翁（Avignon）。如此，嗣后的诸教皇即成为法国的人质与囚犯，达68年之久，这使其他国家对教皇的崇敬与捐献，也因之急速减少。受制于人的教皇为了补充财库，便向教会各阶层、各修道院及各教区更贪厉地广征税收。每一个教会派定的人员均须将第一年薪俸的半数，汇交给教廷——教皇的行政组织；嗣后则年取1/10，称为什一税。凡新任的大主教均须为一袭披带而偿付一笔可观的金钱——披带由白羊毛编织而成，是主教权威确定的标志。任何一位红衣主教、大主教、主教或修道院院长去世时，其私人拥有的财物均归于教皇。在教士死亡与继任者的述职期间，圣俸的净益由教皇接收，因此，教皇受到指控，认为他故意延长这一时间以图利。凡从教廷下来的判决或宠惠，均须赠礼答谢，而所谓的判决有时视赠礼的厚薄而定。
教皇这种税入的大部分，用来维持教会之中央组织，使其成为欧洲社会道德上的政府，但这种合法的方式越来越不成功。然而，部分税收却进了教士的私囊，有些甚至用来酬劳聚集在阿维尼翁的高等妓女。芒德（Mende）的主教杜兰德（William Durand）在向维也纳宗教会议所呈送的论文中写道：
倘使罗马教会开始将恶例从自身除去，整个教会才能受到革新……教会人士丑闻昭彰，而民众们事实上已受到传染……因为在境内的所有地区……罗马教会已经染上臭名，大家都在呼喊宣扬说，在教会怀抱中的所有人士——从大人物甚至到最小角色——都心向贪婪……由于教士的宴会比皇族、国王更加奢侈……整个基督教人民显然已从教士那里学到贪婪的坏习而弄得声名狼藉。
“狼群控制着教会，”阿尔瓦罗·佩拉约（Alvaro Pelayo），这位西班牙的高级教士喊道，“它们是以信仰基督的羊群的鲜血为食。”本人是敛税能手的英国爱德华三世（Edward Ⅲ）提醒教皇克莱门特六世（Clement Ⅵ）道：“耶稣十二使徒的后继者，是受托来引导主的羊群走向草原，而非剪取其毛。”
在德国，教皇的收税人横遭追捕、监禁、残害及勒杀。1372年，科隆、波恩、克桑滕（Xanten）及美因茨诸地的教士凭誓团结起来，拒付格列高利十一世征收的什一税。
在所有的抱怨与叛变中，教皇仍继续声明他们对世俗国王们的绝对主宰权。约1324年，特里翁福（Agostino Trionfo）在教皇约翰二十二世的资助下，写了一篇《教会统治者概说》（“Summa de Potestae Ecclesiastica”），以回答帕多瓦（Padua）出身的马西利乌斯（Marsilius）和奥卡姆（Ockham）的威廉对教皇职位所做的攻击。特里翁福认为教皇的权力来自上帝，他是上帝在尘世的代理人，即使他是一个大罪人，也得对他服从，他可以由宗教大会以重大异端的罪名而罢黜。在位的教皇权力仅次于上帝，超越所有世俗君主。他甚至可以不顾人民或选民的抗议而随意废立国君与皇帝，他既可取消世俗君主的法令，也可废弃国家的宪法。王侯的任何法令，非经教皇同意，均告无效。教皇甚至高于天使，而与圣母玛利亚及诸圣者接受同一礼敬。教皇约翰二十二世便是这种高高在上的教皇的典型，且对其视为理所当然。
然而，教皇逃离罗马及屈从法国，毕竟损伤了他们的权力与威望。阿维尼翁的教皇们，似乎在向法国表示附庸的媚态。在红衣主教团134名的提名者中，法国人竟然占了113位。英国政府对教皇在英法“百年战争”（the Hundred Years’War）中贷款给法国一事，愤怒异常，其默许威克利夫攻击教皇，系事出有因。德国的选民反对教皇对国王、皇帝的选派再做任何干涉。1372年，科隆各修道院院长公开承认说：“罗马教廷已受到如此轻视，致使这些地区天主教的信仰似乎受到严重的危害。”在意大利，一些教皇属下的邦郡，像拉丁姆（Latium）、安布利亚（Umbria）、马尔凯（Marches）及罗马纳（Romagna），都被雇佣兵制下的暴君割据，他们向遥远的教皇表示形式上的礼敬，却保留自己的收益。当教皇乌尔班五世（Urban V）派遣两位代表到米兰，欲将违抗他命令的主教贝尔纳博·威斯孔蒂（Bernabò Visconti）除名时，来使竟然被迫吃下教皇的训谕——包括丝带、羊皮纸及封印（1362年）。1376年，佛罗伦萨与教皇格列高利十一世争吵之后，没收该地区教会的所有财产，关闭主教法庭，废除宗教裁判所的建筑，监禁或绞杀反抗的教士，并请求意大利终止教会所有世俗的权力。很显然，阿维尼翁的教皇已因他们对法国的效忠而丧失了整个欧洲。迄至1377年，格列高利十一世才将教皇职位迁回罗马。
他去世时（1378年），红衣主教团举行教皇选举会议，其中法国人虽占绝对多数，但怕罗马人暴动，于是推选一位意大利人当教皇，即乌尔班六世。但乌尔班并不“乌尔班”（Urbane为文质彬彬之意，与前一词谐音），他脾气非常暴躁，并且极力坚持与当时教阶组织意见相左的改革，因而红衣主教团申明其选举是被迫而出，宣告无效。于是，他们再改选一位日内瓦出生的罗伯特当教皇。罗伯特在阿维尼翁登基为克莱门特七世，而乌尔班六世则在罗马坚持教皇的职位不放。教皇权分裂时代（1378—1417年）便如此产生，正如为宗教改革铺路的许多力量一样，其分裂也受到民族国家兴起的左右。事实上，这次分裂是法国对英国之战争中，为保留教皇道义上与财政上支援所做的尝试。那不勒斯、西班牙与苏格兰起而效尤，投向阿维尼翁一边，但英国、佛兰德斯、德国、波兰、波希米亚、匈牙利、意大利与葡萄牙则接受乌尔班。教会成为两个敌对阵营的武器与牺牲品。分裂为二的基督教世界视另一半为异端、为亵渎而逐之于教会之外；每一方都宣称由对方礼拜祭司所主持的圣餐无一价值，而由此领洗的儿童、忏悔的罪人及涂油的临终者，仍难赦重罪，倘其死亡，必注定堕入地狱——轻者也在地狱边缘。日渐扩张的伊斯兰教在嘲笑日渐解体的基督教。
乌尔班六世之死（1389年）并未带来和解。那14位红衣主教在自己的阵营里另外选了博尼费斯九世，继而是诺森七世和格列高利十二世，而列国的割据也延长了教皇职位的分裂。克莱门特七世去世时（1394年），阿维尼翁的红衣主教团便另选一位西班牙人当教皇，即圣本笃十三世（Benedict ⅩⅢ）。他声言，要是格列高利十二世同意与他步调一致，他便辞职。但格列高利的亲党早已各应教职，当然不听这一声言。格列高利方面，有些红衣主教也背离了他，要求召开宗教大会。法国国王催促圣本笃十三世退位，但遭到拒绝。法国因而拒绝与他联盟，改采中立。圣本笃逃到西班牙时，他的红衣主教们加入那些离开格列高利的红衣主教，联合呼吁在比萨召开宗教会议并选举一位大家都接受的教皇。
几乎在1个世纪之前，那些反抗的哲学家为此已经定下“教会会议至上主义调停运动”（conciliar movement）的理论基础。威廉反对教会与教士混为一体。他说：“教会是所有信仰者的集合。”又说：“整体比任何一部分具有更优越的权力。”前者可将其权力交托给由主教与修道院院长组成的宗教会议；这一会议有权选举、训诫、处罚甚或废立教皇。帕多瓦的马西利乌斯也称，宗教大会是基督徒集体智慧的汇合，任何人怎可以将一己之智力驾越其上？他认为这一大会的组成不仅是教士，并且也应有由人们选出之教外人士参加。巴黎大学的一位神学家海因里希·朗根斯泰因（Heinrich von Langenstein）于1381年便将这些主张应用到教皇的分裂问题上。他论辩道，不论何种逻辑，在声称教皇至上的旋涡中，都无法避免危机的兴起，其唯一解决之途是：只有在教皇权之外并凌驾于红衣主教的另一种权力，才能将教会从正在摧毁其本身的一团混乱中挽救出来，这一权力就是宗教大会。
比萨的宗教大会于1409年3月25日举行。它邀请圣本笃十三世和格列高利十二世出席，但他们漠视不理。于是大会宣布废黜他们，并另选出一位新教皇亚历山大五世，建议他在1412年5月以前召集另一次宗教大会，然后该会再行解散。现在教皇已由两位增为三位。亚历山大并未因其死亡（1410年）而解决问题，因为他的红衣主教们选了自约翰二十二世起未曾一见的约翰二十三世——这位最难驾驭的人登上了教皇宝座。以前在博洛尼亚当主教的科萨，这位教会雇佣兵队长，曾大事聚敛财富，无所不用其极。他对娼妓、赌博及放高利贷者，均予征税。根据其秘书的透露，他曾勾引了200位处女、已婚妇女、寡妇与修女。他拥有金钱与军队，也许他可从格列高利的手中征服各个效忠教皇的国家，促使其因财库困绌而逊位。
约翰二十三世尽可能地拖延在比萨所宣告的宗教会议的召开。当这一会议于1414年11月5日在康斯坦茨（Constance）举行时，出席的应该有3位总主教、29位红衣主教、33位大主教、150位主教、300位神学博士、14位大学代表、26位王子、140位贵族及4000位教士。这些出席者将构成基督教历史上自尼西亚大会（325年）以来规模最大、最重要的一次大会。然而只有一小部分人参加会议。1415年4月6日，这个伟大的集会颁布了一道洋洋得意并带有革命性的告示：
在康斯坦茨举行的这次神圣的宗教会议，依据圣灵而合法召集，用以赞美上帝、终止目前的分裂、谋求教会首领与会员的统一与改革……因而制定、宣告、昭示如下：首先，大会声明此一会议……代表教会斗士，其权力直接来自耶稣基督；每一人士，包括教皇在内，不论其是何阶级或身份，均应服从大会所订的有关信仰、终止分裂与教会领袖及成员通盘改革诸事。同时，大会宣称，倘使任何人……包括教皇在内，拒绝服从这一圣会所订有关终止分裂或教会改革的命令、法规及训谕者，均将受到适当的处分……必要时并将诉诸其他惩戒途径。
这次会议要求格列高利十二世、圣本笃十三世及约翰二十三世三人退位。在未接获约翰回答之前，大会便指控他有54条罪状，指控他为异教徒、压迫者、骗子、圣职买卖者、卖国者、淫棍、窃贼；尚有其他16项罪名被认为过于严厉而遭压制。1415年5月29日，他终被废黜。格列高利十二世则较为柔顺与圆滑。他同意辞职，但附带一条件，即先允许他以自己的权威再召集一次会议。会议重新召开后，大会接受了他的辞职（7月4日）。为了进一步证实其正统权威地位，大会焚死波希米亚的宗教改革家胡斯（7月6日）。到了7月26日，大会复宣布废黜圣本笃十三世，他此后定居在瓦伦西亚（Valencia），直到90岁去世前仍自居为教皇。1417年11月17日，选举委员会终于选出红衣主教奥托内·科隆纳（Ottone Colonna）为教皇马丁五世（Martin V），所有的基督徒都承认他是正统。教皇的分裂，暂告结束。
这次宗教会议在此虽告胜利，却失败于另一方面——改革教会。马丁五世很快掌握了教皇的一切权力与特权。他唆使每一国家的代表团体相互对抗，说服他们接受一项笼统而无害到最小限度的改革。大会终因拖不起而屈从于他，1418年4月22日，终于解散。
