意大利衰退的时期正是萨伏依公国复兴的时期。8岁的埃曼努埃尔·菲利贝尔（Emmanuel Philibert）可能目睹了法国入侵征服这个公国（1536年）。25岁时，他继承该公国的王冠，但没承继其土地。29岁时，英西联军在圣奎廷（St.Quentin）打败法军一役中（1557年），他扮演了一个重要的角色。两年后，法兰西奉还给他破碎的国家和破产的王位，他重建萨伏伊和皮德蒙特是政治家的精心杰作。他的公国内的阿尔卑斯山坡地是新教徒出没的地带，他们进一步将天主教堂改成白色的加尔文教派礼拜堂，教皇庇护四世给他一年的教会税收，请他平服这个地区。埃曼努埃尔采取一些激烈的措施，当这种措施引起大幅度的向外移民时，他转而采取宽柔政策，压抑宗教裁判所的热心，庇护新教徒。他在都灵创建一所新的大学，并资助编纂一部百科全书。他一向谦恭有礼，但屡次不忠于给他献良策、助理外交，并领导都灵生气蓬勃的社交与文人生活的妻子。埃曼努埃尔去世时（1580年），他的公国已是欧洲治理得最好的地区之一。19世纪时，统一意大利的君王就是他的后裔。
同时，在最近的战争中见风转舵，由依附法兰西转而支持西班牙的安德烈亚·多利亚仍然统治着热那亚。那边的银行家资助查理五世的战争，查理五世以不干扰他们统治该城作为报答。热那亚不像威尼斯因商业活动由地中海转入大西洋而受致命伤，它反而再度变成大港口和战略要地。米开朗基罗的一位学生，佩鲁贾的加利佐·阿勒西（Galeao Alessi），在热那亚建造豪华的教堂和宫殿，瓦萨里形容其为意大利最美的街道。
当其王系的最后一个统治者弗·斯福尔扎于1535年去世时，查理五世派一个代理人统治米兰。臣服带来了和平，这个古城又恢复往日的繁华，阿勒西在那里建筑美观的马尼洛（Marino）宫。米兰铸币厂的雕刻师列昂·列尼在精细的微型造型艺术上与切利尼竞美，但没有表现出和切利尼一样的才华。这个时期最杰出的米兰人是圣卡罗（San Carlo Borromeo），在文艺复兴的尾声中，他扮演在古典没落声中圣安布罗西扮演的角色。他出生于一个富有的贵族家庭，21岁时，他的叔叔庇护四世封他做主教，22岁时（1560年）便升为米兰总主教。那时，他可能是基督教世界中最富有的教士。但除了总主教的法权之外，他放弃所有的圣禄，而将所得捐助慈善事业，一心一意献身于教廷。他创设圣安布罗西的地球扁平说研究社，延聘耶稣会教士到米兰来，并大力支持仍然忠于天主教义的一切宗教改革运动。由于惯于财势，他坚持其主教廷中完全中古式的审判权，包揽大部分维持法律和秩序的工作。他的总主教教廷监狱中，关满了罪犯和异教徒。24年来，他是该城的真正统治者。在他对于一致和道德的热衷下，文学和艺术遭了殃。但建筑师和画家佩莱格里诺·提巴第（Pellegrino Tibaldi）在他的赞助下飞黄腾达，设计了大教堂中唱诗班的席位。1576年黑死病猖獗之时，大部分显贵都逃走了，这位总主教留下来坚守岗位，安慰病患，不眠不休地拜访、看护、祈祷，这种表现使他所有严厉的措施均可原谅。
大主教托·加里奥（Tolomeo Gallio）也许不相信有另一个天堂，在科莫湖（Lake Como）畔建筑以斯特别墅（1568年）。在布雷西亚，莫里托的学生吉·莫洛尼（Giambattista Moroni）画了数幅人像，可与提香的作品并列。在克雷莫纳，坎皮（Vincenzo Campi）承袭家风，也画了一些画，只是稍微逊色。在费拉拉，埃尔科莱二世与保罗三世达成一项协议，结束长期的争论，条件是由埃尔科莱二世付18万杜卡特给保罗三世，此外，每年交7000杜卡特作为保证金。阿方索二世给该城带来了另一个繁荣的时期，于塔索的《解放的耶路撒冷》（Gerusalemme liberata）和瓜里尼的《虔诚的教士》（Pastor fido）达于巅峰。吉罗拉莫（Girolamo da Carpi）从加罗法洛学习绘画，但是（据瓦萨里说），他花太多的时间谈恋爱和玩维忽拉，结婚太早，无法于天才的自我中心中获得乐趣。
皮亚琴察和帕尔马也在这个时期达到全盛，虽然几个世纪来，它们一直隶属于米兰。米兰公国此时已臣服于查理五世，因此，教皇保罗三世将这两个城市并为教皇的采邑，并于1545年，划归其子皮耶路易吉·法尔内塞统治。不到两年，这位新公爵就被一群憎恨他独揽大权的贵族在皮亚琴察暗杀。保罗正确地指出当时代表查理统治米兰的费兰特·贡萨加是这一阴谋的策划者，并通知当时恰好在其麾下的帝国军队立刻为皇帝占领皮亚琴察（1547年）。保罗死后不久，尤利乌斯三世即派皮·法尔内塞的儿子奥塔维奥（Ottavio）当帕尔马公爵，因为奥塔维奥也是查理的女婿，他得以终生统治帕尔马。
博洛尼亚没有衰落。维尼奥拉（Vignola）在此地为一群商人设计班琪回廊（the Portico de’Banchi），安·莫兰第（Antonio Morandi）为此大学增建一座大体育馆。塞巴斯蒂亚诺·塞利奥（Sebastiano Serlio）写了一本建筑学上的论文，其影响力与帕拉迪欧的论文同样巨大。1563年，教皇庇护四世委派托·罗里提（Tommaso Laureti）在圣彼特尼罗广场造一个喷水池，其雕刻部分由一位刚从佛罗伦萨来的年轻的佛兰德斯艺术家负责，其名可能是得自他最伟大的作品所在地的名称。乔万尼（或称吉安·波罗那）在广大的海神之泉（Fontana di Nettuno）雕了9座人像。在其顶端，他雕的是巨大的海神，赤裸、健壮；在泉的四个角落，他用青铜各雕一尊愉快的小孩嬉戏着跳跃的海豚；在海神的脚下，是4个美丽的少女，流水即自其乳房喷出。博洛尼亚使其名利双收地回到佛罗伦萨，这座壮观的喷水池共花了7万弗罗林。城市艺术精神仍然活在意大利。
若我们看看文艺复兴时代的罗马，我们会对她自1527年大劫中恢复的速度感到惊异，克莱门特七世在修复方面所表现的能力要比预防方面强得多。他向查理投降，挽救了这个教皇领地，其税收帮助教皇资助恢复教规及重建部分罗马，宗教改革引起的收入减少尚未影响教皇的国库。保罗三世在位期间，文艺复兴的精神和绚烂似乎暂时恢复过来。
有些艺术在死亡，有一些则在萌芽或变形。与红衣主教亚历山德罗·法尔内塞住在一起的克罗西亚人吉·克罗维奥（Giulio Clovio），几乎是文艺界最后的一颗巨星。1567年，蒙特威尔地在克雷莫纳诞生。不久，歌剧和圣乐就将加入艺术的行列；帕莱斯特里纳的对位弥撒曲已经在庆祝教会重振，意大利绘画的伟大时代已近尾声，乔瓦尼和乌迪内（Giovani da Udine）这两个拉斐尔的发扬者将艺术导向华丽。雕刻也渐趋衰落，拉斐尔和乔万尼·蒙托索里承继其师米开朗基罗的夸张风格而且变本加厉，所雕的人像，四肢竟扭曲成新奇古怪笨拙的姿态。
建筑是这一时期最兴盛的艺术，法尔内塞宫和帕拉丁的公园由米开朗基罗修建（1547年），波尔塔（Giacomo della Porta）完成（1580年）。小安托尼奥·桑加罗设计梵蒂冈的圣保罗教堂（1540年）。通达圣保罗和西斯廷教堂的撒拉里奇（Sala Regia）的大理石地板及窗棂，是教皇保罗三世请桑加罗设计的，墙壁由瓦萨里和朱卡利兄弟作画，天花板则由丹尼尔（Daniele da Volterra）和巴卡粉刷。圣安杰洛的教皇府邸由巴卡、罗马诺和乌迪内作壁画并雕刻。第二任红衣主教伊普里托·以斯特在蒂沃利（Tivoli）附近建造较早的以斯特别墅，皮·李哥尼奥（Pirro Ligorio）设计、朱卡利兄弟装潢娱乐厅。阳台花园仍表现出文艺复兴时代大主教高尚的趣味及挥霍不尽的财富。
这一时期，在罗马及其附近最受欢迎的建筑师是维尼奥拉。自博洛尼亚来罗马研究古代废墟的他，结合阿格里帕（Agrippa）的万神殿、尤利乌斯·恺撒的长方形集会所（Basilica），及融合圆屋顶、拱门、圆柱及三角墙而自成一格。跟帕拉迪欧一样，他写了一阐述他的理论。他为大主教亚历山德罗·法尔内塞在维泰博附近的卡帕拉罗拉（Caprarola）设计另一座宽大豪华的法尔内塞殿，获得第一次成功。10年后，他在皮亚琴察建筑第三座，他最具影响力的作品是在罗马的帕·吉里奥（Papa Giulio）别墅为教皇尤利乌斯三世建的波塔·波波洛及吉苏（Gesú）教堂。这座为兴起的耶稣会教士而建的建筑物，维尼奥拉设计宽高皆令人难忘的本堂，并将甬道改造成小教堂。后代的建筑师以此教堂作为第一座巴洛克式的建筑物——弯曲的形式与装饰相融。1564年，维尼奥拉继米开朗基罗之后，成为圣彼得教堂的首席建筑师，并参与建筑由安杰洛设计的大圆顶。
