老百姓的迷信，实际上犹胜于教会，这更加阻碍科学的发展。出版物的检查，还不能对科学的发展有什么实质上的妨碍，直到1545年特伦特会议后的反改革运动，刊物的检查才真正地影响到科学。1463年，西克斯图斯四世，将那位15世纪最伟大的天文学家带到罗马，这个人就是德籍天文学家约翰·米勒。在亚历山大教皇的任期内，哥白尼（Nicolaus Copernicus）在罗马大学教授数学和天文学的课程。在哥白尼还没有提出他那震惊世界的太阳中心学说以前，古沙的尼古拉早已提出了他的看法。他们都是教徒。14世纪和15世纪，意大利宗教裁判所的权力已大大减弱了，一方面是由于教皇已不在阿维尼翁，一方面是由于教皇们闹派系，他们都向往文艺复兴的启蒙。1440年，唯物论者兰迪（Amadeo de Landi）虽被米兰的裁判所抓去审问，但还是被释放了。1497年，一个名叫萨洛（Gabriele da Salo）思想先进的医生，虽然“他总认为耶稣不是上帝的儿子，而是约瑟夫的儿子”，他还是被他的保人从裁判所保了出来。尽管有裁判所，但是在15世纪和16世纪初，意大利的思想和教育要比任何一个国家都自由和发达。意大利学校中的一些课程，如天文学、法律、医学和文学，许多外国学生都慕名前来旁听。
英国名医、人文学者利纳克尔，在意大利完成了他的大学学业后，在阿尔卑斯山上设了一座神坛。当他返回英国时，他依依不舍地对意大利做了最后的一瞥，把他设立的那座神坛献给了意大利，作为学术的源泉和大学以上教育的学府。
在弥漫着迷信和自由主义的环境下，维塞利亚斯（Vesalius）之前的200年，科学进步得很慢，最主要的原因是因为人们重视艺术、人文和诗词。依意大利当时的经济生活情形和一般人的知识水准，并不急需什么科学的方法和思想。像达·芬奇，凭着他那股狂热的好奇心，他可以懂得一些宇宙的知识，对于其他类的科学也有一点皮毛的认识。但是没有大规模的实验室，解剖学只是一个开端而已，没有显微镜可以帮助研究生物或医学，没有望远镜可以观测星象或月亮。对古典美的追求，已经达到了富丽堂皇的艺术境地，然而对真理的追求，却很少在科学上生根发芽。古代文学的复兴，所激起用以美化古代的持怀疑态度的享乐主义者多，所激起用以塑造未来的坚忍的科学研究精神者少。文艺复兴的精神灌注在艺术上，其次是文学，再次是哲学，留给科学的最少。就这一点来说，它不如从伯里克利和埃斯库罗斯到芝诺和阿里斯塔克斯的希腊黄金时代，富有各色各样的精神活动。此时只有等待哲学来开导，科学才会有进步。
因此，能说得出一打文艺复兴时期艺术家名字的人，未必能记得住当时一位意大利科学家的名字，当然达·芬奇是例外，甚至鼎鼎大名的阿美利哥·韦斯普奇都不见得能榜上有名，至于伽利略则是属于17世纪的。除了在地理和医学界外，在其他科学方面简直没有可提的人。约1321年，波第诺的奥代里卡（Oderic）到印度和中国传教，回途中曾经过西藏和波斯。他也写了一本见闻录，这使得早他30年的马可·波罗所写的那部游记中的内容，得到了佐证，而更使这部游记生辉。身兼天文学家、医生和地理学家的托斯卡内利（Paolo Toscanelli），曾在1456年提及哈雷（Halley）所发现的彗星，哥伦布能完成横渡大西洋的壮举，得益于托斯卡内利的着实不少。佛罗伦萨的航海家韦斯普奇曾四次航海到新大陆，他是第一位发现新大陆的人，曾绘制不少新大陆的地图，瓦尔德塞弥勒（Martin Waldseemuller）曾把这些地图出版，并把这个大陆取名为“亚美利加”（America）。意大利人喜欢这个名字，在他们的著作中，他们都这样称呼它。
生物学发展得最慢，因为“人是一个特殊创造的理论”几乎是举世公认的。因此，人们也就认为无须去探究人是从哪里来的这个问题，而且要对这个问题追根问底也是危险的。这类科学仅限于植物病理学、园艺学、花艺和农业等方面的实用性研究。克雷申齐（Pietro de Crescenzi）在76岁时，写了一本颇受欢迎的农业手册。在这方面，他还比不上西班牙穆斯林的一些作品。佛罗伦萨的望族美第奇，在加里奇拥有一座奇花异卉的花园。第一个公共的植物园是1544年吉尼（Luca Ghini）在比萨设立的。几乎所有的统治者都设建动物园。美第奇红衣主教还拥有一座“人类的巡回动物园”——有20种不同国家的“野蛮人”，他们都有很健壮的体格。
