亚历山大的晚年显然愉快而顺利，女儿嫁入公爵之家，受到所有费拉拉人的尊敬；儿子完成了他的指示，成功地担任将军和行政官的职务；教皇诸领地在卓越的治理下兴盛起来。威尼斯大使描写最后几年的亚历山大为“快乐、积极、无所牵挂、了无烦恼”。1501年1月1日，他70岁高龄，但据大使的报道，“他似乎一天比一天年轻”。
1503年8月5日下午，亚历山大、恺撒和其他若干人在距梵蒂冈不远的红衣主教阿德里亚诺·达·科尔内托（Adriano da Corneto）别墅作户外聚餐，室内的热气令人疲惫。时至深夜，大家仍逗留于户外。11日，红衣主教发高烧，连续三天，始行消退。12日，教皇父子也因发烧和呕吐而卧病。和往常一样，罗马谣传有人下毒，私下里也有人说恺撒曾命人毒死红衣主教，以便取得他的财产，但因错误而使几乎所有客人都吃下有毒的食物。历史学家们现在相信治疗教皇的医生的观点，认为罗马的仲夏夜里，他们在户外耽搁太久，感染了疟疾。同一个月，疟疾杀死了教皇一半的家属，许多病例证明这是致命的原因。那一季内，罗马有成百的人死于同样病因。
亚历山大在生死之间徘徊了13天，有时恢复到能重开外交会议的程度。8月13日他曾玩牌。医生一再替他放血，可能有一次太多了，耗尽了他的能量，8月18日他终于去世。不久，尸体变得黑而臭，使草率传播的下毒流言得以刻意渲染。约翰·伯查德戏谑地说：木匠和脚夫们苦恼于必须将肿胀的尸体塞进先前准备的棺木中。流言又说：他去世时，曾见到一些魔鬼把亚历山大的灵魂带往地狱。
罗马人为西班牙籍教皇的去世而高兴。暴动发生，卡达兰人被驱逐，不然就当场被杀，房屋遭暴民抢劫，一百幢建筑物化为灰烬，科隆纳和奥西尼的军队分别在（8月）22日和23日开进罗马，镇压红衣主教团的反抗。爱国的佛罗伦萨人圭恰尔迪尼说：
整个罗马城的人以令人难以置信的速度，群集在圣彼得大教堂中的尸体四周。他们不以一望死去的毒蛇为满足。这个恶人把无节制的野心、可恨的奸诈、极多可怖的残酷行为、怪异的贪欲，不论是神圣的或邪恶的，都一视同仁地出卖，已麻醉了整个的世界。
马基雅维利同意圭恰尔迪尼对亚历山大的看法：
他只用欺诈，一生中不想其他，也无人立誓遵守他后来毁弃的诺言。可是，他依然处处成功，因为他熟知世界的这个道理。
这些对他的指责以两个假设为基础：罗马流传有关他的故事是真的，他用以经营教皇诸领地的方法被判为不正当；天主教史学家们虽然为亚历山大恢复教皇世俗的权力而辩护，但都指责他的方法和品德。诚实的帕斯托尔说：
他到处被描绘成一个恶人，每种罪行都归罪于他，现代的批判性研究在许多方面予他更公正的裁判，拒绝若干对他最坏的控诉。即使如此，我们必须对不加区分就接受一切当时人物传述的亚历山大故事当心……虽然愤恨的罗马见证人无情地找到最称心的方式毁坏他，用流行的讽刺文章和智慧的妙语把他的一生归于令人难以置信的邪恶，仍然有很多地方清楚地证明对他不利，使我们被迫接受拒绝现代洗刷他玩弄真理恶名的各种企图……从天主教的观点，过于严厉地羞辱亚历山大是不可能的事。
新教的历史学家对亚历山大往往表示出慷慨的厚道，威廉·罗斯科在其名著《利奥十世的生活与任期》（1827年）一，首先就为他说好话：
无论他的罪名是什么，无疑地已经被过分夸大。他致力于家族力量的扩张，运用他崇高地位的权威在儿子身上，建立对意大利的永久控制，这都毋庸置疑。但当几乎欧洲所有君王都正用同样犯罪的手段满足自己的野心之时，以任何这方面特别少见的可耻行为来污辱他的人格，似乎并不公道。当时，法国的路易和西班牙的斐迪南正联合起来阴谋攫取和瓜分那不勒斯王国。举例来说，亚历山大镇压历经多年借着内战割裂教廷领地的狂烈贵族，征服他对之有公认权力的罗马尼亚境内卑贱君侯们，一般而言，他们那些人同样以非正当的手段获得统治权力；亚历山大可能确信自己的措施是合理的。关于普遍为人相信的，他和女儿间乱伦交往的指控……也许不难证明未必即有。其次，他性格中不应漠视忽略的许多重要特质并没补救他的种种缺点……即使他最冷酷的敌人也承认他是个有卓越天才、令人怀念、处理一切事情雄辩、仔细、灵敏的人。
M.克莱顿大主教简述亚历山大的性格和成就，一般都同意罗斯科的看法，但远比帕斯托对亚历山大仁慈。后来，新教学者理查·加奈特在《剑桥现代史》中对他的批判更有力：
亚历山大的性格已在现代历史学家的检查下毫无疑问地获知，这是很自然的；一个被控如此多罪行和许多坏事之根源的人，应该是暴君和酒色之徒。但两种描述都不适合他，他性格的根基是极端充溢的自然天性。威尼斯大使称他为嗜欲之人，并不意味任何对他道德上的贬抑，而是指他是具有多血气质的人，不能控制自己的激情与爱好。这使文艺复兴时代那些奉行冷漠不动感情的外交形式的意大利人困惑，他们听闻的谣传又令他们对亚历山大怀有成见。确实说来，他只是比当时大多数侯爵更世俗化而已，过分的物欲使他追求尘世间一切好的和坏的东西，不受道德或任何宗教神灵观念的束缚，他陷入一种粗鄙的色欲之中，虽然在其他方面他适度而有节制。在更可敬的家庭感情乔装下，物欲令他蔑视种种公道原则。他的一位手下说，他只履行圣水所无法完成的工作，另一方面，和蔼与欢乐的气质使他与通常含义的暴政一词绝缘……作为一个留意人民物质利益的统治者，在他的那个时代他可以列为最佳等；作为一个实际政治家，他与任何同时代人物并无二致。但他的真知灼见却为他缺乏政治道德所伤害，他没有了解和预知一个时代的特性与转变的更高智慧，他也不明白原则是什么。
具备与亚历山大对女人魅力与优雅同样感受的我们，在心底深处，不能找到攻击他奸情的任何意念，他当教皇不务正道的行为，并不比和史学家相处如此之好的埃涅阿斯·西尔维乌斯或已被仁慈宽恕的尤利乌斯二世更加可耻，这两位教皇不像亚历山大那样照顾自己的情妇与子女，其事迹却没被记下。的确，有一些家庭方面的事和亚历山大有关，假如教会法规和文艺复兴时代意大利、新教的日耳曼、英格兰的习惯一样，允许神职人员结婚，他会成为一个比较可敬的人。他的犯罪不是针对他的本性，而是因他违反半个基督教世界规定的独身原则。我们不能说他和朱莉娅·法尔内塞的关系是肉欲的，就我们所知而言，瓦娜莎、卢克雷齐娅和朱莉娅的丈夫都没表示任何反对之意，也许那只是一个正常男人对一个美丽女人的诱惑和焕发生命力的单纯喜爱而已。
对于亚历山大政治的判断必须将他的手段和目的予以区分，他的目的完全合法——从混乱的封建贵族手中恢复“彼得的产业”（Patrimony of Peter，基本上是古代的拉丁区）。在僭位的暴君之下重获传统的教皇诸领地，亚历山大和恺撒实现这些目的的方法，和那时、现在一切其他国家使用的方法——战争、外交、欺诈、叛国、违反条约、背弃盟邦——并无两样，亚历山大放弃神圣同盟、购买法籍士兵，争取法国的支持，以放弃米兰为代价，这都是对意大利所犯的主要罪行。那些在无规则可循的国际斗争中，国家使用认为绝对必要的尘世间手段，当教皇以之保证基督信条时却开罪了我们。无论教会向专制政府屈服所冒的危险是什么，假如教会丧失了它的领土，放弃一切尘世的权力变得跟加利利（Galilean）的渔夫一样贫穷，将比用世俗的方法达到政治目的要好。使用这种方法——以金钱资助——教廷得到一个国家，但失去了1/3的基督教世界。
恺撒·博尔贾从病中缓慢地康复，知道自己已陷身一片未可预期的危险中，谁能预知他和他父亲会同时失去能力？当医生们为他放血时，科隆纳和奥西尼的军队迅速地夺回失去的城堡，罗马尼亚被放逐的贵族受到威尼斯的鼓励，开始主张收回他们的领地。既然亚历山大已经死了，失去控制的罗马暴民可能在任何一刻抢掠梵蒂冈，攫取恺撒赖以维持军队的财富。他派遣若干武装人员到梵蒂冈，在剑锋之下，他们强迫红衣主教卡撒诺瓦（Casanuova）放弃对国家资金的掌握，罗马时代恺撒的往事又于15个世纪之后重演了。他们带回价值10万杜卡特的黄金、值30万杜卡特的金银器皿和珠宝。同时，他派遣陆军与兵舰阻止他最强大的敌人红衣主教朱利亚诺·德拉·罗维尔进入罗马。他感到除非他能说服秘密会议选举一位对他有利的教皇，否则，他将失败。
红衣主教们坚持恺撒、科隆纳和奥西尼的军队在不受威胁的选举能够举行之前应该撤离罗马。三支人马都同意让步。恺撒和他的军队退到西维塔和卡斯泰拉纳。然而，红衣主教朱利亚诺进入罗马，在秘密会议中领导所有敌视博尔贾家族的力量。1503年9月22日，选举团中敌对的派系选举红衣主教皮科洛米尼为教皇，他建号庇护三世，用以纪念他的叔父埃涅阿斯·西尔维乌斯。他学问丰富，正直无私，子女众多。他已经64岁，患有腿疾。他对恺撒友善，允许恺撒回到罗马。但在10月18日，庇护三世去世了。
恺撒明白自己无力阻止显然是选举团里最有能力的人——红衣主教朱利亚诺·罗维尔——当选教皇。在与朱利亚诺的一次秘密会晤中，恺撒明确表示修好：他答应朱利亚诺，保证西班牙的红衣主教（忠于恺撒的）将给予支持。朱利亚诺答应，假如自己当选的话，批准恺撒为罗马尼亚的公爵，任命他为教皇军队的统帅，其他一些红衣主教，朱利亚诺则以贿赂收买。朱利亚诺终于当选，建号尤利乌斯二世，似乎他将成为另一个恺撒或更好的亚历山大。加冕典礼延至11月26日，因为星相家们预言那天有一个吉利的星群接近。
威尼斯不愿等待幸运之星，便采取行动占领里米尼，围攻法恩扎，做出尽可能在教廷组成武力之前接管罗马尼亚的迹象。朱利亚诺命恺撒去伊摩拉征募一支新军队保护教皇诸领地，恺撒答应了。为了驶往比萨，他先到奥斯蒂亚。在那里，他接到教皇一封函件，要他放弃对罗马尼亚各堡垒的控制。他拒绝接受，虽然事实明确显示他的对手至少是一位和他有同样坚强意志的人。他竟虑不及此，这是一项重大错误，令人想到疾病已损害了他的判断力。朱利亚诺命他回罗马，他服从了，接着就被逮捕。圭多巴尔多不仅收回乌尔比诺，而且成为新任命的教皇军队统帅，他来探望失势的恺撒。恺撒在这位他曾经废黜和掠夺的人面前表示卑下，求他告诉堡垒的口令，归还乌尔比诺掠夺物中留下的一些珍贵书籍和绣帷，并恳请圭多巴尔多代他向尤利乌斯说情。锡耶纳和弗利拒绝在恺撒自由之前承认口令的效力，尤利乌斯也不肯在恺撒说服罗马尼亚城堡向教皇投降之前释放恺撒。卢克雷齐娅哀求丈夫援救她的兄弟，但阿方索什么也没做，她请求伊莎贝拉·埃斯特，伊莎贝拉·埃斯特也毫无动静，也许他俩晓得尤利乌斯的意志坚定，不能动摇。恺撒终于屈服，向罗马尼亚境内对他效忠的人下达投降命令。教皇释放了他，他逃到那不勒斯（1504年4月19日）。
在那不勒斯，他受到贡萨洛·科尔多巴（Gonzalo de Còrdoba）的欢迎，并给他一支卫队，他的勇气比见识恢复得更快。他组织一支小型武装，正准备随军去皮翁比诺（Piombino）。在莱格霍恩附近，贡萨洛奉西班牙斐迪南之命逮捕了他，“天主教王”（Catholic King）授命尤利乌斯立刻采取行动，后者不愿恺撒发动一次内战；8月，恺撒被押回西班牙，在监狱中折磨了两年，卢克雷齐娅设法使他自由，一切努力终归无效。他已离婚的妻子为他向她的兄弟让·阿尔伯莱特，即那瓦尔之王求助，设计了一项脱逃计划。1506年11月，恺撒栖身那瓦尔宫中，再为自由之人，他立刻找到报答阿尔伯莱特的机会。那瓦尔的附庸莱林（Lerin）伯爵叛变，恺撒率领阿尔伯莱特的部分军队进攻莱林伯爵在维亚那（Viana）的堡垒。莱林伯爵出城反击，为恺撒所败，但恺撒不顾一切地追击败兵。莱林伯爵得到增援，挥军反攻，恺撒为数甚少的军队竟然逃散。在他被击倒杀死之前，只有一位同伴和他并肩作战，他死时才31岁。
对一个充满争议的人来说，这是一种光荣的结束。发生在恺撒·博尔贾身上的许多事情令我们无法忍受，他无礼的骄傲，忽视忠于他的妻子，把女人当作纯粹享乐的工具，偶尔对敌人的残忍行为——他不仅判卡美里诺的贵族朱利奥·瓦拉诺死刑，而且扩及朱利奥的两个儿子，显然又命两个曼弗雷迪去死。以他这种残酷和他父亲平和的仁慈比较是很可耻的。通常，他遵照目的完成使命，而任何手段均为正当。他自知被许多谎言包围，在朱利亚诺欺骗他之前，他努力比别人更善于说谎，他兄弟乔万尼之死，几乎可确定他是无罪，他也许是鼓动刺客攻击比谢列公爵的人。可能因为曾患病的关系，他缺乏以勇气和尊严面对不幸遭遇的力量。
他有许多长处。他擢升得如此迅速，学习战争、领导、谈判的技巧如此之快，他必有特殊的才干。假如仅用在他指挥下的一支小型武力来恢复教皇在教皇诸领地中的权力，是一件困难的工作，他则以令人惊奇的运动速度、战略技术、经济手段来完成它。他的征服和统治，为罗马尼亚带来许多世纪以来享有的最公平的治理和最繁荣的和平，他受命扫清罗马附近平原令人困扰、叛变的属邦，他以尤利乌斯·恺撒所不及的迅速行动完成任务。身负如此卓越的成就，他可以尽情耍弄彼特拉克和马基雅维利怀抱的梦想：假如征服是必要手段的话，就用来给意大利能使它站起来对抗法国或西班牙集权力量的统一局面。
但他的胜利、他的方法、他的权势、他不可知的神秘、他迅速难测的攻击行动，使他成为意大利的恐怖者而非解放者。他性格上的缺点毁坏了他理性上的成就，从未学习去爱别人是他最根本的悲剧。
此外，再回头谈谈卢克雷齐娅。跟她失势的兄弟比较，她晚年的质朴与幸运生活，是一种多么明显的对照。在罗马，成为中伤者攻击对象的她，却得费拉拉人民的爱戴，被奉为妇德的典型；她设法忘记往日一切的悲惨与苦难，回忆年轻时代的欢乐岁月，并培养对他人的真诚关怀，阿廖斯托、泰巴底奥、本博、蒂托·斯特罗齐和埃尔科莱·斯特罗齐等人在诗中赞美她为“最美丽的女士”。看到她的人，眼睛都舍不得眨一下。也许本博想先为她的情夫，再变为她的丈夫。卢克雷齐娅现在变得有点像一个语言学家，说西班牙语、意大利语、法语，读少许拉丁文和希腊文，我们知道她用这些语言写过诗。马努蒂乌斯把自己的诗篇送给她，在序言中，并暗示她负责担保他的伟大印刷事业。
在家庭生活里，她又为她第三任丈夫生了四男一女。阿方索以不作表露的感情方式深爱着她。1506年，他一度离开费拉拉，任命她为摄政，她善尽职责，判断力强，以致费拉拉人民愿意原谅亚历山大曾留下她负责梵蒂冈的事务这件事。
她短暂一生的最后几年，致力于教育子女和慈善事业，成为一个虔诚的圣方济各修会信徒。1519年6月14日，她产下第七个婴儿，但为一死婴，自此以后，她未离病床。6月24日，卢克雷齐娅·博尔贾去世，时年39岁。
